DNA限制酶切位点的似近分析及猕猴属五个种间进化关系初探

谭远德(1991)在相似(相关)分析的基础上发展了一种称为似近分析方法。之后,谭远德和吴昌谋(1993)将这一方法成功地用于鱼类的核型分类;吴昌谋(1996)和姚世呜等(1996)亦将其运用于蝗虫的核型分类,获得较好的分类结果。王晓佳和谭远德(1994)对似近分析进行拓广,建立了多维似...

扩增引进限制性酶切位点技术检测CYP2C9基因的多态性

建立了一种简便、快速、准确的检测CYP2C9基因Arg144Cys位点和Ile359Leu位点多态性的新方法.该方法采用与模板具有1个碱基错配的引物通过PCR在扩增产物中引进限制性酶切位点,即扩增引进限制性酶切位点(amp lification-created restriction sites,ACRS),其中通过上游引物在扩增Arg144Cys位点的片断中引入AvaⅡ切点,使得野生型基因CYP2C9*1和突变型基因CYP2C9*2的PCR产物中分别含有2个和1个AvaⅡ切点;通过下游引物在扩增Ile359Leu位点的片断中引入MvaⅠ切点,使得野生型基因CYP2C9*1和突变型基因CYP2C9*3的PCR产物中分别含有1个和2个MvaⅠ切点.将来自Arg144Cys位点和Ile359Leu位点的PCR产物各取一份测序,表明错配碱基成功引入PCR产物中.将包含Arg144Cys位点的PCR产物用AvaⅡ消化,将包含Ile359Leu位点的PCR产物用MvaⅠ消化,然后通过聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染进行基因分型.由于野生型基因和突变型基因的PCR产物中都至少含有1个酶切位点,能完全避免因限制性核酸内切酶失活或酶切不完全而导致的基因分型错误.

限制性酶切位点查找程序ResFinder的设计与开发

限制性酶切位点查找程序 Rse Finder是用 Borland C++Bulider开发的 Win32中文程序 ,其可自动快速查找出已知DNA序列中 10 0种以上的限制性酶切点 ,标明其在序列中的位置 ,为相关分子生物学研究提供方便。本文对其功能和实现进行阐述。

应用限制性酶切位点相关DNA测序技术(RAD-seq)检测白洋淀和微山湖野生莲多样性

采集莲(Nelumbo Adans.)样本共127份,其中:白洋淀野生莲居群样本60份、微山湖居群样本45份、对照样本共22份(黑龙江、吉林、辽宁、内蒙、湖南、四川野生莲样本6份,古代莲样本4份,莲栽培品种样本5份,泰国、印度、越南、澳大利亚的野生莲样本5份,美洲莲、亚美杂交莲样本各1份)。采用限制性酶切位点相关DNA测序技术(RAD-seq)对莲样本单核苷酸多态性(SNP)检测、遗传多样性和遗传结构分析。结果表明:对116份莲样本简化测序,共得到高质量序列数919915896条、高质量碱基数据128055038010 bp。经单核苷酸多态性检测,共得到535269个单核苷酸多态性标记,构建了邻接法(NJ)系统发育树和群体遗传结构图;系统发育树表明,所有莲样本可分为10个分支,其中48份白洋淀野生莲样本、36份微山湖野生莲样本、6份中国其他地区野生莲样本、4份古代莲样本,泰国、印度等外国野生莲样本共同组成1个伞状分支。遗传结构分析表明,白洋淀和微山湖野生莲居群主体属于同一遗传背景,与系统发育树反映的结果高度一致。说明在大地理范围的外国野生莲作为对照的背景下,白洋淀野生莲居群和微山湖野生莲居群之间未呈现显著遗传分化。

鳜胰蛋白酶基因外显子3上SNP G169A位点鉴定和四种不同检测方法的比较

采用PCR产物直接测序法(DS)对鳜(Siniperca chuatsi)胰蛋白酶基因(TRY)进行单核苷酸多态性(SNPs)分析,发现外显子3上的G169A多态性。对312个样品进行分析,共发现三种基因型GG、GA、AA,其基因型频率分别为0.26、0.54、0.20,两个等位基因G和A的基因频率分别为0.53和0.47。用创造限制性酶切位点法PCR(CRS-PCR)、单管双向等位基因专一性扩增(SB-ASA)和单链构象多态性分析(PCR-SSCP)对该SNP位点进行验证。结果表明,CRS-PCR法不能对该SNP位点分型,PCR-SSCP和SB-ASA法可以且准确度分别为100%和96.67%。

大口黑鲈内含子1上SNP G208A的CRS-PCR检测方法

创造限制酶切位点PCR法是应用引物错配技术结合单核苷酸多态性(SNP)而配合成一个酶切位点,使SNP可用于PCR-RFLP分析的一种方法。应用CRS-PCR技术检测了大口黑鲈(Micropterus salmoides)IGF-I基因内含子1上SNPG 208A的多态性,并详述了CRS-PCR错配引物的设计方法,CRS-PCR引物设计和应用的注意事项,以促进CRS-PCR单核苷酸多态检测方法在水产动物研究领域的应用。

简化基因组测序技术研究进展

随着高通量测序技术的快速发展,简化基因组测序技术作为一种高效标记开发技术得到了广泛应用.现代简化基因组测序技术主要划分成简化代表库、特异性位点扩增片段测序技术以及基于限制性酶切的简化基因组测序技术,针对此3种类型的技术,综述其在群体遗传学、遗传图谱构建及数量性状位点定位等方面的研究进展.

简化基因组测序技术及其在海洋生物研究中的应用

传统开发遗传标记的方法通常会消耗大量的人力、物力和时间,伴随着高通量测序技术的飞速发展,一种高效的标记开发技术即简化基因组测序技术开始得到广泛应用.简化基因组测序技术可以在一次实验中获得成千上万的遗传标记,建库过程简易,成本较低.其通过实验手段降低基因组的复杂度,仅对部分基因组进行测序,随后在该部分获得的基因组开发分子标记.基于酶切的简化基因组测序技术可分为三大类:简化代表库测序、限制性酶切位点相关DNA测序和低覆盖度的分型测序.在海洋生物研究中,简化基因组测序技术已被广泛应用于群体遗传学、系统进化学、适应性进化、遗传图谱构建及数量性状位点定位等研究领域.

柱花草核rDNA的ITS1序列分析

首次对42个柱花草种质的ITS1序列进行了比较分析。结果表明：42个炭疽病敏感与抗病柱花草种质的ITS1序列长度变化范围为302～314bp，G＋C含量的变化范围为44％～45％；在它们的ITS1序列中，有8个插入位点，13个缺失位点，68个变异位点；并在15个限制性酶切位点上也存在差异；种质间的遗传分化距离变异范围为0．006～0．053，平均值为0．021。呆用非加权成对平均数法（UPGMA）构建了聚类树系图，42个柱花草种质可分为两大类、15个小类。该结果较好地反映了这些种质的差异。

Ig重、轻链联合基因文库制备基因工程抗体

单克隆抗体技术自问世以来,在疾病诊断、治疗和预防方面都取得了很大进展,但这种鼠类单抗在用于人体内治疗时则面临着巨大的挑战。病人会产生人抗鼠抗体而降低疗效,甚或出现类似血清病的严重反应。而人-人杂交瘤技术至今尚无重大突破,故近年来诸多学者转向采用基因工程技术制备单克隆抗体。现已成功的有:①嵌合抗体;

泡桐高密度分子遗传图谱的构建

以毛泡桐Paulownia tomentosa为母本、白花泡桐Paulownia fortunei为父本进行正反交,以杂交获得的子一代(F1)构建泡桐连锁图谱的作图群体,选取限制性内切酶EcoRI对185个样品的基因组进行酶切,利用Illumina Hiseq2000测序平台进行RAD测序建库,以白花泡桐基因组为参考,采用SOAP2软件进行序列比对,利用筛选到的单核苷酸多态性SNP(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)位点对该群体进行基因型分析,使用Joinmap version 4.0软件构建泡桐连锁遗传图谱。结果表明:利用RAD测序技术共获得551894个SNP标记,构建了含20个连锁群的泡桐遗传连锁图谱,该图谱的总图距为2050.77cM,标记间平均图距为0.58cM,图谱预期长度为2064.29cM,图谱基因覆盖度为99.35%。本研究构建的泡桐连锁遗传图谱具有高精度和覆盖泡桐基因组完整(构建连锁群数目等于泡桐单倍体基因组染色体的数目)的优点,为泡桐分子育种学研究奠定了基础。

利用退火反应产生粘性末端的基因克隆新方法

目的通过引物设计和退火反应产生内切酶的粘性末端,旨在开发一种高效、简单、可靠的分子克隆方法。方法选定限制性内切酶(平末端或者粘性末端)设计3条或4条引物,同时进行两次独立的聚合酶链式反应(PCR),随后把两次PCR产物回收后混在一起经过解链退火,再将其与双酶切的载体质粒进行连接反应,最后转化即可得到目的克隆。结果利用此方法成功一次性将若干靶基因(P90rsk、Nprl2、Mios、Ragc、S6k、Pkca)构建在经Eco RV和Not I双酶切后的pcDNA3.1(+)载体上,经酶切及测序验证。结论该方法无需考虑靶基因内部是否存在酶切位点,可省去PCR产物酶切及之后的纯化回收过程,可快速并准确地克隆目标基因。

一种简单易行的重组方法——三引物PCR法

报道了一种不需要限制性内切酶和连接酶的重组DNA方法——三引物PCR法（TP-PCR）.TP-PCR反应体系中有2种模板和3种引物,从而在同一个反应体系中产生一个重组DNA分子.这种方法的主要优点是快速、高效且不依赖连接片段的限制酶位点.用这种方法已成功构建了融合蛋白基因——sck基因.