非度量多维测度及其在群落分类中的应用

排序与聚类分析法是近代最为常用的植被数量分析方法。原理上，排序较之于聚类法，一般具有较为严格的数学基础。在植被研究的应用方面，排序比聚类法能更好反映植被的连续性。同时，在反映植被分类结果上，排序图不仅象聚类树形图一样，使全部实体之间的划分关系得以反映，而且两两实体间的关系可以通过排序图上彼此间的距离比较而得以较好的反映。然而常规的排序方法主要适用于具有线性结构的数据分析，在２—３维排序图上常难以充分反映这些实体的生态学关系，造成大量生态学数据信息的损失。非度量多维测度（Ｎｏｎ－ｍｅｔｒｉｃｍｕｌｔｉｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌｓｃａｌｉｎｇ）是近期发展起来的适用于非线性数据结构分析的一种复杂的迭代排序方法。它的基本思想是通过排序，ｎ个实体在尽可能低维（ｔ＜ｎ）排序空间上之间的距离与实体之间的实际相异性一致。本文在较为详尽介绍这一多元分析方法的同时，以海南岛霸王岭热带山地植被的群落分类为例，说明非度量多维测度技术在植被生态学研究中的应用。结果显示，其排序结果明显优于其它分析方法。同时，非度量多维测度具有能处理较大量的数据且常能以低维排序图反映结果的优点，是一种具有广泛应用前景的排序技术。

酱香大曲间微生物群落结构时空特征的表征

为比较不同区域、企业、场地及陈曲时间所得酱香型大曲的微生物群落多样性特征差异,本文描述了应用Illumina MiSeq 2×300研究6种不同类型的14个酱香型大曲样品的微生物群落组成。结果表明,优势微生物属于4个不同细菌目和真菌目,其相对丰度分别超过了96.48%和79.75%。芽胞杆菌目(Bacillales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、乳杆菌目(Lactobacillales)和放线菌目(Actinomycetales)等为优势细菌目,优势真菌则是酵母菌目(Saccharomycetales)、肉座菌目(Hypocreales)、散子囊菌目(Eurotiales)和丝孢酵母目(Trichosporonales)。这些样品检测结果的聚类和非度量多维测度(NMDS)的分析显示,茅台镇与其它类型的样品间其曲心群落多样性差异明显,前者的葡萄球菌属(Staphylococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、片球菌属(Pediococus)、假丝酵母属(Candida),曲霉属(Aspergillus)等属微生物丰度较高。在二郎镇地区生产的酱曲香大曲的群落结构组成也不同,陈曲时间也致使其群落多样性呈现差异。这些结果揭示了酱香型大曲的微生物群落具有显著的时空性特征。

抗生素最小抑制浓度法(MICs)评估环境大肠杆菌抗生素抗性

2015年世界卫生组织将抗生素的滥用列为21世纪最大的挑战之一,全球范围内抗生素抗药性的散播已严重威胁人类的健康。如何检测环境中的细菌抗药性,并有效评估抗药性感染的风险,是环境微生物研究的一项重要课题。本文通过改进的培养基微量稀释(broth micro-dilution)法,确定了2个地区(中国成都和美国夏威夷)不同环境来源(天然水系和市政污水)的大肠杆菌的抗生素最小抑制浓度(minimum inhibitory concentrations,MICs)。计算所得的MIC分位数(MIC50和MIC90)、菌体抗性百分比及多抗药性指数(multiple antibiotic resistance indexes,MARIs)显示两地不同环境区划的抗生素抗性存在明显的差异。天然水系(成都锦江)中的抗生素抗性是随时间可变的,与当地的降雨事件相关。环境菌株的抗药性模式通过聚类和非度量多维测度(non-metric multidimensional scaling,NMDS)进行分析。广谱β-内酰胺酶基因筛查显示出抗性基因与抗性表型之间的正相关性。结合现有的两地抗生素的使用数据讨论了两地环境抗生素抗性与当地人类活动及抗生素的使用实践之间的紧密联系。采集环境菌株抗生素MIC数据的实验及数据分析方法实现了环境抗药性的跨时空对比,为规范抗生素的区域性使用提供了指导作用。