随机扩增多态性DNA分子标记技术在肠球菌分型中的应用

该研究旨在探索随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)分子标记技术在肠球菌种间快速分型的效果。试验通过筛选模板、单引物、双引物及RAPD反应体系,构建肠球菌种间分型体系,对32株已知肠球菌分型确定分型相似度标准,并通过对46株未知肠球菌进行种间分型以及管家基因rpoA测定验证分型效果。结果显示微波法提取基因组DNA满足实验需要,筛选出7条单引物用于双引物配对组合,最适的双引物反应体系为:2×PCR Taq Mix 12.5μL,模板DNA 1μL,引物各1μL,ddH_(2)O 9.5μL;分型效果最好的双引物组合为Primer1+Primer5,该引物组合可以在80%的相似度下区分肠球菌种间差异,Primer1+Primer3组合在500 bp位置扩增出海氏肠球菌的特征条带,可以作为海氏肠球菌的鉴定指标,用以快速鉴定海氏肠球菌。

随机扩增多态性DNA标记技术及其在药用植物研究中的应用

随机扩增多态性DNA(RAPD)技术是近年来广泛应用的分子标记技术之一,以PCR反应为基础,其特点是快速简便、易操作、成本较低,DNA需要量少、无需放射性分析,也不会污染等。该文简述了RAPD技术的原理及优缺点以及其在药用植物遗传多样性分析、药材鉴别和DNA指纹图谱的构建、亲缘关系及系统学研究、药材的道地性等方面的应用,并展望了其发展前景。

一种新型DNA标记技术——限制性位点扩增多态性(RSAP)的建立与优化

了避开基于限制性酶切位点分子标记技术的DNA酶切环节，简化其复杂的程序，试验以辣椒为材料，建立了一种新型DNA标记技术——限制性位点扩增多态性（RSAP），并对其反应体系进行了优化，对RSAP适用性、重复性进行了检验。结果显示，RSAP技术的引物为2条长度均为18bp的引物，引物的3’端为4～6个碱基的限制性酶切位点序列，接着是12～14个碱基的随机序列，2条引物的限制性位点和随机序列不同；PCR扩增的前5个循环采用35C的退火温度，随后的35个循环采用48℃的退火温度；在25μL反应体系中，模板DNA用量为20ng，Mg^2＋浓度为2．5mmol／L，dNTPs浓度为0．2mmol／L，TaqDNA聚合酶用量为1．5U，2条引物浓度均为600nmol／L;RSAP技术重复性好，适用性广泛，是一种操作简便、产率中等、稳定可靠的DNA标记技术。

随机扩增多态性DNA分子标记研究进展及在中药鉴定中的应用

随机扩增多态性 DNA是一种兼稳定性和多态检出率高的 DNA分子标记技术之一 ,本文综述了 RAPD技术原理、操作过程、优势、不足和应对措施以及该技术的扩展、在中药分类、鉴定等中的应用。

以随机扩增多态性DNA(RAPD)技术筛选意大利蜜蜂重要农艺性状遗传标记

为了获得意大利蜜蜂重要农艺性状的分子遗传标记 ,本研究以 30种RAPD随机引物对平湖浆蜂、美意、澳意、苏意等 4个在产浆、采蜜和抗病性上存在较大差异的意蜂品系的基因组DNA进行RAPD_PCR扩增筛选。试验结果显示 ,随机引物W 1 8(5′_CGGACGGCGG_3′)和W2 3(5′_GTACCGCCCG_3′)的扩增图谱呈多态性。其中 ,在引物W 1 8所扩增出的 9条片断中 ,2 35 2bp和 36 4bp条带为美意所特有 ,表明可将之用于鉴别美意 ;2 0 92bp条带仅出现于蜂蜜高产的美意和澳意中 ,意味着该条带为一个蜂蜜高产性状的遗传标记 ;而 6 32bp条带在王浆高产品系平湖浆蜂中出现的频率 (0 91 )显著高于 (P <0 0 1 )美意(0 0 4 )、澳意 (0 0 2 )和苏意 (0 0 0 ) ,说明 6 32bp条带可能为王浆高产性状的一个遗传标记。在W2 3引物扩增条带中 ,6 5 1bp条带为澳意所特有 。

蝴蝶兰随机扩增多态性DNA分子标记体系优化

采用改良的SDS法提取蝴蝶兰叶片基因组DNA,并以其为模板对影响随机扩增多态性DNA(RAPD)扩增反应的主要因子采用递进分析方法进行优化,建立了蝴蝶兰RAPD反应体系。结果表明,所提DNA达到10 ng/μL,优化后的20μL反应体系为:10 mmol/L的dNTPs 0.5μL,10 ng/μL的模板DNA 0.5μL,25 mmol/L的MgCl22.4μL,2 U Taq聚合酶,10μmol/L的引物0.5μL,10×Buffer溶液2μL,双蒸水15.7μL。优化后的扩增程序为:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,36℃退火1 min,72℃延伸1.5 min,42次循环,最后72℃延伸10 min。

随机扩增多态性DNA（Random amplified polymorphic DNA）标记技术的特点

近年来，分子标记技术已在海洋生物研究领域中应用取得了很大进展。随机扩增多态性DNA分子标记技术有哪些特点呢？中国科学院海洋研究所赫英俊等先生研究认为，具有三个显著特点：

随机扩增多态DNA(RAPD)技术及其在动物分子生物学研究中的应用

随机扩增多态DNA(RAPD)技术是1990年由Williams等和Welsh等两个研究小组同时发展起来的(RandomlyAmplified Polymorphic DNA,简称RAPD),随机扩增多态DNA(RAPD)技术在分子生物学应用研究中与RFLP一致,但具有一些比RFLP更优越的地方(王斌,1994)。RAPD技术出现后就迅速地发展起来。在动物的遗传变异研究中,已取得了一些有意义的结果(杨绍清,1996)。与其它生物技术结合可广泛用于品种和品系的鉴定及其遗传纯度的测定,品种、品系遗传关系的研究,基因的分离定位,基因图谱的构建,制备新的特异性探针等。

红花种质的随机扩增多态性DNA分子鉴定

目的:从分子水平探讨红花(Carthamus tinctorius L.)的种内变异,为红花种质的分子鉴定提供依据。方法:用随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术和统计学分析方法,对从我国新疆、甘肃、宁夏、河南、山东、山西、河北、安徽、浙江等9省采集的红花22个品种的遗传多样性进行分析。结果:根据RAPD特征图谱,通过在DNA分子水平上的聚类分析,将红花22个品种分为7个类型。RAPD聚类分析表明了品种间的亲缘关系:北方,特别是新疆地区的品种亲缘关系较近,PCR结果极为相似,而南方品种间遗传差异性较大。结论:红花种内存在一定的遗传变异,本研究结果为红花品种鉴定及亲缘关系的探讨提供一定依据。

马尾松随机扩增多态性DNA标记的分离研究

马尾松随机扩增多态性ＤＮＡ标记的分离研究魏令波，唐谦，郑先武，顾万春（中国林业科学研究院林业研究所北京１０００９１）李小兵（中国科学院遗传研究所植物生物技术开放实验室北京１０００１２）关键词马尾松，ＲＡＰＤ，Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ分离随机扩增多态性ＤＮＡ...

用随机扩增多态性DNA技术对重离子辐照大丽花花色突变体的初步研究

品系为“大雪青”的大丽花幼枝,经兰州重离子加速器提供的80MeV/u12C6+束辐照后,种植在甘肃省定西市临洮新兴花卉公司基地。辐照8Gy的幼枝有一株花色突变体,用随机扩增多态性DNA(Random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术对突变体和野生型进行检测分析。琼脂糖凝胶电泳结果表明,所用的10条引物中,有7条引物共扩增出78条带,其中5条引物扩增出了11条多态性片段,从而在DNA水平上证实了两者之间存在着差异,为进一步探讨重离子诱变机理打下基础。

随机扩增多态性DNA技术在中药红曲基原菌系统分类中的应用

目的 :建立中药红曲基原菌的随机扩增多态性 DNA( RAPD)分析方法。 方法 :以 CTAB法提取紫色红曲霉等 7种红曲霉和 1株土曲霉的基因组 DNA;溴化乙啶荧光强度和分光光度双重测定法确定 DNA浓度 ;琼脂糖凝胶电泳法检测 PCR扩增产物 ,PHYL IP 3.5 c进行聚类分析。 结果 :从 6 0个随机引物中筛选出 S2 82 等 10个引物的扩增产物谱带多 ,特征好 ;红曲霉属种间指纹图谱差异较大 ,呈现出明显的 DNA扩增产物多态性。 结论 :RAPD分析技术可作为真菌系统分类的客观而有效的手段之一。

半夏种质资源的随机扩增多态性DNA技术分析

目的分析半夏种质资源在分子水平上的遗传多样性。方法应用随机扩增多态性DNA技术(RAPD)对21份半夏种质资源进行检测。结果29个引物共得到162条扩增DNA片段,其中123条(75.9%)的片段具多态性,揭示了半夏居群间较丰富的遗传多样性。利用UPGMA法进行聚类分析表明,所有材料可划分为3类,根据RAPD遗传相似系数划分的类群同地理分布有一定关系。结论半夏种质资源在分子水平上确实存在较大遗传差异。RAPD标记可作为构建半夏DNA指纹图谱的有效工具。

用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术区分不同地理株白纹伊蚊

目的 对来自北京、广州、成都、上海和日本的冲绳及长乐寺 6个不同地理株的 12只雄蚊进行随机扩增多态性DNA(RAPD)分析。方法 RAPD -PCR。结果 UPGMA法构建的系统聚类图表明 ,12只白纹伊蚊可归为明显不同的两个组 ,不同地理株之间存在着显著的遗传分化。结论 用RAPD法可以区分不同地理株的白纹伊蚊。

利用随机扩增多态性DNA指纹技术对猪链球菌进行基因分型

通过优化反应条件和筛选随机引物 ,应用 10 0条随机引物对分离的 2 0株猪链球菌做随机扩增多态性DNA(RAPD)分型研究。结果表明 ,有 2 7条引物呈现良好的多态性和稳定性 ,可产生稳定、复杂的指纹图谱。采用SPSS10 .0软件分析了不同菌株之间的遗传距离 ,绘制出了菌株间的亲缘关系树状图 ,结果 ,2 0株猪链球菌被分为

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术研究不同地理株埃及伊蚊的分化

目的 用RAPD技术对实验室饲养的广东、海南、台湾和印尼Baro等 4个不同地理株的 8只雌蚊进行随机扩增多态DNA分析。方法 随机扩增多态性DNA(RAPD)技术。结果 选用 2 0个随机引物进行扩增 ,有 8个引物表现清晰的RAPD谱带并呈显著多态性。UPGMA法构建的分子系统树表明埃及伊蚊 4个地理株之间存在着一定程度的遗传分化。结论 用RAPD方法可以区分不同地理株埃及伊蚊。

利用随机扩增多态DNA技术对江西地方黑猪群体遗传关系的初步研究

对奉新黑猪、星子黑猪、南城黑猪、资溪黑猪、玉山黑猪、铅山黑猪等 6个江西地方黑猪类群基因组混合DNA进行了RAPD分析。根据 1 6个多态引物的扩增结果计算了遗传距离指数并进行了UPMGA聚类分析。结果表明 :玉山黑猪和铅山黑猪亲缘关系最近 ,而南城黑猪与铅山黑猪的遗传距离最远。综合考虑现行的分类结果及前人研究结果 ,认为玉山黑猪和铅山黑猪 ,星子黑猪和奉新黑猪可分别划分为同一猪种 。

甜叶菊随机扩增多态性DNA技术优化及亲缘关系研究

以甜叶菊为试材,对影响其随机扩增多态性DNA标记反应体系的7个因子进行优化,同时对来自国内外的12个品种进行亲缘关系分析。结果表明,20μL的优化体系包括:双蒸水13.6μL,10×Buffer(含15mmol/LMgCl2)溶液3μL,2.5mmol/L的dNTPS1.2μL,10μmol/L的引物1μL,20ng的模板DNA1μL,1UTaq聚合酶;热循环程序为:94℃预变性4min,94℃变性30s,35℃退火30s,72℃延伸1min,40个循环,最后72℃延伸7min。聚类图结果表明,品种间的遗传距离变异范围为0.12～0.88,在遗传距离为0.37时,8个引物可将12个品种分为四大类,来自日本的2个品种与国内品种关系较远。

肺炎克雷伯菌随机扩增多态性DNA的分子流行病学研究

目的采用随机扩增多态性DNA(RAPD)基因分型方法监测肺炎克雷伯菌医院感染。方法对临床分离的36株肺炎克雷伯菌进行RAPD基因分型,并通过指纹图谱比较与分析,确证医院感染爆发。结果36株肺炎克雷伯菌共分得33型,肺炎克雷伯菌医院感染局部流行共1起。结论RAPD可对肺炎克雷伯菌进行分子流行病学调查。

随机扩增多态性DNA(RAPD)技术用于青海田鼠鼠疫菌株亲缘性的研究

目的 对青海省称多县境内和四川省石渠县境内青海田鼠体内分离的 32株鼠疫耶尔森氏菌的基因进行分析 ,明确两地鼠疫耶尔森氏菌间的亲缘关系。方法 用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术。结果 扩增产物在凝胶电泳上显示的条带 ,除 7株菌略有不同外 ,其余 2 5株均相同。TreeView[Win32 ]统计软件分析的结果也显示两地鼠疫耶尔森氏菌之间具有很近的亲缘关系。结论 青海省称多县和四川省石渠县青海田鼠体内分离到的鼠疫耶尔森氏菌在遗传学上属同一来源。