非编码小RNA在口腔黏膜下纤维性变中的研究进展

口腔黏膜下纤维性变(oral submucous fibrosis,OSF)是口腔黏膜最常见的癌前病变之一,其发病机制至今尚未完全阐明。非编码小RNA(small non-coding RNAs,SncRNAs)是一类不编码蛋白质的RNA分子,已被广泛报道参与多种人类疾病的调控。越来越多的研究表明多种SncRNAs在OSF发病过程中发挥重要作用。现有研究表明,微RNA(microRNAs,miRNAs)通过调控相关转录因子和基因表达或上皮间充质转化来调控成纤维细胞(fbroblasts,FB)活化而参与OSF疾病进展;长非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs)通过调控转化生长因子-β/母体抗瘫抑制因子(transforming growth factor-β/suppressor of mothers against decapentaplegic,TGF-β/Smad)信号通路或与miRNA相互作用参与OSF的发生发展;环状RNA(circular RNAs,circRNAs)通过与miRNA相互作用在OSF中发挥作用;tRNA衍生的小RNA(tRNA-derived small RNAs,tsRNAs)参与多种纤维化疾病的进展,但其在OSF中的具体作用机制仍需进一步探索。未来仍需重点关注SncRNAs介导OSF进展的作用靶点,探究其对OSF的作用功能及分子机制,以期为诊断和治疗OSF提供新思路。

基于潘多拉测序探索劳力性热射病小鼠脑组织非编码小RNA的变化

目的基于潘多拉测序探索劳力性热射病(EHS)小鼠脑组织非编码小RNAs(sncRNAs)的变化。方法将12只雄性健康C57BL/6J小鼠随机分为对照组(n=6)和模型组(n=6)。对照组小鼠不作处理,模型组小鼠采用恒温恒湿箱内跑步建立EHS模型。EHS模型建立后基于脑湿干重检测和HE染色明确EHS小鼠脑损伤。采用潘多拉测序进行组间差异sncRNAs筛选。结果EHS小鼠脑组织通过PANDORA-Seq共检测2722个sncRNA;与正常对照组比较,以fold change>2、P<0.05为筛选条件,EHS小鼠脑组织共鉴定到53个显著差异sncRNA,如mmu-miR-1843b-5p、mmu-miR-490-3p、mmu-miR-1843a-5p、piR-mmu-7796454和tsRNA-1020-MetCAT等;基于小RNA注释软件SPORTS1.1发掘和注释sncRNAs,提供了长度分布图和种类分布雷达图。sncRNAs种类的差异分析和序列的差异分析结果采用热图和火山图展示。结论sncRNAs失调可能参与EHS小鼠脑损伤的发病机制。

附睾中非编码小RNA(sncRNA)的研究进展

非编码小RNA(sncRNA)主要通过抑制性调控靶基因发挥作用。近年的研究发现sncRNA在哺乳动物附睾的各个部位均有表达,并且在调控附睾不同节段的基因表达方面起着非常关键的作用。附睾上皮细胞中sncRNA的多样性及其表达水平的时空差异会影响很多潜在的靶基因,从而调节附睾的生理功能,另外,这些sncRNA还可以通过附睾小体传递给精子,对精子产生一系列的调控作用。综述了附睾中sncRNA表达、sncRNA对附睾和附睾中精子功能调节方面的研究进展,以期为探究sncRNA对雄性生殖细胞调控作用的分子机制提供参考。

非编码小RNA(RyhB)调控禽致病性大肠杆菌毒力相关基因的分析

以小RNA(RyhB)为研究对象,探索RyhB对禽致病性大肠杆菌相关毒力基因的调控研究。采用Red同源重组技术构建APEC野生株(AE17)RyhB的缺失株△RyhB以及构建出回复株△RyhB-comp。运用活菌计数法分别观察AE17、△RyhB、△RyhB-comp黏附鸡胚成纤维细胞DF-1的能力,并且利用Real-time PCR检测AE17、△RyhB和△RyhB-comp的8个毒力基因转录水平。结果成功构建出了基因缺失株△RyhB和回复株△RyhBcomp,△RyhB黏附细胞能力较AE17均有显著地降低,约为AE17的62.5%,△RyhB-comp较△RyhB黏附能力显著上升,为△RyhB的1.4倍。同时,Real-time PCR结果显示,△RyhB的bcfA、fyuA、tsh、luxS、fimC、ompA毒力基因的转录水平均极显著下降(P<0.01),其mRNA转录水平分别约为AE17的19%、52%、20%、14%、28%、52%;△RyhB的iss、ibeA毒力基因表达水平分别上调约1.14倍和1.2倍。表明RyhB的缺失能够减弱APEC黏附DF-1的能力,并且使毒力基因的转录水平有所降低。根据以上结果,推测RyhB对APEC的毒力具有极其重要的调节作用。

细菌非编码小RNA的分类及功能简介

细菌非编码小RNA（non-coding small RNA,简称sRNA）是一类长度为40~500个核苷酸,在基因组中被转录但不编码蛋白质的一类RNA分子。它们大多数在Hfq的协助下,通过碱基配对识别靶标mRNA,在转录后水平调节基因的表达,是细菌代谢、群体感应和适应环境变化及毒力基因表达的重要调节因子。本文对sRNA的分类及功能作如下综述。

羊布鲁氏菌非编码小RNA分子BSR-2的预测与鉴定

利用RT-PCR和RACE等方法对生物信息学预测的羊布鲁氏菌非编码小RNA(smallnon-codingRNA,sRNA)BSR-2进行了实验鉴定,并通过分析BSR-2在胞内生存缺陷株中的转录情况以及预测BSR-2的靶标基因对BSR-2的功能进行初步探讨.RT-PCR结果表明,BSR-2在羊布鲁氏菌的总RNA中存在转录本,而且在不同的应激条件下转录水平不同.RACE结果表明,BSR-2长224nt,位于Ⅱ号染色体的BMEII0742和BMEII0743之间的基因间区.进一步的实验结果表明,BSR-2可能与布鲁氏菌的胞内生存能力相关.

布鲁氏菌非编码小RNA BSR1526突变株与过表达株的构建及毒力研究

目的为探讨非编码小RNA BSR1526在布鲁氏菌胞内生存中的作用,构建BSR1526突变株与过表达株并分析它们在模拟胞内环境和小鼠体内的存活能力。方法首先采用Northern blot和RT-PCR验证布鲁氏菌16M在体外刺激条件中BSR1526的转录;然后采用融合PCR构建BSR1526缺失株;将BSR1526插入到质粒pBBR1-MCS4中,电转入16M中构建过表达株16M-BSR1526;最后分析BSR1526缺失株和过表达株在模拟胞内环境以及小鼠体内的存活力。结果 BSR1526在布鲁氏菌16M中存在转录,且在不同刺激条件下转录水平不同。BSR1526缺失或过表达影响了布鲁氏菌16M在体外的生长能力,缺失后在热应激、氧化压力及酸性环境下的生存能力下降,在小鼠脾脏内的细菌数量显著下降,表明BSR1526影响了布鲁氏菌的毒力。结论非编码小RNA BSR1526影响着布鲁氏菌16M在胞内生存能力,缺失BSR1526后布鲁氏菌16M抵抗外界不良环境的能力下降,同时在小鼠体内的毒力下降。

生物素标记探针-液相杂交-非变性PAGE检测非编码小RNA方法的建立和优化

目的建立生物素标记探针-液相杂交-非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)检测非编码小RNA(sRNA)的方法。方法将生物素标记的sRNAU6寡核苷酸探针经非变性PAGE电泳后转印至尼龙膜上,然后用辣根过氧化物酶(HRP)耦联链霉亲和素进行检测。从细胞中提取总RNA,用已标记U6探针优化液相杂交退火条件及杂交缓冲液;用建立的方法检测并计算BEAS-2B、A549细胞中sRNAU6与miRNA145的含量。结果将Biotin-11-dUTP成功标记至寡核苷酸上,随着寡核苷酸浓度增加,检测信号强度越强,10μmol/L时达到最强。采用水浴反应条件与采用聚合酶链反应(PCR)仪梯次降温反应条件下得到的杂化链无明显差异;以磷酸盐缓冲液作为杂交缓冲液优于Tris-HCl、DEPC水;BEAS-2B、A549细胞5μgRNA中U6含量接近;BEAS-2B细胞中miRNA145绝对含量高于A549细胞。结论成功建立并优化了sRNA检测新方法 ,为简单、易行、可靠地检测sRNA提供了可能。

改良消减杂交技术用以筛选差异表达非编码小RNA的应用初探

旨在构建一种能快速、有效检测不同细胞中差异表达的非编码小RNA的方法。以乳腺癌细胞株MCF7和非癌乳腺上皮细胞HBL100为材料,用RNA分离试剂盒分离获得长度为18-100 nt的RNA片段,3'端添加poly(A)尾后利用smart技术进行反转录,在反转录体系中加入生物素标记的dATP,得到单链cDNA;结合生物素-磁珠分离技术将cDNA与待测RNA进行消减杂交并以U6为内参验证消减结果 ;最后利用巢式PCR扩增杂交产物,PCR产物插入T载体后,挑取阳性克隆进行测序。结果显示,总RNA按不同大小片段分离富集后通过聚丙烯酰胺凝胶电泳,于100 nt以下显示较亮条带;以U6为内参检测杂交效率,杂交后U6于33个循环时可见少量扩增条带;杂交产物经巢式PCR和电泳表明在100 nt范围内有明显条带,得到差异表达的非编码小RNA。经过改良的消减杂交方法可以快速、有效的检测不同标本中差异表达的非编码小RNA。

环境胁迫下细菌非编码小RNA对基因表达的调控

细菌非编码小RNA(sRNA)是长度约为50~500个核苷酸的RNA分子,其编码基因位于基因间区域,在细菌基因组中可被转录但不被翻译为蛋白质。随着生物信息学和RNA测序技术的发展,sRNA功能受到广泛关注。在不断变化的环境中,细菌遇到各种各样的生存压力,sRNA通过感应环境变化调节相应基因的表达,在细菌适应环境的过程中发挥了重要作用。本文对环境胁迫下细菌sRNA的表达变化和其对基因的表达调控进行综述,揭示sRNA对细菌基因转录后调控、生物适应性进化等生命过程的重要意义。

植物中MicroRNA及其它非编码小RNA的保守性和进化历程

非编码小RNA是一类长度约为20～26个核苷酸的内源性RNA分子，在植物中普遍存在，在转录和转录后过程调控基因表达。microRNA及其它非编码小RNA在植物个体生长发育和生理过程中起重要作用。microRNA及其它非编码小RNA在陆地植物中保守，而且每个进化分支的出现皆伴随着新microRNA和其它非编码小RNA的产生，这些现象都表明，非编码小RNA与陆地植物的系统发生密切相关。本文从microRNA及其它非编码小RNA的保守性并结合其功能，探讨了非编码小RNA在植物进化中的重要功能。

细菌非编码小RNA分子RyhB的结构与功能

RyhB是一种大小为90个核苷酸的细菌非编码小RNA分子(small noncoding RNA,sRNA).当铁缺乏时,RyhB通过下调一系列与铁的储存和利用相关蛋白的表达水平以维持体内的铁平衡,而其本身的表达则受到负调控因子Fur(ferric uptake regulator)的调节.在体内,RyhB与Hfq蛋白和核糖核酸酶E(ribonuclease E,RNase E)形成核蛋白复合物sRNP来发挥活性.sRNP通过RyhB与靶基因的互补配对序列作用于靶基因的核糖体结合位点,阻断靶mRNA的翻译,并迅速引起靶mRNA的降解.此外,RyhB还可以通过影响致病菌的生物膜形成、趋化性、耐酸性等方面的能力对细菌的致病力进行调节.本文综述了RyhB的结构、功能及作用机制方面的研究进展,并对其存在的生理意义进行了探讨.

细菌非编码小RNA对细菌毒力的调控作用

在病原菌与宿主长期的交互作用过程中，病原菌可通过调节相关基因的表达响应宿主微环境的变化，以适应宿主内环境并在宿主体内生存。过去认为，细菌的基因表达调控主要发生在转录水平。近年发现，细菌非编码小RNA（sRNA）在调控细菌致病机制方面发挥着重要作用。细菌sRNA是一类长度在50-500个核苷酸之间的非编码RNA，病原菌可感受宿主微环境的变化，通过sRNA调控自身毒力相关基因的表达，促进致病菌在宿主内的生存能力，利于致病菌对宿主的侵袭及致病。相对于各种转录因子，sRNA介导的基因表达调控可使细菌更快速、灵敏地对外界环境变化作出应答。目前已发现多种与细菌毒力及致病性相关的sRNA，可在转录后水平精细调节细菌毒力及其致病机制。本文就sRNA调控细菌毒力的分子机制及其在常见病原菌致病过程中的作用进行综述。

非编码小RNA T64对伤寒沙门菌基因表达的影响

目的:对由转录组测序获得的伤寒沙门菌(Salmonella enterica serovar Typhi,S.Typhi)非编码小RNA(small non-coding RNA,snRNA)T64的表达进行验证,并对其功能进行初步探讨。方法:选取特异性引物采用反转录PCR(RT-PCR)和普通PCR确认T64在S.Typhi中的表达;将含有T64 snRNA序列的重组质粒导入S.Typhi野生株构建T64高表达株;结合应用S.Typhi全基因组芯片分析技术,比较S.Typhi T64高表达株和空载体对照株在对数期基因表达谱差异,并对部分基因芯片结果进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证。结果:RT-PCR结果显示,snRNA T64在S.Typhi确有表达;基因芯片分析结果显示,与空载体对照株比,snRNA T64高表达株在对数期有20个基因表达上调,7个下调;4个被选基因表达的qRT-PCR结果与芯片分析结果相符。结论:snRNA T64在S.Typhi中表达,可能在基因的表达调节中发挥重要作用。

沙门菌非编码小RNA RyhB研究进展

非编码小RNA(small non-coding RNA,sRNA)是一类基因组中被转录但不翻译成蛋白质的RNA分子,可在转录后水平调控基因表达。与蛋白质介导的调控系统不同,当细菌遇到不利的生长环境时,sRNA介导的调控可对环境变化做出快速应答。沙门菌RyhB-1和RyhB-2是两种相似性较高的sRNA,通过碱基互补配对方式,在调控因子作用下共同或单独调控靶基因表达。铁匮乏时,RyhB-1和RyhB-2可促进沙门菌摄取铁元素、限制胞内非必需含铁蛋白生成以及加快铁硫蛋白的储存,是沙门菌在转录后水平调控铁稳态的主要元件。此外,当沙门菌遭遇氧化应激、缺氧或酸性环境等不利环境胁迫时,RyhB可分别控制活性氧自由基的生成、平衡硝酸盐等无机物稳态、调节细菌运动性以及沙门菌毒力等应对环境变化。本文就沙门菌RyhB生理特征及其调控机制和功能进行阐述,以期为后续沙门菌RyhB的研究提供指导信息。

非编码小RNA BSR0602在布鲁菌环境适应能力中的调控作用

BSR0602是位于布鲁菌染色体上的非编码小RNA,在前期研究中我们发现,BSR0602与布鲁菌的胞内生存能力相关.为了进一步研究BSR0602对布鲁菌胞内环境适应能力的调控作用,采用双向电泳技术对布鲁菌野生株16M和BSR0602过表达株的全菌蛋白质谱进行比较分析.结果显示,BSR0602过表达后,布鲁菌转运代谢蛋白和压力适应蛋白的表达发生变化.qRT-PCR和HIS表位标记实验结果进一步证实,BSR0602在转录和翻译水平均影响氧压力适应蛋白Sod A的表达.相关表型实验结果显示,BSR0602过表达株对氧压力更为敏感,证实了BSR0602在布鲁菌适应氧压力中的作用.结果表明,非编码小RNA BSR0602作为布鲁菌的转录后调控因子,可通过调控压力适应蛋白的表达来影响布鲁菌的压力适应能力和胞内生存.

非编码小RNA调控转录基因在细胞及干细胞增殖与分化中的表达

背景:到目前为止,绝大部分的研究集中在小RNA介导的转录后基因沉默上,对非编码小RNA在其他基因表达水平上的调控关注甚少。目的:对非编码小RNA在转录水平的基因调控及其在干细胞增殖与分化中的作用进行综述。方法:应用计算机检索PubMed数据库1998-01/2009-12有关RNA干扰机制及转录基因沉默机制的文章,检索词为"RNAi,transcriptional gene silencing",限定文章语言种类为English,对资料进行初审,并查看每篇文章后的引文。排除重复性研究,共收集到69篇相关文献,28篇符合纳入标准。结果与结论:多种物种存在转录基因沉默,并且在哺乳动物细胞中小干扰RNA介导的转录基因沉默是一个普遍现象,而转录基因沉默可通过其2个必需基因——Dicer家族、Agronaute基因家族参与调控干细胞的增殖分化。非编码小RNA也可诱导基因转录活性增高,小RNA转录水平的调节通过RNA/DNA模型和RNA/RNA实现。

杀鱼爱德华氏菌非编码小RNA sR082的功能研究

杀鱼爱德华氏菌(Edwardsiella piscicida)是海水养殖鱼类的重要病原菌,给我国水产养殖业造成了巨大的经济损失。前期研究发现杀鱼爱德华氏菌在不同生长环境中有多种sRNA表现出差异表达,其中一个sRNA被命名为sR082。分析了sR082在酸性条件下的表达情况,比较了sR082敲除菌株(TXΔsR082)和野生株TXD1在感染宿主细胞、组织和个体能力方面的差异。结果表明,在低pH值条件下,sR082转录水平显著提高,TXΔsR082生长能力显著降低;与TXD1相比,TXΔsR082在牙鲆细胞内的复制能力、在牙鲆组织中的侵染能力以及对牙鲆的致死能力均显著下降。这些结果表明,sR082很可能在杀鱼爱德华氏菌耐受酸性环境及感染等方面发挥重要作用。

环境胁迫下细菌非编码小RNA对基因表达的调控

细菌非编码小RNA(sRNA)是长度约为50~500个核苷酸的RNA分子。其编码基因位于基因间区域,在细菌基因组中可被转录但不被翻译为蛋白质,随着生物信息学和RNA测序技术的发展,sRNA功能受到广泛关注。在不断变化的环境中,细菌遇到各种各样生存压力,sRNA通过感应环境变化调节相应基因的表达。在细菌适应环境的过程中发挥了重要作用。本文对环境胁迫下细菌sRNA的表达变化和其对基因的表达调控进行综述,揭示sRNA细菌基因转录后调控、生物适应性进化等生命过程的重要意义。

日本血吸虫非编码小RNA研究进展

非编码小RNA是一类通过调节基因的表达从而影响生命活动的小分子,主要包括微小RNA、内源性小干扰RNA、Piwi蛋白相互作用的RNA及竞争性内源RNA。研究发现日本血吸虫感染动物后,宿主和虫体的非编码小RNA的表达水平均发生了改变。宿主源的非编码小RNA主要为微小RNA,其中miR-454和miR-203与日本血吸虫病发生发展有关,miR-223和miR-451与日本血吸虫自身生长发育有关;日本血吸虫非编码小RNA包括微小RNA、内源性小干扰RNA,这些非编码小RNA在日本血吸虫的生长、发育、性成熟及产卵中发挥着重要作用,如sjalet-7、sja-bantam,而且像sja-miR-3479和sja-miR-0001还可以诊断日本血吸虫病。就日本血吸虫非编码小RNA的研究进展进行综述,为日本血吸虫病的防治提供参考。