随机扩增多态性DNA分子标记技术在肠球菌分型中的应用

该研究旨在探索随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)分子标记技术在肠球菌种间快速分型的效果。试验通过筛选模板、单引物、双引物及RAPD反应体系,构建肠球菌种间分型体系,对32株已知肠球菌分型确定分型相似度标准,并通过对46株未知肠球菌进行种间分型以及管家基因rpoA测定验证分型效果。结果显示微波法提取基因组DNA满足实验需要,筛选出7条单引物用于双引物配对组合,最适的双引物反应体系为:2×PCR Taq Mix 12.5μL,模板DNA 1μL,引物各1μL,ddH_(2)O 9.5μL;分型效果最好的双引物组合为Primer1+Primer5,该引物组合可以在80%的相似度下区分肠球菌种间差异,Primer1+Primer3组合在500 bp位置扩增出海氏肠球菌的特征条带,可以作为海氏肠球菌的鉴定指标,用以快速鉴定海氏肠球菌。

重症监护病房铜绿假单胞菌随机扩增多态性DNA研究

目的建立随机扩增多态性DNA(RAPD)基因分型方法监测重症监护病房(ICU)铜绿假单胞菌医院感染。方法收集2005年1月~6月从各科ICU内分离出的21株铜绿假单胞菌,提取DNA后进行RAPD分型,同时进行抗生素敏感性试验。结果全部菌株均能产生指纹图谱,分型率100%。21株铜绿假单胞菌共分为14型,其中9株6型分布于脑外科,3株同型分布于神经内科,4株4型分布于呼吸科,5株3型分布于普外科。抗生素敏感性试验表明21株铜绿假单胞菌均为多重耐药菌株,对哌拉西林、头孢菌素类、喹诺酮类及阿米卡星等耐药,仅对亚胺培南/西司他丁、头孢哌酮/舒巴坦等敏感。结论ICU内存在铜绿假单胞菌感染局部流行,RAPD分型技术分型率高、简便快速。

小菜蛾对杀虫双和杀螟丹抗药性遗传的DNA随机扩增多态性研究

利用室内选育 119代的抗杀虫双和抗杀螟丹小菜蛾Plutellaxylostella品系和敏感品系 ,通过反复回交建立近等基因系。用Operon公司合成的 80个引物对抗杀虫双近等基因系和抗杀螟丹近等基因系小菜蛾基因组DNA进行PCR扩增 ;在抗杀虫双近等基因系中有 3个引物分别产生了 1条特异扩增带 ,2个引物分别产生了 2条特异扩增带 ,1个引物产生 3条特异扩增带 ;在抗杀螟丹近等基因系中 ,有 4个引物分别产生了 1条特异扩增带 ,1个引物产生了 2条特异扩增带。在培育近等基因系的多次回交过程中 ,与抗性有关的遗传因子被逐步置换到敏感品系的基因组中 ,因此可以认为这些特异带与小菜蛾对杀虫双和杀螟丹的敏感性有关。

红花种质的随机扩增多态性DNA分子鉴定

目的:从分子水平探讨红花(Carthamus tinctorius L.)的种内变异,为红花种质的分子鉴定提供依据。方法:用随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术和统计学分析方法,对从我国新疆、甘肃、宁夏、河南、山东、山西、河北、安徽、浙江等9省采集的红花22个品种的遗传多样性进行分析。结果:根据RAPD特征图谱,通过在DNA分子水平上的聚类分析,将红花22个品种分为7个类型。RAPD聚类分析表明了品种间的亲缘关系:北方,特别是新疆地区的品种亲缘关系较近,PCR结果极为相似,而南方品种间遗传差异性较大。结论:红花种内存在一定的遗传变异,本研究结果为红花品种鉴定及亲缘关系的探讨提供一定依据。

俄罗斯“和平”号空间站搭载的番茄随机扩增多态性DNA分析

目的从分子水平证实长时间航天搭载的番茄种子后代的遗传物质发生变异。方法利用俄罗斯“和平”号空间站搭载6年的番茄种子地面种植,进行随机扩增多态性DNA(randomamplifiedpoly morphicDNA,RAPD)检测。结果空间搭载的番茄和地面对照经RAPD分析,40个随机引物中,31个引物扩增的DNA带型一致,9个引物扩增的DNA带型表现多态性。共扩增出269条带,多态性带29条,多态性百分率为10.8%。空间搭载的番茄和对照相比扩增带型均出现差异,且空间搭载的番茄之 间的带型也不同。和地面对照相比,空间搭载的番茄中5号植株的DNA变异程度最大,3号植株变异程度最小。结论长时间航天飞行可引起番茄遗传物质DNA水平上的变异。

长江鲢遗传多样性的随机扩增多态DNA分析

运用４０个１０碱基随机引物对长江中游鲢的遗传多样性进行了随机扩增多态ＤＮＡ （ＲＡＰＤ）分析。所用引物中，能在鲢不同个体基因组中扩增出多态ＤＮＡ带的有１０个，占总引物数 的 ２５％．据ＲＡＰＤ带型分析，所取长江鲢自然群体的 １８条样品中，每两个体相比较的遗 传相似度在０．９２８５至０．９７８８之间，平均值为０．９５４３；遗传变异度则在０．０２１２至０．０７１５之 间，平均值为０．０４７２５；群体Ｓｈａｎｎｏｎ表型多样性指数（Ｈｏ）为８．８６１５，Ｓｈａｎｎｏｎ多样性值（Ｈ）为０．０６２４。 讨论了这些数据所反映的长江鲢遗传多样性和鱼类种质资源评价问题。

马尾松随机扩增多态性DNA标记的分离研究

马尾松随机扩增多态性ＤＮＡ标记的分离研究魏令波，唐谦，郑先武，顾万春（中国林业科学研究院林业研究所北京１０００９１）李小兵（中国科学院遗传研究所植物生物技术开放实验室北京１０００１２）关键词马尾松，ＲＡＰＤ，Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ分离随机扩增多态性ＤＮＡ...

向日葵种质资源的随机扩增多态性DNA(RAPD)研究

采用RAPD方法对我国 2 1个向日葵 (HelianthusannuusL .)基因型和 11个国外引进向日葵基因型进行分析 ,构建了它们的指纹图谱。从 80个随机引物中筛选出的 2 5个有效引物共产生 188条DNA片段 ,大小分布在 0 .2 6～1.98kb之间 ,其中 16 4条带具有遗传多态性 ,约占总数的 87.2 % ,平均每个引物扩增的DNA带数为 7.5 2条。 32个向日葵的遗传相似性分析表明 ,各基因型间的Nei氏相似性系数分布在 0 .3987～ 0 .85 3 1之间 ,平均相似性系数为0 .6 2 81。 11个国外向日葵基因型的Nei氏相似性系数分布在 0 .713 4～ 0 .85 3 1之间 ,平均相似性系数为 0 .782 8,说明国外基因型之间的遗传基础比较狭窄。 2 1个国内向日葵基因型的Nei氏相似性系数分布在 0 .475 0～ 0 .82 0 6 ,平均相似性系数为 0 .6 478,说明国内向日葵基因型之间的遗传多态性较为丰富。通过非加权算术平均数聚类(UPGMA)的方法 ,绘制出了 32个向日葵基因型之间的遗传关系树图。 32个向日葵基因型明显地聚成A、B两大类群。 2 1个国内向日葵基因型聚成了A1、A2两个亚类 ,A1组包括 :X10、陕西向日葵、D_S12 、长岭向日葵 6、黑 2_S2_2 、T_C0 8、长岭葵花 4、白葵 3号、BH_10、J_S_B1、张掖白子葵、C10 1_S4 3S4 等 12个基因型 ;A2组包括 :LK30 5_S8?

用随机扩增多态性DNA技术对重离子辐照大丽花花色突变体的初步研究

品系为“大雪青”的大丽花幼枝,经兰州重离子加速器提供的80MeV/u12C6+束辐照后,种植在甘肃省定西市临洮新兴花卉公司基地。辐照8Gy的幼枝有一株花色突变体,用随机扩增多态性DNA(Random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术对突变体和野生型进行检测分析。琼脂糖凝胶电泳结果表明,所用的10条引物中,有7条引物共扩增出78条带,其中5条引物扩增出了11条多态性片段,从而在DNA水平上证实了两者之间存在着差异,为进一步探讨重离子诱变机理打下基础。

随机扩增多态性DNA技术在中药红曲基原菌系统分类中的应用

目的 :建立中药红曲基原菌的随机扩增多态性 DNA( RAPD)分析方法。 方法 :以 CTAB法提取紫色红曲霉等 7种红曲霉和 1株土曲霉的基因组 DNA;溴化乙啶荧光强度和分光光度双重测定法确定 DNA浓度 ;琼脂糖凝胶电泳法检测 PCR扩增产物 ,PHYL IP 3.5 c进行聚类分析。 结果 :从 6 0个随机引物中筛选出 S2 82 等 10个引物的扩增产物谱带多 ,特征好 ;红曲霉属种间指纹图谱差异较大 ,呈现出明显的 DNA扩增产物多态性。 结论 :RAPD分析技术可作为真菌系统分类的客观而有效的手段之一。

产超广谱β-内酰胺酶肺炎克雷伯菌的随机扩增多态性DNA分型研究

目的 对产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）肺炎克雷伯菌的耐药现状进行分析研究,对耐药株进行基因分型流行病学研究。方法 对临床分离的195株肺炎克雷伯菌进行ESBLs检测并采用微量稀释法测定MIC值,判断细菌的耐药性;对产ESBLs菌株以随机扩增多态性DNA分型法（RAPD）进行基因分型。结果 产ESBLs肺炎克雷伯菌占23％,其中51％来源于重症监护病房（ICU）;ESBLs阳性细菌对12种抗生素的耐药性远远高于ESBLs阴性菌;20株产ESBLs肺炎克雷伯菌分为11型。结论 本院神经外科SICU、呼吸科RICU存在产ESBLs肺炎克雷伯菌的流行;合理使用抗生素,加强重点病区的消毒隔离措施,是控制医院感染流行的重要措施;RAPD是从分子水平对耐药细菌进行流行病学研究的一种经济、快速、可靠的基因分型方法。

5种白蚁基因组DNA随机扩增多态性研究

采用 RAPD(Random amplified polymorphic DNA)技术对尖唇异白蚁 (H eterotermesaculabialis)、黄肢散白蚁 (Reticulitermes flaviceps)、扩头散白蚁 (R.ampliceps)、细颚木鼻白蚁(Stylotermes angustignathus)和陇南树白蚁 (Glyptotermes longnanensis)等 5种白蚁的基因组DNA多态性进行了初步分析。在所用的 2 0个随机引物中有 4个引物能扩增出稳定的带型 ,5种白蚁 6个群体共扩增出 43条带 ,均为多态性片段 ;同一种类不同群体和同一群体不同品级间存在一定程度的多态性 ,但种间扩增片段差异显著大于种内差异。以 UPGMA方法将扩增片段分布和共享度数据矩阵进行聚类分析 。

半夏种质资源的随机扩增多态性DNA技术分析

目的分析半夏种质资源在分子水平上的遗传多样性。方法应用随机扩增多态性DNA技术(RAPD)对21份半夏种质资源进行检测。结果29个引物共得到162条扩增DNA片段,其中123条(75.9%)的片段具多态性,揭示了半夏居群间较丰富的遗传多样性。利用UPGMA法进行聚类分析表明,所有材料可划分为3类,根据RAPD遗传相似系数划分的类群同地理分布有一定关系。结论半夏种质资源在分子水平上确实存在较大遗传差异。RAPD标记可作为构建半夏DNA指纹图谱的有效工具。

七种媒介硬蜱基因组随机扩增多态性DNA分析

目的 研究 7种硬蜱的基因组随机扩增多态性DNA (RAPD)以及种间的遗传距离。 方法 用 5条不同的多聚核苷酸单链引物对草原革蜱、森林革蜱、青海血蜱、台湾血蜱、刻点血蜱、龟形花蜱、卵形硬蜱 7种硬蜱基因组DNA进行随机扩增 ,分析DNA图谱并计算 7种硬蜱间的遗传距离。 结果 7种硬蜱基因组随机扩增产物均有各自独特的DNA条带 ,种间的平均遗传距离为 0 71。 结论 RAPD技术可以区分这 7种硬蜱。

长江口刀鲚遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长江口刀鲚 (Coiliaectenes) 30个个体的遗传多样性进行了检测 ,从 4 0个随机引物中筛选出 17个对每个刀鲚的DNA进行扩增 ,结果表明 ,17个引物共检测到 14 8条清晰且重复性好的条带 ,分子量在 2 0 0～ 2 0 0 0bp之间 ,其中多态位点为 86个 ,占5 8 11% ;群体的Shannon多样性指数为 0 190 5 ,Nei基因多样性指数为 0 2 2 80 ;个体间最大遗传距离为 0 2 12 ,最小遗传距离为 0 0 92。通过与其他鱼类的遗传多样性的研究结果比较可初步判断 ,刀鲚群体的遗传多样性比较丰富。

金黄色葡萄球菌随机扩增多态性DNA分型及其应用

目的 利用随机扩增多态性DNA(randomamplifiedpolymorphicDNA ,RAPD)分析技术 ,对金黄色葡萄球菌进行基因分型 ,并观察临床耐药型与其基因型之间的关系。方法 利用自己合成的随机引物 ,建立RAPD检测分析方法 ,并利用这一方法对 5株金黄色葡萄球菌进行基因分型的研究。结果 5株金黄色葡萄球菌中 ,2株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 (MRSA)为同一基因型 ,另外 3株为两种基因型 ,均是敏感菌株。结论 从RAPD分析的初步结果可以看出 ,金黄色葡萄球菌的临床表现型与基因型存在一定的关系 。

用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术区分不同地理株白纹伊蚊

目的 对来自北京、广州、成都、上海和日本的冲绳及长乐寺 6个不同地理株的 12只雄蚊进行随机扩增多态性DNA(RAPD)分析。方法 RAPD -PCR。结果 UPGMA法构建的系统聚类图表明 ,12只白纹伊蚊可归为明显不同的两个组 ,不同地理株之间存在着显著的遗传分化。结论 用RAPD法可以区分不同地理株的白纹伊蚊。

利用随机扩增多态性DNA指纹技术对猪链球菌进行基因分型

通过优化反应条件和筛选随机引物 ,应用 10 0条随机引物对分离的 2 0株猪链球菌做随机扩增多态性DNA(RAPD)分型研究。结果表明 ,有 2 7条引物呈现良好的多态性和稳定性 ,可产生稳定、复杂的指纹图谱。采用SPSS10 .0软件分析了不同菌株之间的遗传距离 ,绘制出了菌株间的亲缘关系树状图 ,结果 ,2 0株猪链球菌被分为

随机扩增多态性DNA分子标记研究进展及在中药鉴定中的应用

随机扩增多态性 DNA是一种兼稳定性和多态检出率高的 DNA分子标记技术之一 ,本文综述了 RAPD技术原理、操作过程、优势、不足和应对措施以及该技术的扩展、在中药分类、鉴定等中的应用。