α/β类蛋白折叠中π-π相互作用的特异性

以α/β类蛋白的2种典型折叠类型为研究对象,对205个低相似度蛋白样本中的π-π相互作用进行统计分析.计算结果表明,(α/β)8-barrel折叠中π-π相互作用的分布密度高于经典Rossmann折叠,且在关键的局部区域的差异更加显著;芳香族氨基酸在(α/β)8-barrel结构中更容易形成π-π相互作用;色氨酸对应的3种π-π相互作用组合在(α/β)8-barrel折叠中出现的几率显著高于经典Rossmann折叠;(α/β)8-barrel折叠中π-π相互作用形成复杂π网络的能力强于经典Rossmann折叠.上述结果表明,π-π相互作用在α/β类蛋白的不同折叠类型中存在特异性,其在稳定(α/β)8-barrel结构中的作用强于经典Rossmann折叠.

URI1蛋白生物信息学分析及在人体组织中的表达

目的分析人非经典前折叠素RPB5相互作用因子1(URI1)蛋白的特性、结构和变异体,观察URI1蛋白在人组织中的表达。方法通过多种网络分析工具,预测和分析URI1的基本特性及结构。用人组织微阵列免疫组化染色方法检测其在多种组织/细胞中的表达。结果 URI1编码1个535个氨基酸的蛋白质,该蛋白质性质不稳定,无跨膜片段,N末端无信号肽,非分泌型蛋白质,其mRNA在组织中广泛表达。URI1具有11个潜在的泛素化位点,其中6个为高度可信,5个为中度可信。有48个潜在的磷酸化位点(35个在丝氨酸位、11个在苏氨酸位、2个在酪氨酸位)。在第287氨基酸位有一糖基化位点,在第291、371氨基酸位也可能发生糖基化修饰,未发现乙酰化位点。蛋白质结构预测α螺旋(H)占39.63%,N端具有1个PFD功能域。URI1在多种组织/细胞广泛表达并存在明显差异表达,与基于高密度微阵列技术的BioGPS mRNA表达谱数据吻合。结论用生物信息学技术预测了URI1蛋白的结构和功能,为URI1蛋白的相关研究提供了信息。

URI在胃癌组织的表达及对顺铂诱导的胃癌细胞凋亡的影响

目的:探讨癌蛋白非经典前折叠素RPB5相互作用因子(unconventional prefoldin RPB5 interactor,URI)在胃癌组织中的表达及其临床意义,分析URI对顺铂诱导的胃癌细胞凋亡的影响。方法:采用免疫组化辣根过氧化物酶法检测胃癌组织芯片中URI的表达,并分析其与临床特征的相关性;体外培养胃癌MGC-803细胞和SGC-7901细胞,运用Hiperfect转染试剂分别在两类胃癌细胞株中转染URI siRNA片段构建URI基因敲低细胞株,并用荧光定量PCR和蛋白质印迹法验证敲低效果;将细胞分为空白组、siRNA URI干扰组以及顺铂诱导下的未转染组、无关序列组和siRNA URI干扰组,采用流式细胞术检测各组细胞凋亡情况。结果:胃癌组织芯片检测结果显示,胃癌组织胞质中URI的表达量显著高于癌旁组织(P<0.05),胞核中URI的表达量虽比癌旁组织增高,但无显著性差异。URI的表达量与胃癌患者生存期、临床分期等无显著相关性。URI基因敲低后两类细胞株顺铂诱导的凋亡率均显著增加(P<0.01)。结论:URI可能作为一种凋亡抑制因子在胃癌的发生中起作用。