基于非参数正态图模型的差异网络分析——肝细胞癌生存时间枢纽基因的筛选

目的评价基于非参数正态图模型的差异网络分析方法筛选差异基因的效果,并筛选影响肝细胞癌患者生存时间的枢纽基因,用于预测患者的预后或作为新的药物靶点。方法模拟实验中用AUC值评价基于非参数正态图模型的差异网络分析筛选差异基因的效果,再从TCGA数据库下载3个平台5个数据集的肝细胞癌患者的基因表达数据,纳入通路等先验信息利用非参数正态图模型构建差异表达网络,按照节点连接边的个数即度的大小选择枢纽基因。结果在4种条件的模拟实验中,非参数正态图模型筛选差异基因的AUC值范围为0.71～0.97;在肝细胞癌数据的分析中,筛选出8个与肝细胞癌生存时间相关的枢纽基因,分别是IGF1、ErbB2、FGF9、GH2、cSH2、HSP90AA1、PPP2R5B和EPO。结论基于非参数正态图模型的差异网络分析方法在模拟实验中筛选差异基因的效果较好,在实例数据分析中筛选的肝细胞癌生存时间相关的枢纽基因都有较为明确的生物学功能。