一个融合魏斯氏菌隐蔽质粒的序列分析

从融合魏斯氏菌(Weissella confusa QJ012)中发现一个隐蔽质粒(p QJ012),测序结果显示该质粒大小为1489 bp,碱基G+C含量为42.8%。BLAST结果显示该质粒的核苷酸序列同pJY33和pKLCA的同源性分别为93%、92%。ORF1编码一个282个氨基酸残基的复制蛋白(Rep),其氨基酸序列与质粒pJY33和pKLCA的同源性分别为91%、85%。根据复制蛋白、dso和sso的序列特征,推定pQJ012的复制方式为滚环复制,是滚环复制pT181家族成员。质粒pQJ012可能构建为良好的表达载体。

一株植物乳杆菌的分离鉴定及其隐蔽质粒的序列分析

从传统发酵乳制品中分离到1株乳酸杆菌,经API50CH细菌鉴定系统和16SrRNA基因序列分析后鉴定为植物乳杆菌。分析该菌的质粒图谱后发现该菌携带多个质粒,将其中的小质粒pLD1测序,结果显示该质粒的大小为2112bp,碱基G+C含量为37.8%,只编码1个复制蛋白,其中有1个17bp的序列重复了13次。BLAST发现该质粒同pLP2000等的同源性在95%以上,其中复制蛋白同其他质粒存在一些氨基酸差异。pLD1质粒序列的GenBank登陆号为NC_012220,并且它可用于构建良好的乳杆菌基因工程载体。

一个植物乳杆菌隐蔽质粒的测序和注释

在植物乳杆菌(Lactobacillus plantarumCICC 6002)中发现了1个隐蔽质粒(pLP2111),并将其克隆到pUC 18质粒上进行测序。序列分析表明pLP2111大小为2 111 bp;仅有1个ORF,编码1个37.0 kDa的复制蛋白;有1个17 bp的重复序列重复了13次。BLAST结果显示pLp 2111和植物乳杆菌CCM1904菌株的pLP1质粒相似性最高,为99%,pLP2111比pLP1大18 bp.pLP2111可能构建为良好的乳杆菌或乳球菌异源蛋白表达载体。

实时定量PCR测定爱德华氏菌隐蔽质粒的拷贝数

为测定爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)隐蔽质粒的拷贝数,并探究不同基因组制备方式及定量策略对质粒拷贝数测定的影响,分别采用试剂盒和水煮法制备爱德华氏菌基因组,通过绝对定量和相对定量PCR测定两种不同总DNA制备方式下的隐蔽质粒拷贝数,同时测定试剂盒对染色体DNA和质粒DNA的回收率。结果显示,以试剂盒提取的总DNA测得的pEI1和p EI2拷贝数绝对定量和相对定量分别为3.63±0.30、5.04±0.18和4.22±0.15、5.13±0.50,显著低于以水煮法测得的pEI1和p EI2拷贝数的绝对定量11.84±0.80、11.70±0.25和相对定量13.85±1.64、11.90±0.97。回收率结果显示,试剂盒对染色体DNA的回收率(45.8±4.1)%,显著高于对质粒pEII的回收率(25.1±0.5)%和pEI2的回收率(31.3±1.7)%。结果表明:通过实时定量PCR测定爱德华氏菌隐蔽质粒的拷贝数时,基因组的制备以水煮法为宜,爱德华氏菌隐蔽质粒pEI1和pEI2均属于中拷贝质粒。

一个植物乳杆菌隐蔽质粒的序列分析

[目的]分离植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum LP101)中的质粒,并对其序列进行分析。[方法]从植物乳杆菌LP101中提取质粒并行双酶切,纯化后与载体pet22b进行连接,电转化到大肠杆菌DH5α中。将测序后得到的质粒片段进行拼接,对拼接成功的质粒进行序列分析。[结果]从植物乳杆菌LP101中分离得到一个隐蔽质粒p LP101,测序结果显示该质粒大小为3 496 bp,碱基G+C含量为38.2%,编码了一个移动蛋白和一个复制蛋白。BLAST结果显示该质粒的核苷酸序列与干酪乳杆菌(L.casei)中的质粒p SMA23相似性在99%以上。[结论]分离得到了植物乳杆菌LP101中的一个隐蔽质粒p LP101,推定其复制方式为滾环复制,属于滚环复制p C194家族成员。