TRIM38非CpG岛DNA甲基化与胶质瘤异柠檬酸脱氢酶突变的关系研究

目的探讨TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化与胶质瘤异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变之间的关系。方法利用中国胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库的多组学数据和临床资料,比较在IDH野生型或突变型的胶质瘤中,TRIM38非CpG岛DNA甲基化的改变模式以及与基因表达和临床预后的关系。结果共纳入CGGA胶质瘤325例及非肿瘤对照脑组织(NTB组)11例,分析发现IDH野生型胶质瘤TRIM38非CpG岛DNA甲基化和基因表达,相对NTB组分别发生低甲基化(P=0.000)和高表达(P=0.007),且两者之间呈负相关(P=0.017)。生存分析显示,TRIM38非CpG岛DNA甲基化水平与IDH野生型肿瘤的预后有关(P=0.061)。结论IDH突变可能通过限制TRIM38基因非CpG岛DNA低甲基化介导的肿瘤促癌基因表达上调,为IDH突变相关的胶质瘤提供“保护作用”。

TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化与胶质母细胞瘤临床预后的关系

目的探讨免疫基因TRIM38非CpG岛DNA甲基化在胶质母细胞瘤(GBM)中改变模式和临床意义。方法利用公共数据库,比较TRIM38甲基化在GBM与非肿瘤脑组织(NTB)中的差异程度,并通过统计分析探讨该基因甲基化水平与基因表达、病人预后、生物学背景的关系。结果纳入3组GBM(共509例)和3组NTB(共37例)样本。TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化位点在GBM中呈低甲基化改变(P<0.05),而其基因表达呈现高表达改变(P<0.05),并且甲基化与基因表达呈显著负相关(P<0.05)。TRIM38低甲基化病人生存时间明显短于高甲基化组(P<0.05),甲基化水平是独立的预后影响因子(P<0.05)。TRIM38低甲基化GBM样本可能富集免疫调节及Toll样受体通路相关的基因簇。结论 TRIM38可能在GBM中通过非CpG岛低甲基化介导的基因异常表达上调,参与肿瘤发生、发展;TRIM38非CpG岛甲基化可能作为指导GBM预后评价的潜在生物标记物;TRIM38甲基化导致的预后差异很可能与Toll样受体通路及免疫调节的差异有关。

MMP7基因非CpG岛DNA甲基化对胶质母细胞瘤预后的评估

目的本研究以胶质母细胞瘤(GBM)为疾病背景,以促癌基因MMP7为研究对象,以期从个体基因角度揭示非CpG岛DNA甲基化在肿瘤疾病中的意义。方法利用公共数据库数据,比较MMP7基因非CpG岛DNA甲基化在GBM与非肿瘤脑组织(NTB)中的差异程度,并通过统计分析该基因非CpG岛DNA甲基化水平与基因表达、患者预后、分子亚型及生物学背景的关系。结果本研究共纳入3组GBM样本及3组NTB样本,分析发现位于MMP7基因非CpG岛区域的CpG位点(cg25511807)在GBM中发生显著的低甲基化改变,而其基因表达水平呈现高表达状态。MMP7在不同分子亚型的甲基化和基因表达也呈现相似的模式。关联分析未发现其CpG位点甲基化水平与基因表达水平呈强相关性。生存分析表明MMP7非CpG岛DNA低甲基化患者总体生存时间(OS)显著短于高甲基化组,多因素Cox回归分析表明MMP7甲基化分组是独立于患者年龄、IDH1突变及MGMT启动子CpG岛甲基化状态的预后因子。生物信息学分析表明MMP7低甲基化的肿瘤样本可能富集肿瘤耐药和血管生成相关的功能基因簇。结论本研究以MMP7基因非CpG岛DNA甲基化在GBM中改变模式、与基因表达、临床预后及生物学背景的关系为例,从个体基因角度,强调基因非CpG岛区域DNA甲基化在肿瘤疾病中重要价值和临床意义。

胶质母细胞瘤FMOD基因非CpG岛DNA甲基化水平与病人预后的关系

目的探讨纤调蛋白(FMOD)基因非CpG岛区域DNA甲基化在人脑胶质母细胞瘤(GBM)中的改变模式以及与基因表达、临床预后的关系。方法检索国癌症基因组图谱计划数据库(TCGA)和国国立卫生院下属基因表达数据库(GEO)下载人脑GBM组织基因表达芯片GSE36278、GSE22891及GSE50923。分析FMOD基因的CpG探针[cg26987645和cg03764585,均来自人类全基因组DNA甲基化芯片(Infinium HumanMethylation 27 k和450 k BeadChips),均位于非CpG岛区域(www.illumina.com)]β值(与甲基化水平呈正相关)。结果与非肿瘤组织相比,GBM组织FMOD基因非CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值均显著下降,提示GBM组织FMOD基因发生特异性低甲基化。将CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值与mRNA数据进行关联分析发现,DNA甲基化水平与FMOD基因表达水平呈显著负相关(P<0.001)。Cox回归分析显示,随FMOD基因CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值增加,GBM病人生存期显著延长(P<0.05)。FMOD基因非CpG岛cg03764585和cg26987645探针分析显示,非G-CIMP亚型病人甲基化水平较G-CIMP亚型病人明显降低(P<0.05),而FMOD基因表达水平明显增高(P<0.05)。结论本文结果提示,GBM组织FMOD基因非CpG岛区域呈低甲基化表现,与FMOD基因表达和病人生存预后均呈明显负相关。