中国对虾一种C型杆状病毒随机扩增多态性DNA分析

于1994和1995两年的7月从青岛崂山上马镇养虾场中染病的中国对虾中分离纯化出一种C型杆状病毒。为建立中国对虾病毒的鉴别和检测技术，利用随机扩增多态性DNA技术对电泳纯化的病毒DNA进行分析和研究。将病虾匀浆、经差速离心和蔗糖密度梯度离心纯化获得完整病毒粒子；从病毒中提取DNA后再进行电泳纯化，收集长度完整、均一的病毒DNA；在其他参数保持不变的情况下，对Operon生产的10碱基随机引物K试剂盒进行扩增试验。结果显示：1．病毒DNA有两种存在形式；2．K试剂盒中有2个引物能将病毒DNA扩增出长度不同的产物，其中编号为OPK—01的随机引物可产生多态性DNA片段；3．1995年中国对虾杆状病毒的RAPD分析结果与1994年相同，证实1994和1995两年度引起中国对虾疾病的病原是同一种杆状病毒。由此可以认为：随机扩增多态性DNA技术能将中国对虾C型杆状病毒扩增出多态性DNA片段而达到病毒鉴别和诊断的目的。

基于水稻内含子长度多态性开发禾本科扩增共有序列遗传标记

通过在多态位点两侧的保守编码序列上设计引物,可以开发出在不同物种间通用的基于PCR的分子标记,称为扩增共有序列遗传标记(ACGM)。【目的】探讨利用已公布的水稻籼、粳两亚种的基因组序列开发禾本科ACGM的可行性。【方法】根据水稻两亚种间的内含子长度多态性,开发了38对ACGM引物。用这些引物对玉米、粟、大麦、小麦、竹子、旱稗草和大米草6个属共12个不同材料进行PCR实验。【结果】几乎所有引物都可在至少1种材料中扩增出特异条带,而1/3以上的引物可以在全部供试材料中获得特异扩增产物。在每一种供试材料中,平均大约有2/3的引物可以成功扩增出目的条带。这些引物在各属内不同种、亚种或品种(系)之间的多态性比例在24.1%～90.3%之间,平均为44.6%。【结论】利用水稻基因组序列信息开发禾本科通用型ACGM是可行的。

中药材厚朴的随机扩增多态性DNA指纹图谱研究

目的 :鉴别中药材厚朴及其伪品、混淆品。方法 :采用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术扩增植物基因组DNA样品。结果 :此种分子生物学鉴别方法可以获得清晰可靠的DNA指纹图谱 ,根据琼脂糖凝胶上显示的DNA带型差异可准确区分出厚朴、凹叶厚朴和其伪品、混淆品。结论 :RAPD方法可以准确、快速、简便地鉴定中药材厚朴及其伪、混品 ,尤其在正确引种方面具有很高的价值。

半滑舌鳎雌性特异扩增片段长度多态性标记的筛选与应用

半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis Gtinther）为东北亚特有的名贵冷温性比目鱼类，为我国养殖业的新宠。半滑舌鳎雌鱼生长速度是雄性的2～3倍，若能实现单雌化养殖将大大提高养殖业的经济效益。本研究利用扩增片段长度多态性（AFLP）技术，应用64个引物组合，检测了半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis Giinther）雌雄基因组DNA的多态性，筛选与半滑舌鳎性别相关的AFLP分子标记。实验经过3轮筛选和验证，4个引物组合扩增出7个雌性个体出现频率为100％的DNA片段，我们认为这7个标记是半滑舌鳎雌性特异的AFLP标记，分别命名为CseF382、CseF575、CseF783、CseF464、CseFl36、CseF618和CseF305。同时，将标记CseF382成功转化为SCAR标记，测定了该标记的DNA序列，建立了半滑舌鳎遗传性别鉴定的PCR技术，为半滑舌鳎性别决定机制的研究和性别控制奠定了重要基础。

长期住院老年患者铜绿假单胞菌随机扩增DNA多态性分型研究

目的 了解长期住院老年患者肺部感染铜绿假单胞菌 (PA)的分子流行病学特征 ,为临床防治提供依据。方法 建立 PA随机扩增 DNA多态性 (RAPD)指纹图基因分型方法 ,对与流行病学相关或不相关 34株菌株的基因分型。结果 采用同一反应体系 ,30株临床分离株和 2株不相关株产生稳定 RAPD特异带型 ,分型率为 94 .12 % ,长期住院的同一患者不同时期或不同患者同一时期 PA的 RAPD谱型存在差异。结论 RAPD指纹图基因技术分型率高 ,分辨率强 ,简便快捷 ,可在分子水平上对老年人长期住院感染 PA提供病原学及流行病学的研究方法。

利用扩增片断长度多态性技术分析长江刀鲚的遗传多样性

利用AFLP技术对我国长江南京潜州江段捕获的野生刀鲚（Coilia nasus）资源的遗传多样性进行了分析．筛选出扩增片段多、条带清晰的3对EcoRI／Mse I引物组合，在34尾个体中共扩增出118条清晰的片段，分子量大小在200～1500bp之间，其中多态位点67个，多态性比例为56．78％．种群Nei基因多样性指数为0．2183，Shannon多样性指数为0．3204；种群内遗传距离在0．1263～O．4012之间，显示目前长江刀鲚野生群体的遗传多样性比较丰富．

枇杷栽培种的随机扩增DNA多态性(RAPD)研究

运用RAPD(RandomAmplifiedPolymorphicDNA)分析技术 ,对江苏省常绿果树研究中心 16个枇杷(E .japonicThunbLindl)品种的基因组DNA进行了分析 ,从 5 0个随机引物中筛选出 19个引物 ,可从各个品种的基因组DNA扩增出谱带 ,总数为 2 33个 ,其中多态性DNA片段 176个 ,公共性DNA片段 5 7个 ,表明这些枇杷品种间存在着丰富的遗传多样性。根据DNA片段的电泳结果 ,计算出品种间遗传相似系数及遗传距离 ,应用UPG MA方法建立了品种遗传关系的系统树 ,将 16个品种分成 5类。从随机引物中筛选出 2个随机引物能从各个品种的基因组DNA扩增出DNA片段 ,在 16个枇杷品种中 2个引物扩增出 19个DNA片段 ,其中 3个为公共 ,16个为多态性或单态性DNA片段。这些结果可为枇杷品种鉴定、分类、亲缘关系确立及品种选育中杂交组合亲本选配提供一定的依据。

荧光标记DNA扩增片段长度多态性方法的改进

采用常规PCR试剂和合成的接头和引物 ,其中MseⅠ引物为荧光标记物FAM标记 ,并对扩增片段长度多态性 (AFLP)程序进行了改进 ,优化了PCR反应和电泳条件 ,建立了一个新的、有效的反应体系 ,降低了实验费用 ,经比较实验结果与AFLP荧光标记试剂盒的实验效果一致 .

克罗诺杆菌的随机多态性扩增DNA(RAPD)基因分型研究

研究了克罗诺杆菌标准菌株和样品中分离菌株的分子特征,为克罗诺杆菌的种间鉴别和分子溯源提供一种有效手段。采用随机引物扩增多态性DNA分析对38株菌株进行基因分型。筛选出1条随机引物,每一菌株可扩增出1～7条DNA片段,片段在400-3500bp,可将8株标准菌株的种间区分开来。以相似性50%为标准,38株克罗诺杆菌按照其遗传差异可以分为8个基因型类群。所建立的RAPD技术可用于克罗诺杆菌的种间鉴别和分子溯源研究。

随机引物扩增DNA多态性技术在分析金黄色葡萄球菌和肺炎杆菌多态性中的应用

金黄色葡萄球菌和肺炎杆菌是医院内感染的主要条件致病菌 ,常常引起院内感染及暴发流行。本实验以一条含 10bp的随机引物将 5 2株肺炎杆菌和 2 8株金黄色葡萄球菌的DNA进行随机引物扩增DNA多态性 (RAPD)扩增 ,进行多态性分析 ,得到不同的带谱 ,在肺炎杆菌中存在很强的多态性 ,出现了 41种带型 ,通过肺炎杆菌间相似系数计算 ,绘制出表达菌株亲缘关系的系统树 ,图中可见各菌间的相似系数 ,5 2株菌分成 7个型 ;金黄色葡萄球菌出现了三条特征带。本实验说明RAPD技术能够追溯传染源 。

重症监护室内鲍曼不动杆菌随机扩增DNA多态性分型研究

目的 建立鲍曼不动杆菌随机扩增 DNA多态性 (RAPD)分型技术 ,以用于临床菌种鉴定及流行病学调查。方法 收集 6个月内从 ICU内分离出的 14株鲍曼不动杆菌 ,提取 DNA后进行 RAPD分型 ;同时进行生物学分型和抗生素敏感性实验。结果 14株菌株被分为 5种 RAPD型 ,其中有 5株属于同一种类型 (A型 ) ,有 6株属于另外同一种类型 (B型 ) ,其他 3株分别属于另 3种不同类型 (C、D、E型 ) ;而生物学分型只有两种类型 (生物型1、9) ;抗生素敏感性实验表明 14株菌株均为仅对亚胺培南 /西司他丁 (泰能 )、头孢哌酮 /舒巴坦 (舒普深 )等少数几种抗生素敏感的多重耐药菌株。结论 ICU内存在鲍曼不动杆菌暴发流行 ,RAPD分型技术分型率高、分辨力强、简便快速 。

鼠疫耶尔森氏菌荧光标记扩增片段长度多态性分型方法

目的建立荧光标记扩增片段长度多态性(FAFLP)技术平台,探讨鼠疫菌基因分型。方法用5种核酸限制性内切酶消化鼠疫菌基因组DNA,选择最佳内切酶组合,酶切片段经接头连接后,用荧光素标记的5条EcoRⅠ引物和9条MseⅠ引物组成的引物配对扩增,选择最佳引物组合,进行系列PCR条件的优化。扩增产物经ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer(遗传分析仪)检测,GeneScan等软件进行分析。结果成功建立FAFLP技术平台。结论FAFLP具有快速、简便、廉价、分辨率高、重复性好和污染少的优点,可用于鼠疫菌的基因分型分析。

随机扩增DNA多态性技术在粘质沙雷菌分型研究中的应用

目的 应用随机扩增DNA多态性 (RAPD)技术对医院感染的粘质沙雷菌进行基因分型。方法 对心外科ICU病房 5例术后发热患者血液中分离出的粘质沙雷菌 ,用VITEK细菌全自动分析仪进行系统生化鉴定 ,K B纸片扩散法进行药敏试验 ,用 2条不同的随机引物进行RAPD基因分型。结果 5株粘质沙雷菌药敏谱全部一致 ,2条随机引物中一条引物未能分型 ,另一条引物可分为 2个基因型。其中 ,4株菌扩增出相同带谱 ,为同基因型 ;1株菌有独特的带谱为另一种基因型。结论 本次调查的 5株粘质沙雷菌有 2种RAPD基因型 ,其中 4株为相同基因型 。

斑马鱼基因组随机扩增DNA多态性研究

采用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术,对毒性试验的模式生物斑马鱼(Danio rerio)基因组进行了分析。结果显示,在Amersham Pharmacia公司随机扩增引物系列中,分别在01号引物的829bp、534bp,02号引物的572bp,及06号引物的495pb,各出现了1条稳定条带,而在环磷酰胺作用后的斑马鱼基因组DNA随机扩增产物中,缺少了部分稳定条带。这可以明确判定受试斑马鱼的基因发生了改变,为水环境遗传毒性效应的研究提供了初步的数据基础。

随机扩增多态性DNA技术在生命科学中的应用

DNA分子标记是DNA水平上遗传变异的直接反映 ,随机扩增多态性DNA(RAPD)技术 ,是新发展起来的一种DNA分子标记方法。文中详细阐述了RAPD技术的原理 ,进一步与限制性片段长度多态性 (RestrictionFragmentLengthPolymorphism ,RFLP)技术相比 ,得出它具有快速、简便和对材料要求不高等特点 ,最后讨论了RAPD技术在生命科学研究中各个方面的广泛应用 ,包括物种基因组的分子图谱构建、系统进化发育以及基因定位研究等。

中华鲟性别相关的扩增片段长度多态性分子标记筛选

性别鉴定是生产养殖和物种保护中常用的技术。中华鲟Acipenser sinensis是我国特有的一种大型海河洄游性鱼类,已极度濒危。由于中华鲟性成熟时间长,缺乏第二性征,基于外部特征难以进行性别鉴定,因此,筛选中华鲟性别特异性分子标记具有重要意义。利用扩增片段长度多态性（AFLP）分子标记,用10条Eco R I-ANN引物和8条Mse I-CNN引物组成的80对引物,对9尾雄性和15尾雌性中华鲟个体进行PCR扩增和毛细管电泳荧光分型,检测其基因组DNA多态性,寻找与其性别相关的分子标记。在100～500 bp范围,共获得864个位点,其中具有多态性DNA位点411条,多态性位点比例为48.58%,并未发现雌雄特异性位点。但发现33个位点在雌雄个体中的比例存在较大差异,聚类分析显示大部分雄鱼聚为一支,雌鱼聚为一支,从而推断这些位点可能与中华鲟性别具有密切相关性。该研究首次尝试在中华鲟基因组中寻找性别特异性的AFLP分子标记,尽管未找到特异性标记,但这些数据为进一步研究中华鲟性别相关基因和性别决定机制奠定了基础。

用扩增片段的长度多态性分子标记探讨盾叶薯蓣的遗传多样性

用扩增片段的长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)标记分析研究了中国5个盾叶薯蓣居群30个个体的遗传多样性。筛选出9对AFLP引物,从中检测到14698条清晰可见的条带,其中多态性带12628条,多态性比率85.92%。Shannon信息指数(I)为0.3656±0.1721,物种水平的Nei基因多样性(H)为0.2322±0.2200。遗传变异分析表明,物种水平的遗传分化系数Gst为0.4827,说明其群体间存在一定的遗传分化,居群间的基因流Nm为0.5358,居群间遗传交换较小。聚类分析结果显示5个居群盾叶薯蓣有较为丰富的遗传变异,且与地理分布有相关性。

外源DNA导入水稻的变异材料随机扩增多态性分析

以小麦、玉米、小米、高粱、狼尾草五个不同属的材料为外源ＤＮＡ供体，经减压渗透转导受体紫稻，从获得的变异材料中各选一份进行了随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析。共用２０个随机引物，其中６个引物扩增出了有差异的多态性ＤＮＡ片段，１个引物可以区分受体材料与变异材料及变异材料间的差异。在以材料两两间的相似率进行的聚类分析中，发现聚类结果与材料变异性状一致，变异材料与受体材料间相似率高达９０．７％，认为变异材料为受体材料在“减压渗透”处理后的真实变异；ＲＡＰＤｓ是检测材料间差异的有效方法。

甜瓜作图亲本随机引物扩增片段长度的多态性

以黄旦子和PI4 14 72 3作为作图亲本 ,从 12 0 0条RAPD随机引物中筛选出 14 8条有多态性的引物用以构建甜瓜分子图谱 .共扩增出 2 32个有差异的位点 ,平均每条能扩增出 1 5 6个多态性位点 .

番茄随机扩增DNA多态性体系的条件优化

利用改进的SDS法提取代号为03748的栽培番茄叶片基因组DNA。对影响番茄随机扩增DNA多态性(RAPD)扩增结果的因素进行了分析,确定了模板、Mg2+、dNTPs、引物和TaqDNA聚合酶的适宜浓度及反应的最佳循环次数。实验结果表明,在以下条件下,番茄的RAPD扩增效果较好:20μL反应体系中使用20～40ng的模板、1.5～2.0mmol/L的Mg2+、0.15～0.20μmol/L的dNTPs、0.15～2.0μmol/L的引物、1.0U的TaqDNA聚合酶;94℃预变性5min,然后经94℃变性1min、36℃1min、72℃1.5min,进行35个循环,最后在72℃时再延伸10min。