玉米双胚苗及其随机多态性DNA分析

利用中国原子能科学研究院HI 13串列加速器产生的12C重离子辐照玉米自交系478干种子,在经20Gy剂量辐射的M1代中产生了一株双胚苗。应用随机多态性DNA(RAPD)分析技术,观测到双胚苗的大、小苗之间及其与亲本自交系478在RAPD指纹上存在着差异,从分子水平上初步证实了双胚苗为自交系478的变异类型。

长期住院老年患者铜绿假单胞菌随机扩增DNA多态性分型研究

目的 了解长期住院老年患者肺部感染铜绿假单胞菌 (PA)的分子流行病学特征 ,为临床防治提供依据。方法 建立 PA随机扩增 DNA多态性 (RAPD)指纹图基因分型方法 ,对与流行病学相关或不相关 34株菌株的基因分型。结果 采用同一反应体系 ,30株临床分离株和 2株不相关株产生稳定 RAPD特异带型 ,分型率为 94 .12 % ,长期住院的同一患者不同时期或不同患者同一时期 PA的 RAPD谱型存在差异。结论 RAPD指纹图基因技术分型率高 ,分辨率强 ,简便快捷 ,可在分子水平上对老年人长期住院感染 PA提供病原学及流行病学的研究方法。

克罗诺杆菌的随机多态性扩增DNA(RAPD)基因分型研究

研究了克罗诺杆菌标准菌株和样品中分离菌株的分子特征,为克罗诺杆菌的种间鉴别和分子溯源提供一种有效手段。采用随机引物扩增多态性DNA分析对38株菌株进行基因分型。筛选出1条随机引物,每一菌株可扩增出1～7条DNA片段,片段在400-3500bp,可将8株标准菌株的种间区分开来。以相似性50%为标准,38株克罗诺杆菌按照其遗传差异可以分为8个基因型类群。所建立的RAPD技术可用于克罗诺杆菌的种间鉴别和分子溯源研究。

枇杷栽培种的随机扩增DNA多态性(RAPD)研究

运用RAPD(RandomAmplifiedPolymorphicDNA)分析技术 ,对江苏省常绿果树研究中心 16个枇杷(E .japonicThunbLindl)品种的基因组DNA进行了分析 ,从 5 0个随机引物中筛选出 19个引物 ,可从各个品种的基因组DNA扩增出谱带 ,总数为 2 33个 ,其中多态性DNA片段 176个 ,公共性DNA片段 5 7个 ,表明这些枇杷品种间存在着丰富的遗传多样性。根据DNA片段的电泳结果 ,计算出品种间遗传相似系数及遗传距离 ,应用UPG MA方法建立了品种遗传关系的系统树 ,将 16个品种分成 5类。从随机引物中筛选出 2个随机引物能从各个品种的基因组DNA扩增出DNA片段 ,在 16个枇杷品种中 2个引物扩增出 19个DNA片段 ,其中 3个为公共 ,16个为多态性或单态性DNA片段。这些结果可为枇杷品种鉴定、分类、亲缘关系确立及品种选育中杂交组合亲本选配提供一定的依据。

重症监护室内鲍曼不动杆菌随机扩增DNA多态性分型研究

目的 建立鲍曼不动杆菌随机扩增 DNA多态性 (RAPD)分型技术 ,以用于临床菌种鉴定及流行病学调查。方法 收集 6个月内从 ICU内分离出的 14株鲍曼不动杆菌 ,提取 DNA后进行 RAPD分型 ;同时进行生物学分型和抗生素敏感性实验。结果 14株菌株被分为 5种 RAPD型 ,其中有 5株属于同一种类型 (A型 ) ,有 6株属于另外同一种类型 (B型 ) ,其他 3株分别属于另 3种不同类型 (C、D、E型 ) ;而生物学分型只有两种类型 (生物型1、9) ;抗生素敏感性实验表明 14株菌株均为仅对亚胺培南 /西司他丁 (泰能 )、头孢哌酮 /舒巴坦 (舒普深 )等少数几种抗生素敏感的多重耐药菌株。结论 ICU内存在鲍曼不动杆菌暴发流行 ,RAPD分型技术分型率高、分辨力强、简便快速 。

随机扩增DNA多态性技术在粘质沙雷菌分型研究中的应用

目的 应用随机扩增DNA多态性 (RAPD)技术对医院感染的粘质沙雷菌进行基因分型。方法 对心外科ICU病房 5例术后发热患者血液中分离出的粘质沙雷菌 ,用VITEK细菌全自动分析仪进行系统生化鉴定 ,K B纸片扩散法进行药敏试验 ,用 2条不同的随机引物进行RAPD基因分型。结果 5株粘质沙雷菌药敏谱全部一致 ,2条随机引物中一条引物未能分型 ,另一条引物可分为 2个基因型。其中 ,4株菌扩增出相同带谱 ,为同基因型 ;1株菌有独特的带谱为另一种基因型。结论 本次调查的 5株粘质沙雷菌有 2种RAPD基因型 ,其中 4株为相同基因型 。

随机引物扩增DNA多态性技术在分析金黄色葡萄球菌和肺炎杆菌多态性中的应用

金黄色葡萄球菌和肺炎杆菌是医院内感染的主要条件致病菌 ,常常引起院内感染及暴发流行。本实验以一条含 10bp的随机引物将 5 2株肺炎杆菌和 2 8株金黄色葡萄球菌的DNA进行随机引物扩增DNA多态性 (RAPD)扩增 ,进行多态性分析 ,得到不同的带谱 ,在肺炎杆菌中存在很强的多态性 ,出现了 41种带型 ,通过肺炎杆菌间相似系数计算 ,绘制出表达菌株亲缘关系的系统树 ,图中可见各菌间的相似系数 ,5 2株菌分成 7个型 ;金黄色葡萄球菌出现了三条特征带。本实验说明RAPD技术能够追溯传染源 。

番茄随机扩增DNA多态性体系的条件优化

利用改进的SDS法提取代号为03748的栽培番茄叶片基因组DNA。对影响番茄随机扩增DNA多态性(RAPD)扩增结果的因素进行了分析,确定了模板、Mg2+、dNTPs、引物和TaqDNA聚合酶的适宜浓度及反应的最佳循环次数。实验结果表明,在以下条件下,番茄的RAPD扩增效果较好:20μL反应体系中使用20～40ng的模板、1.5～2.0mmol/L的Mg2+、0.15～0.20μmol/L的dNTPs、0.15～2.0μmol/L的引物、1.0U的TaqDNA聚合酶;94℃预变性5min,然后经94℃变性1min、36℃1min、72℃1.5min,进行35个循环,最后在72℃时再延伸10min。

铜绿假单胞菌随机扩增DNA多态性基因分型研究

利用微量液体稀释法进行药敏检测和RAPD技术进行基因分型,调查了铜绿假单胞菌在临床各科中的流行情况,以期建立稳定的临床检测系统,在控制院内感染的流行病研究中发挥更大的作用.结果表明耐药谱分6型,Ⅰ型占44.5%,Ⅱ型占18.5%,Ⅲ型占7.4%,Ⅳ型占7.4%,Ⅴ型占11.1%,Ⅵ型(不定型)占11.1%;RAPD分9型,A型占51.9%,B型占7.4%,C型占7.4%,D型占7.4%,E型占7.4%,F型占3.7%,G型占3.7%,H型占7.4%,I型占3.7%.说明基因型A型、耐药谱Ⅰ型的铜绿假单胞菌是此次ICU医院感染暴发流行的菌株,其他型别为非流行相关菌株.比较结果还说明RAPD基因分型的灵敏性、特异性及可靠性优于耐药谱分型,在医院感染流行病学调查中具有较大的应用价值.

随机扩增DNA多态性技术在A组链球菌分型上的应用

目的 了解A组乙型溶血性链球菌的基因分型状况。方法 采用随机扩增多态性DNA技术 (RandomamplifiedpolymorphicDNA ,RAPD) ,对 1988～ 1994年度 ,从广东城市和农村 ,1993～ 1994年度 ,从湖北、吉林 9～ 11岁学龄儿童分离的 179株GAS进行RAPD分析。结果 ①同一T型的菌株有特征性条带 ,但有些亚型带型间差异较大 ;②不同T型间可有相同的带型 ;③分型率比T分型高 ,达到96 6 % ;④有主导RAPD型菌株流行的情况存在。结论 RAPD方法对GAS分型及流行病学中有一定的应用价值 ,可以区别同一血清型不同地区来源的GAS。

铜绿假单胞菌随机扩增DNA多态性基因分型研究

目的:调查铜绿假单胞菌在临床各科中的流行情况,以期建立稳定的临床检测系统,在控制院内感染的流行病研究中发挥更大的作用。方法:用微量液体稀释法进行药敏检测,用RAPD技术进行基因分型。结果:耐药谱分6型,Ⅰ型占44·5%,Ⅱ型占18·5%,Ⅲ型占7·4%,Ⅳ型占7·4%,Ⅴ型占11·1%,Ⅵ型(不定型)占1·1%;RAPD分9型,A型占51·9%,B型占7·4%,C型占7·4%,D型占7·4%,E型占7·4%,F型占3·7%,G型占3·7%,H型占7·4%,I型占3·7%。结论:基因型A型、耐药谱Ⅰ型的铜绿假单胞菌是此次ICU医院感染暴发流行的菌株,其它型别为非流行相关菌株。RAPD基因分型的灵敏性、特异性及可靠性优于耐药谱分型,在医院感染流行病学调查中具有较大的应用价值。铜绿假单胞菌对哌拉西林、头孢唑啉、头孢呋肟耐药率高;对喹诺酮类抗生素较敏感;对氨基糖甙类抗生素有一定的耐药性;亚胺培南的耐药率最低。

随机扩增的多态性DNA分析在Hp菌株鉴定中的应用

目的:建立一种快速准确鉴定不同Hp菌株的RAPD分析方法,并评价其在区分Hp复发和再感染中的应用价值。方法:用苯酚—氯仿方法提取Hp DNA,以一个10nt的寡核苷酸为引物,建立Hp PCR扩增体系,所得PCR产物以2％琼脂糖凝胶电泳分析(RAPD分析),以50株临床分离的Hp菌株检测该方法的重复性。对4例十二指肠溃疡伴Hp感染者在三联治疗前后及根除后一年内再现的Hp菌株进行RAPD分析,鉴别复发和再感染。结果:(1)同-Hp菌株于不同时间进行的2次RAPD分析,所得的PCR产物完全一致,说明该方法具有良好的可重复性。(2)50株不同的Hp菌株各产生不同的RAPD图谱,可按此图谱的不同将它们区分开来。(3)对4例十二指肠溃疡伴Hp感染者在治疗前及治疗后1年再现的菌株的RAPD分析,发现3例患者的菌株具有相同的RAPD图谱,证实为原菌株的复发,而1例患者的菌株则产生不同的RAPD图谱,推测为新菌株的再感染。4例患者随访1年均为十二指肠溃疡复发。结论:RAPD分析只需单一的随机引物,方法简便、快速、经济、重复性好,可用于区分不同来源的Hp菌株,特别对治疗前后再现的菌株复发和再感染的鉴别更具临床应用价值。

黏质沙雷菌随机扩增DNA多态性DNA分型

目的明确同一时间段先后分离自同一病房2例患者的两株黏质沙雷菌是否属于同源菌。方法应用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术对同一时间段先后自同一病房2例患者痰液标本中分离得的2株黏质沙雷菌进行RAPD基因多态性分析。结果2株黏质沙雷菌扩增出2条不同的电泳带谱。结论2株黏质沙雷菌为不同的RAPD基因型,非同源菌。

细菌随机扩增DNA多态性反应体系优化

目的:对RAPD的反应体系进行优化,以期建立稳定的临床检测系统,在控制院内感染的流行病研究中发挥更大的作用。方法:用RAPD技术进行基因分型。结果:引物浓度:浓度为0·5μmol/L时扩增最好。DNA模板:浓度在0·50ng/μl、2ng/μl均得到了良好的扩增效果。镁离子浓度:在2·0mmol/L、4mmol/L时扩增效果较好。退火温度:在30℃时扩增条带最清晰。循环参数:在35、45个循环时扩增效果均好。结论:本试验对RAPD反应条件进行优化,建立了较稳定的临床检测体系。

新疆桑种质资源随机扩增DNA多态性(RAPD)研究

选用重复性较好的 10个随机引物对保存于新疆的 16份桑种质材料进行了RAPD分析 ,共获得 139个RAPD标记。UPGMA聚类图和材料间的遗传距离显示 :新疆的药桑独聚为一类 ,与其它材料的遗传距离在 0 75 0以上 ;皮木 1号与其它材料也有较大的遗传距离 ,在 0 5 0 0以上 ;其余的 10份材料聚为一类 ,相互间的遗传距离均在0 5 0 0以下 ;92 0 4和 94 0 8等创新种质与杂交亲本西庆 1号、西庆 2号、洛玉 1号、洛山 1号有较高的相似系数。

金黄色葡萄球菌所致食源性疾病分离株的多态性分析

目的对一起食源性疾病的病原学进行检测和分析。方法按照相关卫生检验标准对食源性疾病患者肛拭、呕吐物、剩余食品等26份检材进行致病菌检测,并对所分离的菌株进行随机扩增DNA多态性分析。结果从2名患者肛拭子、吃剩的相关食品中分离到8株产A型肠毒素的金黄色葡萄球菌,其中两份食品直接检出A型肠毒素,RAPD图谱显示8株金黄色葡萄球菌可分成2个基因型。结论结合流行病学调查资料、临床资料、病原学鉴定及随机扩增DNA多态性分析结果,证实该起食源性疾病是由于进食金黄色葡萄球菌污染的食品所致。

神经外科病房金黄色葡萄球菌的耐药性及MRSA基因多态性研究

目的了解某院神经外科病房金黄色葡萄球菌的耐药性及耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)分子流行病学特点。方法采用纸片扩散法检测2008-2011年从神经外科住院患者分离的金黄色葡萄球菌254株的耐药性,MRSA的鉴定采用头孢西丁纸片扩散法和检测femA、mecA基因的双重PCR方法;采用随机引物多态性技术(RAPD)对分离的32株MRSA做同源性分析。结果神经外科病房MRSA的分离率92.9%,对万古霉素、替考拉宁和利奈唑胺的敏感率为100%,对复方新诺明和克林霉素的敏感率分别为82.3%和74.4%,对左氧氟沙星、环丙沙星、红霉素和青霉素耐药率均大于95%;32株MRSA的RAPD图谱有4种类型(Ⅰ-Ⅳ型),Ⅰ型20株(62.5%),Ⅱ型7株(21.9%),Ⅲ型3株(9.3%),Ⅳ型2株(6.2%)。结论某院神经外科病房存在基因型为Ⅰ型的MRSA菌株的暴发流行。

海南岛4种常见蜚蠊遗传多态性的初步研究

目的探讨海南岛常见蜚蠊遗传多态性,寻找蜚蠊分类的分子标记。方法采用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术对美洲大蠊、澳洲大蠊、黑胸大蠊和褐斑大蠊进行随机扩增,分析DNA图谱、计算遗传距离并绘出亲缘关系聚类图。结果筛选出4条随机引物,扩增出122个条带,其中多态性条带占71.31%。根据RAPD图谱计算出4种蜚蠊间的遗传距离,以澳洲大蠊和黑胸大蠊间遗传距离最短,褐斑大蠊和美洲大蠊间距离最长。根据4种蜚蠊遗传距离构建出的系统聚类图中,黑胸大蠊先与澳洲大蠊聚成一簇,再与褐斑大蠊、美洲大蠊相聚类。结论蜚蠊基因组DNA遗传多态性丰富,RAPD技术能够反映出不同蜚蠊间的亲缘关系,并可准确进行蜚蠊分类。

固定标本DNA提取方法优化的研究

本研究报道了一种在福尔马林固定标本中提取DNA的方法:使用磷酸盐缓冲液、甘氨酸缓冲液和乙醇共同处理保存标本,蛋白酶K消化后再用改进的酚氯仿法提取标本基因组总DNA.检验结果证明该方法提取的标本组织DNA可用于PCR等后续分子生物学研究.