人肌球蛋白7A基因非同义单核苷酸多态性位点潜在致聋突变的预测分析

目的:人肌球蛋白7A(MYO7A)基因是遗传性耳聋分子筛查的候选基因之一。从已知的MYO7A非同义单核苷酸多态性(ns SNPs)位点数据库中筛选可能与致病表型相关的ns SNPs位点,以提高MYO7A基因耳聋分子诊断的有效性和准确率。方法:首先,从NCBI数据中心的db SNP数据库(db SNP)和Deafness Variation Database数据库获得MYO7A基因的SNPs数据和基因的相关信息;然后,通过SIFT、Poly Phen-2、PANTHER、Ph D-SNP、Mutation Taster、SNP&GO和Mut Pred软件进行ns SNPs表型致病性分析,预测潜在致病位点;接着,应用Clustal X2和Gene Doc软件进行同源氨基酸序列比对,分析潜在致病的ns SNPs位点保守性;最后,应用Swiss Model平台选择性地对某些突变蛋白质的三维结构进行建模,并分析结构域的变化。结果:预测出MYO7A的104个高风险致病的ns SNPs位点,包括25个已报道的耳聋相关ns SNPs位点;高风险致病的ns SNPs位点中,有42个位于肌球蛋白马达(myosin motor)结构域,其中12个预测有致病风险的ns SNPs位点与MYO7A基因致聋的突变研究报道一致。肌球蛋白马达结构域中包含30个新预测的潜在致病性ns SNPs位点,其中仅L366P位点在7个预测软件中具有高度一致性。通过对L366P位点位点突变前后的三维模型构建,发现存在蛋白结构的改变,且同源性比对结果显示了该位点的高度保守性。结论:MYO7A的L366P为潜在高风险致病性ns SNP位点,推测该基因突变可能与耳聋表型相关。本研究所采用的分析筛选方法对MYO7A基因突变的临床筛查及其他致病基因的ns SNPs筛选具有重要的参考价值。

羊BMPR-IB基因非同义单核苷酸多态性的生物信息学分析

以羊BMPR-IB基因为研究对象,采用生物信息学方法,对该基因潜在的、具有生物学功能的非同义单核苷酸多态性位点(nsSNPs)进行预测,通过SIFI、PolyPhen-2、PROVEN等软件分析预测nsSNPs是否对BMPR-IB蛋白的结构及功能产生影响;通过I-Mutant 3.0、BDM-PUB、GPS-SUMO、Consurf等软件分析预测有害位点nsSNPs对蛋白质稳定性、泛素化修饰位点、磷酸化修饰位点、氨基酸进化位保守水平等是否有影响。结果表明:BMPR-IB基因存在9个nsSNPs位点,其中Q305R、R469K两个位点为主要的有害突变;9个nsSNPs位点BMPR-IB蛋白稳定性均有所降低,其中C35Y、C45S、R44H的稳定性大大降低。预测结果显示,Q305R、R469K为羊BMPR-IB基因的潜在功能性位点。

广东梅毒螺旋体临床株存在TP0265非同义单核苷酸多态性突变

目的比较广东地区梅毒螺旋体(Tp)临床株(GD1)与美国Nichols标准株和全球密螺旋体属的支链氨基酸转运系统Ⅱ载体蛋白(TP0265)的非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)差异。方法将GD1在兔睾丸中进行连续传代培养并制备Tp菌悬液,提取GD1 DNA后经TP0574 qPCR定量检测GD1基因组浓度;采用TP0548对GD1 DNA进行PCR检测和基因分型;采用PCR检测对GD1 TP0265与美国Nichols标准株和全球密螺旋体属的nsSNPs进行多重序列比对分析。结果BioEdit多重序列比对证实TP0548为f亚型。与美国Nichols株比较,GD1 TP0265碱基发生G175A突变,从而导致TP0265蛋白第230位的脯氨酸(P)突变为亮氨酸(L)。比较全球密螺旋体属中的不同密螺旋体种,发现除美国Nichols、Dal-1和Nichols Houston外,其余均出现TP0265突变。结论GD1存在TP0265 nsSNPs突变,该突变涉及全球大范围、多种密螺旋体属。

与疾病相关的非同义单核苷酸多态性预测的研究进展

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),即在基因组水平上由单个核苷酸的变异而引起的DNA序列多态性变化,具体是指在DNA序列中的单个碱基的变异,其是人类基因组变异种最常见的一种。SNP研究最主要的目的就是对人类表型变异遗传学的理解,尤其是关于人类遗传疾病的研究。而非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)是SNPs中的一种,主要是指处于编码区会引起翻译后对应氨基酸序列变化的单核苷酸突变。因为nsSNPs可能会对蛋白质的功能造成影响,被认为是造成人类遗传病的主要原因。因此将与疾病相关的nsSNPs从中性的nsSNPs中区分出来是很重要的。本文根据国内外与疾病相关nsSNPs预测的研究,分析了预测中所涉及到的特征属性,总结了对这些特征进行优化的特征选择方法,并概述了在预测过程中使用的各种分类器。

先天性白内障相关基因热休克转录因子4非同义单核苷酸多态性高危致病表型的预测研究

目的系统整合、收集单核苷酸多态性数据库和文献中热休克转录因子4(HSF4)基因非同义单核苷酸多态性(nsSNP)的信息,筛选具有高危致病的nsSNP位点。方法从单核苷酸多态性数据库、临床变异数据库、人类基因突变数据库、疾病基因网络数据库和已发表文献中,收集整理HSF4基因的nsSNP数据。利用6款突变预测软件,进行致病性预测分析,筛选高危致病nsSNP位点。应用I-变异2.0在线软件、突变所致蛋白质稳定性改变预测软件和非同义突变对蛋白质稳定性的影响软件比较氨基酸替换对蛋白质稳定性的影响,利用氨基酸保守性评估在线软件、带对齐的自优化预测在线软件和蛋白释意软件对nsSNP位点中氨基酸进化保守性、理化性质和突变前后的蛋白结构改变进行预测分析。结果通过以上数据库检索以及基因突变致病性预测软件分析,共获得31个HSF4b(HSF4基因选择性剪切形成的一种亚型)高危致病nsSNP位点。其中,11个nsSNP位点已在文献中报道,并指出与先天性白内障相关;20个nsSNP位点为本研究预测的高危致病性位点。高危致病nsSNP位点可导致25个野生型氨基酸位点被31个突变型氨基酸替换,替换的突变型氨基酸中预测有25个可能导致蛋白质稳定性下降。除了39位色氨酸外,其余24个野生型氨基酸均为高度进化保守性位点。20个位于热休克转录因子脱氧核糖核酸结合域,5个位于疏水重复序列,而成为高危致病nsSNP位点。本研究预测发现这些高危致病性位点氨基酸突变后均可导致氨基酸和蛋白质的理化性质改变,导致蛋白质二级和三级结构改变、结构域与其他分子之间相互作用的改变,进而影响蛋白功能。结论本研究预测筛选获得的31个HSF4b基因高危致病nsSNP位点,其中20个为首次报道。推测这些高危致病nsSNP位点可能是参与先天性白内障发病的重要位点,将为临床及理论研究提供重要的参考基础。

ERK1/2信号通路基因3'UTR多态性与非小细胞肺癌的相关性

目的探究4个ERK1/2信号通路的基因3'UTR区域的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(MAPK1基因中的rs9340,NRAS基因中的rs14804,KRAS基因中的rs712和rs7973450)与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的相关性。方法纳入了478名NSCLC患者及480名健康对照者,利用TaqMan探针法对其进行基因分型检测,并分析上述4个SNP与NSCLC的相关性。结果rs9340位点的等位基因在对照组与非小细胞鳞状细胞癌组(squamous cell carcinoma,SCC)中分布频率的差异具有统计学意义(P=0.009),该结果表明rs9340位点的G等位基因可能是非小细胞肺鳞癌的保护性因素(OR=0.67,95%CI:0.50~0.91)。同时,在<50岁年龄组中,rs9340位点的等位基因在对照组和NSCLC组中的分布频率差异具有统计学意义(P=5.07×10^(-4)),该结果表明rs9340等位基因G可能是NSCLC的保护性因素(OR=0.46,95%CI:0.29~0.72)。结论MAPK1基因SNP位点rs9340可能与NSCLC的发生风险相关。

基因单核苷酸多态性对非小细胞肺癌铂类化疗敏感性影响的研究进展

本文通过查阅国内外相关文献,总结综述了基因单核苷酸多态性对非小细胞肺癌铂类化疗敏感性影响的研究进展。结果表明非小细胞肺癌患者对铂类药物的敏感性存在很大的个体差异,基因的单核苷酸多态性是影响铂类药物化疗疗效的重要因素,在明确非小细胞肺癌患者基因型的前提下有针对性地个体化用药能够发挥更好的治疗作用。

XRCC1、ERCC1单核苷酸多态性与非小细胞肺癌对铂类化疗的敏感性

目的:探讨人类X射线交错互补修复基因1(XRCC1)和核苷酸切除修复交叉互补组基因1(ERCC1)单核苷酸多态性(SNP)与非小细胞肺癌(NSCLC)对铂类化疗的敏感性。方法:选择2009年1月～2011年3月江苏省肿瘤医院收治的经病理组织学确诊的NSCLC患者204例,采用MALDI-TOFMS法检测接受铂类药物化疗的NSCLC患者XRCC1(399)和ERCC1(118)的基因型,并随机抽取5%的样本进行基因测序来验证该方法的准确性。比较不同基因型与铂类药物化疗后生存期的关系。结果:204例NSCLC患者中,部分缓解61例,疾病稳定116例,疾病进展27例;有效例数占29.9%(61/204),无效例数占70.1%(143/204)。携带XRCC1(399)G/G、G/A+A/A基因型的NSCLC患者铂类化疗后有效率分别为36.9%(38/103)和22.8%(23/101),两者间比较差异均有统计学意义(P<0.05),携带ERCC1(118)C/C、C/T+T/T基因型的NSCLC患者铂类化疗后有效率分别为24.0%(29/121)和38.6%(32/83),两者间比较差异均有统计学意义(P<0.05)。XRCC1(399)G/G基因型患者对顺铂类药物的敏感性是G/A+A/A基因型患者的1.983倍(95%CI:1.073～3.662,P=0.028)。ERCC1(118)C/C基因型患者对顺铂类药物的敏感性是C/T+T/T基因型患者的0.502倍(95%CI:0.274～0.923,P=0.025)。携带XRCC1(399)G/G、G/A+A/A基因型的NSCLC患者铂类化疗后中位生存期MST、1年生存率、2年生存率分别为12.0个月、52.4%、11.7%和10.0个月、37.6%、3.0%,两者间比较差异均有统计学意义(P<0.05);携带ERCC1(118)C/C、C/T+T/T基因型的NSCLC患者铂类化疗后MST、1年生存率、2年生存率分别为9.0个月、34.7%、4.1%和12.0个月、60.2%、12.0%,两者间比较差异均有统计学意义(P<0.05)。结论:XRCC1(399)、ERCC1(118)基因多态性与NSCLC患者铂类药物化疗后的生存期有显著相关性,有可能成为铂类药物化疗后生存期的预测指标。

ERCC1 codon118单核苷酸多态性与非小细胞肺癌铂类化疗的临床预后研究

目的:探讨肿瘤石蜡组织中ERCC1 codon118单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与接受铂类药物化疗非小细胞肺癌(chemotherapy;non-small-cell lung cancer,NSCLC)患者临床预后之间的关系。方法:采用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性(PCR-RFLP)的方法评价47例石蜡包埋NSCLC肿瘤组织中DNA修复基因ERCC1第118位密码子的单核苷酸多态性,并比较不同基因型与NSCLC组织临床病理及铂类化疗预后之间的关系。结果:所有NSCLC患者中位生存时间为16.0月(95%CI,16.4-28.4月),中位无进展生存期为8.0月(95%CI,9.4-16.9月)。ERCC1 codon118与NSCLC临床病理特征均未见相关性。携带ERCC1 C/C基因型的NSCLC患者的中位总生存时间为25.0月,而携带C/T及T/T基因型患者的中位总生存时间仅为10.5月,两者有统计学差异(P=0.012)。携带ERCC1 C/C基因型的NSCLC患者的中位无进展生存期为13.2月,而携带C/T及T/T基因型患者的中位无进展生存期仅为6.0月,两者有统计学差异(P=0.029)。结论:ERCC1 codon118基因单核苷酸多态性与接受铂类药物化疗的NSCLC患者的总生存时间和无进展生存期有关,在一定程度上可以作为判断NSCLC患者铂类药物化疗的预后指标。

ERCC1、XRCC1单核苷酸多态性与非小细胞肺癌铂类药物化疗预后关系的研究

目的:探讨核苷酸切除修复交叉互补组基因1(ERCC1)、人类X射线交错互补修复基因1(XRCC1)单核苷酸多态性(SNP)与非小细胞肺癌(NSCLC)铂类药物化疗后的预后关系。方法:经病理学确诊的晚期NSCLC患者120例,采用铂类为主的两药联合化疗方案,化疗前采集患者的外周血。采用基因芯片法检测ERCC1(118)、XRCC1(399)的SNP,并随机抽取10%的样本进行基因测序来验证该方法的准确性。比较不同基因型与铂类药物化疗后生存期的关系。结果:成功进行基因分型,野生型、杂合型和突变型的叠加荧光分别显示为绿色、黄色和红色,与基因测序结果完全吻合。中位随访时间11个月(6～49个月)。携带ERCC1(118)C/C、C/T+T/T基因型患者铂类化疗后中位生存时间(MST)、1年生存率、2年生存率及3年生存率分别为10.9个月、35.9%、6.3%、1.6%和13.5个月、59.5%、19.0%、14.3%,两组间比较差异均有统计学意义(P<0.05);携带XRCC1(399)G/G基因型、G/A+A/A基因型MST、1年生存率、2年生存率、3年生存率分别为15.2个月、59.1%、15.9%、6.8%和11.1个月、35.5%、8.1%、6.5%,两组间比较差异均有统计学意义(P<0.05)。结论:ERCC1、XRCC1基因多态性与NSCLC患者铂类药物化疗后的生存期有显著相关性,有可能成为铂类药物化疗后生存期的预测指标。

宁夏回汉族人群Wnt3基因单核苷酸多态性与非综合征型唇腭裂相关性的研究

目的探讨宁夏回汉族人群中Wnt3基因rs142167和rs7216231位点单核苷酸多态性(SNP)与非综合征型唇腭裂(NSCL/P)的相关性。方法收集宁夏地区回汉族人群非综合征型唇腭裂患者371例为病例组,其中汉族患者166例,回族患者205例;收集患者父亲196例,患者母亲224例,其中150例患者为NSCL/P核心家系;258例健康新生儿为对照组,其中汉族190例,回族68例。采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测Wnt3基因多态位点rs142167和rs7216231基因型,对比分析2组的基因型和等位基因,并进行传递不平衡检验(TDT)和以家系为基础的相关性检验(FBAT)分析。结果回汉族人群病例组与对照组比较及其民族分层比较,唇裂、腭裂、唇腭裂及总病例组rs142167和rs7216231位点均无统计学差异(P>0.05)。TDT分析结果显示:rs142167和rs7216231位点的等位基因均不存在过传递(P>0.05)。FBAT分析结果显示:单倍型G-G具有统计学意义(P<0.05)。结论 Wnt3基因多态性与宁夏地区回汉族人群非综合征型唇腭裂不存在相关性。

RRM1单核苷酸多态性与非小细胞肺癌患者对吉西他滨化疗敏感性的相关性研究

目的:探讨核苷酸还原酶M1亚基(RRM1)的单核苷酸多态性(SNPs)与非小细胞肺癌(NSCLC)患者对吉西他滨化疗敏感性的相关性。方法:选取2014年8月-2016年7月我院NSCLC初治患者96例,均接受以吉西他滨为基础的两药联合化疗方案,连续化疗至少2个周期(每28 d为1个周期)。以完全缓解、部分缓解的患者总数与受试患者总数的比值来计算化疗敏感率;采用聚合酶链反应和直接测序法检测其RRM1基因型;分析患者不同基因型与化疗敏感性的相关性。结果:RRM1-37C>A的CC、CA、AA基因型分布频率分别为35.42%、52.08%、12.50%,-524C>T的CC、CT、TT基因型分布频率分别为18.75%、37.50%、43.75%,各基因型分布频率均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。96例NSCLC患者的化疗敏感率为37.50%。患者的年龄、性别、民族、吸烟与否、TNM分期、病理类型、化疗方案和美国东部肿瘤协作组评分与化疗敏感性无关(P>0.05)。RRM1(-37CA)+(-524CT)、(-37CC)+(-524TT)基因型患者的化疗敏感率(57.14%、39.39%)均显著高于其他基因型患者(10.71%),差异均有统计学意义(P<0.05);而RRM1(-37CA)+(-524CT)与(-37CC)+(-524TT)基因型患者的化疗敏感率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论:NSCLC患者RRM1的SNPs可作为评价吉西他滨化疗敏感性的预测因子,RRM1(-37CA)+(-524CT)和(-37CC)+(-524TT)基因型患者对该类化疗方案具有更高的敏感性。

非酒精性脂肪性肝病相关基因的单核苷酸多态性研究

背景与目的:探讨载脂蛋白B(ApolpoproteinB,ApoB)、β3-肾上腺素能受体(β3-adrenergicreceptor,β3-AR)、细胞色素P4502E1(cytochromeP4502E1,CYP2E1)基因单核苷酸多态性与非酒精性脂肪性肝病(Non-alcoholicfattyliverdisease,NAFLD)发病的关系,并从分子水平探讨该病的发病机制。材料与方法:应用聚合酶链反应和基因芯片技术,对194例NAFLD患者和189例健康对照的ApoB、β3-AR、CYP2E1基因多态性进行了分析。结果:轻度NAFLD组ApoBMspⅠ位点M+M-基因型频率(18.6%)和等位基因型频率(9.3%)均高于对照组(分别为10.3%和5.2%),差别有统计学意义(P<0.05)。ApoBMspⅠ和CYP2E1基因多态性的联合作用使中重度脂肪肝发病的危险性增加近4倍。结论:ApoBMspⅠ位点多态性与轻度NAFLD有关,CYP2E1和ApoBMspⅠ基因多态性的联合作用分析从分子水平解释了NAFLD发生发展的机制,同时也为研究NAFLD遗传易感性从方法学上提供了新的思路。

线粒体DNA D-环区单核苷酸多态性与非霍奇金淋巴瘤患者预后的关系研究

背景线粒体DNA(mt DNA)D-环区单核苷酸多态性(SNP)的积累可能与患癌风险和疾病预后有关。目的探讨mt DNA D-环区SNP与非霍奇金淋巴瘤(NHL)患者预后的关系。方法选取2000—2007年河北医科大学第四医院血液科接受治疗的NHL患者190例(NHL组),其中弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)108例(DLBCL亚组),T细胞淋巴瘤(TCL)82例(TCL亚组);同时收集体检健康者159例为对照组。记录NHL组患者性别、年龄、Ann Arbor分期、病理类型(B细胞型、T细胞型)、有无B症状、乳酸脱氢酶(LDH)水平、国际预后指数(IPI),检测NHL组与对照组mt DNA D-环区SNP。NHL患者预后采用多因素Cox比例风险回归模型进行分析。结果不同Ann Arbor分期、病理类型、有无B症状、不同LDH、IPI NHL患者5年生存率比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。对照组与DLBCL亚组患者73、200、315位点等位基因频率比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。对照组与TCL亚组患者73、16362、249、315位点等位基因频率比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。不同146、199、309、315、16304位点等位基因频率NHL患者5年生存率比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。多因素Cox比例风险回归模型结果显示,年龄〔HR=2.104,95%CI(1.095,4.403)〕、IPI〔HR=1.827,95%CI(1.098,3.034)〕、16304位点〔HR=0.523,95%CI(0.276,0.889)〕与NHL患者预后有回归关系(P<0.05)。结论 mt DNA D-环区SNP 16304位点与NHL患者预后相关,可通过检测mt DNA D-环区SNP 16304位点预测NHL患者预后。

ERCC1和XPD单核苷酸多态性与非小细胞肺癌铂类化疗敏感性的关系

目的:探讨DNA修复基因ERCC1 C118T和XPD Lys751Gln单核苷酸多态性与非小细胞肺癌(non-small-cell lung carcinoma,NSCLC)患者对含铂方案化疗敏感性的关系。方法:选择经病理确诊为NSCLC的患者73例,在实施化疗前采取静脉血,提取DNA,行DNA测序、用PCR-RFLP方法检测ERCC1 C118T和XPD Lys751Gln基因型。所有患者均经含铂方案化疗,观察疗效,统计临床获益率,分析NSCLC患者ERCC1和XPD单核苷酸多态性与含铂方案化疗敏感性的关系。结果:ERCC1 C118TC/C、C/T和T/T基因型临床获益率分别为94.9%、71.4%和83.8%。基因型C/C临床获益率明显高于C/T、T/T(P<0.05)。XPD Lys751Gln基因型Lys/Lys、Lys/Gln临床获益率分别为80.3%和75.0%。基因型Lys/Lys与Lys/Gln临床获益率间的差异无统计学意义(P=0.702)。未检测到XPD Gln/Gln基因型。ERCC1 C118T、XPD Lys751Gln多态之间在对含铂方案的化疗敏感性方面无协同作用(P=0.134和P=0.236)。结论:DNA修复基因ERCC1 C118T单核苷酸多态性与NSCLC含铂方案化疗的敏感性有关,可作为预测NSCLC患者铂类药物化疗敏感性的参考指标之一。

f101基因3’端非翻译区微小RNA结合位点单核苷酸多态性与非霍奇金淋巴瘤患者预后的关系

目的探讨微小(miRNA)结合位点f101基因的3’端非翻译区的单核苷酸多态性(SNP)对非霍奇金淋巴瘤(NHL)患者癌症风险和临床预后的影响。方法miRNA结合位点f101基因的3’端非翻译区rs4901706 SNP基因分型采用连接酶检测反应。rs4901706与NHL生存相关性采用log-rank检验及Kaplan-Meier方法。多因素生存分析采用Cox比例风险模型。结果携带rs4901706 AA基因型患者比携带AG/GG基因型患者生存时间长(P=0.017)。多因素分析结果表明,rs4901706 SNP与NHL患者总生存率独立相关(相对风险:1.768,95%CI:1.045~2.997,P=0.035)。rs4901706 SNP与NHL生存相关性在T细胞淋巴瘤亚型也得到验证(P=0.025)。结论f101基因3’端非翻译区miRNA结合位点SNP可能影响NHL患者的生存,对临床预后有预测意义。

桂林市汉族老年非酒精性脂肪性肝病与脂联素基因启动子区-11377C/G单核苷酸多态性的相关性研究

目的探讨桂林市汉族老年非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)与脂联素基因启动子区-11377C/G单核苷酸多态性的相关性。方法选择2012年7—11月在桂林医学院附属医院体检中心诊断为NAFLD者150例为NAFLD组,另选择同期与NAFLD组年龄匹配的体检正常者130例为对照组。测量所有受试者身高、体质量、血压,并计算体质指数(BMI);检测其空腹血糖(FBG)、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)、三酰甘油(TG)、总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)及尿酸(UA)水平。NAFLD影响因素的分析采用单因素Logistic回归分析和非条件多因素Logistic回归分析。采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性法(PCR-RFLP法)检测脂联素基因启动子区-11377C/G单核苷酸多态性,比较两组基因型及等位基因频率。结果 (1)NAFLD组BMI、收缩压(SBP)、舒张压(DBP)、FBG、ALT、TG、TC、LDL-C及UA水平均高于对照组(P<0.05),HDL-C水平低于对照组(P<0.01);两组AST水平比较,差异无统计学意义(P>0.05)。(2)单因素Logistic回归分析显示,性别、BMI、高血压、FBG、TG、HDL-C、LDL-C、UA进入回归方程(P<0.05);非条件多因素Logistic回归分析显示,性别、BMI、TG、UA进入回归方程(P<0.05)。(3)两组脂联素基因启动子区-11377C/G基因型和等位基因频率比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。NAFLD组和对照组不同基因型受试者BMI、SBP、DBP、FBG、ALT、AST、TG、TC、HDL-C、LDL-C及UA水平比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。结论桂林市汉族老年NAFLD与脂联素基因启动子区-11377C/G单核苷酸多态性无明显相关性。

晚期非小细胞肺癌患者XPG基因及MDR1基因单核苷酸多态性与铂类化疗疗效的相关性

目的探讨DNA修复基因XPG以及多药耐药基因MDR1的单核苷酸多态性与晚期非小细胞肺癌患者对铂类为主的化疗方案敏感性的关系。方法经病理确诊的晚期NSCLC患者101例,采用DDP为主的化疗方案,化疗2～3个周期后进行临床疗效评价。以PCR-RLFP方法进行XPG、MDR-1的基因型分析,比较不同基因型对化疗敏感性的影响。结果携带MDR1-3435等位基因C/C的患者的化疗有效率为57.8%,显著高于至少携带1个T等位基因的26.8%(OR=0.272,95%CI=0.117～0.635,P(0.05));携带MDR1-2677至少1个T等位基因的患者的化疗有效率12.8%要显著低于其他基因型患者的58.1%(OR=17.999,95%CI=4.938～65.599,P(0.01);而XPG各基因型与化疗敏感性的关系没有显著性的差异。结论MDR1基因多态性与NSCLC患者对铂类药物的化疗敏感性相关,基因XPG的多态性是否与铂类药物化疗的敏感性是否具有相关性尚需进一步的研究。

胰岛素样生长因子2受体基因3'非翻译区的单核苷酸多态性及其生物信息学分析

目的基因3'非翻译区(3'untranslated region,3'UTR)中miRNA结合区域的遗传突变能够影响基因的表达调控,文中利用生物信息学技术预测胰岛素样生长因子2受体(insulin-like growth factor 2 receptor,IGF2R)基因3'UTR的遗传突变,并检测其对基因表达的影响。方法运用多个在线数据库,获取IGF2R基因3'UTR中具有最小等位基因频率(minor allele frequency,MAF)的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),计算其在不同人种中的频率分布及各SNPs之间的连锁不平衡,并预测与其相应结合的miRNA。最后,检测在淋巴母细胞系中不同变体基因型对IGF2R基因mRNA表达的影响。结果在IGF2R基因3'UTR的33个SNPs中,仅有5个SNPs(rs8191959、rs200237825、rs3832385、rs201568808、rs1050015)具有>0.05的MAF,其中只有rs1050015基因型突变对mRNA表达水平差异具有统计学意义(P=0.010)。结论IGF2R基因3'UTR的rs1050015突变能够促进其表达,可作为帮助预测癌症风险的遗传标志物及个体化治疗的潜在靶点。

新疆维吾尔族干扰素调节因子6基因单核苷酸多态性与非综合征性唇腭裂相关性研究

目的探讨新疆地区维吾尔族人群干扰素调节因子6(IRF6)基因rs 7545538、rs7545542、rs2235373位点单核苷酸多态性与非综合征性唇腭裂的相关性。方法选择新疆地区世居维吾尔族非综合征性唇腭裂(NSCL/P)患者100例,对照组为60例因上呼吸道感染而住院的新疆籍维吾尔族儿童,抽取其静脉血,用新一代测序方法对目标区域测序,进行遗传学分析。结果在新疆维吾尔族人群中,rs7545538位点CC基因型(P=0.037)和C等位基因(P=0.007)、rs7545542位点C等位基因(P=0.044)和rs2235373位点G等位基因(P=0.049)与NSCL/P有关联;对以上3个SNPs进行连锁不平衡分析,未能证实存在连锁不平衡(r2<0.8)。结论新疆维吾尔族人群IRF6基因rs7545538、rs7545542、rs2235373位点SNPs可能与新疆维吾尔族人群唇腭裂发病可能存在相关性。