产ESBLs大肠埃希菌随机扩增多态性分析

目的对产ESBLs菌的耐药现状进行分析研究,对耐药菌株进行基因分型流行病学研究。方法对临床分离的50株大肠埃希菌根据CLSI标准进行初筛和确证实验,对产ESBLs菌运用随机扩增多态性分析(RAPD)进行相似性分析。结果本院产ESBLs大肠埃希菌检出率为22%,氨苄西林抗生素抗性达到80%,GC含量为60%的引物适用于大肠埃希菌的随机扩增分析,11株产ESBLs菌运用RAPD技术可分为10种基因型,其中相同基因型别的2株菌来自同一科室。结论RAPD技术运用于产ESBLs菌的相似性分型具有经济、快速、可靠的特点。

运用随机扩增多态性和质粒指纹图谱法进行大肠杆菌O157的分子多态性分析

为了解大肠杆菌 O157分离菌株的分子特征,建立了随机扩增多态性和质粒指纹图谱2种分型方法,对10株从粪便和动物组织分离的大肠杆菌 O157进行了分型研究,结合主要毒力基因的检测和药敏试验,以进一步验证分离菌株之间的亲缘关系。随机扩增多态性分析分别在遗传距离为0.89、0.973处将所有细菌分类:其中有2株菌株具有相似的扩增图谱,可以聚为同一类,亲缘关系较近,其余8株细菌类聚为两大类。质粒图谱分析在不同的进化距离处将所有细菌分类,形成具有复杂分枝的树状图。毒力因子检测结果显示:10株分离菌株均含有 hly、eae、uid、flich_7基因。药敏试验表明:其中2株细菌具有不同于其他8株细菌的耐药谱,与随机扩增多态性分析和质粒图谱分析相一致。比较随机扩增多态性和质粒指纹图谱2种分型方法发现:它们虽具有相似的结果,但质粒图谱法分析更能反映出菌株之间的亲缘关系。

俄罗斯“和平”号空间站搭载的番茄随机扩增多态性DNA分析

中国科学院遗传与发育生物学研究所利用俄罗斯和平号空间站搭载6年的番茄种子地面种植，进行RAPD检测。结果表明，空间搭载的番茄和地面对照经PAPD分析，40个随机引物中，31个引物扩增的DNA带型一致，9个引物扩增的DNA带型表现多态性。共扩增出269条带，多态性带29条，多态性百分率为10．8％。空间搭载的番茄和对照相比扩增带型均出现差异，且空间搭载的番茄之间的带型也不同。和地面对照相比，空间搭载的番茄中5号植株的DNA变异程度最大，3号植株变异程度最小。由此可见，长时间航天飞行可引起番茄遗传物质DNA水平的变异。

基于随机扩增多态性DNA分析的霍乱弧菌分子分型方法的建立

目的建立基于随机扩增多态性DNA分析(Randomly amplified polymorphic DNA,RAPD)的霍乱弧菌简便快速分子分型方法。方法选择16株霍乱弧菌代表性菌株,包括O_1群、O_(139)群和非O_1/非O_(139)群等血清群,通过40条随机引物的RAPD-PCR实验,筛选出理想的随机引物,要求其产生的DNA指纹图谱多态性高,并有足够的分辨力进行分子分型。结果通过一系列RAPD-PCR实验和统计学聚类分析,从40条随机引物中筛选出2条最符合要求的引物。16株霍乱弧菌的分析结果显示,2条引物对于O_1群和O_(139)群产毒株、O_1群非产毒株和非O_1/非O_(139)群均有很好的聚类分辨率。结论本研究筛选获得了2条随机引物并建立了基于RAPD的分子分型方法,该方法简便、省时、省力,适用于地方疾控部门和口岸检疫部门的基层实验室开展霍乱监测和流行病学溯源工作。

小菜蛾对溴氰菊酯抗药性的随机扩增多态性DNA分析

利用室内选育119代的抗溴氰菊酯小菜蛾Plutella xylostella品系和敏感品系,通过反复回交和自交建立近等基因系。用Operon公司合成的20个引物对近等基因系基因组DNA进行PCR扩增。3个引物在抗性品系中分别产生1条特异扩增带,4个引物在敏感品系中分别产生了1～5条特异扩增带。由于在近等基因系中,除了与抗性相关的基因区外,其它的遗传背景是相同的,因此可以认为这些特异带与小菜蛾对溴氰菊酯的抗性有关。

云南大围山自然保护区木霉菌多样性与RAPD分析

描述了从云南省大围山自然保护区土壤样品中分离鉴定的 6个木霉集合种 (speciesaggregates) :康氏木霉(Trichoderma .koningiiOud) ,哈茨木霉 (T .harzianumRifai) ,绿色木霉 (T .viridePersexS .F .Gray) ,长枝木霉(T .longibrachiatumRifai) ,桔绿木霉 (T .citrinovirideBissett) ,钩状木霉 (T .hamatum (Bon)Bain)。对 6种木霉分别进行拮抗活性测定和随机扩增多态性DNA(RAPD) ;其结果 ,6种木霉对 4种植物病原菌均有不同程度的拮抗性 ;6种木霉DNA扩增谱带差异明显 ,遗传相似性聚类分析结果按一定遗传距离可分 6群 ;与形态分类结果一致 ,可作为木霉分类鉴定的依据。

鼠麴草基因组DNA的提取方法及随机扩增多态性DNA分析

目的以鼠麴草的叶为材料,研究鼠麴草DNA的提取方法及对其进行随机扩增多态性DNA(RAPD)的分析。方法采用略改进的十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、高盐低pH法、木本法和十二烷基硫酸钠(SDS)法分别提取鼠麴草叶的基因组DNA。通过RAPD分析所提取的DNA,比较所用的提取方法。结果CTAB法得到DNA的A260/A280为1.937,浓度为992.25μg/ml,优于其他3种方法。结论CTAB法是4种方法中最佳的方法。

副溶血性弧菌食源性疾病分离株的RAPD分子分型研究

目的:探讨副溶血性弧菌食源性疾病分离株的基因多态性。方法:采用随机扩增多态性分析(RAPD)对副溶血性弧菌食源性疾病分离株进行分子分型,结合SPSS软件构建以上菌株的带型关系系统树状图,对菌株进行基因多态性分析。结果:所采用引物能从副溶血性弧菌扩增出特异性的DNA条带,分型效果较好,所有46株副溶血性弧菌中大部分的RAPD结果经聚类分析可分为3个主要聚类群,较好地反应了不同血清型和不同来源菌株的亲缘关系。结论:可应用RAPD方法进行食源性疾病的流行病学调查和溯源。

当归新品系“DGA2000-02”与对照品种的遗传差异分析

当归新品系"DGA2000-02"是利用兰州重离子加速器研究装置(HIRFL)对"岷归1号"进行重离子束辐照选育出来的。与岷归1号相比,DGA2000-02表现出更强的抗病性,产量也有较大提高。对这两个品种的表型、品质及遗传差异进行了系统的分析。为将来进一步选育产量高、品质好及抗逆性强的新品种提供研究基础。

应用RAPD技术鉴别微生态菌种

目的 :建立应用RAPD技术鉴别微生态菌种的方法 ,提高菌种鉴别水平。方法 :应用RAPD(随机扩增多态性 )方法 ,选用 5条随机引物 ,利用PCR方法 ,对 3株长双歧杆菌 ,3株嗜酸乳杆菌 ,3株粪肠球菌进行基因组DNA指纹图谱分析。结果 :发现不同菌株扩增的DNA片段的大小、数量是有差异的。结论 :此方法具有可重复性 ,方便、快速和准确的优势 ,可用于微生态制剂生产用菌株的鉴别。

实时定量PCR法快速检测水产品中的副溶血性弧菌

副溶血性弧菌是一种广泛存在于水产品中的食源性致病菌,可污染食物,引起严重的食物中毒。利用实时定量PCR方法建立一种快速检测水产品中副溶血性弧菌的方法,根据随机扩增多态性分析(RAPD)鉴定特异性片段,设计特异性引物。采用建立的实时定量PCR方法检测市售水产品20份,检出阳性食品6份,最小检测灵敏度为50 fg DNA,与传统微生物检测结果相比无显著差异。该检测方法特异性强,灵敏度高。

我国部分地区猪养殖场耐药基因mcr-1阳性大肠杆菌的PFGE和RAPD分型对比研究

耐药基因mcr-1严重威胁多黏菌素对多重耐药革兰氏阴性杆菌感染的治疗,该基因起源于动物养殖场,而且具有非常高的流行率。本研究从我国山东、青海、四川、北京、贵州、海南、江西、山西、新疆维吾尔自治区9个省市自治区的33个猪养殖场分离鉴定得到63株mcr-1阳性大肠杆菌,采用脉冲场凝胶电泳分型(PFGE)和随机扩增多态性分析(RAPD)方法来解析上述菌株的亲缘关系,并对两种分子分型方法进行比较。结果显示,我国不同地域猪养殖场中的mcr-1宿主菌主要为大肠杆菌,并且其分子分型呈现多样性特征。63株菌共获得56种PFGE谱型,仅有7组菌株表现出克隆关系;RAPD分型则呈现55种谱型,有7组菌株表现出克隆关系。研究表明两种分型方法均可用于mcr-1阳性大肠杆菌的同源性分析,但PFGE的分辨力、稳定性、重复性都优于RAPD,在对菌株进行亲缘关系分析时推荐使用PFGE。对于缺乏高端设施的实验室,分离株进行分子分型时也可以考虑RAPD。

低能碳离子注入野牛草种子的变异分析

以野牛草 (Buchlo dactyloides)为材料 ,研究了不同注量的C+ 离子注入种子对种子萌发、幼苗生长和发育 ,以及随机扩增多态性DNA(RAPD)谱带变化的影响 .结果表明 :随C+ 注量Φ增加 ,种子萌发率降低 ,实生苗生长减弱 ;Φ =1× 10 14 cm- 2 处理的幼苗生长超过对照 ,但Φ =1×10 15和 1× 10 16 cm- 2 处理使幼苗生长高度显著降低 (P <0 .0 5 ) ;不同Φ处理对幼苗叶片数和分蘖数无显著影响 (P >0 .0 5 ) ;引物E1和E12扩增的RAPD谱带中出现DNA条带随C+ 的Φ增加逐渐消失的现象 ,首次揭示了RAPD条带变化与Φ的相关性 .研究认为 ,利用Φ =1× 10 14 cm- 2 的C+ 离子注入种子 。

一株酿酒酵母的特征区域序列扩增标记

以23株不同来源的酿酒酵母为研究对象,分别提取基因组DNA,试用50条随机引物对其进行随机扩增多态性DNA分析,筛选到两条具有菌株鉴别能力的随机引物。P09可以从2.412,ST—01,SK—26,ZD—01四株酿酒酵母基因组DNA中扩增出长度为433bp的Sc—433片断Sc—433;P46可以从2.1882,ST—01,NJ—02三株酿酒酵母基因组DNA中扩增出长度为665bp的Sc—665片断,其中仅有目的菌株ST—01能稳定的扩增出这2个标记。把这2个片断分别克隆到pUCmT质粒载体中,经过酶切鉴定后测序,根据序列设计特异性引物,把RAPD标记转化为特征区域序列扩增标记,为酿酒酵母菌株的分子鉴别提供了新的借鉴。

O139群霍乱弧菌地方分离株的分子特征研究

目的研究本地分离出的O139群霍乱弧菌的分子特征,建立霍乱暴发和散发的快速检测及流行病学溯源的有效手段。方法采用PCR方法对霍乱弧菌进行4种毒力基因的检测,用随机扩增多态性分析(RAPD)及SPSS软件对以上菌株进行多态性分析,对霍乱弧菌毒力进行快速测定和分子分型。结果5株O139群霍乱弧菌均可检出四种毒力基因。所有霍乱弧菌的RAPD结果经聚类分析可分为3个聚类群,较好地反应了不同群的霍乱弧菌之间的亲缘关系。结论可将PCR和RAPD方法结合分析用于霍乱疫情的快速检测和流行病学溯源。

一起由副溶血弧菌引起的食物中毒的实验室检测

目的:对一起可疑食物中毒的病原菌相关实验室检测。方法:参照GB/T7489、W S/T.9-1996对食物中毒患者肛拭子进行致病菌检测,并对分离的可疑致病菌进行毒力基因检测、随机扩增多态性分析(RAPD)和药敏试验。结果:11份患者肛拭标本中,8份(占72.7%)分离出副溶血弧菌,血清分型均为O3:K6;毒力基因检测为tdh阳性,trh阴性;RAPD结果显示,8株副溶血弧菌具有相似的RAPD图谱。结论:结合流行病学资料、可疑致病菌检测、毒力基因检测及随机扩增多态性分析结果,证实该起食物中毒是由副溶血弧菌引起,致病毒素主要为tdh编码的TDH。

小鼠基因组RAPD-PCR反应条件的优化与筛选

目的筛选优化小鼠RAPD-PCR反应体系及扩增程序。方法以2条引物对4个品系的小鼠基因组DNA在各种不同条件下进行RAPD-PCR,分析比较扩增结果。结果扩增结果较好的反应体系及扩增程序如下:在25 ml的反应体系中含有10×buffer2．5μl,dNTP 200 mmol／L,Mg2+ 2．5mmol／L,引物0．2 mmol/L,Taq酶1．25 U,扩增程序为94℃变性1 min,40℃退火1 min,72℃延伸90 s,40个循环后72℃延伸5 min。结论这一反应体系和扩增程序在我们实验室得到了较好的扩增效果。

复发性外阴阴道假丝酵母菌病快速联合检测及复发前后念珠菌同源性分析

目的 了解外阴阴道假丝酵母菌病(vulvovaginal candidiasis,VVC)复发前后白色念珠菌的基因型,为临床的治疗提供实验室依据。方法 2018年10月-2020年2月选取本院门诊VVC患者样本进行菌种保存,对达到复发性条件的样本进行复发前后随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)同源性分析。结果 VVC患者治疗前31例白色念珠菌、2例光滑念珠菌,治疗后有2例光滑念珠菌复发为白色念珠菌;基因型共为4型,白色念珠菌治疗前Ⅰ型占12. 9%、Ⅱ型占51. 6%、Ⅲ型占29. 0%、Ⅳ型占6. 5%,治疗复发后Ⅰ型占12. 9%、Ⅱ型占54. 8%、Ⅲ型占29. 0%、Ⅳ型占3. 2%。结论 白色念珠菌感染基因型本地区以Ⅱ型、Ⅲ型为主,同时治疗后复发的基因型与复发前未见明显区别。