霍乱弧菌VPI毒力岛的tcpI-P和tcpH-A间隔区序列在不同菌株中的差异分析

目的 TcpA是霍乱弧菌主要定居因子毒素共调菌毛的主要亚单位 ,基因位于VPI毒力岛上。古典生物型和ElTor生物型霍乱弧菌菌株的tcpA序列有较大差异 ,同时毒力岛上其他一些区域 ,主要包括部分基因的间隔区序列也存在差异。我们已在不同ElTor流行株与非流行株以及非O1/非O13 9菌株中又发现 4种新的tcpA序列。笔者拟探明这 4种不同类型tcpA序列的菌株中 ,VPI毒力岛上其他几个差异片段 (tcpI -P间隔区和tcpH -A间隔区 )是否与相应tcpA序列有平行的变异关系、进而分析毒力岛和菌株分化的多样性。方法 在tcpI-P和tcpH -A间隔区外侧保守区中设计引物 ,扩增包含这两个间隔区的片段并进行测序 ,计算比较序列差异。结果 基因tcpH与tcpA之间的间隔区序列两两间比较的一致性在 63 3 %至 95 3 %之间 ;基因tcpI与tcpP之间的间隔区序列两两间比较的一致性在 2 6 7%至 10 0 %之间。这些间隔区序列并没有像tcpA序列在这些菌株中的差异那样显示出类似的变异水平 ,甚至一些菌株的tcpA序列有较大差异时、某些区域反而高度一致。结论 在不同tcpA序列的菌株中tcpI-P间隔区和tcpH -A间隔区及tcpA这三个片段分化变异的速率不同 ,并不具有平行性。这些序列的多样性反映了霍乱弧菌VPI毒力岛以及菌株分化的多样性。这种分化也提?

检测霍乱弧菌的基因芯片的制备

目的 研制快速、特异、灵敏的检测霍乱弧菌基因芯片。方法 选择霍乱弧菌特异的编码外膜蛋白的ompW基因和毒素ctxA基因 ,设计引物和探针 ,并制备检测芯片 ,通过 2次PCR扩增 ,制备荧光标记的靶序列 ,并与芯片进行杂交 ,检测霍乱弧菌和非霍乱弧菌病原体。结果 所有霍乱弧菌菌株在采用单一和多重PCR2种方法制备的荧光标记靶序列与芯片杂交 ,均在芯片相应探针处出现阳性信号 ,非霍乱弧菌菌株杂交结果均为阴性。结论 霍乱弧菌基因检测芯片的研制 ,为霍乱弧菌感染的诊断提供了准确、快速、灵敏的方法 ,还可选择更多的基因位点设计探针以提高检测的可靠性 ,可以达到高通量、集成化和自动化的要求。

副溶血弧菌基因组序列

副溶血弧菌存在于近海和河口环境中,是沿海地区引起食物中毒的一种常见病原菌,在种系发生上与霍乱弧菌很接近。作者用鸟枪法对一株副溶血弧菌(RIMD2210633)进行了基因组DNA测序。结果表明,该基因组由大小分别为3288558 bp和1877212bp的两条环状染色体组成,G+Gmol%含量为45.4,其中染色体1较大。