随机扩增多态性DNA分子标记技术在肠球菌分型中的应用

该研究旨在探索随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)分子标记技术在肠球菌种间快速分型的效果。试验通过筛选模板、单引物、双引物及RAPD反应体系,构建肠球菌种间分型体系,对32株已知肠球菌分型确定分型相似度标准,并通过对46株未知肠球菌进行种间分型以及管家基因rpoA测定验证分型效果。结果显示微波法提取基因组DNA满足实验需要,筛选出7条单引物用于双引物配对组合,最适的双引物反应体系为:2×PCR Taq Mix 12.5μL,模板DNA 1μL,引物各1μL,ddH_(2)O 9.5μL;分型效果最好的双引物组合为Primer1+Primer5,该引物组合可以在80%的相似度下区分肠球菌种间差异,Primer1+Primer3组合在500 bp位置扩增出海氏肠球菌的特征条带,可以作为海氏肠球菌的鉴定指标,用以快速鉴定海氏肠球菌。

用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术区分不同地理株白纹伊蚊

目的 对来自北京、广州、成都、上海和日本的冲绳及长乐寺 6个不同地理株的 12只雄蚊进行随机扩增多态性DNA(RAPD)分析。方法 RAPD -PCR。结果 UPGMA法构建的系统聚类图表明 ,12只白纹伊蚊可归为明显不同的两个组 ,不同地理株之间存在着显著的遗传分化。结论 用RAPD法可以区分不同地理株的白纹伊蚊。

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术研究不同地理株埃及伊蚊的分化

目的 用RAPD技术对实验室饲养的广东、海南、台湾和印尼Baro等 4个不同地理株的 8只雌蚊进行随机扩增多态DNA分析。方法 随机扩增多态性DNA(RAPD)技术。结果 选用 2 0个随机引物进行扩增 ,有 8个引物表现清晰的RAPD谱带并呈显著多态性。UPGMA法构建的分子系统树表明埃及伊蚊 4个地理株之间存在着一定程度的遗传分化。结论 用RAPD方法可以区分不同地理株埃及伊蚊。

随机扩增多态性DNA(RAPD)技术用于青海田鼠鼠疫菌株亲缘性的研究

目的 对青海省称多县境内和四川省石渠县境内青海田鼠体内分离的 32株鼠疫耶尔森氏菌的基因进行分析 ,明确两地鼠疫耶尔森氏菌间的亲缘关系。方法 用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术。结果 扩增产物在凝胶电泳上显示的条带 ,除 7株菌略有不同外 ,其余 2 5株均相同。TreeView[Win32 ]统计软件分析的结果也显示两地鼠疫耶尔森氏菌之间具有很近的亲缘关系。结论 青海省称多县和四川省石渠县青海田鼠体内分离到的鼠疫耶尔森氏菌在遗传学上属同一来源。

随机扩增多态DNA(RAPD)技术及其在农业上的应用(综述)

随机扩增多态DNA技术是近年发展起来的一种DNA多态性检测技术。它以一系列不同的随机排列碱基顺序的寡核苷酸单链(通常是十聚体)为引物,对所研究的基因组DNA进行单引物扩增。扩增DNA片段的多态性反映了基因组相应区域的DNA多态性。RAPD技术可以在对物种没有任何分子生物学研究的情况下,对其进行DNA多态性分析,同RFLP及DNA指纹图谱法等其他DNA多态性检测技术相比,RAPD具有检测效率高、样品用量少、灵敏度高和检测容易的优点。RAPD技术已广泛的应用于农作物和畜禽品种及品系的遗传纯度的测定、品种和品系的鉴定、品种和品系遗传关系的确定、基因的定位和分离以及构建基因图谱等方面的研究。

以随机扩增多态性DNA(RAPD)技术筛选意大利蜜蜂重要农艺性状遗传标记

为了获得意大利蜜蜂重要农艺性状的分子遗传标记 ,本研究以 30种RAPD随机引物对平湖浆蜂、美意、澳意、苏意等 4个在产浆、采蜜和抗病性上存在较大差异的意蜂品系的基因组DNA进行RAPD_PCR扩增筛选。试验结果显示 ,随机引物W 1 8(5′_CGGACGGCGG_3′)和W2 3(5′_GTACCGCCCG_3′)的扩增图谱呈多态性。其中 ,在引物W 1 8所扩增出的 9条片断中 ,2 35 2bp和 36 4bp条带为美意所特有 ,表明可将之用于鉴别美意 ;2 0 92bp条带仅出现于蜂蜜高产的美意和澳意中 ,意味着该条带为一个蜂蜜高产性状的遗传标记 ;而 6 32bp条带在王浆高产品系平湖浆蜂中出现的频率 (0 91 )显著高于 (P <0 0 1 )美意(0 0 4 )、澳意 (0 0 2 )和苏意 (0 0 0 ) ,说明 6 32bp条带可能为王浆高产性状的一个遗传标记。在W2 3引物扩增条带中 ,6 5 1bp条带为澳意所特有 。

随机扩增多态性DNA(RAPD)技术及其在医学原虫学中的研究进展

随机扩增多态性 DNA(RAPD)分析技术以其高效、快速、简便等优点而被广泛应用。本文介绍了该技术的原理、影响因素和局限性 ,并重点综述了其在医学原虫分类鉴定、世系发育、地理分布。

随机扩增多态DNA(RAPD)技术及其在动物分子生物学研究中的应用

随机扩增多态DNA(RAPD)技术是1990年由Williams等和Welsh等两个研究小组同时发展起来的(RandomlyAmplified Polymorphic DNA,简称RAPD),随机扩增多态DNA(RAPD)技术在分子生物学应用研究中与RFLP一致,但具有一些比RFLP更优越的地方(王斌,1994)。RAPD技术出现后就迅速地发展起来。在动物的遗传变异研究中,已取得了一些有意义的结果(杨绍清,1996)。与其它生物技术结合可广泛用于品种和品系的鉴定及其遗传纯度的测定,品种、品系遗传关系的研究,基因的分离定位,基因图谱的构建,制备新的特异性探针等。

梭鱼人工养殖群体与自然群体的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

利用随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）技术，对黄河口海域梭鱼人工养殖群体与自然群体的遗传多样性进行了分析比较，以期由分子水平了解梭鱼的种群遗传多样性背景及人为干涉因素对梭鱼种群遗传多样性造成的影响．选用ＯＰＣ组２０个１０碱基对（ｂｐ）的随机引物，对采自河北省黄骅市的２４尾野生梭鱼和１５尾人工养殖梭鱼进行了分析．选出１１个扩增效果稳定的引物用于群体分析，扩增结果具有较好的可重复性．１１个引物共检出１１２个位点，其中养殖群体中有９４个表现多态，多态比例为 ８３． ９３％；自然群体在 ９６个位点上表现多态，多态比例为 ８５． ７１％．经计算，养殖群体的遗传多样性指数为 ０． ２１２ ４，自然群体的遗传多样性指数为 ０． ２２７１；梭鱼两群体间的相似系数为 ９２． ８２％，遗传距离为 ０． ０７１８．研究结果表明，目前黄河口海域梭鱼群体的遗传多样性比较丰富，人工养殖过程对其未造成明显的影响，估计这与人工养殖过程中人为干涉因素少（如育苗历史短、亲鱼来源于自然群体、无定向选择和近亲繁殖等）有关．这一结果表明，梭鱼的人工养殖业在黄河口海域有很好的发展前景．

向日葵种质资源的随机扩增多态性DNA(RAPD)研究

采用RAPD方法对我国 2 1个向日葵 (HelianthusannuusL .)基因型和 11个国外引进向日葵基因型进行分析 ,构建了它们的指纹图谱。从 80个随机引物中筛选出的 2 5个有效引物共产生 188条DNA片段 ,大小分布在 0 .2 6～1.98kb之间 ,其中 16 4条带具有遗传多态性 ,约占总数的 87.2 % ,平均每个引物扩增的DNA带数为 7.5 2条。 32个向日葵的遗传相似性分析表明 ,各基因型间的Nei氏相似性系数分布在 0 .3987～ 0 .85 3 1之间 ,平均相似性系数为0 .6 2 81。 11个国外向日葵基因型的Nei氏相似性系数分布在 0 .713 4～ 0 .85 3 1之间 ,平均相似性系数为 0 .782 8,说明国外基因型之间的遗传基础比较狭窄。 2 1个国内向日葵基因型的Nei氏相似性系数分布在 0 .475 0～ 0 .82 0 6 ,平均相似性系数为 0 .6 478,说明国内向日葵基因型之间的遗传多态性较为丰富。通过非加权算术平均数聚类(UPGMA)的方法 ,绘制出了 32个向日葵基因型之间的遗传关系树图。 32个向日葵基因型明显地聚成A、B两大类群。 2 1个国内向日葵基因型聚成了A1、A2两个亚类 ,A1组包括 :X10、陕西向日葵、D_S12 、长岭向日葵 6、黑 2_S2_2 、T_C0 8、长岭葵花 4、白葵 3号、BH_10、J_S_B1、张掖白子葵、C10 1_S4 3S4 等 12个基因型 ;A2组包括 :LK30 5_S8?

用随机扩增多态性DNA技术对重离子辐照大丽花花色突变体的初步研究

品系为“大雪青”的大丽花幼枝,经兰州重离子加速器提供的80MeV/u12C6+束辐照后,种植在甘肃省定西市临洮新兴花卉公司基地。辐照8Gy的幼枝有一株花色突变体,用随机扩增多态性DNA(Random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术对突变体和野生型进行检测分析。琼脂糖凝胶电泳结果表明,所用的10条引物中,有7条引物共扩增出78条带,其中5条引物扩增出了11条多态性片段,从而在DNA水平上证实了两者之间存在着差异,为进一步探讨重离子诱变机理打下基础。

随机扩增多态性DNA技术在中药红曲基原菌系统分类中的应用

目的 :建立中药红曲基原菌的随机扩增多态性 DNA( RAPD)分析方法。 方法 :以 CTAB法提取紫色红曲霉等 7种红曲霉和 1株土曲霉的基因组 DNA;溴化乙啶荧光强度和分光光度双重测定法确定 DNA浓度 ;琼脂糖凝胶电泳法检测 PCR扩增产物 ,PHYL IP 3.5 c进行聚类分析。 结果 :从 6 0个随机引物中筛选出 S2 82 等 10个引物的扩增产物谱带多 ,特征好 ;红曲霉属种间指纹图谱差异较大 ,呈现出明显的 DNA扩增产物多态性。 结论 :RAPD分析技术可作为真菌系统分类的客观而有效的手段之一。

长江口刀鲚遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长江口刀鲚 (Coiliaectenes) 30个个体的遗传多样性进行了检测 ,从 4 0个随机引物中筛选出 17个对每个刀鲚的DNA进行扩增 ,结果表明 ,17个引物共检测到 14 8条清晰且重复性好的条带 ,分子量在 2 0 0～ 2 0 0 0bp之间 ,其中多态位点为 86个 ,占5 8 11% ;群体的Shannon多样性指数为 0 190 5 ,Nei基因多样性指数为 0 2 2 80 ;个体间最大遗传距离为 0 2 12 ,最小遗传距离为 0 0 92。通过与其他鱼类的遗传多样性的研究结果比较可初步判断 ,刀鲚群体的遗传多样性比较丰富。

半夏种质资源的随机扩增多态性DNA技术分析

目的分析半夏种质资源在分子水平上的遗传多样性。方法应用随机扩增多态性DNA技术(RAPD)对21份半夏种质资源进行检测。结果29个引物共得到162条扩增DNA片段,其中123条(75.9%)的片段具多态性,揭示了半夏居群间较丰富的遗传多样性。利用UPGMA法进行聚类分析表明,所有材料可划分为3类,根据RAPD遗传相似系数划分的类群同地理分布有一定关系。结论半夏种质资源在分子水平上确实存在较大遗传差异。RAPD标记可作为构建半夏DNA指纹图谱的有效工具。

用随机扩增多态DNA(RAPD)区分青海血蜱与日本血蜱

目的用随机扩增多态DNA(RAPD)技术确定青海血蜱与日本血蜱的分类地位。方法分别提取青海血蜱与日本血蜱的DNA,确定聚合酶链反应(PCR)总体积、反应条件。选取8条不同的随机排列碱基顺序的多聚核苷酸单链为引物,进行RAPDPCR扩增反应。将扩增产物制备成DNA图谱,比较青海血蜱与日本血蜱基因组DNA多态性,从DNA水平鉴定这2种蜱。结果2种蜱仅有少部分DNA条带相同,大部分条带不同。结论RAPD技术可准确地鉴别青海血蜱与日本血蜱这2种形态特征十分相似的蜱种。

丁不同群体间形态学差异与随机扩增多态DNA(RAPD)分析

采用聚类分析、主成分分析和判别分析3种数理统计方法,对我国新疆朱家湖丁群体7、3水库丁群体和从捷克引进我国的丁群体的可量性状和框架参数进行分析。聚类分析和主成分分析显示,朱家湖群体与73水库群体较为接近,而捷克群体与前两群体相距较远。判别分析亦可将捷克群体与前两群体分开,准确率达100%。从60个随机引物中筛选出的20个引物对丁朱家湖群体、73水库群体和捷克群体进行了随机扩增多态DNA(RAPD)分析。引物S440在捷克群体扩增出的450bp片段为该群体特有的标记片段。朱家湖群体、73水库群体、捷克群体多态位点比例分别为24%、22.67%和18.42%;群体内遗传相似度分别为0.8967、0.9035和0.9309;遗传多态度(π)分别为0.1539、0.1489和0.1142。表明朱家湖群体保持着较高的遗传变异。三群体间的遗传相似度为0.6868—0.9496,群体遗传分化系数(Fst)为0.048—0.238,分子方差分析发现群体内方差占总方差的83.96%,群体间的方差只占16.04%,由此推断三群体间遗传分化并不大。

利用随机扩增多态性DNA指纹技术对猪链球菌进行基因分型

通过优化反应条件和筛选随机引物 ,应用 10 0条随机引物对分离的 2 0株猪链球菌做随机扩增多态性DNA(RAPD)分型研究。结果表明 ,有 2 7条引物呈现良好的多态性和稳定性 ,可产生稳定、复杂的指纹图谱。采用SPSS10 .0软件分析了不同菌株之间的遗传距离 ,绘制出了菌株间的亲缘关系树状图 ,结果 ,2 0株猪链球菌被分为

利用随机扩增多态DNA技术对江西地方黑猪群体遗传关系的初步研究

对奉新黑猪、星子黑猪、南城黑猪、资溪黑猪、玉山黑猪、铅山黑猪等 6个江西地方黑猪类群基因组混合DNA进行了RAPD分析。根据 1 6个多态引物的扩增结果计算了遗传距离指数并进行了UPMGA聚类分析。结果表明 :玉山黑猪和铅山黑猪亲缘关系最近 ,而南城黑猪与铅山黑猪的遗传距离最远。综合考虑现行的分类结果及前人研究结果 ,认为玉山黑猪和铅山黑猪 ,星子黑猪和奉新黑猪可分别划分为同一猪种 。

甜叶菊随机扩增多态性DNA技术优化及亲缘关系研究

以甜叶菊为试材,对影响其随机扩增多态性DNA标记反应体系的7个因子进行优化,同时对来自国内外的12个品种进行亲缘关系分析。结果表明,20μL的优化体系包括:双蒸水13.6μL,10×Buffer(含15mmol/LMgCl2)溶液3μL,2.5mmol/L的dNTPS1.2μL,10μmol/L的引物1μL,20ng的模板DNA1μL,1UTaq聚合酶;热循环程序为:94℃预变性4min,94℃变性30s,35℃退火30s,72℃延伸1min,40个循环,最后72℃延伸7min。聚类图结果表明,品种间的遗传距离变异范围为0.12～0.88,在遗传距离为0.37时,8个引物可将12个品种分为四大类,来自日本的2个品种与国内品种关系较远。

长江下游铜鱼遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长江下游铜鱼(Coreius heterodon)20个个体的遗传多样性进行了检测,从40个随机引物中筛选出19个对每个铜鱼的DNA进行扩增。结果表明,19个引物共检测到95条清晰且重复性好的条带,分子量在100～1500bp之间,其中多态位点为30个,占31.58%;群体的Shannon多样性值为0.1940;个体间最大遗传距离为0.0976,最小遗传距离为0.0003。通过与其他鱼类的遗传多样性的研究结果比较可初步判断,长江下游铜鱼群体的遗传多样性较低。由于没有以前的遗传多样性分析资料,因此不能评判过度捕捞和自然环境的破坏等因素对铜鱼遗传多样性的影响程度。