随机引物多态性DNA及其在微生物分型中的应用

用于微生物分型的现代技术包括表型和基因型方法。随机扩增多态性DNA（RandomAmplifictedPolymorphicDNA简称RAPD）是在PCR技术基础上发展起来的一种新的基因分型法。主要特点是利用随机寡核苷酸引物扩增基因组DNA片段，进而通过凝胶电泳分析其指纹图特征借以显示不同菌株间存在细微差别。这种方法简单、快速，现已在许多微生物分型中得到运用。

随机引物扩增DNA多态性技术在分析金黄色葡萄球菌和肺炎杆菌多态性中的应用

金黄色葡萄球菌和肺炎杆菌是医院内感染的主要条件致病菌 ,常常引起院内感染及暴发流行。本实验以一条含 10bp的随机引物将 5 2株肺炎杆菌和 2 8株金黄色葡萄球菌的DNA进行随机引物扩增DNA多态性 (RAPD)扩增 ,进行多态性分析 ,得到不同的带谱 ,在肺炎杆菌中存在很强的多态性 ,出现了 41种带型 ,通过肺炎杆菌间相似系数计算 ,绘制出表达菌株亲缘关系的系统树 ,图中可见各菌间的相似系数 ,5 2株菌分成 7个型 ;金黄色葡萄球菌出现了三条特征带。本实验说明RAPD技术能够追溯传染源 。

随机引物扩增技术对变形菌DNA多态性分型研究

目的建立变形菌随机扩增DNA多态性分型技术,应用于临床菌株流行病学调查。方法优化随机扩增DNA多态性指纹技术(RAPD)的实验条件,利用RAPD技术成功地检测21株变形菌DNA指纹图谱。结果21株变形菌分为18型别,其中16株奇异变形菌分为13个型,5株普通变形菌分为5个型。结论RAPD分型技术可简便、快速为变形菌提供分型标志,是分子流行病学研究的有效方法。

中国对虾一种C型杆状病毒随机扩增多态性DNA分析

于1994和1995两年的7月从青岛崂山上马镇养虾场中染病的中国对虾中分离纯化出一种C型杆状病毒。为建立中国对虾病毒的鉴别和检测技术，利用随机扩增多态性DNA技术对电泳纯化的病毒DNA进行分析和研究。将病虾匀浆、经差速离心和蔗糖密度梯度离心纯化获得完整病毒粒子；从病毒中提取DNA后再进行电泳纯化，收集长度完整、均一的病毒DNA；在其他参数保持不变的情况下，对Operon生产的10碱基随机引物K试剂盒进行扩增试验。结果显示：1．病毒DNA有两种存在形式；2．K试剂盒中有2个引物能将病毒DNA扩增出长度不同的产物，其中编号为OPK—01的随机引物可产生多态性DNA片段；3．1995年中国对虾杆状病毒的RAPD分析结果与1994年相同，证实1994和1995两年度引起中国对虾疾病的病原是同一种杆状病毒。由此可以认为：随机扩增多态性DNA技术能将中国对虾C型杆状病毒扩增出多态性DNA片段而达到病毒鉴别和诊断的目的。

用微卫星引物PCR分析棉蚜不同蚜型的DNA多态性

用微卫星引物PCR方法 ,对棉蚜Aphisgossypii干母、干雌、孤雌蚜 (有翅迁飞孤雌蚜和无翅孤雌蚜 )、性母、性雌蚜和雄蚜的DNA多态性进行分析。结果表明 :①棉蚜的有性蚜型和无性蚜型之间在遗传上有较大的差异 ;②性母与性雌蚜和雄蚜的遗传关系都十分接近 ,说明同一性母既产性雌蚜 ,也产雄蚜 ;③干母和干雌的遗传关系很近 ,但孤雌蚜已与二者有分化。

中药材厚朴的随机扩增多态性DNA指纹图谱研究

目的 :鉴别中药材厚朴及其伪品、混淆品。方法 :采用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术扩增植物基因组DNA样品。结果 :此种分子生物学鉴别方法可以获得清晰可靠的DNA指纹图谱 ,根据琼脂糖凝胶上显示的DNA带型差异可准确区分出厚朴、凹叶厚朴和其伪品、混淆品。结论 :RAPD方法可以准确、快速、简便地鉴定中药材厚朴及其伪、混品 ,尤其在正确引种方面具有很高的价值。

长期住院老年患者铜绿假单胞菌随机扩增DNA多态性分型研究

目的 了解长期住院老年患者肺部感染铜绿假单胞菌 (PA)的分子流行病学特征 ,为临床防治提供依据。方法 建立 PA随机扩增 DNA多态性 (RAPD)指纹图基因分型方法 ,对与流行病学相关或不相关 34株菌株的基因分型。结果 采用同一反应体系 ,30株临床分离株和 2株不相关株产生稳定 RAPD特异带型 ,分型率为 94 .12 % ,长期住院的同一患者不同时期或不同患者同一时期 PA的 RAPD谱型存在差异。结论 RAPD指纹图基因技术分型率高 ,分辨率强 ,简便快捷 ,可在分子水平上对老年人长期住院感染 PA提供病原学及流行病学的研究方法。

枇杷栽培种的随机扩增DNA多态性(RAPD)研究

运用RAPD(RandomAmplifiedPolymorphicDNA)分析技术 ,对江苏省常绿果树研究中心 16个枇杷(E .japonicThunbLindl)品种的基因组DNA进行了分析 ,从 5 0个随机引物中筛选出 19个引物 ,可从各个品种的基因组DNA扩增出谱带 ,总数为 2 33个 ,其中多态性DNA片段 176个 ,公共性DNA片段 5 7个 ,表明这些枇杷品种间存在着丰富的遗传多样性。根据DNA片段的电泳结果 ,计算出品种间遗传相似系数及遗传距离 ,应用UPG MA方法建立了品种遗传关系的系统树 ,将 16个品种分成 5类。从随机引物中筛选出 2个随机引物能从各个品种的基因组DNA扩增出DNA片段 ,在 16个枇杷品种中 2个引物扩增出 19个DNA片段 ,其中 3个为公共 ,16个为多态性或单态性DNA片段。这些结果可为枇杷品种鉴定、分类、亲缘关系确立及品种选育中杂交组合亲本选配提供一定的依据。

玉米双胚苗及其随机多态性DNA分析

利用中国原子能科学研究院HI 13串列加速器产生的12C重离子辐照玉米自交系478干种子,在经20Gy剂量辐射的M1代中产生了一株双胚苗。应用随机多态性DNA(RAPD)分析技术,观测到双胚苗的大、小苗之间及其与亲本自交系478在RAPD指纹上存在着差异,从分子水平上初步证实了双胚苗为自交系478的变异类型。

金黄色葡萄球菌随机扩增多态性DNA分型及其应用

目的 利用随机扩增多态性DNA(randomamplifiedpolymorphicDNA ,RAPD)分析技术 ,对金黄色葡萄球菌进行基因分型 ,并观察临床耐药型与其基因型之间的关系。方法 利用自己合成的随机引物 ,建立RAPD检测分析方法 ,并利用这一方法对 5株金黄色葡萄球菌进行基因分型的研究。结果 5株金黄色葡萄球菌中 ,2株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 (MRSA)为同一基因型 ,另外 3株为两种基因型 ,均是敏感菌株。结论 从RAPD分析的初步结果可以看出 ,金黄色葡萄球菌的临床表现型与基因型存在一定的关系 。

克罗诺杆菌的随机多态性扩增DNA(RAPD)基因分型研究

研究了克罗诺杆菌标准菌株和样品中分离菌株的分子特征,为克罗诺杆菌的种间鉴别和分子溯源提供一种有效手段。采用随机引物扩增多态性DNA分析对38株菌株进行基因分型。筛选出1条随机引物,每一菌株可扩增出1～7条DNA片段,片段在400-3500bp,可将8株标准菌株的种间区分开来。以相似性50%为标准,38株克罗诺杆菌按照其遗传差异可以分为8个基因型类群。所建立的RAPD技术可用于克罗诺杆菌的种间鉴别和分子溯源研究。

嗜肺军团菌血清I型菌株随机扩增多态性DNA指纹图谱研究

目的采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法研究我国58株嗜肺军团菌血清1型(Lp1)菌株的基因型特征。方法58株嗜肺军团菌血清1型菌株来自北京和深圳市的集中空调冷却塔水和温泉水,随机引物采用5’-CGGCGGCG-GCGG-3’序列,分析Lp1型军团菌RAPD基因型和温度、pH值的关系。结果58株Lp1型菌株共分为17个RAPD基因型。与集中空调冷却塔水Lp1型菌株相比,温泉水分离的菌株基因型具有较高的多态性。深圳市29株集中空调冷却塔水分离的Lp1菌株,共呈现出3个RAPD基因型,北京市24株来自温泉水的Lp1菌株分为12个RAPD型,5株来自集中空调冷却塔水的Lp1型菌株分为两个RAPD型。温泉水Lp1菌株的基因型差异和水温度和pH值无明显的关联。结论RAPD分型方法可用于我国Lp1菌株的基因分型,不同地区和来源的Lp1型军团菌菌株具有特征性的RAPD基因型,温泉水中分离的Lp1菌株较集中空调冷却塔水分离菌株基因型呈现较高的基因多态性。

重症监护室内鲍曼不动杆菌随机扩增DNA多态性分型研究

目的 建立鲍曼不动杆菌随机扩增 DNA多态性 (RAPD)分型技术 ,以用于临床菌种鉴定及流行病学调查。方法 收集 6个月内从 ICU内分离出的 14株鲍曼不动杆菌 ,提取 DNA后进行 RAPD分型 ;同时进行生物学分型和抗生素敏感性实验。结果 14株菌株被分为 5种 RAPD型 ,其中有 5株属于同一种类型 (A型 ) ,有 6株属于另外同一种类型 (B型 ) ,其他 3株分别属于另 3种不同类型 (C、D、E型 ) ;而生物学分型只有两种类型 (生物型1、9) ;抗生素敏感性实验表明 14株菌株均为仅对亚胺培南 /西司他丁 (泰能 )、头孢哌酮 /舒巴坦 (舒普深 )等少数几种抗生素敏感的多重耐药菌株。结论 ICU内存在鲍曼不动杆菌暴发流行 ,RAPD分型技术分型率高、分辨力强、简便快速 。

随机扩增多态性DNA技术在生命科学中的应用

DNA分子标记是DNA水平上遗传变异的直接反映 ,随机扩增多态性DNA(RAPD)技术 ,是新发展起来的一种DNA分子标记方法。文中详细阐述了RAPD技术的原理 ,进一步与限制性片段长度多态性 (RestrictionFragmentLengthPolymorphism ,RFLP)技术相比 ,得出它具有快速、简便和对材料要求不高等特点 ,最后讨论了RAPD技术在生命科学研究中各个方面的广泛应用 ,包括物种基因组的分子图谱构建、系统进化发育以及基因定位研究等。

草鱼基因组随机扩增多态性引物及多态性位点的筛选

为了建立草鱼基因组DNA多态性分析的指标体系,应用RAPD技术,从180条10碱基随机引物中筛选出了31条能扩增出多态性DNA片段的引物。用这31条多态性引物共扩增出了327条重复性好、带型清晰、分辨率高的谱带。扩增产物的片段大小范围在400—2000 bp之间。单一引物扩增条带为5—14条。用这些多态性引物在草鱼基因组DNA中检测到了93个多态性位点,并对这些多态性位点上的等位基因频率进行了统计分析。这31条多态性引物和所检测到的93个多态性位点初步为草鱼基因组的多态性分析提供了可靠的分析指标体系。

随机扩增DNA多态性技术在粘质沙雷菌分型研究中的应用

目的 应用随机扩增DNA多态性 (RAPD)技术对医院感染的粘质沙雷菌进行基因分型。方法 对心外科ICU病房 5例术后发热患者血液中分离出的粘质沙雷菌 ,用VITEK细菌全自动分析仪进行系统生化鉴定 ,K B纸片扩散法进行药敏试验 ,用 2条不同的随机引物进行RAPD基因分型。结果 5株粘质沙雷菌药敏谱全部一致 ,2条随机引物中一条引物未能分型 ,另一条引物可分为 2个基因型。其中 ,4株菌扩增出相同带谱 ,为同基因型 ;1株菌有独特的带谱为另一种基因型。结论 本次调查的 5株粘质沙雷菌有 2种RAPD基因型 ,其中 4株为相同基因型 。

斑马鱼基因组随机扩增DNA多态性研究

采用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术,对毒性试验的模式生物斑马鱼(Danio rerio)基因组进行了分析。结果显示,在Amersham Pharmacia公司随机扩增引物系列中,分别在01号引物的829bp、534bp,02号引物的572bp,及06号引物的495pb,各出现了1条稳定条带,而在环磷酰胺作用后的斑马鱼基因组DNA随机扩增产物中,缺少了部分稳定条带。这可以明确判定受试斑马鱼的基因发生了改变,为水环境遗传毒性效应的研究提供了初步的数据基础。

用重复序列引物PCR分析不同滞育状态麦红吸浆虫DNA多态性

应用5个重复序列引物，通过PCR扩增试验，研究了不同滞育状态麦红吸浆虫DNA的多态性。结果表明：1）5个重复序列引物共扩增了104条核酸带，分子量介于202—1163bp之间；2）不同滞育状态的麦红吸浆虫的平均相似性指数范围在0．573～0．936之间，在种群3和种群4之间，最大的平均相似性指数是0．936，在种群1、3、4、5和种群6、7、8之间平均相似性指数较高（均超过0．81）；3）不同滞育状态麦红吸浆虫群体的遗传变异大部分来自群体间，产生于群体间的变异为62．41％，来自群体内的变异为37．59％；4）根据对不同滞育状态间遗传距离的聚类分析，麦红吸浆虫的滞育类型可分为三大类。首次报道了不同滞育状态麦红吸浆虫量化的DNA多态性。

甜瓜作图亲本随机引物扩增片段长度的多态性

以黄旦子和PI4 14 72 3作为作图亲本 ,从 12 0 0条RAPD随机引物中筛选出 14 8条有多态性的引物用以构建甜瓜分子图谱 .共扩增出 2 32个有差异的位点 ,平均每条能扩增出 1 5 6个多态性位点 .

外源DNA导入水稻的变异材料随机扩增多态性分析

以小麦、玉米、小米、高粱、狼尾草五个不同属的材料为外源ＤＮＡ供体，经减压渗透转导受体紫稻，从获得的变异材料中各选一份进行了随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析。共用２０个随机引物，其中６个引物扩增出了有差异的多态性ＤＮＡ片段，１个引物可以区分受体材料与变异材料及变异材料间的差异。在以材料两两间的相似率进行的聚类分析中，发现聚类结果与材料变异性状一致，变异材料与受体材料间相似率高达９０．７％，认为变异材料为受体材料在“减压渗透”处理后的真实变异；ＲＡＰＤｓ是检测材料间差异的有效方法。