随机扩增多态性DNA分子标记技术在肠球菌分型中的应用

该研究旨在探索随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)分子标记技术在肠球菌种间快速分型的效果。试验通过筛选模板、单引物、双引物及RAPD反应体系,构建肠球菌种间分型体系,对32株已知肠球菌分型确定分型相似度标准,并通过对46株未知肠球菌进行种间分型以及管家基因rpoA测定验证分型效果。结果显示微波法提取基因组DNA满足实验需要,筛选出7条单引物用于双引物配对组合,最适的双引物反应体系为:2×PCR Taq Mix 12.5μL,模板DNA 1μL,引物各1μL,ddH_(2)O 9.5μL;分型效果最好的双引物组合为Primer1+Primer5,该引物组合可以在80%的相似度下区分肠球菌种间差异,Primer1+Primer3组合在500 bp位置扩增出海氏肠球菌的特征条带,可以作为海氏肠球菌的鉴定指标,用以快速鉴定海氏肠球菌。

丁不同群体间形态学差异与随机扩增多态DNA(RAPD)分析

采用聚类分析、主成分分析和判别分析3种数理统计方法,对我国新疆朱家湖丁群体7、3水库丁群体和从捷克引进我国的丁群体的可量性状和框架参数进行分析。聚类分析和主成分分析显示,朱家湖群体与73水库群体较为接近,而捷克群体与前两群体相距较远。判别分析亦可将捷克群体与前两群体分开,准确率达100%。从60个随机引物中筛选出的20个引物对丁朱家湖群体、73水库群体和捷克群体进行了随机扩增多态DNA(RAPD)分析。引物S440在捷克群体扩增出的450bp片段为该群体特有的标记片段。朱家湖群体、73水库群体、捷克群体多态位点比例分别为24%、22.67%和18.42%;群体内遗传相似度分别为0.8967、0.9035和0.9309;遗传多态度(π)分别为0.1539、0.1489和0.1142。表明朱家湖群体保持着较高的遗传变异。三群体间的遗传相似度为0.6868—0.9496,群体遗传分化系数(Fst)为0.048—0.238,分子方差分析发现群体内方差占总方差的83.96%,群体间的方差只占16.04%,由此推断三群体间遗传分化并不大。

随机引物扩增多态性DNA技术在大肠埃希菌分型中的应用

目的:应用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术分析大肠埃希菌DNA多态性,并对其进行分型,观察敏感株、耐药株基因型之间的关系。方法:利用蛋白酶K、酚-氯仿抽提DNA模板,应用一对随机引物建立RAPD的检测分析方法,并对12株敏感型、15株耐药型(ESBLs)大肠埃希菌进行基因分析。结果:12株敏感型有8种基因型;15株耐药型中有12种基因型。27株大肠埃希菌在250bp处有共同条带;15株耐药型在1200 bp处有共同条带,而敏感型则没有。结论:大肠埃希菌属间有特异性共同条带;耐药菌株中存在共同的特异性条带,与耐药性有关。因此,大肠埃希菌对β-内酰胺类耐药,可利用RAPD基因分型技术进行鉴定。

梭鱼人工养殖群体与自然群体的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

利用随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）技术，对黄河口海域梭鱼人工养殖群体与自然群体的遗传多样性进行了分析比较，以期由分子水平了解梭鱼的种群遗传多样性背景及人为干涉因素对梭鱼种群遗传多样性造成的影响．选用ＯＰＣ组２０个１０碱基对（ｂｐ）的随机引物，对采自河北省黄骅市的２４尾野生梭鱼和１５尾人工养殖梭鱼进行了分析．选出１１个扩增效果稳定的引物用于群体分析，扩增结果具有较好的可重复性．１１个引物共检出１１２个位点，其中养殖群体中有９４个表现多态，多态比例为 ８３． ９３％；自然群体在 ９６个位点上表现多态，多态比例为 ８５． ７１％．经计算，养殖群体的遗传多样性指数为 ０． ２１２ ４，自然群体的遗传多样性指数为 ０． ２２７１；梭鱼两群体间的相似系数为 ９２． ８２％，遗传距离为 ０． ０７１８．研究结果表明，目前黄河口海域梭鱼群体的遗传多样性比较丰富，人工养殖过程对其未造成明显的影响，估计这与人工养殖过程中人为干涉因素少（如育苗历史短、亲鱼来源于自然群体、无定向选择和近亲繁殖等）有关．这一结果表明，梭鱼的人工养殖业在黄河口海域有很好的发展前景．

长江鲢遗传多样性的随机扩增多态DNA分析

运用４０个１０碱基随机引物对长江中游鲢的遗传多样性进行了随机扩增多态ＤＮＡ （ＲＡＰＤ）分析。所用引物中，能在鲢不同个体基因组中扩增出多态ＤＮＡ带的有１０个，占总引物数 的 ２５％．据ＲＡＰＤ带型分析，所取长江鲢自然群体的 １８条样品中，每两个体相比较的遗 传相似度在０．９２８５至０．９７８８之间，平均值为０．９５４３；遗传变异度则在０．０２１２至０．０７１５之 间，平均值为０．０４７２５；群体Ｓｈａｎｎｏｎ表型多样性指数（Ｈｏ）为８．８６１５，Ｓｈａｎｎｏｎ多样性值（Ｈ）为０．０６２４。 讨论了这些数据所反映的长江鲢遗传多样性和鱼类种质资源评价问题。

我国主要地方绵羊品种随机扩增多态DNA研究

对蒙古羊、湖羊、滩羊、小尾寒羊、乌珠穆沁羊、藏绵羊、阿勒泰羊7个地方绵羊品种和无角陶赛特羊、德国美利奴羊、萨福克羊3个引入品种基因组DNA进行了RAPD分析。结果表明:（1）RAPD可作为一种有效的标记用于绵羊品种之间遗传亲缘关系的分析。（2）在所使用的43种随机引物中,有35种引物扩增出多态谱带,多态频率为66.24％,说明RAPD技术用于研究绵羊核DNA的遗传变异具有较高的检出率和灵敏度。（3）总群体平均遗传多样性指数（Hsp）为0.9139,说明绵羊群体具有较为丰富的遗传多样性。（4）我国地方绵羊品种间的分子聚类关系与其所处的地理位置、考古学结果,以及细胞遗传学研究结果基本一致,引入品种间的分子聚类关系也与其育成史基本一致。

金黄色葡萄球菌随机扩增多态性DNA分型及其应用

目的 利用随机扩增多态性DNA(randomamplifiedpolymorphicDNA ,RAPD)分析技术 ,对金黄色葡萄球菌进行基因分型 ,并观察临床耐药型与其基因型之间的关系。方法 利用自己合成的随机引物 ,建立RAPD检测分析方法 ,并利用这一方法对 5株金黄色葡萄球菌进行基因分型的研究。结果 5株金黄色葡萄球菌中 ,2株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 (MRSA)为同一基因型 ,另外 3株为两种基因型 ,均是敏感菌株。结论 从RAPD分析的初步结果可以看出 ,金黄色葡萄球菌的临床表现型与基因型存在一定的关系 。

我国主要地方山羊品种随机扩增多态DNA研究

利用随机扩增多态DNA技术研究了我国主要地方山羊品种及部分国外品种共计 2 3个山羊品种 2 51个山羊个体的随机扩增多态DNA。结果表明 :(1)总群体平均遗传多样性指数 (Hsp)为0 70 84 ,群体遗传分化指数为 0 8583,山羊品种间平均遗传距离指数 (AIGD) (0 0 810～ 0 2 0 4 4 )明显大于品种内的AIGD(0 0 4 4 4～ 0 1112 ) ,不同山羊品种的遗传多样性指数 (Ho)除安哥拉山羊和承德无角山羊大于 50 %外 ,其它各品种均低于 50 % ,上述结果说明所研究山羊群体不仅具有较为丰富的遗传多样性 ,而且山羊核基因组遗传变异主要存在于品种间 ,我国地方山羊品种间遗传分化比较明显。 (2 )中卫山羊 (0 314 0 )和辽宁绒山羊 (0 2 589)的Ho值明显低于各品种的平均值 (0 3881) ;雷州山羊 (0 0 56 6 )、中卫山羊 (0 0 56 4 )和辽宁绒山羊 (0 0 4 4 4)的AIGD值也明显低于各群体的平均值(0 0 74 9) ,说明辽宁绒山羊、中卫山羊和雷州山羊核基因组的遗传多样性相对其它品种来说较为贫乏 ,应作为重点保护对象。

红花种质的随机扩增多态性DNA分子鉴定

目的:从分子水平探讨红花(Carthamus tinctorius L.)的种内变异,为红花种质的分子鉴定提供依据。方法:用随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术和统计学分析方法,对从我国新疆、甘肃、宁夏、河南、山东、山西、河北、安徽、浙江等9省采集的红花22个品种的遗传多样性进行分析。结果:根据RAPD特征图谱,通过在DNA分子水平上的聚类分析,将红花22个品种分为7个类型。RAPD聚类分析表明了品种间的亲缘关系:北方,特别是新疆地区的品种亲缘关系较近,PCR结果极为相似,而南方品种间遗传差异性较大。结论:红花种内存在一定的遗传变异,本研究结果为红花品种鉴定及亲缘关系的探讨提供一定依据。

俄罗斯“和平”号空间站搭载的番茄随机扩增多态性DNA分析

目的从分子水平证实长时间航天搭载的番茄种子后代的遗传物质发生变异。方法利用俄罗斯“和平”号空间站搭载6年的番茄种子地面种植,进行随机扩增多态性DNA(randomamplifiedpoly morphicDNA,RAPD)检测。结果空间搭载的番茄和地面对照经RAPD分析,40个随机引物中,31个引物扩增的DNA带型一致,9个引物扩增的DNA带型表现多态性。共扩增出269条带,多态性带29条,多态性百分率为10.8%。空间搭载的番茄和对照相比扩增带型均出现差异,且空间搭载的番茄之 间的带型也不同。和地面对照相比,空间搭载的番茄中5号植株的DNA变异程度最大,3号植株变异程度最小。结论长时间航天飞行可引起番茄遗传物质DNA水平上的变异。

中国鼠疫菌随机引物扩增多态性指纹图谱

目的 对中国不同鼠疫自然疫源地鼠疫菌染色体的分析和比较发现其近缘关系进而从分子水平进行分型。方法 用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术。结果 第 1条引物将中国的鼠疫菌分为 11个类型 ,每个类型都有一定的条带规律和地理分布范围。第 2条引物将我国的鼠疫菌分为 5个类型。结论 随机扩增多态性DNA(RAPD)

小菜蛾对杀虫双和杀螟丹抗药性遗传的DNA随机扩增多态性研究

利用室内选育 119代的抗杀虫双和抗杀螟丹小菜蛾Plutellaxylostella品系和敏感品系 ,通过反复回交建立近等基因系。用Operon公司合成的 80个引物对抗杀虫双近等基因系和抗杀螟丹近等基因系小菜蛾基因组DNA进行PCR扩增 ;在抗杀虫双近等基因系中有 3个引物分别产生了 1条特异扩增带 ,2个引物分别产生了 2条特异扩增带 ,1个引物产生 3条特异扩增带 ;在抗杀螟丹近等基因系中 ,有 4个引物分别产生了 1条特异扩增带 ,1个引物产生了 2条特异扩增带。在培育近等基因系的多次回交过程中 ,与抗性有关的遗传因子被逐步置换到敏感品系的基因组中 ,因此可以认为这些特异带与小菜蛾对杀虫双和杀螟丹的敏感性有关。

向日葵种质资源的随机扩增多态性DNA(RAPD)研究

采用RAPD方法对我国 2 1个向日葵 (HelianthusannuusL .)基因型和 11个国外引进向日葵基因型进行分析 ,构建了它们的指纹图谱。从 80个随机引物中筛选出的 2 5个有效引物共产生 188条DNA片段 ,大小分布在 0 .2 6～1.98kb之间 ,其中 16 4条带具有遗传多态性 ,约占总数的 87.2 % ,平均每个引物扩增的DNA带数为 7.5 2条。 32个向日葵的遗传相似性分析表明 ,各基因型间的Nei氏相似性系数分布在 0 .3987～ 0 .85 3 1之间 ,平均相似性系数为0 .6 2 81。 11个国外向日葵基因型的Nei氏相似性系数分布在 0 .713 4～ 0 .85 3 1之间 ,平均相似性系数为 0 .782 8,说明国外基因型之间的遗传基础比较狭窄。 2 1个国内向日葵基因型的Nei氏相似性系数分布在 0 .475 0～ 0 .82 0 6 ,平均相似性系数为 0 .6 478,说明国内向日葵基因型之间的遗传多态性较为丰富。通过非加权算术平均数聚类(UPGMA)的方法 ,绘制出了 32个向日葵基因型之间的遗传关系树图。 32个向日葵基因型明显地聚成A、B两大类群。 2 1个国内向日葵基因型聚成了A1、A2两个亚类 ,A1组包括 :X10、陕西向日葵、D_S12 、长岭向日葵 6、黑 2_S2_2 、T_C0 8、长岭葵花 4、白葵 3号、BH_10、J_S_B1、张掖白子葵、C10 1_S4 3S4 等 12个基因型 ;A2组包括 :LK30 5_S8?

马尾松随机扩增多态性DNA标记的分离研究

马尾松随机扩增多态性ＤＮＡ标记的分离研究魏令波，唐谦，郑先武，顾万春（中国林业科学研究院林业研究所北京１０００９１）李小兵（中国科学院遗传研究所植物生物技术开放实验室北京１０００１２）关键词马尾松，ＲＡＰＤ，Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ分离随机扩增多态性ＤＮＡ...

嗜肺军团菌血清I型菌株随机扩增多态性DNA指纹图谱研究

目的采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法研究我国58株嗜肺军团菌血清1型(Lp1)菌株的基因型特征。方法58株嗜肺军团菌血清1型菌株来自北京和深圳市的集中空调冷却塔水和温泉水,随机引物采用5’-CGGCGGCG-GCGG-3’序列,分析Lp1型军团菌RAPD基因型和温度、pH值的关系。结果58株Lp1型菌株共分为17个RAPD基因型。与集中空调冷却塔水Lp1型菌株相比,温泉水分离的菌株基因型具有较高的多态性。深圳市29株集中空调冷却塔水分离的Lp1菌株,共呈现出3个RAPD基因型,北京市24株来自温泉水的Lp1菌株分为12个RAPD型,5株来自集中空调冷却塔水的Lp1型菌株分为两个RAPD型。温泉水Lp1菌株的基因型差异和水温度和pH值无明显的关联。结论RAPD分型方法可用于我国Lp1菌株的基因分型,不同地区和来源的Lp1型军团菌菌株具有特征性的RAPD基因型,温泉水中分离的Lp1菌株较集中空调冷却塔水分离菌株基因型呈现较高的基因多态性。

用随机扩增多态性DNA技术对重离子辐照大丽花花色突变体的初步研究

品系为“大雪青”的大丽花幼枝,经兰州重离子加速器提供的80MeV/u12C6+束辐照后,种植在甘肃省定西市临洮新兴花卉公司基地。辐照8Gy的幼枝有一株花色突变体,用随机扩增多态性DNA(Random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术对突变体和野生型进行检测分析。琼脂糖凝胶电泳结果表明,所用的10条引物中,有7条引物共扩增出78条带,其中5条引物扩增出了11条多态性片段,从而在DNA水平上证实了两者之间存在着差异,为进一步探讨重离子诱变机理打下基础。

产超广谱β-内酰胺酶肺炎克雷伯菌的随机扩增多态性DNA分型研究

目的 对产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）肺炎克雷伯菌的耐药现状进行分析研究,对耐药株进行基因分型流行病学研究。方法 对临床分离的195株肺炎克雷伯菌进行ESBLs检测并采用微量稀释法测定MIC值,判断细菌的耐药性;对产ESBLs菌株以随机扩增多态性DNA分型法（RAPD）进行基因分型。结果 产ESBLs肺炎克雷伯菌占23％,其中51％来源于重症监护病房（ICU）;ESBLs阳性细菌对12种抗生素的耐药性远远高于ESBLs阴性菌;20株产ESBLs肺炎克雷伯菌分为11型。结论 本院神经外科SICU、呼吸科RICU存在产ESBLs肺炎克雷伯菌的流行;合理使用抗生素,加强重点病区的消毒隔离措施,是控制医院感染流行的重要措施;RAPD是从分子水平对耐药细菌进行流行病学研究的一种经济、快速、可靠的基因分型方法。

随机扩增多态性DNA技术在中药红曲基原菌系统分类中的应用

目的 :建立中药红曲基原菌的随机扩增多态性 DNA( RAPD)分析方法。 方法 :以 CTAB法提取紫色红曲霉等 7种红曲霉和 1株土曲霉的基因组 DNA;溴化乙啶荧光强度和分光光度双重测定法确定 DNA浓度 ;琼脂糖凝胶电泳法检测 PCR扩增产物 ,PHYL IP 3.5 c进行聚类分析。 结果 :从 6 0个随机引物中筛选出 S2 82 等 10个引物的扩增产物谱带多 ,特征好 ;红曲霉属种间指纹图谱差异较大 ,呈现出明显的 DNA扩增产物多态性。 结论 :RAPD分析技术可作为真菌系统分类的客观而有效的手段之一。

中药材分子鉴别新方法:锚定引物扩增多态性DNA的研究

为了寻找稳定性好、可操作性强的分子鉴定新方法,在充分吸取RAPD优势的基础上,对其引物和退火温度进行了改进。本文以人参、西洋参为例进行了方法的探索和各种验证,并推广应用到天花粉以及白芷类药材的鉴别。结果显示引物Pg-q36F得到人参、西洋参及其9种伪品的多态性条带。对于人参、西洋参的鉴别结果与文献鉴别方法结果一致,并且具有更高的稳定性。引物TkS1-64F得到了天花粉及其11种伪品的多态性条带,引物AfS1-100F得到白芷及其3种伪品的多态性条带,均能准确鉴别各种药材。实验结果证明本方法具有简单易行、稳定性和重复性好、提供的信息量大等优点,是一种极具前途的中药材分子鉴定新方法,被命名为锚定引物扩增多态性DNA(anchored primer amplification polymorphism DNA,APAPD)。

笼养蓝孔雀两个种群的随机扩增多态DNA分析

利用随机扩增多态DNA技术对英吉利孔雀场和广州动物园两个蓝孔雀Pavocristatus种群进行了分析。用 2 3个随机引物 ,共获得 173和 15 7个扩增片段 ,多态率分别为 47 40 %和 9 5 5 %