随机引物扩增DNA多态性技术在分析金黄色葡萄球菌和肺炎杆菌多态性中的应用

金黄色葡萄球菌和肺炎杆菌是医院内感染的主要条件致病菌 ,常常引起院内感染及暴发流行。本实验以一条含 10bp的随机引物将 5 2株肺炎杆菌和 2 8株金黄色葡萄球菌的DNA进行随机引物扩增DNA多态性 (RAPD)扩增 ,进行多态性分析 ,得到不同的带谱 ,在肺炎杆菌中存在很强的多态性 ,出现了 41种带型 ,通过肺炎杆菌间相似系数计算 ,绘制出表达菌株亲缘关系的系统树 ,图中可见各菌间的相似系数 ,5 2株菌分成 7个型 ;金黄色葡萄球菌出现了三条特征带。本实验说明RAPD技术能够追溯传染源 。

随机扩增DNA多态性技术在粘质沙雷菌分型研究中的应用

目的 应用随机扩增DNA多态性 (RAPD)技术对医院感染的粘质沙雷菌进行基因分型。方法 对心外科ICU病房 5例术后发热患者血液中分离出的粘质沙雷菌 ,用VITEK细菌全自动分析仪进行系统生化鉴定 ,K B纸片扩散法进行药敏试验 ,用 2条不同的随机引物进行RAPD基因分型。结果 5株粘质沙雷菌药敏谱全部一致 ,2条随机引物中一条引物未能分型 ,另一条引物可分为 2个基因型。其中 ,4株菌扩增出相同带谱 ,为同基因型 ;1株菌有独特的带谱为另一种基因型。结论 本次调查的 5株粘质沙雷菌有 2种RAPD基因型 ,其中 4株为相同基因型 。

随机扩增DNA多态性技术在A组链球菌分型上的应用

目的 了解A组乙型溶血性链球菌的基因分型状况。方法 采用随机扩增多态性DNA技术 (RandomamplifiedpolymorphicDNA ,RAPD) ,对 1988～ 1994年度 ,从广东城市和农村 ,1993～ 1994年度 ,从湖北、吉林 9～ 11岁学龄儿童分离的 179株GAS进行RAPD分析。结果 ①同一T型的菌株有特征性条带 ,但有些亚型带型间差异较大 ;②不同T型间可有相同的带型 ;③分型率比T分型高 ,达到96 6 % ;④有主导RAPD型菌株流行的情况存在。结论 RAPD方法对GAS分型及流行病学中有一定的应用价值 ,可以区别同一血清型不同地区来源的GAS。

多聚酶链式反应随机引物扩增的DNA多态指模技术在幽门螺杆菌菌株鉴别中的应用

本文利用多聚酶链式反应随机引物扩增的DNA(RAPD)多态指模技术研究其在HP菌株鉴别的应用。对47例株HP进行RAPD多态指模分析。结果发现:①40株由不同病人分离的HP菌株有不同的DNA指模;②同一菌株多次培养后其DNA指模无改变;③HP根除疗法后3个月4例、6个月1例(分离的HP菌株分与治疗前相同,提示可能是HP复发;④HP根除疗法后6个月及24个月各1例)与治疗前分离的菌株DNA指模不同,提示可能是HP再感染。结果提示RAPD多态指模技术对HP菌株的鉴别有价值。

中国对虾一种C型杆状病毒随机扩增多态性DNA分析

于1994和1995两年的7月从青岛崂山上马镇养虾场中染病的中国对虾中分离纯化出一种C型杆状病毒。为建立中国对虾病毒的鉴别和检测技术，利用随机扩增多态性DNA技术对电泳纯化的病毒DNA进行分析和研究。将病虾匀浆、经差速离心和蔗糖密度梯度离心纯化获得完整病毒粒子；从病毒中提取DNA后再进行电泳纯化，收集长度完整、均一的病毒DNA；在其他参数保持不变的情况下，对Operon生产的10碱基随机引物K试剂盒进行扩增试验。结果显示：1．病毒DNA有两种存在形式；2．K试剂盒中有2个引物能将病毒DNA扩增出长度不同的产物，其中编号为OPK—01的随机引物可产生多态性DNA片段；3．1995年中国对虾杆状病毒的RAPD分析结果与1994年相同，证实1994和1995两年度引起中国对虾疾病的病原是同一种杆状病毒。由此可以认为：随机扩增多态性DNA技术能将中国对虾C型杆状病毒扩增出多态性DNA片段而达到病毒鉴别和诊断的目的。

中药材厚朴的随机扩增多态性DNA指纹图谱研究

目的 :鉴别中药材厚朴及其伪品、混淆品。方法 :采用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术扩增植物基因组DNA样品。结果 :此种分子生物学鉴别方法可以获得清晰可靠的DNA指纹图谱 ,根据琼脂糖凝胶上显示的DNA带型差异可准确区分出厚朴、凹叶厚朴和其伪品、混淆品。结论 :RAPD方法可以准确、快速、简便地鉴定中药材厚朴及其伪、混品 ,尤其在正确引种方面具有很高的价值。

长期住院老年患者铜绿假单胞菌随机扩增DNA多态性分型研究

目的 了解长期住院老年患者肺部感染铜绿假单胞菌 (PA)的分子流行病学特征 ,为临床防治提供依据。方法 建立 PA随机扩增 DNA多态性 (RAPD)指纹图基因分型方法 ,对与流行病学相关或不相关 34株菌株的基因分型。结果 采用同一反应体系 ,30株临床分离株和 2株不相关株产生稳定 RAPD特异带型 ,分型率为 94 .12 % ,长期住院的同一患者不同时期或不同患者同一时期 PA的 RAPD谱型存在差异。结论 RAPD指纹图基因技术分型率高 ,分辨率强 ,简便快捷 ,可在分子水平上对老年人长期住院感染 PA提供病原学及流行病学的研究方法。

枇杷栽培种的随机扩增DNA多态性(RAPD)研究

运用RAPD(RandomAmplifiedPolymorphicDNA)分析技术 ,对江苏省常绿果树研究中心 16个枇杷(E .japonicThunbLindl)品种的基因组DNA进行了分析 ,从 5 0个随机引物中筛选出 19个引物 ,可从各个品种的基因组DNA扩增出谱带 ,总数为 2 33个 ,其中多态性DNA片段 176个 ,公共性DNA片段 5 7个 ,表明这些枇杷品种间存在着丰富的遗传多样性。根据DNA片段的电泳结果 ,计算出品种间遗传相似系数及遗传距离 ,应用UPG MA方法建立了品种遗传关系的系统树 ,将 16个品种分成 5类。从随机引物中筛选出 2个随机引物能从各个品种的基因组DNA扩增出DNA片段 ,在 16个枇杷品种中 2个引物扩增出 19个DNA片段 ,其中 3个为公共 ,16个为多态性或单态性DNA片段。这些结果可为枇杷品种鉴定、分类、亲缘关系确立及品种选育中杂交组合亲本选配提供一定的依据。

克罗诺杆菌的随机多态性扩增DNA(RAPD)基因分型研究

研究了克罗诺杆菌标准菌株和样品中分离菌株的分子特征,为克罗诺杆菌的种间鉴别和分子溯源提供一种有效手段。采用随机引物扩增多态性DNA分析对38株菌株进行基因分型。筛选出1条随机引物,每一菌株可扩增出1～7条DNA片段,片段在400-3500bp,可将8株标准菌株的种间区分开来。以相似性50%为标准,38株克罗诺杆菌按照其遗传差异可以分为8个基因型类群。所建立的RAPD技术可用于克罗诺杆菌的种间鉴别和分子溯源研究。

重症监护室内鲍曼不动杆菌随机扩增DNA多态性分型研究

目的 建立鲍曼不动杆菌随机扩增 DNA多态性 (RAPD)分型技术 ,以用于临床菌种鉴定及流行病学调查。方法 收集 6个月内从 ICU内分离出的 14株鲍曼不动杆菌 ,提取 DNA后进行 RAPD分型 ;同时进行生物学分型和抗生素敏感性实验。结果 14株菌株被分为 5种 RAPD型 ,其中有 5株属于同一种类型 (A型 ) ,有 6株属于另外同一种类型 (B型 ) ,其他 3株分别属于另 3种不同类型 (C、D、E型 ) ;而生物学分型只有两种类型 (生物型1、9) ;抗生素敏感性实验表明 14株菌株均为仅对亚胺培南 /西司他丁 (泰能 )、头孢哌酮 /舒巴坦 (舒普深 )等少数几种抗生素敏感的多重耐药菌株。结论 ICU内存在鲍曼不动杆菌暴发流行 ,RAPD分型技术分型率高、分辨力强、简便快速 。

斑马鱼基因组随机扩增DNA多态性研究

采用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术,对毒性试验的模式生物斑马鱼(Danio rerio)基因组进行了分析。结果显示,在Amersham Pharmacia公司随机扩增引物系列中,分别在01号引物的829bp、534bp,02号引物的572bp,及06号引物的495pb,各出现了1条稳定条带,而在环磷酰胺作用后的斑马鱼基因组DNA随机扩增产物中,缺少了部分稳定条带。这可以明确判定受试斑马鱼的基因发生了改变,为水环境遗传毒性效应的研究提供了初步的数据基础。

外源DNA导入水稻的变异材料随机扩增多态性分析

以小麦、玉米、小米、高粱、狼尾草五个不同属的材料为外源ＤＮＡ供体，经减压渗透转导受体紫稻，从获得的变异材料中各选一份进行了随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析。共用２０个随机引物，其中６个引物扩增出了有差异的多态性ＤＮＡ片段，１个引物可以区分受体材料与变异材料及变异材料间的差异。在以材料两两间的相似率进行的聚类分析中，发现聚类结果与材料变异性状一致，变异材料与受体材料间相似率高达９０．７％，认为变异材料为受体材料在“减压渗透”处理后的真实变异；ＲＡＰＤｓ是检测材料间差异的有效方法。

草鱼基因组随机扩增多态性引物及多态性位点的筛选

为了建立草鱼基因组DNA多态性分析的指标体系,应用RAPD技术,从180条10碱基随机引物中筛选出了31条能扩增出多态性DNA片段的引物。用这31条多态性引物共扩增出了327条重复性好、带型清晰、分辨率高的谱带。扩增产物的片段大小范围在400—2000 bp之间。单一引物扩增条带为5—14条。用这些多态性引物在草鱼基因组DNA中检测到了93个多态性位点,并对这些多态性位点上的等位基因频率进行了统计分析。这31条多态性引物和所检测到的93个多态性位点初步为草鱼基因组的多态性分析提供了可靠的分析指标体系。

甜瓜作图亲本随机引物扩增片段长度的多态性

以黄旦子和PI4 14 72 3作为作图亲本 ,从 12 0 0条RAPD随机引物中筛选出 14 8条有多态性的引物用以构建甜瓜分子图谱 .共扩增出 2 32个有差异的位点 ,平均每条能扩增出 1 5 6个多态性位点 .

不同地域阴道毛滴虫分离株的随机扩增多态DNA技术分析

目的 分析比较阴道毛滴虫 7个分离株基因组DNA的遗传多态性。 方法 应用随机扩增多态DNA技术对阴道毛滴虫北京 1株、北京 2株、承德株、唐山株、九江 1株、九江 2株与九江 3株基因组扩增 ,并对扩增产物进行聚类分析。 结果 7虫株两两间的遗传相似指数为 77.4%～ 94.7% ,遗传关系密切。其中 :北京 1株和唐山株为 89.2 % ,九江 1株和九江 2株为 92 .1% ,北京 2株和九江 3株为 94.7% ,亲缘关系较近。而九江 1株和承德株间遗传相似指数为77.4% ,同源性相对较低。 结论 7株阴道毛滴虫遗传关系密切 ,但在基因水平上存在种内差异性 ;

番茄随机扩增DNA多态性体系的条件优化

利用改进的SDS法提取代号为03748的栽培番茄叶片基因组DNA。对影响番茄随机扩增DNA多态性(RAPD)扩增结果的因素进行了分析,确定了模板、Mg2+、dNTPs、引物和TaqDNA聚合酶的适宜浓度及反应的最佳循环次数。实验结果表明,在以下条件下,番茄的RAPD扩增效果较好:20μL反应体系中使用20～40ng的模板、1.5～2.0mmol/L的Mg2+、0.15～0.20μmol/L的dNTPs、0.15～2.0μmol/L的引物、1.0U的TaqDNA聚合酶;94℃预变性5min,然后经94℃变性1min、36℃1min、72℃1.5min,进行35个循环,最后在72℃时再延伸10min。

随机扩增多态性DNA对新生儿病房产气肠杆菌基因分型

目的:建立产气肠杆菌随机扩增多态性DNA(RAPD)分析技术,用于新生儿病房产气肠杆菌流行病学调查。方法:对从新生儿病房两次集中分离出的产气肠杆菌进行抗生素最低抑菌浓度试验(MIC)和RAPD分析,结合患儿的临床及流行病学资料进行分析。结果:药敏谱分型与RAPD分型不完全一致。16株产气肠杆菌的RAPD分型分为9型。RAPD分型为Ⅰ、Ⅲ、Ⅷ型的10株产气肠杆菌是流行相关菌株,均为医院内获得,分别导致3次各不相关的水平传播。结论:药敏谱分型不能很好地区分菌株的株间差异。RAPD分型准确、操作简便,在48h内可确定流行株,是研究产气肠杆菌分子流行病学的有力工具。

铜绿假单胞菌随机扩增DNA多态性基因分型研究

利用微量液体稀释法进行药敏检测和RAPD技术进行基因分型,调查了铜绿假单胞菌在临床各科中的流行情况,以期建立稳定的临床检测系统,在控制院内感染的流行病研究中发挥更大的作用.结果表明耐药谱分6型,Ⅰ型占44.5%,Ⅱ型占18.5%,Ⅲ型占7.4%,Ⅳ型占7.4%,Ⅴ型占11.1%,Ⅵ型(不定型)占11.1%;RAPD分9型,A型占51.9%,B型占7.4%,C型占7.4%,D型占7.4%,E型占7.4%,F型占3.7%,G型占3.7%,H型占7.4%,I型占3.7%.说明基因型A型、耐药谱Ⅰ型的铜绿假单胞菌是此次ICU医院感染暴发流行的菌株,其他型别为非流行相关菌株.比较结果还说明RAPD基因分型的灵敏性、特异性及可靠性优于耐药谱分型,在医院感染流行病学调查中具有较大的应用价值.

藏系绵羊随机扩增多态性DNA最佳反应体系的研究

以高原型藏羊的基因组DNA为模板,通过对RAPD反应体系中的各种参数进行优化试验,建立了适宜于藏系绵羊RAPD分析的最佳反应体系:在PE2400型DNA扩增仪的25μL反应体系中,模板DNA的量为60～120 ng,引物量为4～8pmol,Mg2+浓度为2.0 mM,Taq DNA聚合酶为1～2.5 U,dNTP浓度为150～200μM;94℃预变性3分钟后35次循环的参数设定为:94℃1分钟,36℃1分钟,72℃2.5分钟,最后72℃延伸10分钟。利用这些条件对藏系绵羊的基因组DNA进行RAPD分析,其结果的重复性和可靠性大为提高。