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蛋白质折叠的非格子模型
1
作者 谭晓超 何红波 李义兵 《计算物理》 EI CSCD 北大核心 2007年第2期234-238,共5页
用粒子群算法对蛋白质的简化模型进行研究,体系中各原子间的相互作用由一物理势表示.通过全局优化体系的势函数得到蛋白质的结构数据,与实验测得的结构数据之间的均方根偏差RMSD为6.12.记录了能量最小值及回转半径随程序运行步骤的变化... 用粒子群算法对蛋白质的简化模型进行研究,体系中各原子间的相互作用由一物理势表示.通过全局优化体系的势函数得到蛋白质的结构数据,与实验测得的结构数据之间的均方根偏差RMSD为6.12.记录了能量最小值及回转半径随程序运行步骤的变化以及RMSD值与最低能量值的分布关系,这些结果反映了蛋白质折叠的一些基本特征. 展开更多
关键词 非格子模型 PSO算法 蛋白质折叠
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基于格子模型的蛋白质设计方法 被引量:3
2
作者 刘赟 王存新 +1 位作者 王宝翰 陈慰祖 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第2期172-176,共5页
 提出一个简单有效的蛋白质设计方法 ,这一方法完全基于物理学原理 .与同类工作相比 ,该方法在很大程度上可节省对序列空间进行的搜索 ,是对同类工作的简化与发展 .对三个平面格子模型进行的检验表明该方法是成功的 .
关键词 蛋白质 设计方法 蛋白质逆折叠 格子模型 非格子模型
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单链高分子构象的非格子Monte Carlo模拟 被引量:1
3
作者 张志学 王海军 《河北大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2007年第2期166-169,共4页
采用一种非格子Monte Carlo模拟方法对描述单链高分子链构象变化的2个物理量进行了数值模拟.通过计算,研究了单链高分子的均方回转半径、均方末端距以及末端距向量自相关函数随时间的演化过程.结果显示,当高分子链处于平衡状态时,其均... 采用一种非格子Monte Carlo模拟方法对描述单链高分子链构象变化的2个物理量进行了数值模拟.通过计算,研究了单链高分子的均方回转半径、均方末端距以及末端距向量自相关函数随时间的演化过程.结果显示,当高分子链处于平衡状态时,其均方末端距平均值与均方回转半径平均值的比值为6.23,与理论结果吻合较好.进而又研究了单链高分子的弛豫过程,给出了末端距向量自相关函数的弛豫时间. 展开更多
关键词 单链高分子 链构象 非格子模型 MONTE CARLO模拟
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四种结构类型的蛋白质设计方法 被引量:1
4
作者 刘赟 王屹华 +2 位作者 王宝翰 王存新 陈慰祖 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期307-314,共8页
给出了以疏水-亲水模型为基础的蛋白质设计方法,该方法以物理学原理为基础,以相对熵作为优化的目标函数。对四种不同结构类型的天然结构的真实蛋白质进行了检测,分析了影响检测成功率的主要因素,结果表明,该方法是普适的,可用于对不同... 给出了以疏水-亲水模型为基础的蛋白质设计方法,该方法以物理学原理为基础,以相对熵作为优化的目标函数。对四种不同结构类型的天然结构的真实蛋白质进行了检测,分析了影响检测成功率的主要因素,结果表明,该方法是普适的,可用于对不同结构类型的蛋白质设计序列。 展开更多
关键词 蛋白质设计 蛋白质逆折叠 结构类型 非格子模型
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Lattice Model with Traveling Compactons
5
作者 XIAQing-Lin JIANGDong-Chu 《Communications in Theoretical Physics》 SCIE CAS CSCD 2004年第2X期295-298,共4页
We introduce a purely anharmonic lattice model with specific double-well on-site potential, which admits traveling compacton-like solitary wave solutions by the inverse method with the help of Mathematica. By properly... We introduce a purely anharmonic lattice model with specific double-well on-site potential, which admits traveling compacton-like solitary wave solutions by the inverse method with the help of Mathematica. By properly choosing the shape of the solitary wave solution of the system, we can calculate the parameters of the specific on-site potential. We also found that the localization of the compacton is related to the nonlinear coupling parameter Cnl and the potential parameter V0 of the on-site potential, and the velocity of the propagation of the compacton is determined by the localization parameter q and the potential parameter V0. Numerical calculation results demonstrate that the narrow compacton is unstable while the wide compacton is stable when they move along the lattice chain. 展开更多
关键词 谐波格子模型 凝聚态物理 反转理论 类康普顿孤立波解 线性耦合参数
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New Positive and Negative Hierarchies of Integrable Differential-Difference Equations and Conservation Laws
6
作者 LI Xin-Yue ZHAO Qiu-Lan 《Communications in Theoretical Physics》 SCIE CAS CSCD 2009年第1期17-22,共6页
Two hierarchies of nonlinear integrable positive and negative lattice equations are derived from a discrete spectrak problem. The two lattice hierarchies are proved to have discrete zero curvature representations asso... Two hierarchies of nonlinear integrable positive and negative lattice equations are derived from a discrete spectrak problem. The two lattice hierarchies are proved to have discrete zero curvature representations associated with a discrete spectral problem, which also shows that the positive and negative hierarchies correspond to positive and negative power expansions of Lax operators with respect to the spectral parameter, respectively. Moreover, the integrable lattice models in the positive hierarchy are of polynomial type, and the integrable lattice models in the negative hierarchy are of rational type. Further, we construct infinite conservation laws about the positive hierarchy. 展开更多
关键词 discrete zero curvature equations Liouville integrability discrete Hamiltonian structure conservation laws
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基于相对熵的蛋白质设计新方法 被引量:3
7
作者 刘贇 王宝翰 +1 位作者 王存新 陈慰祖 《中国科学(G辑)》 CSCD 2003年第4期348-356,共9页
提出一个关于蛋白质设计的新的有效快速的优化方法,其实质是按照Boltz-mann分布搜索序列空间。这一方法完全基于物理学原理,在该方法中使用了相对熵的概念,并把它作为优化的目标函数。利用真实蛋白质的非格子模型对该方法进行了检验。... 提出一个关于蛋白质设计的新的有效快速的优化方法,其实质是按照Boltz-mann分布搜索序列空间。这一方法完全基于物理学原理,在该方法中使用了相对熵的概念,并把它作为优化的目标函数。利用真实蛋白质的非格子模型对该方法进行了检验。与同类工作相比,得到了较好的结果。该方法可以作为处理蛋白质折叠和逆折叠的统一框架。 展开更多
关键词 蛋白质设计 相对熵 非格子模型 Boltzmann分布搜索序列空间 蛋白质逆折叠 优化方法
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基于相对熵的蛋白质设计方法的普遍近似
8
作者 王屹华 王宝翰 +2 位作者 刘赟 陈慰祖 王存新 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第2期135-139,共5页
发展了最近提出的一种基于相对熵原理的蛋白质设计方法.将该方法从必须满足特定的条件才能适用,推广到普遍适用.研究表明,扩展前的方法可被看作扩展后方法的特例,扩展后的采用普遍近似的蛋白质设计方法更利于蛋白质设计的研究,使基于相... 发展了最近提出的一种基于相对熵原理的蛋白质设计方法.将该方法从必须满足特定的条件才能适用,推广到普遍适用.研究表明,扩展前的方法可被看作扩展后方法的特例,扩展后的采用普遍近似的蛋白质设计方法更利于蛋白质设计的研究,使基于相对熵的蛋白质设计方法更具有普遍性,同时还提高了对蛋白质序列的预测精度. 展开更多
关键词 相对熵 蛋白质设计 非格子模型 分子生物学 蛋白质三级结构
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Numerical research on lid-driven cavity flows using a three-dimensional lattice Boltzmann model on non-uniform meshes 被引量:1
9
作者 TANG XueLin SU YanWen +1 位作者 WANG FuJun LI LinWei 《Science China(Technological Sciences)》 SCIE EI CAS 2013年第9期2178-2187,共10页
A lattice Boltzmann model combined with curvilinear coordinate is proposed for lid-driven cavity three-dimensional (3D) flows. For particle velocity distribution, the particle collision process is performed in physica... A lattice Boltzmann model combined with curvilinear coordinate is proposed for lid-driven cavity three-dimensional (3D) flows. For particle velocity distribution, the particle collision process is performed in physical domain, and the particle streaming process is carried out in the corresponding computational domain, which is transferred from the physical domain using interpolation method. For the interpolation calculation, a second-order upwind interpolation method is adopted on internal lattice nodes in flow fields while a second-order central interpolation algorithm is employed at neighbor-boundary lattice nodes. Then the above-mentioned model and algorithms are used to numerically simulate the 3D flows in the lid-driven cavity at Reynolds numbers of 100, 400 and 1000 on non-uniform meshes. Various vortices on the x-y, y-z and x-z symmetrical planes are successfully predicted, and their changes in position with the Reynolds number increasing are obtained. The velocity profiles of u component along the vertical centerline and w component along the horizontal centerline are both in good agreement with the data in literature and the calculated results on uniform meshes. Besides, the velocity vector distributions on various cross sections in lid-driven cavity predicted on non-uniform meshes are compared with those simulated on uniform meshes and those in the literature. All the comparisons and validations show that the 3D lattice Boltzmann model and all the numerical algorithms on non-uniform meshes are accurate and reliable to predict effectively flow fields. 展开更多
关键词 lattice Boltzmann model interpolation algorithms body-fitted meshes lid-driven cavity flows
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