随机扩增多态性DNA分子标记研究进展及在中药鉴定中的应用

随机扩增多态性 DNA是一种兼稳定性和多态检出率高的 DNA分子标记技术之一 ,本文综述了 RAPD技术原理、操作过程、优势、不足和应对措施以及该技术的扩展、在中药分类、鉴定等中的应用。

蝴蝶兰随机扩增多态性DNA分子标记体系优化

采用改良的SDS法提取蝴蝶兰叶片基因组DNA,并以其为模板对影响随机扩增多态性DNA(RAPD)扩增反应的主要因子采用递进分析方法进行优化,建立了蝴蝶兰RAPD反应体系。结果表明,所提DNA达到10 ng/μL,优化后的20μL反应体系为:10 mmol/L的dNTPs 0.5μL,10 ng/μL的模板DNA 0.5μL,25 mmol/L的MgCl22.4μL,2 U Taq聚合酶,10μmol/L的引物0.5μL,10×Buffer溶液2μL,双蒸水15.7μL。优化后的扩增程序为:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,36℃退火1 min,72℃延伸1.5 min,42次循环,最后72℃延伸10 min。

随机扩增多态性DNA分子标记技术在肠球菌分型中的应用

该研究旨在探索随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)分子标记技术在肠球菌种间快速分型的效果。试验通过筛选模板、单引物、双引物及RAPD反应体系,构建肠球菌种间分型体系,对32株已知肠球菌分型确定分型相似度标准,并通过对46株未知肠球菌进行种间分型以及管家基因rpoA测定验证分型效果。结果显示微波法提取基因组DNA满足实验需要,筛选出7条单引物用于双引物配对组合,最适的双引物反应体系为:2×PCR Taq Mix 12.5μL,模板DNA 1μL,引物各1μL,ddH_(2)O 9.5μL;分型效果最好的双引物组合为Primer1+Primer5,该引物组合可以在80%的相似度下区分肠球菌种间差异,Primer1+Primer3组合在500 bp位置扩增出海氏肠球菌的特征条带,可以作为海氏肠球菌的鉴定指标,用以快速鉴定海氏肠球菌。

红花种质的随机扩增多态性DNA分子鉴定

目的:从分子水平探讨红花(Carthamus tinctorius L.)的种内变异,为红花种质的分子鉴定提供依据。方法:用随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术和统计学分析方法,对从我国新疆、甘肃、宁夏、河南、山东、山西、河北、安徽、浙江等9省采集的红花22个品种的遗传多样性进行分析。结果:根据RAPD特征图谱,通过在DNA分子水平上的聚类分析,将红花22个品种分为7个类型。RAPD聚类分析表明了品种间的亲缘关系:北方,特别是新疆地区的品种亲缘关系较近,PCR结果极为相似,而南方品种间遗传差异性较大。结论:红花种内存在一定的遗传变异,本研究结果为红花品种鉴定及亲缘关系的探讨提供一定依据。

马尾松随机扩增多态性DNA标记的分离研究

马尾松随机扩增多态性ＤＮＡ标记的分离研究魏令波，唐谦，郑先武，顾万春（中国林业科学研究院林业研究所北京１０００９１）李小兵（中国科学院遗传研究所植物生物技术开放实验室北京１０００１２）关键词马尾松，ＲＡＰＤ，Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ分离随机扩增多态性ＤＮＡ...

肺炎克雷伯菌随机扩增多态性DNA的分子流行病学研究

目的采用随机扩增多态性DNA(RAPD)基因分型方法监测肺炎克雷伯菌医院感染。方法对临床分离的36株肺炎克雷伯菌进行RAPD基因分型,并通过指纹图谱比较与分析,确证医院感染爆发。结果36株肺炎克雷伯菌共分得33型,肺炎克雷伯菌医院感染局部流行共1起。结论RAPD可对肺炎克雷伯菌进行分子流行病学调查。

随机扩增多态性DNA标记技术及其在药用植物研究中的应用

随机扩增多态性DNA(RAPD)技术是近年来广泛应用的分子标记技术之一,以PCR反应为基础,其特点是快速简便、易操作、成本较低,DNA需要量少、无需放射性分析,也不会污染等。该文简述了RAPD技术的原理及优缺点以及其在药用植物遗传多样性分析、药材鉴别和DNA指纹图谱的构建、亲缘关系及系统学研究、药材的道地性等方面的应用,并展望了其发展前景。

肠炎沙门菌随机扩增多态性DNA分子分型

目的对不同来源的12株肠炎沙门菌分离株进行分子分型。方法分别提取不同菌株基因组DNA,建立和优化随机扩增多态性DNA（RAPD）反应体系,试用22条随机引物对不同菌株进行RAPD扩增,筛选清晰稳定的扩增条带做统计分析。结果筛选到OPG-03、OPG-06、OPG-07和OPG-13共4条随机引物具有鉴别作用,每一菌株均可扩增出4~10条DNA片段,大多数片段在100~2000bp之间,共扩增出42条RAPD条带,其中共有条带7条,多态性条带35条,多态性为83.3%。不同来源的肠炎沙门菌分离株之间的遗传相似系数在42.6%~100%之间,在0.850的相似性水平上可将12株肠炎沙门菌分离株分为5个不同的亚型。结论应用RAPD技术在分子水平上对肠炎沙门菌进行鉴别和分型具有简便、快速和辨别能力高的优势,对肠炎沙门菌的分子流行病学研究具有较好的应用前景。

ICU铜绿假单胞菌感染暴发的随机扩增多态性DNA分子分型

目的对铜绿假单胞菌(PA)进行随机扩增多态性DNA(RAPD)分子分型,探讨重症监护室(ICU)中PA医院感染的流行规律。方法采用RAPD技术对13株分离自某院ICU临床诊断为医院感染肺炎患者下呼吸道标本的PA进行分型,并与抗菌药物耐药谱分型比较。结果 13株PA产生A型(12株,92.31%)和B型(1株,7.69%)2种耐药表型,优势耐药表型为A型;RAPD分型可分2型,分别为Ⅰ型(6株,46.15%)和Ⅱ型(7株,53.85%)。7株分子Ⅱ型和5株分子Ⅰ型的耐药A型PA是优势菌株,可判断为引起ICU中PA医院感染暴发的病原菌。结论 ICU存在PA暴发流行,流行株为耐药A型/分子Ⅱ型、耐药A型/分子Ⅰ型。PA产生多重耐药性,RAPD分型是目前比较理想的分子流行病学溯源手段。

川木通的随机扩增多态性DNA与序列特征性扩增区域标记研究

目的采用随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)法建立川木通的分子鉴定方法,为川木通的快速鉴定奠定基础。方法从100对随机引物中筛选出5对多态性丰富的RAPD引物进行川木通10个种的扩增分析,最终得到C13为阳性序列特征性扩增区域(sequence characterized amplified regions,SCAR)标记。结果阳性SCAR标记均可以进行川木通原植物与药材的分子鉴定引物,C13可以鉴定上述2种药典品种和商品主流品种(粗齿铁线莲、钝萼铁线莲)。结论 RAPD法简便易行,为亲缘关系较近的多基原药材的鉴定提供了一种新方法。

以随机扩增多态性DNA(RAPD)技术筛选意大利蜜蜂重要农艺性状遗传标记

为了获得意大利蜜蜂重要农艺性状的分子遗传标记 ,本研究以 30种RAPD随机引物对平湖浆蜂、美意、澳意、苏意等 4个在产浆、采蜜和抗病性上存在较大差异的意蜂品系的基因组DNA进行RAPD_PCR扩增筛选。试验结果显示 ,随机引物W 1 8(5′_CGGACGGCGG_3′)和W2 3(5′_GTACCGCCCG_3′)的扩增图谱呈多态性。其中 ,在引物W 1 8所扩增出的 9条片断中 ,2 35 2bp和 36 4bp条带为美意所特有 ,表明可将之用于鉴别美意 ;2 0 92bp条带仅出现于蜂蜜高产的美意和澳意中 ,意味着该条带为一个蜂蜜高产性状的遗传标记 ;而 6 32bp条带在王浆高产品系平湖浆蜂中出现的频率 (0 91 )显著高于 (P <0 0 1 )美意(0 0 4 )、澳意 (0 0 2 )和苏意 (0 0 0 ) ,说明 6 32bp条带可能为王浆高产性状的一个遗传标记。在W2 3引物扩增条带中 ,6 5 1bp条带为澳意所特有 。

基于随机扩增多态DNA的序列特异性扩增标记法对乌苏里貉食毛症的分析

貉（Nyctereutes）在动物分类上属食肉目（Carnivora）,犬科（Canidae）,貉属（Nyctereutes genus）,别名貉子,是珍贵的毛皮动物。其皮是制做皮大衣、皮领、皮帽的高级原料。食毛症是笼养貉的常见病,该病导致貉被毛粗乱,轻者造成针毛、底绒参差不齐,尾根裸露;严重者皮肤外露,甚至出血、

锚定引物扩增多态性DNA分子标记鉴别番茄抗根结线虫病品种的研究

以抗病材料Ryau96172I和感病材料Rutagus以及所需鉴定的番茄品种为试验材料,根据Mi-1.2和Mi-1.1设计引物,利用改良SDS法提取番茄基因组DNA,用锚定引物扩增多态性DNA分子标记法标记不同番茄品种。同时利用爪哇根结线虫虫卵以5 000粒/株,接种苗龄为25 d,室内人工接种不同番茄品种。接种结果得到抗病材料2份、中抗材料2份、高感材料5份。本试验对APAPD分子标记反应体系的退火温度进行了优化,适宜退火温度为38℃。应用该体系筛选得到特异性引物1条,命名为SF30,特异片段长度为408 bp。综合以上两者结果表明,APAPD分子标记的结果与接种爪哇根结线虫鉴别番茄品种抗性结果相吻合。

俄罗斯“和平”号空间站搭载的番茄随机扩增多态性DNA分析

目的从分子水平证实长时间航天搭载的番茄种子后代的遗传物质发生变异。方法利用俄罗斯“和平”号空间站搭载6年的番茄种子地面种植,进行随机扩增多态性DNA(randomamplifiedpoly morphicDNA,RAPD)检测。结果空间搭载的番茄和地面对照经RAPD分析,40个随机引物中,31个引物扩增的DNA带型一致,9个引物扩增的DNA带型表现多态性。共扩增出269条带,多态性带29条,多态性百分率为10.8%。空间搭载的番茄和对照相比扩增带型均出现差异,且空间搭载的番茄之 间的带型也不同。和地面对照相比,空间搭载的番茄中5号植株的DNA变异程度最大,3号植株变异程度最小。结论长时间航天飞行可引起番茄遗传物质DNA水平上的变异。

向日葵种质资源的随机扩增多态性DNA(RAPD)研究

采用RAPD方法对我国 2 1个向日葵 (HelianthusannuusL .)基因型和 11个国外引进向日葵基因型进行分析 ,构建了它们的指纹图谱。从 80个随机引物中筛选出的 2 5个有效引物共产生 188条DNA片段 ,大小分布在 0 .2 6～1.98kb之间 ,其中 16 4条带具有遗传多态性 ,约占总数的 87.2 % ,平均每个引物扩增的DNA带数为 7.5 2条。 32个向日葵的遗传相似性分析表明 ,各基因型间的Nei氏相似性系数分布在 0 .3987～ 0 .85 3 1之间 ,平均相似性系数为0 .6 2 81。 11个国外向日葵基因型的Nei氏相似性系数分布在 0 .713 4～ 0 .85 3 1之间 ,平均相似性系数为 0 .782 8,说明国外基因型之间的遗传基础比较狭窄。 2 1个国内向日葵基因型的Nei氏相似性系数分布在 0 .475 0～ 0 .82 0 6 ,平均相似性系数为 0 .6 478,说明国内向日葵基因型之间的遗传多态性较为丰富。通过非加权算术平均数聚类(UPGMA)的方法 ,绘制出了 32个向日葵基因型之间的遗传关系树图。 32个向日葵基因型明显地聚成A、B两大类群。 2 1个国内向日葵基因型聚成了A1、A2两个亚类 ,A1组包括 :X10、陕西向日葵、D_S12 、长岭向日葵 6、黑 2_S2_2 、T_C0 8、长岭葵花 4、白葵 3号、BH_10、J_S_B1、张掖白子葵、C10 1_S4 3S4 等 12个基因型 ;A2组包括 :LK30 5_S8?

产超广谱β-内酰胺酶肺炎克雷伯菌的随机扩增多态性DNA分型研究

目的 对产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）肺炎克雷伯菌的耐药现状进行分析研究,对耐药株进行基因分型流行病学研究。方法 对临床分离的195株肺炎克雷伯菌进行ESBLs检测并采用微量稀释法测定MIC值,判断细菌的耐药性;对产ESBLs菌株以随机扩增多态性DNA分型法（RAPD）进行基因分型。结果 产ESBLs肺炎克雷伯菌占23％,其中51％来源于重症监护病房（ICU）;ESBLs阳性细菌对12种抗生素的耐药性远远高于ESBLs阴性菌;20株产ESBLs肺炎克雷伯菌分为11型。结论 本院神经外科SICU、呼吸科RICU存在产ESBLs肺炎克雷伯菌的流行;合理使用抗生素,加强重点病区的消毒隔离措施,是控制医院感染流行的重要措施;RAPD是从分子水平对耐药细菌进行流行病学研究的一种经济、快速、可靠的基因分型方法。

用随机扩增多态性DNA技术对重离子辐照大丽花花色突变体的初步研究

品系为“大雪青”的大丽花幼枝,经兰州重离子加速器提供的80MeV/u12C6+束辐照后,种植在甘肃省定西市临洮新兴花卉公司基地。辐照8Gy的幼枝有一株花色突变体,用随机扩增多态性DNA(Random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术对突变体和野生型进行检测分析。琼脂糖凝胶电泳结果表明,所用的10条引物中,有7条引物共扩增出78条带,其中5条引物扩增出了11条多态性片段,从而在DNA水平上证实了两者之间存在着差异,为进一步探讨重离子诱变机理打下基础。

随机扩增多态性DNA技术在中药红曲基原菌系统分类中的应用

目的 :建立中药红曲基原菌的随机扩增多态性 DNA( RAPD)分析方法。 方法 :以 CTAB法提取紫色红曲霉等 7种红曲霉和 1株土曲霉的基因组 DNA;溴化乙啶荧光强度和分光光度双重测定法确定 DNA浓度 ;琼脂糖凝胶电泳法检测 PCR扩增产物 ,PHYL IP 3.5 c进行聚类分析。 结果 :从 6 0个随机引物中筛选出 S2 82 等 10个引物的扩增产物谱带多 ,特征好 ;红曲霉属种间指纹图谱差异较大 ,呈现出明显的 DNA扩增产物多态性。 结论 :RAPD分析技术可作为真菌系统分类的客观而有效的手段之一。

棉花耐盐相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记筛选

利用相关序列扩增多态性(SRAP)和群体分离分析法(BSA)对棉花耐盐材料×敏盐材料组合的F2群体及26个耐、敏品种(系)进行分析和鉴定,筛选与棉花耐盐相关的分子标记。在88对正反引物组合中,筛选出在2个亲本间具有多态性的引物6对,经F2群体分析,发现1对引物能够在耐盐单株中扩增出350 bp的特异片段,而在敏盐单株中没有。品种鉴定显示,耐盐材料均能扩增出该片段,而敏盐材料没有该片段扩增。推测该片段是与棉花耐盐性紧密连锁的分子标记。

5种白蚁基因组DNA随机扩增多态性研究

采用 RAPD(Random amplified polymorphic DNA)技术对尖唇异白蚁 (H eterotermesaculabialis)、黄肢散白蚁 (Reticulitermes flaviceps)、扩头散白蚁 (R.ampliceps)、细颚木鼻白蚁(Stylotermes angustignathus)和陇南树白蚁 (Glyptotermes longnanensis)等 5种白蚁的基因组DNA多态性进行了初步分析。在所用的 2 0个随机引物中有 4个引物能扩增出稳定的带型 ,5种白蚁 6个群体共扩增出 43条带 ,均为多态性片段 ;同一种类不同群体和同一群体不同品级间存在一定程度的多态性 ,但种间扩增片段差异显著大于种内差异。以 UPGMA方法将扩增片段分布和共享度数据矩阵进行聚类分析 。