非规则二级结构中氨基酸相互作用的研究

通过引入信息论方法定义了氨基酸之间的倾向性影响因子,对非规则二级结构中氨基酸之间的相互作用进行了初步研究,得到了规则二级结构片段长度分布图,并按照作用强弱的程度将20种氨基酸划分为5类,对每类中氨基酸的作用规律进行了描述.研究表明,氨基酸对其它氨基酸的影响作用与自身倾向性相关.

基于小波方法的蛋白质非规则二级结构预测

蛋白质的二级结构可以分为两类:规则二级结构和非规则二级结构.α螺旋和β折叠是典型的规则二级结构,它们的残基具有重复的主链转角,而且它们的N-H和C-O基团以氢键形式周期分布.相比之下,剩余的部分没有可重复转角,称之为非规则二级结构.对蛋白质氨基酸序列做了广泛的分析,结果表明,用连续小波变换可以对蛋白质氨基酸序列中的非规则二级结构进行有效的预测.

连续小波变换在蛋白质结构预测中的应用

将代码为3pgal蛋白质的氨基酸序列映射为疏水值序列,在合适的尺度下,通过连续小波变换方法可对其非规则二级结构进行预测,准确率为83.3％。从PDBsum数据库中随机抽取100个蛋白质作为测试对象,经本法处理后,1 853个非规则二级结构中有1 424个能被准确预测到,平均预测准确率为76.8％。结果表明:该法可较好地预测蛋白质的非规则二级结构,具有极大的发展前景。