带状疱疹后遗神经痛患者血清非标记定量蛋白质组学分析

目的采用非标记定量蛋白质组学技术检测带状疱疹后遗神经痛(PHN)患者血清差异表达的蛋白质,探讨PHN可能的发病机制。方法选择带状疱疹患者80例,经治疗后存在神经痛症状者40例(观察组)、不存在神经痛症状者40例(对照组)。收集两组治疗前的血液,采用非标定量法蛋白质组学技术分析血清中的差异蛋白。结果与对照组比较,观察组有4种蛋白质表达下调、7种蛋白质表达上调。进一步的差异蛋白分析结果显示,表达下调的4种蛋白质分别为纤维胶凝蛋白1(FCN1)、丝氨酸蛋白酶抑制剂家族D成员1(SERPIND1)、脱脂转化酶(LPA)和蛋白二硫化物异构酶A4(PDIA4),表达上调的7种蛋白质分别为Wnt诱导信号通道蛋白2(WISP2)、免疫球蛋白λ变量1-44(IGLV1-44)、免疫球蛋白重常数γ1(IGHG1)、载脂蛋白C3(APOC3)、半乳糖凝集素1(LGALS1)、中间α-球蛋白抑制因子H1(ITIH1)和C1Q肿瘤坏死因子相关蛋白3(C1QTNF3)。结论PHN患者血清FCN1、SERPIND1、LPA、PDIA4蛋白表达下调,WISP2、IGLV1-44、IGHG1、APOC3、LGALS1、ITIH1和C1QTNF3蛋白表达上调,上述差异表达蛋白可能参与了PHN的发病。

基于串联质量标记的帕金森病血浆及血浆外泌体定量蛋白质组学分析

外泌体是一类可由各种细胞在生理和病理条件下释放的细胞外囊泡,其携带了多种生物活性分子,是疾病标志物的良好载体。目前,帕金森病(Parkinson’s disease,PD)的诊断主要依靠临床表现,缺乏客观的疾病诊断标志物。因此,新型外周血特异性标志物的开发将有助于PD的早期筛查与诊疗。在本研究中,选取PD患者与正常对照人群的血浆及血浆外泌体作为研究对象,采用基于串联质量标记(tandem mass tag,TMT)的液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)技术对其进行定量蛋白质组学分析,在血浆和血浆外泌体样品中分别定量到724和611个蛋白质。采用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)对定量到的所有蛋白质进行生物学信息分析,以了解蛋白质的基因本体论(gene ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集情况。根据细胞组分(cellular component,CC)分析,PD和正常对照组血浆样本中的差异表达蛋白质主要定位于细胞核中,血浆外泌体的差异表达蛋白质主要定位于细胞质中。与血浆差异表达蛋白质相关的分子功能(molecular function,MF)主要涉及RNA、DNA结合及补体结合等过程;而血浆外泌体差异表达蛋白质的分子功能主要表现为抗氧化作用、氧化还原酶活性调节作用等。由此可见,血浆外泌体中的差异表达蛋白质富集到的分子功能更具有疾病特异性。基于|log 2差异倍数(FC)|>0.26和统计学意义(P-value,P)<0.05,在PD血浆样本中共筛选出11个差异表达蛋白质,其中5个蛋白质表达上调,6个蛋白质表达下调;在血浆外泌体样本中,共筛选出13个差异表达蛋白质,其中6个蛋白质表达上调,7个蛋白质表达下调。本研究通过分析血浆及血浆外泌体样本的蛋白质组学信息来探究PD的发病机制,并通过比较发现,外泌体样本能够获得更多的差异表达蛋白质和生物学信息,为发现新型PD生物标志物和治疗靶点提供了新思路。

基于TMT标记定量蛋白质组学技术研究中药复方益糖康改善db/db小鼠骨骼肌胰岛素抵抗的作用机制

目的研究db/db小鼠骨骼肌胰岛素抵抗的发病机制及中药复方益糖康对其的改善作用。方法9周龄健康雄性SPF级db/db小鼠16只、db/m小鼠8只,分别设置模型组、益糖康组、空白组,益糖康组使用30 g·kg^(-1)·d^(-1)的中医复方益糖康煎剂进行灌胃,其余两组予以等体积的生理盐水灌胃,5周后进行取材,分离各组小鼠的骨骼肌组织。所有样本经TMT 10标试剂进行标记定量、蛋白酶解、TMT肽段标记与肽段分级、LC-MS/MS分析后,用数据库检索方法确定差异蛋白,并进行生信分析。结果所选取的样本稳定,有较高的科学价值;与db/m正常小鼠相比,db/db小鼠骨骼肌胰岛素抵抗总共导致Amd1、Serpina1e、Sorbs3、Fabp4、Myl3、Upf2等109个蛋白的表达变化,涉及了糖酵解、脂肪酸氧化、ATP的合成及供能等生物过程及PPAR、支链氨基酸代谢等信号通路;中药复方益糖康可以改善db/db小鼠骨骼肌胰岛素抵抗,总共涉及了Pcolce、Pgk2、Trip11、Tmem41b、Mrps9、Bola2等49个蛋白的表达变化,通过调节三羧酸循环,乙醛酸和二羧酸代谢等通路实现;中药复方益糖康可以产生心血管受益,并能缓解由2型糖尿病及胰岛素抵抗导致的帕金森病、亨廷顿病。结论db/db小鼠是研究2型糖尿病及胰岛素抵抗的理想模型,TMT标记定量蛋白质组学技术可以精准发现相关差异蛋白,结果较权威;脾虚导致的骨骼肌线粒体功能障碍是2型糖尿病及胰岛素抵抗发病的原因之一;中药复方益糖康可以对2型糖尿病及胰岛素抵抗异常的生物过程起到纠正作用,与健脾修复线粒体损伤、促进线粒体自噬有关;整个实验过程筛选的差异蛋白及所涉及的生理病理变化是课题组下一步研究的重点。

椰毒假单胞菌酵米面亚种产毒差异蛋白质组学分析

为了从蛋白质水平探索椰毒假单胞菌米酵菌酸毒素产生机制,采用数据依赖型采集(data dependent acquisition,DDA)非标记定量蛋白质组学技术对该菌产毒培养前后蛋白质变化进行了分析。结果显示:产毒培养后,产毒株中显著性上调表达蛋白25个,显著性下调表达蛋白31个,其中显著性上调表达的蛋白中有与细菌趋化性信号转导相关的ABC转运蛋白、反应调节受体蛋白、甲基受体趋化性蛋白Ⅱ,以及与细菌运动相关的鞭毛蛋白如鞭毛P环蛋白、鞭毛M环蛋白、鞭毛钩蛋白FlgE等,推测趋化性运动可能在椰毒假单胞菌米酵菌酸毒素产生过程中发挥重要作用。椰毒假单胞菌米酵菌酸毒素产生机制研究,可为人们更好地降低食源性疾病的发生提供理论支撑。

基于非标记定量蛋白质组学技术研究RyhB调控禽致病性大肠杆菌酸性耐受力

为从蛋白水平上探究ryhb对大肠杆菌酸性耐受力相关基因的影响,本研究采用非标记定量(Label-free)蛋白质组学技术对禽致病性大肠杆菌(APEC)野生株和△ryhb基因突变株进行蛋白质组学的差异性比较,并利用荧光定量PCR技术进行验证。本实验共检测到121个差异表达蛋白,其中44个蛋白的表达水平上调,19个蛋白的表达水平下调。为研究ryhb对表达蛋白的影响情况,并鉴定受其调控的相关基因,从上述差异蛋白中筛选出了hdea、hdeb、gada、gadb等与酸性耐受力相关的蛋白,并在基因水平进行验证。本研究表明,ryhb基因的缺失可能与上述4个耐酸基因转录水平上调相关,进而增强APEC耐酸性。本实验为初步探究ryhb调控通路,对APEC致病性影响提供了一定的实验依据。

非小细胞肺癌与良性肺结节非标记定量血浆蛋白质组学分析

目的:基于非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)与良性肺结节(benign pulmonary nodules,BPN)患者血浆蛋白质组学分析,寻找良恶性肺结节鉴别诊断相关蛋白标志物。方法:采用非标记定量蛋白质组学技术,以10例BPN患者为对照,对10例肺鳞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)、10例肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)患者进行血浆蛋白质组学分析。对不同比较组间的可定量蛋白进行基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)。以差异倍数>1.2(上调)或<1/1.2(下调)且P<0.05为标准筛选差异蛋白。应用String网站和R语言对差异蛋白进行基因本体论(gene ontology,GO)分析和主成分分析(principal component analysis,PCA)。结果:LUSC组与BPN组间比较发现380个可定量蛋白,其中20个差异蛋白。GSEA结果显示,可定量蛋白主要富集在肿瘤坏死因子信号通路、代谢途径、碳代谢等通路(P<0.05)。PCA结果显示,差异蛋白可明显区分LUSC与BPN患者。GO分析结果表明,20种差异蛋白大多以细胞外泌体的形式存在或主要位于细胞外间隙和胞外区,且主要富集于组织重塑的调节、细胞黏附等的生物学过程以及肝素结合、肽链内切酶抑制剂活性等的分子功能。LUAD组与BPN组间比较共得到350个可定量蛋白,包含12个差异蛋白。GSEA分析发现,其显著富集的通路有细胞因子与细胞因子受体的相互作用、趋化因子信号通路、代谢途径等(P<0.05)。PCA结果同样显示,差异蛋白可明显区分LUAD和BPN患者。GO分析结果表明,该12种差异蛋白主要富集于有机循环复合物应答的生物学过程和芳香酯酶活性的分子功能;细胞定位分析发现,其大多也以细胞外泌体的形式存在或主要位于细胞外间隙和胞外区。结论:良恶性肺结节患者血浆蛋白存在明显差异,可为发现良恶性肺结节鉴别诊断的新型标志物提供线索。

非标记定量蛋白质组学分析冻结方式对中华管鞭虾肌肉差异蛋白质的影响

为了探究冻结方式对中华管鞭虾(Solenocera melantho)肌肉差异蛋白质的影响,本试验运用非标记(label-free)定量蛋白质组学技术,研究液体浸渍冻结、真空包装结合浸渍冻结、静止空气冻结、真空包装结合空气冻结4种方式对中华管鞭虾差异蛋白表达的影响。结果表明,与新鲜中华管鞭虾相比,上述4种冻结方式处理后的虾肌肉中分别有269、162、299、289个差异蛋白,其中表达上调的蛋白分别有100、59、63、61个,表达下调的蛋白分别有169、103、236、228个。筛选出甘油-3-磷酸脱氢酶(NAD^+)、β-胸腺素2个差异蛋白,有望成为与冻结中华管鞭虾品质变化相关的指示蛋白标志物。本研究为深入了解中华管鞭虾在不同冻结方式下的品质变化机制,以及寻找出与新鲜度相关的指示蛋白提供了理论依据,也为虾的冻结工艺技术提供了参考。

同位素标记相对和绝对定量评价非创伤性股骨头坏死患者的血清蛋白组学分析

背景:非创伤性股骨头坏死是一类以髋关节疼痛、功能障碍进行性加重为主要症状的疾病,严重危害人体健康。它的发病机制、早期诊断和治疗仍是临床骨科医生所面临的重大挑战。目的:采用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)技术,用蛋白质组学筛选可能与非创伤性股骨头坏死相关的关键蛋白。通过分析这些蛋白的表达特性及潜在的生物学功能,为进一步研究非创伤性股骨头坏死病因及分子机制奠定基础。方法:提取非创伤性股骨头坏死患者和健康人血清蛋白,应用iTRAQ技术标记蛋白,联合液相色谱和串联质谱分离和分析肽段。采用Proteome Discoverer 2.1软件对两组人群蛋白进行鉴定和定量分析,获得差异蛋白,再对这些表达差异蛋白进行GO注释、KEGG通路注释和功能富集聚类分析。结果与结论:①质谱鉴定共得到1006个蛋白,通过分析得到137个差异表达蛋白,其中54个蛋白表达上调,83个蛋白表达下调;②与非创伤性股骨头坏死发生相关的表达差异显著的蛋白质包括载脂蛋白B(ApoB)、载脂蛋白A2(ApoA2)、载脂蛋白E(ApoE)、补体C4和C7等;③KEGG信号通路富集分析结果显示,关键靶点的主要信号通路为p53信号通路、转录生长因子β信号通路、扩张型心肌病信号通路;④该结果提示,载脂蛋白与非创伤性股骨头坏死发生密切相关,并发现了与非创伤性股骨头坏死相关的活跃信号通路,为非创伤性股骨头坏死发生及分子机制奠定一定的实验基础。

高度近视患者房水非标记定量蛋白质组学分析

目的采用定量蛋白质组学技术分析高度近视患者房水中的蛋白质组谱。方法纳入2019年1—8月在天津医科大学眼科医院于白内障手术中用1 ml注射器采集伴或不伴高度近视的年龄相关性白内障患者房水标本各34例34眼(每例100μl),分别作为高度近视白内障组和单纯白内障组。各组分别选取16例16眼房水标本,采用BCA法进行蛋白定量并比较,采用非标记液相色谱串联质谱分析得到2个组的差异表达蛋白。进一步将生物大数据用基因本体功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析差异表达蛋白的功能和信号转导通路。各组分别选取18例18眼房水标本采用酶联免疫吸附实验(ELISA)进行质谱检测结果的扩大样本量验证。结果高度近视白内障组房水标本平均蛋白质量浓度为(1134.91±104.78)ng/L,明显高于单纯白内障组的(706.71±85.43)ng/L,差异有统计学意义(t=11.977,P<0.01)。2个组患者房水标本中共鉴定出463个可定量蛋白质,其中86个差异表达蛋白质,包括49个表达上调蛋白和37个表达下调蛋白。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、细胞外基质蛋白、载体蛋白、细胞间信号分子、蛋白质修饰酶等,分别占32.70%、14.50%、9.10%、9.10%和7.30%。生物信息学分析表明,86个差异表达蛋白主要富集在补体激活及其调节、急性炎症反应、细胞外基质组织重塑等生物学过程。其中21个差异表达蛋白富集于补体和凝血级联通路,15个差异表达蛋白富集于细胞外基质-受体相互作用通路,8个差异表达蛋白富集于PI3K-Akt信号通路。ELISA结果表明,随机选取的3个差异表达蛋白在2个组之间表达变化趋势均与非标记定量蛋白质组学分析结果一致。结论高度近视白内障与单纯白内障之间房水蛋白质表达谱有显著变化,高度近视与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。

非标记定量蛋白质组学研究干燥方式对牡丹花差异蛋白质的影响

在蛋白质水平上,研究干燥方法(真空冷冻干燥、热风干燥、自然干燥)对牡丹花瓣的影响及作用机理。采用非标记定量蛋白质组学技术对牡丹花瓣进行蛋白质组学的差异性比较,并对差异蛋白质进行GO(Gene Ontology)、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)注释富集分析,探讨加工方式对代谢通路的作用机制。结果表明:三组样品共定性1423个蛋白质,定量1349个,占总数94.80%;真空冷冻干燥样品FD、热风干燥样品HD、自然风干样品ZD定量蛋白质分别为1325、677、1085个,三组样品共同的定量蛋白质有656个。与HD比较,ZD显著差异蛋白质77个,上调24个,下调53个;77个显著差异蛋白质GO、KEGG分析表明,蛋白质主要集中在糖酵解/糖异生、丙酮酸代谢、TCA循环、内质网蛋白质加工通路。结论:加工方式对牡丹花蛋白质差异影响显著,该研究首次对采用蛋白质组学方法分析牡丹花差异蛋白的表达变化,为不同加工方法在实践中提供科学依据。

基于Label-free技术的非小细胞肺癌蛋白质差异研究

目的 基于非小细胞肺癌(non-small-cell lung cancer,NSCLC)及与其配对的非癌性邻近组织(non-cancerous adjacent tissues,NATs)的蛋白质组学分析,寻找NSCLC诊断相关蛋白标志物。方法 应用非标记定量蛋白组学(LFP)技术,以NSCLC患者配对的NATs为对照,对5例NSCLC患者进行癌组织蛋白质组学分析。以差异倍数>1.5(上调)或<0.67(下调)且P<0.05为标准筛选差异蛋白。应用String网站和R语言对差异蛋白进行基因本体论(gene ontology,GO)分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析,为进一步研究提供良好基础。结果 本研究发现差异蛋白共644个,其中339个蛋白表达上调,305个蛋白表达下调。PCA结果显示,差异蛋白可明显区分NSCLC与NATs。GO分析结果表明,差异蛋白大多以细胞外泌体的形式存在且主要富集于调节胞外分泌、胞外分泌、骨髓细胞激活参与免疫反应等的生物学过程以及钙粘着蛋白绑定、细胞外基质绑定等的分子功能。KEGG分析结果显示,差异蛋白主要富集在抗坏血酸和醛酸代谢、组氨酸代谢、蛋白质消化吸收、丙酮酸代谢等通路(P<0.05)。结论 NSCLC与NATs存在明显差异,可为发现NSCLC新型标志物提供线索。

冬枣果实发育过程中非标记定量蛋白质组学分析

考察冬枣不同成熟阶段的蛋白质组,分析差异表达蛋白质及功能,为研究冬枣成熟发育机制提供理论依据。采集开花后第55(幼果期)、76(果实膨大期)、96(果实白熟期)、116天(果实脆熟期)的沾化冬枣样品,利用非标记定量蛋白质组学技术对4个阶段冬枣样品蛋白质组进行分析,各阶段样品与前一阶段相比,得到差异表达蛋白质,并进行基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析。结果表明,4个阶段样品共定性2107个蛋白质,定量1986个蛋白质,各阶段果实与前一阶段相比差异表达蛋白质分别为96、185、138个;差异蛋白质GO显示,主要富集单一生物细胞过程、单一生物代谢过程、化学响应、压力响应等生物学过程。KEGG代谢通路表明,差异表达蛋白显著富集在光合作用、类黄酮生物合成、柠檬烯和蒎烯降解、苯丙烷类生物合成、乙醛酸和二羧酸代谢以及核糖体合成等。冬枣果实不同发育阶段蛋白质组差异显著,差异蛋白质主要参与能量代谢、遗传信息处理和其他次生代谢物的生物合成等途径。

基于稳定同位素标记的蛋白质组学定量方法研究进展

定量蛋白质组学已经成为后基因时代的重要研究方向之一。目前该领域的研究主要采用无标记定量方法和稳定同位素标记定量法。其中,基于稳定同位素标记的蛋白质组定量方法发展非常迅速,已为生命科学研究提供了重要的技术支撑。本文分析了基于稳定同位素标记的蛋白质组学定量方法,包括相对定量方法和绝对定量方法,并对其发展进行了展望。

一种结合生物医学知识的蛋白质组非标记定量分析方法及其应用

基于质谱的非标记定量方法能够对复杂蛋白质组进行规模化分析,同时,在定量分析的基础上理解和解释蛋白质组的功能和相互作用关系更有意义.这需要建立一种有效的兼容定量和定性分析结果的方法.针对这一需求,本文首先借鉴了NSAF(normalized spectral abundance factor)算法采用肽段计数对蛋白质组数据进行定量,进一步结合共享肽对该方法进行优化.以此为基础,通过g:Profiler获取海量蛋白质组的功能注释信息,在定量分析的过程中,同步实现了对蛋白质组数据的功能性分析.本文选择来自人心脏、小鼠心脏、小鼠肝脏的三组线粒体蛋白质组数据对该方法进行验证,按照功能性分析将三组数据划分为若干功能组或信号通路,并进行相关性、功能聚类以及电子传递链分析.结果表明,结合共享肽的优化算法克服了对低丰度蛋白质的错误估计,提高了非标记定量的准确性.同时,结合生物医学知识的分析方法解释了蛋白质组的功能和相互作用关系,为差异比较蛋白质组学、疾病蛋白质组学以及功能蛋白质组学等组学研究提供了新的方法.

蛋白质组学在非小细胞肺癌生物标记和靶向药物治疗中的应用进展

目的应用蛋白质组学可以检测差异蛋白质表达,进而发现肿瘤生物标记和靶向药物治疗的效果。生物标记在非小细胞肺癌(NSCLC)早期诊断、指导治疗和预后监测方面发挥着关键作用,而靶向药物治疗是根据NSCLC患者的不同分子病理情况来选择的一个重要治疗手段。蛋白质组学可应用于检测NSCLC诊断、预测和预后的生物标记,也可应用于分析NSCLC表皮生长因子受体、雷帕霉素靶蛋白抑制剂和其他信号传导途径为靶向的药物治疗的效果。

基于生物质谱的乙酸酐稳定同位素标记定量蛋白质组学方法的建立与优化

建立了一种基于生物质谱的乙酸酐稳定同位素标记,定量蛋白质组学研究方法,优化了影响标记效率的各种条件。在pH8.0的Na2B4O7/H3BO3缓冲体系中,当乙酸酐摩尔浓度25倍过量于肽段摩尔量,22℃反应30 min时,标记即可完全。对多对H6/D6-乙酸酐标记肽段在基质辅助激光解吸电离质谱中的动态范围及定量准确度进行了考察,并通过串联质谱分析确定了乙酰化位点。结果表明:在10倍和30倍动态范围内,线性关系良好(r=0.99,r=0.98),理论值和观测值的偏差分别为0.5%和20%。

定量蛋白质组学中的同位素标记技术

定量蛋白质组学的目的是对复杂的混合体系中所有的蛋白质进行鉴定,并对蛋白质的量及量的变化进行准确的测定,是当前系统生物科学研究的重要内容。近年来,由于质谱技术和生物信息学的进步,定量蛋白质组学在分析蛋白质组或亚蛋白质组方面已取得了令人瞩目的成就,但其最显著的成就应该归功于稳定同位素标记技术的应用。该技术使用针对某一类蛋白具有特异性的化学探针来标记目的蛋白质或肽段,同时化学探针要求含有用以精确定量的稳定同位素信号。在此基础上,实现了对表达的蛋白质差异和翻译后修饰的蛋白质差异进行精确定量分析。综述了在定量蛋白质组学中使用的各种同位素标记技术及其应用。

非标记定量蛋白质组学技术探讨不同透析龄患者腹膜透析流出液外泌体差异蛋白的研究

目的:研究不同透析龄患者腹膜透析流出液(peritoneal dialysis effluent,PDE)外泌体中差异蛋白质组。方法:选取10例稳定腹膜透析(peritoneal dialysis,PD)患者,根据透析龄分为初始腹透组(n=5)和维持腹透组(n=5)。收集患者留腹过夜的PDE,通过透射电镜(transmission electron microscopy,TEM)、纳米颗粒跟踪分析(nanoparticle tracking analysis,NTA)、免疫印迹法鉴定经超速离心提取的外泌体,并用非标记定量蛋白质组学技术鉴定和筛选,对具有显著差异的蛋白开展功能富集和信号通路生物信息学分析。结果:PDE中提取到的外泌体TEM下呈茶托状,直径分布在30~150 nm,表达外泌体标志蛋白CD63和TSG101。通过数据库比对两组共筛选出499种差异蛋白,与初始腹透组相比,维持腹透组经差异显著性筛选上调蛋白17种,下调蛋白15种。基因本体论(gene ontology,GO)分析显示,差异表达蛋白主要分布在氯离子通道复合物、细胞表面以及核基质,以结合与催化活性为主,参与结合的正向调控、氧化应激反应及过氧化物酶反应等生物过程。京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路主要富集在免疫相关的信号通路,包括IL-17和Th17细胞分化信号通路,在腹膜损伤中起着关键作用。结论:采用非标记定量蛋白质组学技术筛选的差异蛋白可能作为PD患者腹膜损伤的候选标志物,也为揭示腹膜纤维化分子生物学机制提供线索。

非标记定量蛋白质组学在烟草青枯菌致病性研究中的应用

烟草青枯病是由茄科劳尔氏菌(Ralstonia solanacearum)引起的一种毁灭性的烟草种植灾害,可造成烟草的巨大减产。本实验室应用蛋白质组学中的Shotgun技术、非标记质谱定量方法和MA plot等对致病和非致病青枯菌蛋白质进行了生物信息学分析,从蛋白质组水平研究烟草青枯菌的蛋白质结构和功能,为了解其致病机理和防治提供新的方向。本文采用Shotgun技术在非致病性和致病性菌株中分别找到1628和1346个蛋白质,其中287个为非致病性菌株中特有,15个为致病性菌株中特有。对于两种菌株共有的1341个蛋白质用MA plot方法分析得到了163个显著性量变差异,并采用GO富集分析,显示它们主要定位于细胞外(intracellular part)或与糖代谢相关,为进一步揭示青枯菌侵染烟草的生物学机制提供了有力的支持。

稳定同位素化学标记结合质谱技术在定量蛋白质组学中的应用

传统的蛋白质组定量策略主要是通过双向凝胶电泳来进行相对定量。由于该方法不能对相对分子质量极高或极低、等电点极酸或极碱和含量低的蛋白质以及膜蛋白质等进行有效分离和检测,所以已不能适应目前蛋白质组研究深入发展的需要。近年来,定量蛋白质组学的发展主要是以同位素亲和标签试剂为代表的、以质谱检测为核心的稳定同位素化学标记方法。稳定同位素化学标记结合质谱技术,使定量蛋白质组的分析更趋简单、准确和快速,具有良好的发展前景。本文对稳定同位素化学标记结合质谱技术在定量蛋白质组学中的研究进展进行了评述。