非标记定量蛋白质组方法分析鲟鱼肽抗D-半乳糖导致的小鼠衰老作用的研究

为了研究鲟鱼肽抗衰老作用机制,利用非标记定量蛋白质组方法对去除高丰度蛋白后的灌胃鲟鱼肽小鼠血清进行蛋白质组分析。分析结果表明,从去除高丰度蛋白后的血清中共获得442种蛋白,其参与21个生理过程,具有7类分子功能,存在于10个细胞组分中。将模型组与治疗组进行t-test分析,得到3个差异表达蛋白质。在进行生物信息学分析时,通过扩大筛选范围,又增加了6种蛋白质,其中二磷酸甘油酸变位酶(AC:P15327)、载脂蛋白D(AC:P51910)、黄素还原酶(AC:Q923D2)和过氧化物酶-2(AC:Q61171)的上调以及巯基氧化酶1(AC:Q8BND5)的下调可以提高机体清除自由基的能力。这些数据表明,鲟鱼肽抗衰老能力是通过提高机体清除自由基的作用来发挥的。

椰毒假单胞菌酵米面亚种产毒差异蛋白质组学分析

为了从蛋白质水平探索椰毒假单胞菌米酵菌酸毒素产生机制,采用数据依赖型采集(data dependent acquisition,DDA)非标记定量蛋白质组学技术对该菌产毒培养前后蛋白质变化进行了分析。结果显示:产毒培养后,产毒株中显著性上调表达蛋白25个,显著性下调表达蛋白31个,其中显著性上调表达的蛋白中有与细菌趋化性信号转导相关的ABC转运蛋白、反应调节受体蛋白、甲基受体趋化性蛋白Ⅱ,以及与细菌运动相关的鞭毛蛋白如鞭毛P环蛋白、鞭毛M环蛋白、鞭毛钩蛋白FlgE等,推测趋化性运动可能在椰毒假单胞菌米酵菌酸毒素产生过程中发挥重要作用。椰毒假单胞菌米酵菌酸毒素产生机制研究,可为人们更好地降低食源性疾病的发生提供理论支撑。

基于非标记定量蛋白质组学技术研究RyhB调控禽致病性大肠杆菌酸性耐受力

为从蛋白水平上探究ryhb对大肠杆菌酸性耐受力相关基因的影响,本研究采用非标记定量(Label-free)蛋白质组学技术对禽致病性大肠杆菌(APEC)野生株和△ryhb基因突变株进行蛋白质组学的差异性比较,并利用荧光定量PCR技术进行验证。本实验共检测到121个差异表达蛋白,其中44个蛋白的表达水平上调,19个蛋白的表达水平下调。为研究ryhb对表达蛋白的影响情况,并鉴定受其调控的相关基因,从上述差异蛋白中筛选出了hdea、hdeb、gada、gadb等与酸性耐受力相关的蛋白,并在基因水平进行验证。本研究表明,ryhb基因的缺失可能与上述4个耐酸基因转录水平上调相关,进而增强APEC耐酸性。本实验为初步探究ryhb调控通路,对APEC致病性影响提供了一定的实验依据。

非标记定量蛋白质组学在烟草青枯菌致病性研究中的应用

烟草青枯病是由茄科劳尔氏菌(Ralstonia solanacearum)引起的一种毁灭性的烟草种植灾害,可造成烟草的巨大减产。本实验室应用蛋白质组学中的Shotgun技术、非标记质谱定量方法和MA plot等对致病和非致病青枯菌蛋白质进行了生物信息学分析,从蛋白质组水平研究烟草青枯菌的蛋白质结构和功能,为了解其致病机理和防治提供新的方向。本文采用Shotgun技术在非致病性和致病性菌株中分别找到1628和1346个蛋白质,其中287个为非致病性菌株中特有,15个为致病性菌株中特有。对于两种菌株共有的1341个蛋白质用MA plot方法分析得到了163个显著性量变差异,并采用GO富集分析,显示它们主要定位于细胞外(intracellular part)或与糖代谢相关,为进一步揭示青枯菌侵染烟草的生物学机制提供了有力的支持。

非小细胞肺癌与良性肺结节非标记定量血浆蛋白质组学分析

目的:基于非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)与良性肺结节(benign pulmonary nodules,BPN)患者血浆蛋白质组学分析,寻找良恶性肺结节鉴别诊断相关蛋白标志物。方法:采用非标记定量蛋白质组学技术,以10例BPN患者为对照,对10例肺鳞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)、10例肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)患者进行血浆蛋白质组学分析。对不同比较组间的可定量蛋白进行基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)。以差异倍数>1.2(上调)或<1/1.2(下调)且P<0.05为标准筛选差异蛋白。应用String网站和R语言对差异蛋白进行基因本体论(gene ontology,GO)分析和主成分分析(principal component analysis,PCA)。结果:LUSC组与BPN组间比较发现380个可定量蛋白,其中20个差异蛋白。GSEA结果显示,可定量蛋白主要富集在肿瘤坏死因子信号通路、代谢途径、碳代谢等通路(P<0.05)。PCA结果显示,差异蛋白可明显区分LUSC与BPN患者。GO分析结果表明,20种差异蛋白大多以细胞外泌体的形式存在或主要位于细胞外间隙和胞外区,且主要富集于组织重塑的调节、细胞黏附等的生物学过程以及肝素结合、肽链内切酶抑制剂活性等的分子功能。LUAD组与BPN组间比较共得到350个可定量蛋白,包含12个差异蛋白。GSEA分析发现,其显著富集的通路有细胞因子与细胞因子受体的相互作用、趋化因子信号通路、代谢途径等(P<0.05)。PCA结果同样显示,差异蛋白可明显区分LUAD和BPN患者。GO分析结果表明,该12种差异蛋白主要富集于有机循环复合物应答的生物学过程和芳香酯酶活性的分子功能;细胞定位分析发现,其大多也以细胞外泌体的形式存在或主要位于细胞外间隙和胞外区。结论:良恶性肺结节患者血浆蛋白存在明显差异,可为发现良恶性肺结节鉴别诊断的新型标志物提供线索。

通过非标记蛋白质组学技术研究肺腺癌中差异表达蛋白

目的通过非标记蛋白质组学技术研究肺腺癌中蛋白质表达。方法选取北京大学人民医院5例未经治疗的肺腺癌患者,提取肿瘤组织和配对癌旁组织的总蛋白,通过高效液相色谱-质谱联用技术进行质谱分析。质谱原始数据使用Maxquant软件进行查库和非标记定量分析。Maxquant所得的查库文件使用Perseus软件进行分析。肺腺癌肿瘤组织与配对癌旁组织进行配对t检验,筛选出差异表达蛋白后并对差异蛋白进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,以P<0.05为差异有统计学意义。结果通过数据库比对获得11295条多肽,分别对应于908个蛋白,其中312个蛋白在肺腺癌中存在显著差异表达,110个蛋白表达上调,212个蛋白表达下调。肺癌中上调倍数最高的为铁蛋白,下调倍数最高的为COL6A3。GO分析提示肺腺癌中差异表达的蛋白主要富集的分子功能为RNA binding。KEGG通路分析也证实剪接体通路在差异表达蛋白中显著富集。结论通过非标记蛋白质组学技术发现312个在肺腺癌中显著差异表达的蛋白质。

非标记定量蛋白质组学分析冻结方式对中华管鞭虾肌肉差异蛋白质的影响

为了探究冻结方式对中华管鞭虾(Solenocera melantho)肌肉差异蛋白质的影响,本试验运用非标记(label-free)定量蛋白质组学技术,研究液体浸渍冻结、真空包装结合浸渍冻结、静止空气冻结、真空包装结合空气冻结4种方式对中华管鞭虾差异蛋白表达的影响。结果表明,与新鲜中华管鞭虾相比,上述4种冻结方式处理后的虾肌肉中分别有269、162、299、289个差异蛋白,其中表达上调的蛋白分别有100、59、63、61个,表达下调的蛋白分别有169、103、236、228个。筛选出甘油-3-磷酸脱氢酶(NAD^+)、β-胸腺素2个差异蛋白,有望成为与冻结中华管鞭虾品质变化相关的指示蛋白标志物。本研究为深入了解中华管鞭虾在不同冻结方式下的品质变化机制,以及寻找出与新鲜度相关的指示蛋白提供了理论依据,也为虾的冻结工艺技术提供了参考。

基于蛋白质组学探讨刮痧干预冠心病痰浊瘀阻证的作用机制

目的:基于非标记定量蛋白质组学技术探索刮痧治疗冠心病痰浊瘀阻证的生物学机制。方法:随机选取5例冠心病稳定型心绞痛痰浊瘀阻证患者,刮痧治疗4周,将治疗前、后的血清分别标记成Ctrl组、Test组,应用非标记定量蛋白质组学技术进行差异蛋白的分析和鉴定。结果:通过鉴定观察到蛋白总数为387,其中差异蛋白数有9个,包括上调的差异蛋白7个,下调的差异蛋白2个。上调的差异蛋白为APMAP、APOC1、APOM、SAA2-SAA4、RARRES2、P01714、P0DP04。下调的差异蛋白为CP、PROC。GO富集分析结果中所鉴定到的蛋白主要涉及生物过程(BP)、细胞组成(CC)、分子功能(MF)三方面。KEGG分析显示主要介导了ferroposis(铁死亡)、porphyrin metabolism(卟啉代谢)、complement and coagulation cascades(补体及凝血级联)等信号通路。结论:刮痧治疗冠心病痰浊瘀阻证患者的生物学机制主要是作用于APMAP等差异蛋白,影响患者动脉粥样硬化的进程和脂质代谢,同时在炎症调控、免疫调节中起到了积极的作用。刮痧可宏观上调控和影响脂蛋白的重塑、脂质代谢、芳香脂酶等活性,通过激活炎症调控、新陈代谢和免疫调节等信号通路,在整体上影响冠心病相关的病理变化。

^(60)Co γ射线全身 照射大鼠尿液的非标记定量蛋白质组学分析

目的:鉴定全身照射大鼠尿液中的异常表达蛋白质,筛选辐射敏感生物标志,并分析其功能和相关生物学过程。方法:以未照射大鼠为阴性对照,分别采用1、5 Gy(剂量率1 Gy/min)的60Coγ射线全身照射30只大鼠,收集照射后第1和第3天的尿液样本,采用非标记(label-free)质谱技术检测样本中所鉴定蛋白的相对表达水平,筛选差异表达蛋白,进一步使用Uniport、DAVID数据库对其进行基因本体(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并使用STRING在线网站构建蛋白-蛋白相互作用网络。结果:本研究各样本共鉴定出1069种蛋白。照射后第1和第3天,与对照组比较1和5 Gy照射组均出现差异表达的蛋白279种,其中190种表达上调,97种表达下调。GO富集分析结果显示差异蛋白主要涉及对药物反应、氧化还原、老化等生物学过程,分布在细胞外泌体、细胞外空间等区域,发挥蛋白质同源二聚化活性、蛋白质结合以及钙离子结合等分子功能。KEGG富集分析结果显示差异蛋白主要涉及抗生素生物合成、谷胱甘肽代谢、碳代谢、代谢途径等多种信号通路。结论:γ射线照射后大鼠尿液蛋白质组学的综合分析表明,Gusb、Reg3g、GCLM、AZGP1蛋白上调和Ly6d蛋白下调可作为辐射敏感候选生物标志。

基于Label-free技术的非小细胞肺癌蛋白质差异研究

目的 基于非小细胞肺癌(non-small-cell lung cancer,NSCLC)及与其配对的非癌性邻近组织(non-cancerous adjacent tissues,NATs)的蛋白质组学分析,寻找NSCLC诊断相关蛋白标志物。方法 应用非标记定量蛋白组学(LFP)技术,以NSCLC患者配对的NATs为对照,对5例NSCLC患者进行癌组织蛋白质组学分析。以差异倍数>1.5(上调)或<0.67(下调)且P<0.05为标准筛选差异蛋白。应用String网站和R语言对差异蛋白进行基因本体论(gene ontology,GO)分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析,为进一步研究提供良好基础。结果 本研究发现差异蛋白共644个,其中339个蛋白表达上调,305个蛋白表达下调。PCA结果显示,差异蛋白可明显区分NSCLC与NATs。GO分析结果表明,差异蛋白大多以细胞外泌体的形式存在且主要富集于调节胞外分泌、胞外分泌、骨髓细胞激活参与免疫反应等的生物学过程以及钙粘着蛋白绑定、细胞外基质绑定等的分子功能。KEGG分析结果显示,差异蛋白主要富集在抗坏血酸和醛酸代谢、组氨酸代谢、蛋白质消化吸收、丙酮酸代谢等通路(P<0.05)。结论 NSCLC与NATs存在明显差异,可为发现NSCLC新型标志物提供线索。

iBAQ非标定量分析生物被膜形成能力不同的鲍曼不动杆菌的蛋白质组学差异

目的利用iBAQ(intensity-based absolute-protein-quantification)非标记定量蛋白质组学分析鉴定生物被膜形成能力不同的鲍曼不动杆菌株蛋白质组学差异。方法64株临床分离的鲍曼不动杆菌株按生物被膜形成能力不同分为强组和弱组,收集两组菌株蛋白质样本进行FASP(filter-aided sample preparation)酶解,酶解产物进行LC-MS/MS质谱分析。使用Maxquant软件对LC-MS/MS原始文件进行查库以及iBAQ非标定量分析。Maxquant软件查库文件使用Perseus软件分析,通过GO(Gene Ontology)数据库对鉴定出的差异蛋白及特异蛋白从生物学过程、细胞成分和分子功能3方面进行功能注释,通过KAAS(KEGG automatic annotation server)分析差异蛋白涉及的代谢通路。结果实验通过LC-MS/MS分析共鉴定到1120个肽段,457个蛋白质,其中13个蛋白质的表达在生物被膜形成能力强组和弱组间差异具有统计学意义,其中7个蛋白质在弱组显著性低表达,6个在强组显著性低表达。另外,还鉴定出在生物被膜形成能力弱组(7个)和强组(5个)特异性表达的蛋白质,并对其参与的细胞过程及信号通路进行了分析。结论基于iBAQ的非标记定量蛋白质组学分析方法鉴定出多种与生物被膜形成能力相关的蛋白质,可为分析生物被膜形成的原因、机制及治疗提供参考。

基于蛋白质组学技术研究秦川牛肉宰后贮藏过程中肌红蛋白含量及其衍生物转化

本实验采用4D-非标记蛋白质组学技术研究秦川牛肉贮藏过程中(0~8 d)肌红蛋白含量及其衍生物的转化情况,阐释冷却秦川牛肉中肌红蛋白含量及其衍生物转化的分子机制。结果表明:贮藏过程中,肌红蛋白表达量在宰后0~4 d上升、4~8 d下降,利用非标记蛋白质组学技术鉴定出与肌红蛋白及其衍生物相关的差异蛋白14种,具体包括代谢酶、氧化还原酶、过氧化物酶、伴侣蛋白4类,这4类蛋白的表达共同调控贮藏过程中肌红蛋白含量的变化及其3种衍生物之间的转化,具体表现为贮藏过程中肌红蛋白表达量整体呈下降趋势,氧合肌红蛋白相对含量持续下降,脱氧肌红蛋白、高铁肌红蛋白相对含量逐渐增加,导致肉色发生褐变。本研究结果有利于理解秦川牛肉贮藏过程肉类变色的复杂生化变化机制。

急性胰腺炎患者尿液蛋白质组学分析

目的分析急性胰腺炎(AP)患者尿液中特异性生物标志物的蛋白质组学,寻找AP特异性生物标志物。方法收集15例AP患者(AP组)和15例健康查体者(对照组)的尿液标本,两组分别将每5例标本混合成1份(每组3份)。应用非标记质谱定量蛋白质组学技术检测尿液蛋白质谱,分析比较差异表达蛋白,通过生物信息学方法分析差异蛋白功能。选取筛选出的差异表达蛋白,采用Western blotting法检测其在AP组和对照组中的表达情况,验证蛋白质组学分析结果。结果两组共发现57个蛋白存在差异表达,AP组28个表达上调,29个表达下调;另有73个蛋白只在对照组中存在,9个蛋白只在AP组存在。差异表达蛋白主要参与对刺激的应答、免疫、代谢等过程的调控。生物信息学分析显示,糖蛋白CD59、免疫球蛋白重链IGHA2被富集在差异最显著的类别。Western blotting检测结果显示,AP组尿液中CD59蛋白表达较对照组升高,IGHA2蛋白表达较对照组降低。结论 AP患者与健康人的尿液蛋白质谱存在差异,糖蛋白CD59、免疫球蛋白重链IGHA2可能作为AP的特异性生物标志物。

枣果实不同发育阶段蛋白质组动态研究

枣果实在发育和成熟过程中涉及多种复杂的生理生化变化。为了解枣果实在发育过程中蛋白质组的变化情况,利用液质联用(LC-MS)技术对主栽制干枣品种——骏枣幼果期、膨大期、白熟期、初红期和全红期5个阶段的果实进行了非标记定量蛋白质组动态变化研究。结果表明,各时期果实与其前一阶段相比分别有差异表达蛋白189、356、82、69个。基因本体(GO)注释结果显示:幼果与膨大果的差异蛋白主要富集在核酸代谢过程,膨大期果实与白熟果的差异蛋白主要富集在碳水化合物代谢过程。从5个阶段的果实中分别鉴定到604、186、91、83、189个特异表达蛋白。Mercator注释和KEGG通路注释结果显示,幼果期特异表达蛋白主要参与了RNA转运通路。加权基因共表达网络(WGCNA)分析显示,幼果期高表达蛋白主要与核糖体合成相关。总之,枣果实在白熟期以前与细胞分裂和膨大相关的蛋白表达量和富集程度高,从白熟期开始与碳水化合物积累相关的蛋白质表达上调。本研究从蛋白质组学水平阐明了枣果实发育成熟过程中蛋白质组分的动态变化,为提高枣果实品质奠定了理论基础。

定量蛋白质组学分析SDF2L1过表达后鼻咽癌细胞中的差异蛋白

目的:分析基质细胞衍生因子2样1(SDF2L1)过表达对人鼻咽癌(NPC)细胞5-8F中蛋白表达谱的影响。方法:提取SDF2L1基因过表达细胞株(5-8Fg)及空载细胞株(5-8F1)的总蛋白,利用非标记定量(LFQ)蛋白组学技术和串联质谱分析技术筛选差异表达蛋白(DEPs),应用R软件对DEPs进行GO和KEGG富集分析,Cytoscape软件筛选关键的DEPs,Oncomine数据库对关键DEPs进行验证,RT-qPCR和western blotting法对筛选出来的关键DEPs进行验证。结果:在5-8Fg细胞中共筛选出730个DEPs,其中296个DEPs上调,434个DEPs下调。富集分析结果显示,DEPs主要定位在核糖体中,参与核糖体合成和内质网蛋白加工等过程,发挥黏附蛋白和催化活性等功能。通过Cytoscape和Oncomine数据库验证出核糖体蛋白L14(RPL14)、RPS15A等9个关键DEPs。SDF2L1过表达后RPL14基因(P<0.05)表达下调。结论:SDF2L1过表达后显著改变了NPC细胞中的蛋白表达特征,RPL14可能是NPC的促癌因子。

中宁-格尔木产区宁杞一号干果蛋白质组学研究

通过非标记定量(label-free)蛋白质组学技术对宁夏中宁和青海格尔木两个产地的枸杞干果样品进行蛋白组学比较。结果表明两种样品共鉴别出蛋白质2477个,中宁产区样品中含蛋白质1942个(其中174个为中宁样品特有),格尔木产区样品中含蛋白质2065个(其中297个为格尔木样品特有);另外中宁产地的样品和格尔木产地的样品相比有86个蛋白质的表达量下调,69个蛋白质的表达量上调。对样品蛋白质进行层次聚类分析,证明两产地样品在蛋白质组学上有明显差异。利用GO数据库和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)数据库对所有差异蛋白质进行检索,筛选后得到28个目标差异蛋白质,其中包括:4个金属离子转运蛋白、6个热休克蛋白、3个几丁质酶、4个磷酸肌醇转化酶、2个过氧化氢酶、3个与植物激素调节有关的蛋白质、5个与卟啉和叶绿素代谢相关的酶、1个核糖核苷二磷酸激酶。

非标记定量技术检测特应性皮炎患儿尿液中差异蛋白的应用

目的应用非标记定量技术研究特应性皮炎患儿尿液中的差异表达蛋白,筛选特应性皮炎患儿尿液中的特异性蛋白质标记物。方法收集特应性皮炎患儿和健康对照者的尿液各6份,处理和提取尿液蛋白质,经一维SDS-PAGE和蛋白胶内酶解获得肽段,应用高效液相色谱串联质谱鉴定,使用Mascot软件查询并用Scaffold软件作相对定量分析。结果特应性皮炎患儿组和健康对照组的尿液共检测出103种表达差异倍数大于1.5倍的蛋白质,患儿组表达升高的有48种蛋白质,表达降低的有55种蛋白质,其中10种蛋白质仅在患儿组检测到,17种蛋白质仅在对照组检测到。结论特应性皮炎患儿与正常儿童尿液间存在蛋白质表达差异。

RUNX3调控胃癌细胞对赫赛汀耐药的非标记定量蛋白质组学研究

肿瘤耐药是多机制、多因子参与的复杂生物学过程,而肿瘤细胞抗凋亡是导致其耐药的重要原因。前期研究显示,Runt相关转录因子3(Runt-related transcription factor 3,RUNX3)在胃癌赫赛汀耐药细胞中与DNA的结合活性显著增强,然而其活性变化是否与耐药有关,尚不明确。本实验以赫赛汀耐药细胞(NCI N87R)为对象,采用CRISPR/Cas9构建RUNX3敲除细胞株(△RUNX3/NCI N87R),探究RUNX3在赫赛汀耐药中的作用及其潜在机制。在此基础上,基于非标记定量蛋白质组学研究△RUNX3/NCI N87R细胞蛋白质表达谱;采用倍数变化及显著性水平筛选差异表达分子;利用GeneAnalytics数据库通路富集分析;使用DAVID Bioinformatics Resources数据库基因本体分析;基于STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络。结果表明,敲除RUNX3使NCI N87R细胞对赫赛汀的敏感性增加。蛋白质组数据显示,577种基因在△RUNX3/NCI N87R中的表达显著改变,其中上调191种、下调386种。根据通路富集率及显著性水平,自噬、细胞周期、凋亡、线粒体脂肪酸β氧化、神经源性位点notch同源蛋白1(neurogenic locus notch homolog protein 1,NOTCH1)、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)、Hedgehog及DNA损伤响应信号变化显著(P<0.05),表明敲除RUNX3干扰耐药细胞多条通路。免疫印迹证实,自噬相关蛋白(autophagy-related protein,ATG)13、7及BECN1在△RUNX3/NCI N87R中的表达显著增加,而细胞周期调节分子丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Chk2(serine/threonine-protein kinase Chk2,CHEK2)及凋亡调节分子Bcl-2(apoptosis regulator Bcl-2,BCL2)显著下调;与NCI N87R细胞相比,磷酸化丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶AKT(p-AKT)在△RUNX3/NCI N87R中的表达显著降低(P<0.01),且赫赛汀能够降低p-AKT水平,表明敲除RUNX3改变了耐药细胞周期、增加赫赛汀对p-AKT的抑制作用,促进其自噬并诱导凋亡,提示RUNX3可能是逆转或降低胃癌赫赛汀耐药的潜在靶标。

基于非标记定量蛋白质组学的谷氨酰内切酶C活性研究

目的谷氨酰内切酶C(Glu C)可特异地切割蛋白谷氨酸或天冬氨酸残基羧基端结合的肽键,是蛋白质组学研究的重要工具酶,优质高效价廉的Glu C产品对蛋白质组学研究意义重大。在课题组前期成功制备重组表达Glu C基础上,应用非标记定量蛋白质组学技术对实验室自制Glu C与市售商品化产品Glu C(Glu C-Com)的活性进行系统的评价比较。方法等量酵母全细胞蛋白裂解物(total cell lysates,TCL)分别用等量的实验室自制Glu C与Glu C-Com消化,酶解肽段经液相色谱-串联质谱联用(LC-MS/MS)检测,产生的数据经MaxQuant(v1.5.2.8)软件的非标记定量(LFQ)方法分析。结果Glu C消化样品后产生的易于质谱鉴定分析的肽段(7~35个氨基酸)的总体数目更多,且肽段的丰度范围分布更广;其二级谱图鉴定率、二级谱图数、肽段数量、蛋白鉴定数量等指标均比Glu CCom组高,且漏切率较低。结论应用基于质谱的非标记定量蛋白质组学技术可实现对Glu C的酶活性评价,数据显示实验室制备的Glu C具有较好的生物活性。

肌少-骨质疏松症与单纯骨质疏松症患者差异表达蛋白的定量蛋白质组学研究

目的构建人肌少-骨质疏松症(SO)和单纯骨质疏松症(OP)的差异表达蛋白质谱,探讨肌肉减少症影响骨代谢的分子机制。方法收集肌少-骨质疏松症与单纯骨质疏松症患者的肌肉组织,采用非标记定量蛋白质组学技术分析和鉴定两组(每组3重复)样本之间差异表达的蛋白质,并应用基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)对差异蛋白质进行生物信息学分析。结果共筛选出1 507种SO组与OP组差异表达蛋白,其中差异有统计学意义的共有53种,有6种在SO患者中表达上调,47种蛋白质表达下调。GO分析显示,SO组中差异表达的蛋白主要参与氧化还原过程、蛋白水解、代谢过程;主要的分子功能体现在蛋白质结合、三磷酸腺苷(ATP)结合和钙离子结合;SO组与OP组中最重要的细胞结构差异为定位于膜的整体组分。结合KEGG通路分析,初步筛选间隙连接蛋白43(Cx43)、电压依赖性L-型钙通道(VLCC)、超氧化物歧化酶(SOD)等骨质疏松相关蛋白。结论Cx43、VLCC、SOD蛋白可能与肌少症患者容易出现骨量丢失有关。