古矿井区域酸性矿坑水微生物群落的多样性

通过生态群落16S rRNA基因库的重建并采用限制性酶切长度多态性(RFLP)分析的方法,对铜绿山铜矿酸性矿水中微生物群落的多样性进行研究。通过RFLP对扩增出的327个16S rRNA PCR产物进行分析,对44个16S rRNA的克隆子进行测序。每个样点各有2～6个主要操作分类单元,这些操作分类单元所对应的克隆子数分别占各样点克隆子总数的56.3%～69.6%。93.8%的克隆子序列与现在的数据库中序列相似性大于90%。样点酸性矿坑水主成分分析与系统发育分析结果显示:在低pH值、高离子浓度的样点tls1与tls2中多数克隆子属于gamma-Proteobacteria(主要为Acidithiobacillus ferrooxidans)和Nitrospira科(主要为Leptospirillum);而在较高pH值、低离子浓度的样点tls3的克隆子多属于gamma-Proteobacteria(没有A.ferrooxidans)和alpha-Proteobacteria。在古矿井区域酸性矿坑水中微生物群落的多样性很低,生物地球化学特性相近的酸性矿坑水由具有相近的微生物群落组成。

湖南岳阳洞庭湖3个样点的表层水体细菌多样性研究

从湖南岳阳南湖、同联药业和城陵矶等3个洞庭湖样点采集表层水样,分别编号为NH、TL和CL.在进行水样元素成分分析的同时,采用扩增rDNA限制性酶切片段分析(Amplifed Ribosomal DNA Restriction Analysis,ARDRA),对上述水样中的细菌多样性进行研究.3个样品共挑出234个克隆子进行酶切,得到135个可操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs),并对其中14个优势克隆子进行测序.系统发育分析显示洞庭湖岳阳段水样中微生物群落具有丰富的多样性,其中:NH样品中的优势菌是Flavobacteriumsp和Pseudomonas sp,分别占22.4%和11.2%;CL样品中的优势菌为Catellibacterium和Acinetobacter,分别占9.6%和8.2%;而样品TL中的优势菌则为属于β-Proteobacteria的一个新菌株,占11.1%.

非培养方法在土壤微生物生态学研究中的应用

由于有相当数量的土壤微生物是目前不可培养的 ,因此利用传统培养技术来研究土壤微生物 ,不仅费时费力 ,所得到的结果可能和真实的情况相差甚远。近年来发展了三类不需培养的方法来研究土壤微生物的种类和数量 ,这些方法大体上分为生物化学、生理学和分子生物学三类。生物化学方法主要根据细胞膜磷脂酸 (PLFA)的种类和数量来判定微生物的多样性 ;BIOLOG微量板分析系统是生理学方法的代表 ,它主要是根据土样细胞悬液对 95种单一碳源的利用模式来说明群落结构的变化 ;分子生物学方法是发展应用最广的方法 ,基本步骤是提取土壤的总DNA ,然后用通用引物或选择性高的引物来扩增 16SrRNA基因。由于对扩增产物分析方法的不同 ,该方法又可分为PCR DGGE ,PCR RFLP等。最近在PCR RFLP基础上发展起来的T RFLP分析方法 ,将微生物的多样性分析工作同RDP(ribosomaldatabaseproject)数据库结合 ,充分利用了Internet的数据资源共享的优势 ,具有分辨率高 ,可实现自动化等优点 ,是未来土壤微生物生态学研究的有力工具。

RFLP分子标记及其在蔬菜研究中的应用

RFLP技术是一种高效的基因组DNA多态性分析技术,其原理是用限制性内切酶切割不同个体基因组DNA后,检测含同源序列的酶切片段在长度上的差异,具有可靠性较高,但操作烦琐、信息含量低等特点。本文综述了RFLP分子标记技术在蔬菜分类学及遗传多样性研究、遗传图谱构建、基因定位、分子标记辅助育种方面的应用情况,并对其应用前景进行了展望。

辣椒素受体基因多态性与肠易激综合征的相关性

目的:探讨辣椒素受体(transient receptor potential vanilloid-1,TRPV1)基因多态性与肠易激综合征(irritable bowel syndrome,IBS)的相关性.方法:以罗马Ⅲ诊断标准纳入病例73例,正常对照65例,采用聚合酶链反应限制性酶切片段多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)方法对研究对象进行TRPV1的基因型和等位基因分析,并对突变的纯合基因型进行直接测序.结果:测出3种TRPV1基因型:CC型、CT型、TT型.IBS组CC基因型的频率明显高于对照组(25vs10,χ2=6.858,P=0.032),等位基因C的频率IBS组明显高于正常对照组(93vs67,χ2=4.174,P=0.041),IBS组与对照组之间有统计学差异(P<0.05),TT基因型的测序结果与预期相符合.结论:TRPV1基因多态性可能影响个体对IBS的遗传易感性以及IBS患者的内脏高敏感性,表现为CC基因型及等位基因C的个体对IBS易感,他有望成为IBS治疗的一个靶点.

幽门螺杆菌PCR-RFLP分型的研究

目的:建立幽门螺杆菌PCR检测及RFLP分型方法。方法:用PCR扩增幽门螺杆菌(HP)尿素酶C基因,扩增产物用HindⅢ酶切分析。结果:35株HP分为4种酶切谱型:Ⅰ型19株(54％),Ⅱ型11株(31％),Ⅲ型4株(11％),Ⅳ型1株(3％)。结论:该方法重复性好,分辨力高,可有效地对HP作出鉴定并将其分型。对HP感染的传染源、传播途径及复发原因的探讨具有重要意义。

分子鉴定技术在中药中的应用

对近些年来兴起的分子鉴定技术进行了分析总结,主要包括随机扩增多态性DNA(RAPD)、扩增性简单序列重复(ISSR)、限制性内切酶切片段长度多态性(RFLP)、扩增限制性内切酶片段长度多态性(AFLP)、单核苷酸多态性(SNP)、DNA条形码序列分析等技术。从中药材真伪鉴定、中药材正品与替代品鉴定、中药材多基原鉴定和遗传多样性、中药材产地鉴别、中药材年限鉴别5个方面对分子鉴定技术在中药中的应用进展进行了归纳总结,阐述了分子鉴定技术存在的一些问题及其未来的发展方向。