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GPU集群下第一原理非局部映射势能计算
1
作者
付继芸
贾伟乐
+3 位作者
曹宗雁
王龙
叶煌
迟学斌
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2013年第6期1540-1543,1552,共5页
平面波赝势密度泛函(PWP-DFT)计算是材料计算中应用最广泛的方法,其中映射计算是PWP-DFT方法求解自洽迭代中重要的一部分。针对映射势能计算成为软件加速的瓶颈,提出了针对该部分的图形处理器(GPU)加速算法,其中考虑GPU的特点:1)使用了...
平面波赝势密度泛函(PWP-DFT)计算是材料计算中应用最广泛的方法,其中映射计算是PWP-DFT方法求解自洽迭代中重要的一部分。针对映射势能计算成为软件加速的瓶颈,提出了针对该部分的图形处理器(GPU)加速算法,其中考虑GPU的特点:1)使用了新的并行机制求解非局部映射势能;2)重新设计了数据分布结构;3)减少内存的使用;4)提出了一种解决算法中数据相关问题的方法。最终获得了18~57倍加速,使每步分子动力学模拟最终降为12 s。详细分析了该模块在GPU平台上的测试时间,同时对该算法在GPU集群上的计算瓶颈进行了讨论。
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关键词
第一性原理
密度泛函理论
赝势平面波
非局部映射势能
GPU加速
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职称材料
题名
GPU集群下第一原理非局部映射势能计算
1
作者
付继芸
贾伟乐
曹宗雁
王龙
叶煌
迟学斌
机构
中国科学院计算机网络信息中心
中国科学院研究生院
出处
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2013年第6期1540-1543,1552,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(61202054)
国家863计划项目(2010AA012301)
+1 种基金
中国科学院"十二五"信息化专项
中国科学院知识创新工程项目(CNIC_ZR_201202)
文摘
平面波赝势密度泛函(PWP-DFT)计算是材料计算中应用最广泛的方法,其中映射计算是PWP-DFT方法求解自洽迭代中重要的一部分。针对映射势能计算成为软件加速的瓶颈,提出了针对该部分的图形处理器(GPU)加速算法,其中考虑GPU的特点:1)使用了新的并行机制求解非局部映射势能;2)重新设计了数据分布结构;3)减少内存的使用;4)提出了一种解决算法中数据相关问题的方法。最终获得了18~57倍加速,使每步分子动力学模拟最终降为12 s。详细分析了该模块在GPU平台上的测试时间,同时对该算法在GPU集群上的计算瓶颈进行了讨论。
关键词
第一性原理
密度泛函理论
赝势平面波
非局部映射势能
GPU加速
Keywords
first-principle
Density Functional Theory (DFI')
Plane Wave Pseudopotential (PWP)
nonlocal projectorpotential
GPU speedup
分类号
TP338 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
TP391.41 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
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作者
出处
发文年
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1
GPU集群下第一原理非局部映射势能计算
付继芸
贾伟乐
曹宗雁
王龙
叶煌
迟学斌
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2013
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