应用限制性酶切位点相关DNA测序技术(RAD-seq)检测白洋淀和微山湖野生莲多样性

采集莲(Nelumbo Adans.)样本共127份,其中:白洋淀野生莲居群样本60份、微山湖居群样本45份、对照样本共22份(黑龙江、吉林、辽宁、内蒙、湖南、四川野生莲样本6份,古代莲样本4份,莲栽培品种样本5份,泰国、印度、越南、澳大利亚的野生莲样本5份,美洲莲、亚美杂交莲样本各1份)。采用限制性酶切位点相关DNA测序技术(RAD-seq)对莲样本单核苷酸多态性(SNP)检测、遗传多样性和遗传结构分析。结果表明:对116份莲样本简化测序,共得到高质量序列数919915896条、高质量碱基数据128055038010 bp。经单核苷酸多态性检测,共得到535269个单核苷酸多态性标记,构建了邻接法(NJ)系统发育树和群体遗传结构图;系统发育树表明,所有莲样本可分为10个分支,其中48份白洋淀野生莲样本、36份微山湖野生莲样本、6份中国其他地区野生莲样本、4份古代莲样本,泰国、印度等外国野生莲样本共同组成1个伞状分支。遗传结构分析表明,白洋淀和微山湖野生莲居群主体属于同一遗传背景,与系统发育树反映的结果高度一致。说明在大地理范围的外国野生莲作为对照的背景下,白洋淀野生莲居群和微山湖野生莲居群之间未呈现显著遗传分化。

以DNA测序及限制性酶切反应鉴定PCR产物特异性

目的：对PCR产物进行特异性鉴定。方法：采用DNA测序及限制性酶切反应方法。结果：DNA测序可排除PCR产物的假阳性。另一种简便易行的方法是，设计包含某一已知偏位性酶切位点的特异引物进行PCR，通过酶切反应及电泳分析鉴定其特异性。结论：此方法对PCR产物特异性鉴定十分必要。

限制性内切酶酶切确证河豚鱼成分PCR检测结果

动植物成分的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测往往出现假阳性结果,为了有效排除河豚鱼成分检测中出现的假阳性现象,提高检测结果的准确性,应用河豚鱼PCR检测引物进行河豚鱼成分的PCR检测与限制性内切酶NmeAⅢ酶切确证实验。18个供试样品中3个样品无PCR扩增产物,判为阴性结果,15个样品初步判为疑似阳性。应用限制性内切酶NmeAⅢ对疑似阳性样品的PCR产物进行酶切与电泳分析,电泳图谱与河豚鱼阳性对照不同的2个样品,判定为假阳性结果,电泳图谱与阳性对照相同的4个未知学名的河豚鱼加工样品,确证为阳性结果,即检出河豚鱼成分,PCR产物序列经GenBank同源性序列查询比对(BLAST)予以验证,建立了简便的河豚鱼成分PCR检测结果确证方法。

简化基因组测序技术研究进展

随着高通量测序技术的快速发展,简化基因组测序技术作为一种高效标记开发技术得到了广泛应用.现代简化基因组测序技术主要划分成简化代表库、特异性位点扩增片段测序技术以及基于限制性酶切的简化基因组测序技术,针对此3种类型的技术,综述其在群体遗传学、遗传图谱构建及数量性状位点定位等方面的研究进展.

简化基因组测序技术及其在海洋生物研究中的应用

传统开发遗传标记的方法通常会消耗大量的人力、物力和时间,伴随着高通量测序技术的飞速发展,一种高效的标记开发技术即简化基因组测序技术开始得到广泛应用.简化基因组测序技术可以在一次实验中获得成千上万的遗传标记,建库过程简易,成本较低.其通过实验手段降低基因组的复杂度,仅对部分基因组进行测序,随后在该部分获得的基因组开发分子标记.基于酶切的简化基因组测序技术可分为三大类:简化代表库测序、限制性酶切位点相关DNA测序和低覆盖度的分型测序.在海洋生物研究中,简化基因组测序技术已被广泛应用于群体遗传学、系统进化学、适应性进化、遗传图谱构建及数量性状位点定位等研究领域.

PCR-SSCP在检测Leber遗传性视神经病变线粒体DNA突变的应用

目的探讨PCR-SSCP技术检测Leber遗传性视神经病变(LHON)线粒体DNA(mtDNA)3个原发突变的最佳分析条件。方法应用PCR-SSCP技术检测LHONmtDNA,对主要影响SSCP分辨率的聚丙酰胺凝胶的浓度和组成优化分析,并与突变特异性引物PCR(MSP)、限制性片段长度多态性(FRLP)及测序结果相印证。结果80g/L交联度为66:1的非变性聚丙酰胺凝胶能同时检出LHONmtDNA的三个原发致病突变,与MSP、FRLP及DNA测序的结果一致。结论该分析条件简便、快速,能有效地检测LHONmtDNA突变。

烟草基因组知识篇:2.基因组测序

基因组计划的最终目标是获取所研究生物体的全部DNA序列，一般包括三个图谱，即遗传图谱、物理图谱和基因组全序列图谱，并将基因以及其他有意义的特征定位于DNA序列中。人以及模式生物的染色体都不能直接进行DNA测序，因此首先必须将它们随机地“敲碎”（通过限制性内切酶酶切或超声波处理或DNA酶I降解）变成成千上万的小片段，构建成不同水平和类型的基因组文库，

交河故城古车师人的线粒体DNA分析

从距今 2 0 0 0～ 2 5 0 0年左右的交河故城古代人骨中提取古 DNA,用 4对重叠引物对线粒体基因组的调控区 (3 63 bp)进行了扩增及测序 .线粒体基因组编码区的扩增片段用于限制性片段多样性分析 .结果显示4个个体中具有 3个 DNA序列 ,其中来自不同墓穴的两个个体的序列相同 ,说明这两者间有密切的母系遗传关系 .系统发育分析表明古车师的这 4个个体分散分布在现代新疆维吾尔人的序列之中 .从这些结果可以初步得出结论 ,即古车师人群并不是一个同源群体 ,在早期铁器时代 。

3种检测乙型肝炎病毒YMDD变异方法比较及结果分析

目的对检测乙型肝炎病毒（HBV）YMDD变异的3种方法进行比较并分析结果。方法对101例用拉米夫定治疗的HBV感染者，测定其治疗前HBV DNA水平，定期随访，分别以通用模板信号扩增（UT-PCR）、限制性片段长度多态性分析（PCR—RFLP）和DNA测序法检测病毒YMDD变异。结果UT—PCR和PCR-RFLP的检测结果与DNA测序结果的符合率均为98．11％。按治疗前HBV DNA水平分为5×10^2～5×10^4拷贝／mL，5×10^4～5×10^6拷贝／mL，5×10^6～5×10^8拷贝／mL，〉5×10^8拷贝／mL4个组，YMDD变异率分别为10％，12．90％，32．43％和53．85％。YMDD突变后，HBV DNA水平显著降低，其中WDD突变株的HBV DNA水平高于YIDD突变株（P〈0．01）。结论UT-PCR法适合临床检测HBV YMDD变异。乙型肝炎患者用拉米夫定治疗时，病毒DNA水平越高，发生YMDD变异的几率越大。突变株的复制能力低于野生株，YVDD突变株复制能力强于YIDD突变株。

21世纪的大科学——人体基因组的全顺序分析

目前,人体基因组的全顺序分析是个大热点,《21世纪的大科学——人体基因组的全顺序分析》一文详细而又全面地介绍了该领域的研究情况,值得一读。

异型花多态性微卫星标记的开发

异型花是青藏高原特有的一年生草本植物。为了更好地利用和保护这一重要的植物资源,本研究开发了异型花的多态性微卫星标记。首先,基于限制性位点相关DNA测序(RAD-seq)技术,开发了异型花14个多态性微卫星位点和2个单态性微卫星位点的引物;随后,对异型花的3个自然居群的57个个体的14个位点进行了分析。结果显示:14个位点观察到的等位基因数为4~7个,平均为5.071个;期望杂合度范围为0.003~0.312 (平均值为0.194),而观测杂合度范围为0~0.281 (平均值为0.047)。其中,仅有3对引物在龙胆科的椭圆叶花锚中具有通用性。本研究开发的多态标记对研究异型花种群结构和遗传多样性具有重要意义。

基于16S rDNA序列分析研究根腐病三七根内可培养细菌的多样性

目的分析根腐病三七根内可培养细菌的多样性。方法用牛肉膏蛋白胨培养基分离根腐病三七根内的细菌,经细菌通用引物27F/1492R扩增16S rDNA后,分别用Rsa I和Hin6 I限制性内切酶对扩增产物进行酶切,结合限制性片段长度多态性(RFLP)分析方法和DNA测序技术,对分离自根腐病三七根内的细菌进行初步鉴定。结果根腐病三七根内的细菌分属于8个类群,依占总菌数的比例分别是芽孢杆菌属Bacillus 22.47%、无色杆菌属Achromobacter 5.62%、寡养单胞菌属Stenotrophomonas 5.62%、类芽孢杆菌属Paenibacillus 4.49%、鞘氨醇杆菌属Sphingobacterium 1.12%、苍白杆菌属Ochrobactrum 1.12%、不动杆菌属Acinetobacter 1.12%及肠杆菌科的一些属58.43%。结论泛菌属和芽孢杆菌属是根腐病三七根中的两大优势细菌类群。

12个非综合征型遗传性耳聋家系mtDNA12SrRNA,tRNA^(Leu(UUR)),tRNA^(Ser(UCN))及16SrRNA基因序列分析

目的 探讨 mt DNA突变与遗传性耳聋的关系 ,以及突变家系对氨基糖甙类抗生素(aminoglycoside antibiotic,Am An)耳毒敏感性差异的原因。方法 调查了 12个非综合征型耳聋家系 ;抽取外周血 ,提取 DNA;PCR扩增线粒体 DNA(mitochondrial DNA,mt DNA)目的片段 ,分别以 Alw2 6 、Apa 及 Xba 限制性内切酶检测 15 5 5 G、32 43G及 744 5 G 点突变 ;行 mt DNA 12 S r RNA、t RNALeu(UUR) 、t RNASer(UCN)及 16 S r RNA基因序列测定。结果 经酶切及测序证实 12个家系具有 mt DNA突变 ,形式为 :15 5 5 G突变家系 10个 ,744 5 G突变家系 2个 ,未发现 32 43G 突变家系。基因测序显示 mt DNA 16 S r RNA基因序列变化形式为 :2 2 30 G点突变、2 2 30 AG插入、2 2 43AG插入及 2 2 30 AA插入突变 ,它们在家族性 Am An耳毒敏感性家系中被发现 ,且呈母系遗传 ;在 Am An不敏感家系中未被发现。结论 单纯 15 5 5 G或 744 5 G突变家系表现为无诱因的渐进性遗传性耳聋或先天性聋 ;15 5 5 G或 744 5 G突变合并 16 S r RNA基因突变者对Am An高度敏感 ,表现为家族性敏感致聋。

无创产前筛查阳性病例回顾性研究

目的探讨基于胎儿游离DNA高通量测序的无创产前检测技术在染色体非整倍体检测中的应用价值。方法选取2015年4月至2018年6月佛山市妇幼保健院行无创产前检测20 811例,对无创检测结果异常的孕妇建议介入性产前诊断和核型分析或基因芯片检测。结果检出21/18/13三大染色体高风险130例(0.62%),性染色体异常111例(0.53%),其他常染色体异常73例(0.35%),总检出率1.51%(314/20 811)。231人在知情同意下行介入产前诊断,21/18/13三体阳性预测值分别为81.43%、76.92%、41.67%,性染色体和其他常染色体阳性预测值为60.26%、17.78%。结论无创产前检测技术对于21/18/13和性染色体有较高的检出率和阳性预测值,被高龄和辅助生殖技术孕妇广泛接受,具有良好的临床应用前景。

表观遗传学研究方法进展

表观遗传调控是基因表达调控的重要组成部分,已成为当前研究的热点。目前其研究主要集中在DNA甲基化和组蛋白修饰。针对这两种表观修饰,其研究方法也取得了较大进展,一方面方法的灵敏度和特异性都在不断提高;另一方面表观修饰的检测正在逐步从定性检测向定量分析方向发展,从个别位点向高通量检测发展。此外,新一代测序技术的应用将大大推动表观遗传研究的发展,包括单分子实时测序法、单分子纳米孔测序法等。综述目前常用的DNA甲基化、组蛋白修饰研究方法以及最新的单分子测序技术,并对它们在表观遗传修饰检测中的应用作了简要对比分析。

葡萄糖6磷酸酶基因热点突变检测结合1176多态位点连锁分析快速产前诊断Ia型糖原累积病

目的探讨中国人Ia型糖原累积病简便、快速、准确的产前诊断方法。方法通过限制性内切酶图谱分析了葡萄糖6磷酸酶(glucose-6-phosphatase,G6Pase)基因727G→T和R83H的突变,并结合1176位点单核苷酸多态性连锁分析,对3个Ia型糖原累积病家系进行了基因诊断和产前诊断。对发现的突变及1176位点多态性用DNA测序证实。结果3个家系先证者G6Pase基因的2个等位基因均携带727G→T突变,分别来自其父母。家系1和3胎儿为727G→T突变杂合子;家系2胎儿不携带该突变。1176位点单核苷酸多态性分析显示,3名胎儿1176位点单核苷酸多态性与3名先证者不同。DNA直接测序结果与限制性内切酶图谱分析结果相符。家系1和家系2胎儿已出生,并证实与产前诊断结果相符。结论通过限制性内切酶酶切法筛查727G→T和R83H突变结合1176位点单核苷酸多态性连锁分析可简便、快速、准确地诊断和产前诊断Ia型糖原累积病。

HOGG1基因特异性锤头状核酶表达载体的构建及其在细胞中表达的研究

目的 :设计并合成人 8-羟基鸟嘌呤 -DNA糖苷酶 (HOGG1)特异性的锤头状核酶 (hammerheadribozyme)基因并构建其真核表达载体。初步探讨其在A5 4 9细胞中的瞬时表达效应。方法 :运用计算机软件人工设计并合成核酶基因 (RZ) ,将核酶基因克隆到真核表达载体pcDNA3 1(+)中 ,阳性重组子由BamHI和EcoRI酶切 ,琼脂糖凝胶电泳鉴定及DNA测序证实。大量抽提阳性重组子并在非脂质体转染试剂FuGENE 6的介导下引入人肺腺癌细胞株A5 4 9,RT -PCR(逆转录多聚酶链反应 )法半定量检测转染细胞中HOGG1mRNA表达的改变。结果 :经酶切电泳及DNA测序证实合成的核酶基因序列正确并已被准确克隆入pcDNA3 .1(+)的BamHI和EcoRI酶切位点之间 ,命名为pcDNA3 .1(+) -RZ。经RT -PCR法检测到转染核酶的靶细胞中HOGG1mRNA表达下降 36 % ,与空白细胞组差异有显著性。结论 :成功合成HOGG1特异性的锤头状核酶基因并构建了该基因的真核表达载体。核酶在A5 4 9细胞内对靶基因HOGG1具有抑制其表达的作用。

流行性乙型脑炎病毒结构蛋白编码基因的重组构建

目的:建立流行性乙型脑炎病毒(JEV)C、prME,E等结构蛋白编码基因克隆。方法:病毒感染C6/36细胞,RT-PCR法依次获取该病毒结构蛋白基因并进行DNA测序分析,PCR克隆法将PCR产物分别构建于真核表达载体pcDNA 3.1的BamH I与EcoR I酶切位点并依次命名为pJC、pJME与pJE,通过DNA测序、电泳以及限制性内切酶分析加以鉴定。结果:JEV C、prME与E基因片段分别为380、2 001以及1 500 bp,各基因测序结果与发表的JEV JaGAr-01株相对应序列相一致,从重组质粒释出的插入子分别与各基因大小相符合。结论:pJC、pJME与pJE重组质粒分别含有C、prME与E蛋白编码基因。

中国汉族人群vWF基因G2805A多态性研究

为研究中国汉族人群vWF基因G2805A多态性特点,应用PCR-DGGE技术结合Nla Ⅳ酶切分析,研究了60名中国汉族人120条染色体vWF基因G2805A的等位基因发生频率及杂合情况,并对28例DGGE电泳行为异常中的4例进行了DNA序列分析。结果发现,在中国汉族人群中存在vWF基因G2805A多态性,其等位基因发生频率分别为0.73(G)和0.23(A),理论杂合率为0.39,实际杂合率为0.40。这表明vWF基因G2805A多态性在中国汉族人群中具有较高的理论杂合率,可用于血管性血友病的遗传咨询和产前诊断。