人类和黑猩猩染色体同义和非同义替代的非平行累积(英文)

为了揭示灵长类染色体的进化动态,以小鼠和狗作为外群,使用比较基因组学和生物信息学的方法,详细分析了人-小鼠、人-狗、黑猩猩-小鼠、黑猩猩-狗中的16427,15161,15802和14559同源基因.结果表明,人类和黑猩猩染色体16,19,21和22上的基因具有显著高的同义替代速率(dS).分析人类-小鼠-狗和黑猩猩-小鼠-狗的同源基因,发现不同系谱基因碱基的同义和非同义替代速率(dN)是相似的,揭示了这些物种基因的碱基替代速率经历着相似的进化选择压力.此外,结果也表明局部染色质环境(GC含量和基因密度)和染色体重组速率对人类染色体碱基替代的累积也有显著影响.

基于图神经网络的非同义单核苷酸多态性预测研究

在遗传与变异的研究中,非同义单核苷酸多态性(nsSNP)是一个重要的研究方向,目前已发现由非同义单核苷酸多态性引起的疾病有6 000多种,因此,准确预测非单核苷酸多态性对更好地了解其功能机制和疾病治疗具有重要意义。针对该问题,文中提出了一种名为SGNN的模型,旨在通过图神经网络与卷积神经网络的方法,实现高性能地完成nsSNP预测任务。在SGNN模型中,通过样本长度归一化处理,截取出适当长度的残基环境,以减少冗余信息,降低噪声干扰;随后,通过ProtTrans模型提取出样本残基环境的PT特征,并将属于同种蛋白质且具有相同突变位点的样本构成的集合使用图数据建模的方法转化为图结构数据;在模型训练的过程中,通过GraphSAGE算法更新图并使用节点分类的方法结合卷积神经网络完成样本致病性预测。实验中选择MMP数据集和PredictSNP数据集作为基准数据集,并与已有的最新的方法进行对比。其中,SGNN在MMP数据集上准确率(ACC)为85.2%,在PredictSNP数据集上ACC为83.3%,相较于最新的方法分别提升了3.2百分点和3.6百分点。实验结果表明,在nsSNP预测任务中,SGNN具有更好的预测性能。

苗语东部方言“非叠音状词”问题讨论

非叠音状词,是状词的一个种类,由两个声、韵、调完全不同的音节连在一起组成,是结构稳定和功能明确的固定语词。大多数学者认为,苗语东部方言存在非叠音状词,这一观点可能有一定的瑕疵,因为其所列举的非叠音状词,多数是由一个单音节拟声词与一个无语义的词前缀组合而成,少量由两个声、韵、调不同的拟声词组合而成,这些语词的结构都存在不稳定性。而苗语东部方言不存在结构固定的单词意义上的非叠音状词,但存在一些以某个拟声词为核心的结构不太稳定的同义非叠音状词丛。因此,有必要对其进行详细探讨。

句法框架中非同义词语的中和现象——从“都”和“也”的中和谈起

“都”和“也”是意义完全不同的两个副词,但在某些句式中可以互相替换而并不影响句义表达。如果从兼客“都”和“也”的句式入手,分析这些句式中和“都”和“也”之间区别的句法语义条件,即可进一步说明相同的句法位置对非同义词语的制约作用。

《尔雅·释诂》非同义训释中无共同义素现象发微

《尔雅》在编纂过程中，■罗了古代文献中大量的成训，这些成训搀入了古书中具体文意的训释，出现了许多非同义关系的训释，即训释词与被训释词不是同义词。非同义训释中有共同义素现象，笔者撰文论述，刊于《新疆师范大学学报》（社科版）１９９８年第３期上，对于无共同义素现象经细致分析认为此种语言现象中的训释词与被训释词之间存在两种联系，一为词与词之间有词义外部的联系．二为词与词之间没有必然的语义联系，前者可具体分为二类：一类语义与语法上词与词有必然的联系，一类训释词重在揭示被训释词在社会历史文化中的内涵。后者多指词与词之间的辗转相通关系。

《说文解字》中的非同义同训词研究

同训现象丰富的《说文解字》中有大量的非同义同训词,此类主要包括那些数量、名目庞杂的名物类。本文将此类同训词作简单的归类整理与规范,从中亦可窥《说文解字》结构严密之一斑。

人肌球蛋白7A基因非同义单核苷酸多态性位点潜在致聋突变的预测分析

目的:人肌球蛋白7A(MYO7A)基因是遗传性耳聋分子筛查的候选基因之一。从已知的MYO7A非同义单核苷酸多态性(ns SNPs)位点数据库中筛选可能与致病表型相关的ns SNPs位点,以提高MYO7A基因耳聋分子诊断的有效性和准确率。方法:首先,从NCBI数据中心的db SNP数据库(db SNP)和Deafness Variation Database数据库获得MYO7A基因的SNPs数据和基因的相关信息;然后,通过SIFT、Poly Phen-2、PANTHER、Ph D-SNP、Mutation Taster、SNP&GO和Mut Pred软件进行ns SNPs表型致病性分析,预测潜在致病位点;接着,应用Clustal X2和Gene Doc软件进行同源氨基酸序列比对,分析潜在致病的ns SNPs位点保守性;最后,应用Swiss Model平台选择性地对某些突变蛋白质的三维结构进行建模,并分析结构域的变化。结果:预测出MYO7A的104个高风险致病的ns SNPs位点,包括25个已报道的耳聋相关ns SNPs位点;高风险致病的ns SNPs位点中,有42个位于肌球蛋白马达(myosin motor)结构域,其中12个预测有致病风险的ns SNPs位点与MYO7A基因致聋的突变研究报道一致。肌球蛋白马达结构域中包含30个新预测的潜在致病性ns SNPs位点,其中仅L366P位点在7个预测软件中具有高度一致性。通过对L366P位点位点突变前后的三维模型构建,发现存在蛋白结构的改变,且同源性比对结果显示了该位点的高度保守性。结论:MYO7A的L366P为潜在高风险致病性ns SNP位点,推测该基因突变可能与耳聋表型相关。本研究所采用的分析筛选方法对MYO7A基因突变的临床筛查及其他致病基因的ns SNPs筛选具有重要的参考价值。

鸡StAR基因非同义单核苷酸多态性的生物信息学分析

以鸡StAR基因为研究对象,在分子水平上探究StAR编码区功能性位点。利用SIFT,PolyPhen-2,PANTHER和PROVEAN等4种方法预测对nsSNPs进行分析预测有害位点,使用SWISS-MODEL,Consurf server,Pymol,I-Mutant 3.0等软件对有害nsSNPs位点进行蛋白质的空间结构、氨基酸间氢键的改变及蛋白稳定性等相关分析。结果表明:从StAR基因的nsSNPs位点筛选出来6个主要有害突变(V125G,M144R,N148T,T204P,C224W和L247Q)。其中,M144R,N148T和T204P这3个位点氢键数目和空间结构发生变化,M144R,N148T,C224W和L247Q这4个位点降低了StAR蛋白质的稳定性,且M144R,N148T,T204P,C224W和L247Q均为高保守性位点。预测M144R,N148T,T204P,C224W和L247Q这5个位点可能为鸡StAR基因的潜在功能性位点。

羊BMPR-IB基因非同义单核苷酸多态性的生物信息学分析

以羊BMPR-IB基因为研究对象,采用生物信息学方法,对该基因潜在的、具有生物学功能的非同义单核苷酸多态性位点(nsSNPs)进行预测,通过SIFI、PolyPhen-2、PROVEN等软件分析预测nsSNPs是否对BMPR-IB蛋白的结构及功能产生影响;通过I-Mutant 3.0、BDM-PUB、GPS-SUMO、Consurf等软件分析预测有害位点nsSNPs对蛋白质稳定性、泛素化修饰位点、磷酸化修饰位点、氨基酸进化位保守水平等是否有影响。结果表明:BMPR-IB基因存在9个nsSNPs位点,其中Q305R、R469K两个位点为主要的有害突变;9个nsSNPs位点BMPR-IB蛋白稳定性均有所降低,其中C35Y、C45S、R44H的稳定性大大降低。预测结果显示,Q305R、R469K为羊BMPR-IB基因的潜在功能性位点。

非同义单核苷酸变异致病性预测研究综述

超过6000种人类疾病是由非同义单核苷酸变异(Non-synonymous single nucleotide variations,nsSNVs)引发的,快速准确地预测nsSNVs的致病性,有助于理解发病原理和设计新药物,也是生物信息领域的重要研究课题之一。该文给出了nsSNVs致病性研究的重要意义与背景知识;总结了国内外研究的主流方法,包括基于突变频率的方法、基于通路的方法、结合基因组和转录信息的方法、基于序列进化保守性的方法、基于序列和结构混合特征的方法以及综合评价类方法,对代表性方法进行了阐述;给出了nsSNVs致病性研究中常用的数据库、特征表示方法以及性能评价指标,多角度地对12种nsSNVs致病性预测方法进行了比较;最后,展望了nsSNVs致病性预测中可能取得突破的若干研究方向。

大豆非同义SNP相邻碱基组分分析

单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括转换、颠换、缺失和插入.根据是否改变编码的氨基酸又可分为同义cSNP(synonymous SNP,sSNP)和非同义cSNP(non-synonymous SNP,nsSNP).采用生物信息的方法对1453823条大豆ESTs数据中所包含的候选SNP进行挖掘,依据其编码蛋白的情况挖掘了1766个nsSNPs,并对这些nsSNPs分布规律及其附近的序列特征进行统计分析,分析表明只有在两侧碱基都为A或者T时,Ts/Tv的比值才会升高.由于突变位点上游第一个碱基无明显的频率偏差,故推测下游第一个碱基的频率偏差会导致Ts/Tv的比值升高,Ts中T的出现频率(-0.052)小于Tv中T的出现频率(-0.048),说明在突变位点下游第一个碱基T频率偏差与Ts/Tv的比值成反比.

《尔雅·释诂》的非同义训释

《尔雅·释诂》中存在着大量的非同义训释，即训释词与被训释词无共同义位，不是同义词关系。借助现代语义学的理论，以训释词和被训释词有无共同义素存在为标准，可将非同义训释划分为两类：一、训释词与被训释词有词义内部联系，二者有共同义素存在；二、训释词与被训释词无词义内部联系，即二者无共同义素存在。第一类非同义训释出现的原因，是由于古代训释的目的在于“求其同”，寻找训释词与被训释词词义内部的相同相通之义；

《现代汉语词典》“同一词素+同义词素”构成非同义合成词及成因

《现代汉语词典》中有一类特殊的封闭型词汇,即"同一词素+同义词素"所构成的非同义合成词。文章对这类有限的合成词进行了定性兼定量的统计,将其分成四大类,并在此基础上从构词方式的影响及语言规律的制约等角度概括出构成此类非同义合成词的六大成因。

“单音节同义词+同一语素”构成非同义复合词探因

构成“单音节同义词+同一语素”非同义复合词的原因有三个方面:一、单音节同义词作为语素分别与不同义项的同一语素组合,使得它们无法形成同义关系;二、由于词义的发展演变,同义词之间的相互制约,使得原本有同义关系的词丧失了同义关系;三、复合词的内部语义关系不同,使得它们的意义相差很远,不能形成同义关系。其中第二个原因产生的非同义词最多。

广东梅毒螺旋体临床株存在TP0265非同义单核苷酸多态性突变

目的比较广东地区梅毒螺旋体(Tp)临床株(GD1)与美国Nichols标准株和全球密螺旋体属的支链氨基酸转运系统Ⅱ载体蛋白(TP0265)的非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)差异。方法将GD1在兔睾丸中进行连续传代培养并制备Tp菌悬液,提取GD1 DNA后经TP0574 qPCR定量检测GD1基因组浓度;采用TP0548对GD1 DNA进行PCR检测和基因分型;采用PCR检测对GD1 TP0265与美国Nichols标准株和全球密螺旋体属的nsSNPs进行多重序列比对分析。结果BioEdit多重序列比对证实TP0548为f亚型。与美国Nichols株比较,GD1 TP0265碱基发生G175A突变,从而导致TP0265蛋白第230位的脯氨酸(P)突变为亮氨酸(L)。比较全球密螺旋体属中的不同密螺旋体种,发现除美国Nichols、Dal-1和Nichols Houston外,其余均出现TP0265突变。结论GD1存在TP0265 nsSNPs突变,该突变涉及全球大范围、多种密螺旋体属。

《尔雅·释诂》非同义训释中无共同义素现象发微

关于《尔雅·释诂》的非同义训释中训释词与被训释词有共同义素,词义内部有联系的语言现象,笔者业已撰文论述,刊于《伊犁师范学院学报》(社科版)1997年第2期上,以求教于大家.对于训释词与被训释词无共同义素的这种语言现象,今人论及甚少.从语义分类的角度看,这种语言现象中训释词与被训释词无词义内部的联系,那么词与词之间存在着两种联系,一为词与词之间有词义外部的联系,二为词与词之间没有必然的语义联系,前者可具体地分为二类:一类语义与语法上词与词有必然的联系,一类训释词重在揭示被训释词在社会历史文化的内涵.后者多指词与词之间的辗转相通关系.

猪FASN基因功能性单核苷酸多态性的生物信息学分析

为了筛选出猪FASN基因中具有生物学功能的非同义单核苷酸多态性(non-synonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)位点,试验采用生物信息学方法对FASN基因的nsSNPs位点进行了研究。首先利用Ensembl数据库分析FASN基因nsSNPs位点的相关信息,然后利用SIFT、Polyphen2和Provean三种方法预测nsSNPs位点的有害性,再利用ConSurf server、I-Mutant 3.0、Mupro、BDM-PUB、SUMO plotTM、NetPhos 2.0 Server等在线软件对nsSNPs位点的进化保守位点、蛋白质稳定性、泛素化位点、磷酸化位点进行预测,SOPMA和MutPred2在线软件分析nsSNPs位点对FASN蛋白二级结构和三级结构的影响,最后使用Phyre2和VMD软件预测和构建野生型和突变型FASN蛋白的空间结构。结果表明:FASN基因有2个转录子,共38个nsSNPs位点,其中有7个位点被SIFT、Polyphen2和Provean三种方法均预测为有害突变位点,分别是L215F、V560G、R409C、F494L、L560R、R872W、R1123W。L215F、F494L位点属于高保守性位点;7个位点都可降低FASN蛋白的稳定性且不存在泛素化修饰,只有L215F位点存在磷酸化修饰;7个位点都可能参与了FASN蛋白二级结构的形成;L215F、V560G、L560R位点对FASN蛋白的三级结构有影响。说明L215F位点可能是猪FASN基因的潜在功能性位点。

毛干蛋白单氨基酸多态性鉴定研究

本文建立了毛干蛋白单氨基酸多态性(single amino acid polymorphism,SAP)的质谱检测方法,以DNA测序验证方法的准确性,并设计多组样本检验SAP鉴定的重现性。对来自6个人的25份毛干样本的SAP鉴定结果进行分析,并与毛干来源人的血液外显子测序结果相比较,对于不一致位点进一步使用Sanger法测序确定SAP对应的SNP分型。共设计四组重复性实验测试,对不同直径/生长部位毛干的分型结果进行了一致性验证。通过设计的376对引物进行PCR扩增,成功检测了522个SNP分型,其中32个(6.1%)与前期外显子测序分型不一致,152个(29.1%)为外显子测序中未检测的分型,338个(64.8%)与外显子分型结果一致。四组重复性实验中,组内SAP鉴定准确率平均值为93.6%(95%CI:92.8%~94.5%),鉴定重现率平均值为96.0%(95%CI:94.3%~97.6%)。在所有25份样本中,有283个SAP位点在至少两个样本中检出,其中23个位点在全部样本中都被检出。因此,毛干蛋白SAP鉴定方法具有较高的准确性和重现性,得到的23个高检出率SAP位点可作为候选位点构建有效位点组合,呈现出潜在的法医学应用价值。

基于毛干蛋白质组的族群推断技术的建立与验证

毛干是一种案件现场常见的生物物证,由于核DNA含量极少且高度降解,难以采用现有的短串联重复序列(short tandem repeat,STR)检验方法进行个人识别鉴定,目前仅使用线粒体DNA检验进行母系亲缘关系的判定,利用率非常低.毛干中蛋白质非常稳定,而且具有遗传多态性,表现为基因组中的非同义单核苷酸多态性(non-synonymous single nucleotide polymorphisms,ns SNPs),转录翻译后形成蛋白质序列中的单氨基酸多态性(single amino acid polymorphisms,SAPs).充分利用毛干蛋白质中蕴含的遗传信息,为案件提供线索和证据,是实际公安业务的迫切需求,具有重要的应用价值.本文选取了104份中国汉族的毛干样本进行蛋白质组的检测,共获得了703个SAP位点,位于460个蛋白质上,共推导出552个nsSNP位点.进一步筛选在所有样本中检出率超过15%的位点,获得了88个nsSNP位点,使用毛干样本对应的口腔拭子DNA对88个ns SNP位点进行一代测序验证.为评估发现的nsSNP位点对于人群的区分能力,以千人数据库(1 000 Genome Project)为参考数据库,采用聚类分析和群体匹配概率等方法对检测的19份毛干样本进行人群来源推断.结果显示,通过检测毛干蛋白质组中的ns SNP可以实现东亚、欧洲、非洲三大洲际人群的区分.

分子进化研究中的几个统计量及其应用

为在分子水平上快速精确地研究生物的进化关系,提出了分子进化研究中的几个常用统计量及其计算方法.根据这些统计量探测正选择作用,并确定特定基因的进化速度或年龄.这些统计量包括核苷酸同义替换数ds(Ks)、非同义替换数dn(Ka)、Ka／Ks、DNA多态性和遗传距离等.通过植物抗性基因的一个实例揭示了这些统计量在阐明进化机制过程中的重要性.