基于蛋白组学技术筛选急性主动脉夹层诊断标记物

目的 应用非标记定量蛋白组学比较急性主动脉夹层（AAD）与急性心肌梗死（AMI）和健康人血清中的差异蛋白,筛选并验证潜在的夹层早期诊断标志物.方法 前期预实验收集急性主动脉夹层患者与健康人血清各3份,进行非标记蛋白组学检测,筛选出差异蛋白.之后收集急性主动脉夹层、急性冠脉综合征患者和健康人血清各9份,对目标蛋白进行Elisa验证,同时收集夹层与正常动脉组织进行免疫组化验证.结果 谱图计数（spectral counts）共鉴定出648种蛋白,其中夹层组较健康人组升高4倍的蛋白有12种.对其中升高明显的纽蛋白（vinculin）进行Elisa验证,夹层组[n=9,（1366.95±394.85）pg/ml]与心梗组[n=9,（2656.91 ±531.98） pg/ml]、健康人组[n=9,（3949.37±314.61）pg/ml] （P＜0.05）相比并没有升高;免疫组化发现主动脉发生撕裂部位的纽蛋白（vinculin）分布较未发生撕裂部位密集.结论 非标记定量蛋白质组学技术是寻找AAD循环标志物的一种有效手段.纽蛋白可能参与AAD的发病过程,是一种具有研究价值的AAD潜在循环标志物.

抗心磷脂抗体阳性复发性流产小鼠胎盘的差异蛋白组学研究

目的探讨抗心磷脂抗体(ACA)阳性复发性流产小鼠胎盘组织中蛋白的表达谱特征并进行生物信息学分析。方法将20只雌性BALB/c小鼠随机分为正常对照组和ACA阳性流产模型组,每组10只。模型组于第1天和第8天通过腹腔注射β2-糖蛋白I(β2-GPI)建立ACA阳性流产模型,正常对照组于相同时间注射等体积生理盐水,腹腔注射后第18天,雌雄1∶1合笼,观察并记录妊娠时间。妊娠第15天处死小鼠,测量胎鼠、胎盘重量,计算胚胎丢失率,ELISA法检测血清、胎盘中ACA含量。采用Label-free蛋白质组学方法筛选两组小鼠胎盘组织中的差异蛋白,并进行GO富集、KEGG通路以及蛋白相互作网络分析,选择差异蛋白中的低氧诱导因子-1α(HIF-1α)、Toll样受体4(TLR-4)、凝血酶敏感蛋白-1(TSP-1)、T细胞免疫球蛋白黏蛋白分子-3(Tim-3)以及维甲酸相关孤核受体γt(RORγt)进行Western blot验证。结果与正常对照组相比,ACA阳性流产模型组胎鼠及胎盘重量显著下降(P<0.05),胚胎丢失率显著上升(P<0.05),血清、胎盘中ACA含量显著升高(P<0.05)。与正常对照组相比,ACA阳性流产小鼠胎盘组织中鉴别出87个差异表达蛋白,其中35个表达上调,52个表达下调;GO富集分析结果显示差异蛋白主要定位于细胞外,参与跨膜转运活性的调控;KEGG通路分析结果表明差异蛋白主要富集在代谢和磷脂酶D信号通路;蛋白相互作用分析发现差异蛋白中39个蛋白存在相互作用。Western blot验证结果显示,HIF-1α、TLR-4、TSP-1、Tim-3和RORγt表达量在模型组均显著上升(P<0.05),与蛋白组学结果一致。结论成功建立ACA阳性流产小鼠模型。ACA阳性流产小鼠胎盘组织中蛋白表达谱发生显著改变,差异蛋白主要与跨膜转运和代谢通路有关,这些蛋白的差异表达可能与ACA阳性流产有关。

镉、硒胁迫下华贵栉孔扇贝消化腺差异蛋白表达

【目的】应用蛋白组学技术解析镉(Cd)、硒(Se)胁迫对华贵栉孔扇贝(Chlamys nobilis)组织中蛋白表达的影响,为扇贝金属蓄积和耐受机制研究提供数据。【方法】将华贵栉孔扇贝置于分别含有Cd、Se、Cd+Se的海水中,采用非标记定量Label-free蛋白组学技术分析对照组和处理组扇贝消化腺的差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs),并对其进行GO富集、KEGG通路富集和蛋白质相互作用网络分析。【结果】CT组的闭壳肌和外套膜中的Cd质量分数显著高于鳃、性腺和消化腺(P<0.05)。除闭壳肌外,在镉、硒、Cd+Se胁迫下扇贝其他组织中的Cd或Se质量分数均显著增加(P<0.05)。Se+Cd胁迫下扇贝闭壳肌、外套膜和消化腺中的Se质量分数显著降低(P<0.05),说明扇贝中Se和Cd相互拮抗。共鉴定出887个DEPs;与对照组相比,Se组45个上调蛋白、9个下调蛋白,Cd组15个上调蛋白、10个下调蛋白,CdSe组13个上调蛋白、3个下调蛋白。生物信息学分析发现,Cd、Se胁迫的DEPs主要涉及参与细胞过程、代谢过程和生物调节,这些过程与KEGG通路分析所强调的信号通路有关。【结论】Cd、Se胁迫影响华贵栉孔扇贝消化腺多种蛋白的表达,导致相关代谢紊乱。

TAB1——基于蛋白质组学的卵巢癌紫杉醇耐药的潜在生物标志物探讨

目的:探究卵巢癌对紫杉醇(PTX)耐药的潜在靶点及其相关机制。方法:体外培养卵巢癌A2780细胞和A2780PTX耐药细胞(A2780/T),采用不同浓度(2,4,8,16,32,64,128,256μmol·L^(-1))PTX分别干预24 h或48 h,噻唑蓝(MTT)比色法检测PTX对A2780细胞和A2780/T细胞存活率的影响,利用液相色谱质谱/质谱(LC-MS/MS)非标记(Label-Free)定量蛋白质组学方法鉴定和筛选两组细胞中表达差异的蛋白,通过基因本体(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,筛选卵巢癌细胞对PTX耐药的潜在生物标志物。以正常培养的A2780细胞作为空白组,采用0,1,4μmol·L^(-1)的PTX处理A2780/T细胞,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)和蛋白免疫印迹法(Western blot)检测验证潜在靶点转化生长因子-β活化激酶1结合蛋白1(TAB1)及其下游相关分子转化生长因子-β活化激酶1(TAK1),p38有丝分裂活化蛋白酶(MAPK)mRNA和蛋白的表达水平。结果:与空白组比较,PTX干预组的A2780和A2780/T细胞的活力均降低。PTX对A2780细胞的抑制率明显高于A2780/T细胞。A2780细胞中,PTX处理48 h的半抑制浓度(IC50)为0.002μmol·L^(-1),A2780/T细胞中,PTX的IC50>设置的最高浓度128μmol·L^(-1),与A2780细胞相比,A2780/T细胞对PTX具有耐药性。通过非标记定量蛋白质组学分析筛选出A2780/T和A2780细胞之间有441种差异表达蛋白和421种特殊差异表达蛋白。GO功能富集分析显示,在差异表达的蛋白质中,结合蛋白占大多数(80%)。根据KEGG通路分析结果和表达位点分析,TAB1被认为可能是卵巢癌对PTX耐药的潜在生物标志物。与A2780细胞比较,A2780/T细胞的TAB1 mRNA和蛋白表达显著降低(P<0.01),与TAB1相互作用的TAK1 mRNA和p38 MAPK mRNA亦明显降低(P<0.05,P<0.01),但蛋白表达无显著变化。结论:TAB1可能是卵巢癌对PTX耐药的潜在生物标志物,其机制可能与TAB1/TAK1/p38 MAPK通路有关。

G1与G95代次鸡滑液囊支原体的差异蛋白质组学分析

选用非标记(label-free)定量蛋白质组学的方法对鸡滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae)G1和G95代次样品进行差异蛋白鉴定。结果显示:2个代次鸡滑液囊支原体样本共检测出428个鸡滑液囊支原体可信蛋白,通过条件筛选2个代次支原体共有含ABC转运蛋白、胸苷激酶、组氨酸-tRNA连接酶、磷酸腺苷蛋白、血凝素、谷氨酸-tRNA连接酶等组成成分的69个差异蛋白,包括14个无特征蛋白质;G95代次相比于G1代次菌株有10个下调、59个上调差异蛋白;GO富集分析结果显示差异蛋白在细胞组成、分子的化学活性或结合活性以及执行某些特定功能的生物进程中都有参与。G95代次较G1代次菌株毒力弱化是否与差异蛋白有关值得进一步探讨。