随机扩增多态性DNA分子标记技术在肠球菌分型中的应用

该研究旨在探索随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)分子标记技术在肠球菌种间快速分型的效果。试验通过筛选模板、单引物、双引物及RAPD反应体系,构建肠球菌种间分型体系,对32株已知肠球菌分型确定分型相似度标准,并通过对46株未知肠球菌进行种间分型以及管家基因rpoA测定验证分型效果。结果显示微波法提取基因组DNA满足实验需要,筛选出7条单引物用于双引物配对组合,最适的双引物反应体系为:2×PCR Taq Mix 12.5μL,模板DNA 1μL,引物各1μL,ddH_(2)O 9.5μL;分型效果最好的双引物组合为Primer1+Primer5,该引物组合可以在80%的相似度下区分肠球菌种间差异,Primer1+Primer3组合在500 bp位置扩增出海氏肠球菌的特征条带,可以作为海氏肠球菌的鉴定指标,用以快速鉴定海氏肠球菌。

利用随机扩增多态性DNA指纹技术对猪链球菌进行基因分型

通过优化反应条件和筛选随机引物 ,应用 10 0条随机引物对分离的 2 0株猪链球菌做随机扩增多态性DNA(RAPD)分型研究。结果表明 ,有 2 7条引物呈现良好的多态性和稳定性 ,可产生稳定、复杂的指纹图谱。采用SPSS10 .0软件分析了不同菌株之间的遗传距离 ,绘制出了菌株间的亲缘关系树状图 ,结果 ,2 0株猪链球菌被分为

鲍曼不动杆菌随机扩增多态性DNA法基因分型

目的建立鲍曼不动杆菌(A.baumannii)随机扩增多态性DNA(RAPD)法基因分型图谱。方法以优化的随机引物和反应体系对临床分离的176株鲍曼不动杆菌进行RAPD法基因分型,并按DNA条带数及片段大小绘制指纹图谱。结果176株临床分离鲍曼不动杆菌共得122种RAPD指纹图谱,以第68、58和66型为主要型别,分别为18、15和10株。结论RAPD技术可将临床分离鲍曼不动杆菌分型122种,本院的主要流行基因型为第68、58和66型。

13/17染色体易位纯合子猪群随机扩增多态性DNA指纹分析

利用 6 0条随机引物对 13/ 17罗伯逊易位纯合子猪、易位杂合子猪及正常核型猪的群体基因组 DNA进行了RAPD分析 ,筛选出 2 2个产生多态性的随机引物 ,计算出 3个群体间及群体内的共有带率 (F)及遗传距离指数 (D) ,并以此绘制出群体的亲缘关系树状图。对群体的遗传多样性进行了研究 ,计算出遗传多样性指数 (Ho) ,并在此基础上进行了 t检验 ,结果表明了该群体的变异情况。该群体的变异主要来源于群体间的变异 ,群体间的变异大于群体内的变异。利用 RAPD技术可快速有效地检测亲缘关系较近的猪群体的 DNA多态性 。

随机扩增多态性DNA分型法用于酵母菌基因分型

目的研究酵母菌随机扩增多态性DNA分型法(RAPD)的最佳实验条件。方法在改变引物、Mg2+、模板浓度、Taq多聚酶用量等不同条件下,采用RAPD法对酵母菌进行基因分型。结果经优化后的RAPD方法能清晰地对酵母菌进行基因分型。结论RAPD是从分子水平对酵母菌感染进行病原学、流行病学研究的一种快速、可靠的分子生物学分型方法。

嗜肺军团菌血清I型菌株随机扩增多态性DNA指纹图谱研究

目的采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法研究我国58株嗜肺军团菌血清1型(Lp1)菌株的基因型特征。方法58株嗜肺军团菌血清1型菌株来自北京和深圳市的集中空调冷却塔水和温泉水,随机引物采用5’-CGGCGGCG-GCGG-3’序列,分析Lp1型军团菌RAPD基因型和温度、pH值的关系。结果58株Lp1型菌株共分为17个RAPD基因型。与集中空调冷却塔水Lp1型菌株相比,温泉水分离的菌株基因型具有较高的多态性。深圳市29株集中空调冷却塔水分离的Lp1菌株,共呈现出3个RAPD基因型,北京市24株来自温泉水的Lp1菌株分为12个RAPD型,5株来自集中空调冷却塔水的Lp1型菌株分为两个RAPD型。温泉水Lp1菌株的基因型差异和水温度和pH值无明显的关联。结论RAPD分型方法可用于我国Lp1菌株的基因分型,不同地区和来源的Lp1型军团菌菌株具有特征性的RAPD基因型,温泉水中分离的Lp1菌株较集中空调冷却塔水分离菌株基因型呈现较高的基因多态性。

幽门螺杆菌临床分离株的随机扩增多态性DNA指纹图分析

目的 :建立武汉及周边地区幽门螺杆菌 (Helicobacterpylori,Hp)感染病人胃内分离的Hp的DNA指纹图谱 ,并进行数理统计分析 ,探讨Hp基因型与疾病的相互关系 ,为临床诊断、防治及致病机制提供理论与实践基础。方法 :采取随机扩增多态性DNA指纹法 (RandomamplifiedpolymorphicDNA ,RAPD)对 4 8例病人Hp基因组DNA进行PCR反应 ,其随机引物为 :12 90 5’ GTGGATGCGA 3’。反应产物经 2 %琼脂糖凝胶电泳 ,成像存盘。用统计分析软件 (Statisticanalysissoftware,SAS)对HpDNA指纹图的相似性以及与疾病的相关性进行分析。结果 :每个菌株都有其独特的DNA指纹图 ,显示其基因的多态性 ;计算机聚类分析显示 :HpDNA指纹图可分为两大类 ,其与宿主疾病之间有一定程度的相关性 (P <0 0 5 )。结论 :(1)RAPD对HpDNA扩增结果是稳定、可靠的 ,是一种较好的分型方法。 (2 )幽门螺杆菌感染所致疾病可能与其基因型相关。

弗氏柠檬酸杆菌随机扩增多态性DNA法基因分型

目的建立弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)随机扩增多态性DNA(RAPD)法基因分型图谱。方法以优化的反应体系及单一随机引物L8,对临床分离的116株C.freundii进行RAPD分析,并按指纹图上DNA条带数及片段大小绘制基因分型图谱。结果116株临床分离C.freundii共得78种RAPD型。结论RAPD法可将C.freundii分型78种。

随机扩增多态性DNA分型法在铜绿假单胞菌流行病学研究方面的应用

目的摸索适于铜绿假单胞菌随机扩增多态性DNA分型法(RAPD)分型的最佳实验条件,并对我院临床分离到的34株铜绿假单胞菌进行分型研究。方法从随机引物筛选、镁离子浓度、模板量、引物浓度4方面对RAPD反应体系进行优化。结果不同病区分离到的铜绿假单胞菌的指纹图谱互不相同;从烧伤病房分离到的8株高度耐药的铜绿假单胞菌中,其中7株为同一指纹图谱,另外1株为独特的指纹图谱,而外科重症监护病房、肺科病房、干部病房同一病区内分离到的铜绿假单胞菌均为同一指纹图谱。结论铜绿假单胞菌在病区内存在交叉感染的情况,但未出现病区间感染同一流行株。

阴沟肠杆菌随机扩增多态性DNA法基因分型

目的 建立阴沟肠杆菌(ECL)随机扩增多态性DNA(RAPD)法基因分型图谱。方法 以优化的随机引物 和反应体系对临床分离的159株ECL进行RAPD法基因分型,并按DNA条带数及片段大小绘制指纹图谱。 结果 159株临床分离ECL共得121种RAPD指纹图谱。结论RAPD技术可将临床分离ECL分型121种。

随机扩增多态性DNA分型法用于肠球菌基因分型

目的研究适于本实验室肠球菌随机扩增多态性 NDA分型法 (RAPD)分型的最佳实验条件。方法在改变引物、模板、Mg2 +浓度、Taq多聚酶用量及循环参数等不同条件下 ,采用 RAPD法对肠球菌进行基因分型。结果经优化后的 RAPD方法能很好地对肠球菌进行分子生物学分型。结论 RAPD是从分子水平对微生物感染进行病原学、流行病学研究较理想的一种经济、快速。

金黄色葡萄球菌随机扩增多态性DNA指纹图与药敏谱对医院感染管理的指导意义

目的 探讨金黄色葡萄球菌 (SA)药敏谱型对医院感染管理的指导意义。方法 通过随机扩增多态性 DNA(RAPD)技术分型 76株 SA,并归纳出药敏谱型与 RAPD型的对应关系。结果 药敏谱型 35种 ,RAPD分型 5 0种。二者呈单一对应关系的有 2 2种 ,呈一对二关系的有 12种 ,呈一对三关系的有 1种。结论 依据 SA药敏谱型可对 SA进行分型 ,从而指导医院感染管理。

黏质沙雷菌随机扩增多态性DNA法基因分型及意义

目的探讨黏质沙雷菌(SM)随机扩增多态性DNA(RAPD)法基因分型及意义。方法以优化的反应体系及单一随机引物AV15对临床分离的109株SM进行RAPD分析并按指纹图上DNA条带数及片段大小绘制基因分型图谱。结果109株SM共得78种RAPD型。结论RAPD法可用于SM的基因分型。

随机扩增多态性DNA分析法在幽门螺杆菌鉴定中的应用

目的探讨随机扩增多态性DNA（RAPD）分析法在在幽门螺杆菌（HP）菌株鉴定中的应用价值。方法选取该院65例HP感染的慢性胃炎或消化性溃疡患者,获取胃窦、胃体部黏膜进行HP培养,提取及纯化HP DNA后进行PCR反应,并采用RAPD分析HP基因指纹图谱;以同一HP菌株验证RAPD可重复性;65例患者均进行6个月以上的HP治疗,治疗后4∽6周评估HP治愈情况;对复发病例再次进行RAPD分析,观察RAPD指纹图谱变化。结果 65株菌株PAPD指纹图谱各不相同,但同一菌株传4代后,原代株与传代株进行PCR扩增,RADP指纹图谱完全一致。6例HP治疗后复发,3例RAPD指纹图谱与治疗前基本一致;3例产生不同RAPD指纹图谱。结论 RAPD分析法适用于HP基因多态性鉴定,是临床研究HP感染的实用方法,可用于HP复发和再感染鉴定。

基于随机扩增多态DNA的序列特异性扩增标记法对乌苏里貉食毛症的分析

貉（Nyctereutes）在动物分类上属食肉目（Carnivora）,犬科（Canidae）,貉属（Nyctereutes genus）,别名貉子,是珍贵的毛皮动物。其皮是制做皮大衣、皮领、皮帽的高级原料。食毛症是笼养貉的常见病,该病导致貉被毛粗乱,轻者造成针毛、底绒参差不齐,尾根裸露;严重者皮肤外露,甚至出血、

随机扩增多态性DNA最佳模板提取方法的探讨

目的 获得最佳模板提取方法用于随机扩增多态性DNA(RAPD)。方法 对 4种方法 (挑丝法、沉淀法、水清法和裂清法 )提取的模板DNA进行琼脂糖电泳、紫外线扫描及随机扩增多态性DNA ,比较其片段大小、纯度及RAPD指纹图差异。结果 挑丝法和沉淀法均可提取出大于 2 3kb且纯度较高的模板DNA ,二者指纹图完全一致且均有 2～ 4kb的较大片段。水清法和裂清法提取的模板有弥散、碎裂的DNA并纯度较差 ,指纹图上仅有 6 0 0～ 2 0 0 0bp的较小片段。 结论 用挑丝法或沉淀法提取的模板DNA最适于进行RAPD。

用随机扩增多态性DNA产物做探针产生鸡的DNA指纹图

我们用 12个随机扩增多态性DNA (RAPD)引物对来自不同品系的 4只鸡进行了RAPD分析 ,在扩增出的共 99条带中 ,表现多态性的带为 38条 ,占总带数的 38% .回收了 4个表现个体特异性的RAPD产物 ,当用鸡的基因组总DNA探针与它们杂交时 ,其中 3个表现阳性 ,说明RAPD方法扩增出的高变异产物含有重复序列 .用含重复序列的个体特异性RAPD产物作探针 ,与无关个体鸡基因组DNA的HaeⅢ酶切产物进行DNA印迹 ,获得了变异性较高的DNA指纹图谱 .因此 ,高变异的RAPD产物可以有效地用作DNA指纹探针 .

红花种质的随机扩增多态性DNA分子鉴定

目的:从分子水平探讨红花(Carthamus tinctorius L.)的种内变异,为红花种质的分子鉴定提供依据。方法:用随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术和统计学分析方法,对从我国新疆、甘肃、宁夏、河南、山东、山西、河北、安徽、浙江等9省采集的红花22个品种的遗传多样性进行分析。结果:根据RAPD特征图谱,通过在DNA分子水平上的聚类分析,将红花22个品种分为7个类型。RAPD聚类分析表明了品种间的亲缘关系:北方,特别是新疆地区的品种亲缘关系较近,PCR结果极为相似,而南方品种间遗传差异性较大。结论:红花种内存在一定的遗传变异,本研究结果为红花品种鉴定及亲缘关系的探讨提供一定依据。

俄罗斯“和平”号空间站搭载的番茄随机扩增多态性DNA分析

目的从分子水平证实长时间航天搭载的番茄种子后代的遗传物质发生变异。方法利用俄罗斯“和平”号空间站搭载6年的番茄种子地面种植,进行随机扩增多态性DNA(randomamplifiedpoly morphicDNA,RAPD)检测。结果空间搭载的番茄和地面对照经RAPD分析,40个随机引物中,31个引物扩增的DNA带型一致,9个引物扩增的DNA带型表现多态性。共扩增出269条带,多态性带29条,多态性百分率为10.8%。空间搭载的番茄和对照相比扩增带型均出现差异,且空间搭载的番茄之 间的带型也不同。和地面对照相比,空间搭载的番茄中5号植株的DNA变异程度最大,3号植株变异程度最小。结论长时间航天飞行可引起番茄遗传物质DNA水平上的变异。

中国鼠疫菌随机引物扩增多态性指纹图谱

目的 对中国不同鼠疫自然疫源地鼠疫菌染色体的分析和比较发现其近缘关系进而从分子水平进行分型。方法 用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术。结果 第 1条引物将中国的鼠疫菌分为 11个类型 ,每个类型都有一定的条带规律和地理分布范围。第 2条引物将我国的鼠疫菌分为 5个类型。结论 随机扩增多态性DNA(RAPD)