TRIM38非CpG岛DNA甲基化与胶质瘤异柠檬酸脱氢酶突变的关系研究

目的探讨TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化与胶质瘤异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变之间的关系。方法利用中国胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库的多组学数据和临床资料,比较在IDH野生型或突变型的胶质瘤中,TRIM38非CpG岛DNA甲基化的改变模式以及与基因表达和临床预后的关系。结果共纳入CGGA胶质瘤325例及非肿瘤对照脑组织(NTB组)11例,分析发现IDH野生型胶质瘤TRIM38非CpG岛DNA甲基化和基因表达,相对NTB组分别发生低甲基化(P=0.000)和高表达(P=0.007),且两者之间呈负相关(P=0.017)。生存分析显示,TRIM38非CpG岛DNA甲基化水平与IDH野生型肿瘤的预后有关(P=0.061)。结论IDH突变可能通过限制TRIM38基因非CpG岛DNA低甲基化介导的肿瘤促癌基因表达上调,为IDH突变相关的胶质瘤提供“保护作用”。

TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化与胶质母细胞瘤临床预后的关系

目的探讨免疫基因TRIM38非CpG岛DNA甲基化在胶质母细胞瘤(GBM)中改变模式和临床意义。方法利用公共数据库,比较TRIM38甲基化在GBM与非肿瘤脑组织(NTB)中的差异程度,并通过统计分析探讨该基因甲基化水平与基因表达、病人预后、生物学背景的关系。结果纳入3组GBM(共509例)和3组NTB(共37例)样本。TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化位点在GBM中呈低甲基化改变(P<0.05),而其基因表达呈现高表达改变(P<0.05),并且甲基化与基因表达呈显著负相关(P<0.05)。TRIM38低甲基化病人生存时间明显短于高甲基化组(P<0.05),甲基化水平是独立的预后影响因子(P<0.05)。TRIM38低甲基化GBM样本可能富集免疫调节及Toll样受体通路相关的基因簇。结论 TRIM38可能在GBM中通过非CpG岛低甲基化介导的基因异常表达上调,参与肿瘤发生、发展;TRIM38非CpG岛甲基化可能作为指导GBM预后评价的潜在生物标记物;TRIM38甲基化导致的预后差异很可能与Toll样受体通路及免疫调节的差异有关。

MMP7基因非CpG岛DNA甲基化对胶质母细胞瘤预后的评估

目的本研究以胶质母细胞瘤(GBM)为疾病背景,以促癌基因MMP7为研究对象,以期从个体基因角度揭示非CpG岛DNA甲基化在肿瘤疾病中的意义。方法利用公共数据库数据,比较MMP7基因非CpG岛DNA甲基化在GBM与非肿瘤脑组织(NTB)中的差异程度,并通过统计分析该基因非CpG岛DNA甲基化水平与基因表达、患者预后、分子亚型及生物学背景的关系。结果本研究共纳入3组GBM样本及3组NTB样本,分析发现位于MMP7基因非CpG岛区域的CpG位点(cg25511807)在GBM中发生显著的低甲基化改变,而其基因表达水平呈现高表达状态。MMP7在不同分子亚型的甲基化和基因表达也呈现相似的模式。关联分析未发现其CpG位点甲基化水平与基因表达水平呈强相关性。生存分析表明MMP7非CpG岛DNA低甲基化患者总体生存时间(OS)显著短于高甲基化组,多因素Cox回归分析表明MMP7甲基化分组是独立于患者年龄、IDH1突变及MGMT启动子CpG岛甲基化状态的预后因子。生物信息学分析表明MMP7低甲基化的肿瘤样本可能富集肿瘤耐药和血管生成相关的功能基因簇。结论本研究以MMP7基因非CpG岛DNA甲基化在GBM中改变模式、与基因表达、临床预后及生物学背景的关系为例,从个体基因角度,强调基因非CpG岛区域DNA甲基化在肿瘤疾病中重要价值和临床意义。

胶质母细胞瘤FMOD基因非CpG岛DNA甲基化水平与病人预后的关系

目的探讨纤调蛋白(FMOD)基因非CpG岛区域DNA甲基化在人脑胶质母细胞瘤(GBM)中的改变模式以及与基因表达、临床预后的关系。方法检索国癌症基因组图谱计划数据库(TCGA)和国国立卫生院下属基因表达数据库(GEO)下载人脑GBM组织基因表达芯片GSE36278、GSE22891及GSE50923。分析FMOD基因的CpG探针[cg26987645和cg03764585,均来自人类全基因组DNA甲基化芯片(Infinium HumanMethylation 27 k和450 k BeadChips),均位于非CpG岛区域(www.illumina.com)]β值(与甲基化水平呈正相关)。结果与非肿瘤组织相比,GBM组织FMOD基因非CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值均显著下降,提示GBM组织FMOD基因发生特异性低甲基化。将CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值与mRNA数据进行关联分析发现,DNA甲基化水平与FMOD基因表达水平呈显著负相关(P<0.001)。Cox回归分析显示,随FMOD基因CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值增加,GBM病人生存期显著延长(P<0.05)。FMOD基因非CpG岛cg03764585和cg26987645探针分析显示,非G-CIMP亚型病人甲基化水平较G-CIMP亚型病人明显降低(P<0.05),而FMOD基因表达水平明显增高(P<0.05)。结论本文结果提示,GBM组织FMOD基因非CpG岛区域呈低甲基化表现,与FMOD基因表达和病人生存预后均呈明显负相关。

人类胎盘基因CpG岛甲基化水平与自然流产的相关性

目的探讨人类胎盘基因CpG岛甲基化水平与孕妇自然流产的相关性。方法选取接受常规产前检查的孕妇55例为研究对象,其中25例自然流产(流产组),30例正常分娩(对照组)。收集入组孕妇的临床资料及人类胎盘组织样本。比较2组临床一般资料。分析相关胎盘基因的甲基化水平对孕妇自然流产结局的预测价值。采用Logistic回归分析法分析孕妇自然流产的影响因素。结果2组在孕妇年龄、流产儿/新生儿出生体质量、孕妇妊娠天数和流产儿/新生儿性别方面比较,差异有统计学意义(P<0.05)。MECP2-1、MECP2-4、HSD11B2、MECP2-3和MECP2-2基因甲基化与自然流产相关。流产组的MECP2-1、MECP2-4、HSD11B2和MECP2-3基因甲基化率高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。MECP2-1、MECP2-4、HSD11B2、MECP2-3和MECP2-2的曲线下面积(AUC)分别为0.773、0.737、0.700、0.663和0.627。Logistic回归分析结果显示,MECP2-1是孕妇发生流产的独立影响因素(P<0.05)。结论MECP2-1、MECP2-4、HSD11B2、MECP2-3和MECP2-2基因甲基化水平和孕妇的自然流产结局有关。MECP2-1基因是自然流产发生的独立影响因素。

DNA甲基化在非小细胞肺癌中的研究进展

肺癌是我国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤,其中非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)约占全部肺癌病例的85%。大量证据表明,启动子区域异常DNA高甲基化修饰导致多种抑癌基因表达沉默,进而促进NSCLC的发生和发展。DNA去甲基化药物可以逆转肿瘤特异性DNA高甲基化,与免疫检查点抑制剂等NSCLC治疗药物联用具有协同效应,在NSCLC治疗中具有广泛的应用前景。同时,循环肿瘤DNA的甲基化检测可作为NSCLC早期诊断的辅助手段,并为预后判断提供参考。本文综述了DNA甲基化修饰在NSCLC领域的研究现状及未来的发展方向,以期为NSCLC的临床诊断、治疗及预后分析等策略的优化提供借鉴和参考。

非小细胞肺癌组织中miR-203启动子DNA甲基化状态与SRC表达及临床病理因素的相关研究

目的探讨非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)组织中miR-203启动子DNA甲基化状态与SRC蛋白表达及临床病理因素的关系,并进一步证实了miR-203启动子DNA甲基化可能参与SRC的表达调控。方法收集45例经手术切除的非小细胞肺癌组织标本及其对应的癌旁正常组织。采用甲基化特异性PCR(Methylation-specific PCR,MSP)检测miR-203基因启动子DNA甲基化水平,并通过亚硫酸氢盐测序(bisulfite sequencing PCR,BSP)进行确认,实时定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)检测miR-203的表达丰度,并通过免疫组织化学染色(Immunohistochemical,IHC)研究SRC蛋白在肺癌组织中的表达情况。分析miR-203基因启动子DNA甲基化与miR-203、SRC表达的相关性,以及与患者临床病理特征的关系。结果肺癌组织中miR-203甲基化率为66.67%(30/45),明显高于癌旁组织的24.44%(11/45),与miR-203表达呈负相关(r_(s)=-0.615,P<0.05),而与SRC表达呈显著正相关(r_(s)=0.703,P<0.01),与肿瘤大小、浸润程度、TNM分期等临床病理因素相关(P<0.05)。结论非小细胞肺癌组织中,miR-203启动子DNA发生了高甲基化,这种变化可能是通过上调SRC蛋白表达促进非小细胞肺癌的恶性增殖。

游离DNA甲基化在非肿瘤性疾病中的应用研究进展

游离DNA已成为新兴的、非侵入性的重要临床样本类型,游离DNA甲基化具有组织特异性,可以反映来源细胞的DNA甲基化状态,在临床疾病诊疗中可能成为重要的潜在标志物。该文旨在综述近年常用的游离DNA甲基化检测技术,以及游离DNA甲基化在神经退行性疾病、精神性疾病、心血管疾病、糖尿病和出生缺陷等非肿瘤疾病中的应用研究进展。

配子及早期胚胎发育过程中的DNA甲基化动态改变

近年来,随着对染色质DNA、组蛋白、RNA化学修饰了解的深入,表观遗传学在胚胎发育、疾病发生发展中的生物学作用被逐步揭示。其中,DNA甲基化作为一种重要的表观遗传学修饰,在基因表达调控与染色质结构调节中具有重要作用。在哺乳动物细胞中,胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸(CpG)中胞嘧啶第5位碳原子甲基化(5mC)占99%,是最主要的甲基化类型。因此,本文关于配子和胚胎发育过程中的甲基化变化讨论也以5mC为主。

非小细胞肺癌血清8个抑癌基因启动子CpG岛甲基化的联合检测及意义

目的探讨非小细胞肺癌患者血清中8个抑癌基因启动子CpG岛甲基化的联合检测在诊断非小细胞肺癌患者中的意义,以期提高非小细胞肺癌早期无创检出率,提升治愈率。方法选取62例非小细胞肺癌患者设为肺癌组,选取30例肺部良性疾病患者作为对照组,选取16例健康者作为健康组,取3个组研究对象的血清采取癌基因测序法检测8种基因启动子区域甲基化情况,比较3个组研究对象的上述指标,分析上述指标的变化和3个组研究对象不同临床状态的相关性。结果肺组结肠腺瘤性息肉病基因(APC)、钙粘蛋白13(CDH 13)、死亡相关蛋白激酶基因(DAPK)、人类O6-甲基鸟嘌呤-DNA-甲基转移酶(MGMT)、RAS相关区域家族F2(RASSF2)、人类Runt相关转录因子3(RUNX3)、RAS相关区域家族1A(RASSF1A)和TMS1/ASC基因甲基化检出率均明显高于对照组,组间比较差异具有统计学意义(P<0.05),非小细胞肺癌患者血清中抑癌基因8个指标联合检测敏感性达到93.54%,特异性达到90.3%,敏感性明显高于所有单项检测和4个指标联合检测。结论 APC、CDH 13等8个抑癌基因异常甲基化状态的联合检测可以明显提高非小细胞肺癌患者抑癌基因甲基化的检出率。该8个基因异常甲基化有望成为非小细胞肺癌辅助诊断和预后判断的分子标记,并有可能成为非小细胞肺癌治疗的新靶点,从而提高临床对非小细胞肺癌患者的诊治水平。

DNA甲基化在非小细胞肺癌中的研究进展

在我国,非小细胞肺癌的发病率和病死率较高。目前,临床缺乏对非小细胞肺癌的早期筛查方法。DNA甲基化属表观遗传修饰,具有较高的特征性,广泛存在于非小细胞肺发生发展的各个阶段,对患者的血清、血浆、肺泡灌洗液、痰液等标本基因甲基化状态进行检测,可用于临床非小细胞肺癌的早期诊断。本文旨在综述DNA甲基化在非小细胞肺癌中的研究进展。

基于DNA甲基化探讨非药物疗法防治阿尔茨海默病的可能机制

目前阿尔茨海默病(AD)的病因病机尚未完全明确,DNA甲基化作为表观遗传学组成部分之一,其可能参与了AD的发病过程。目前AD的一线药物仅可缓解症状,疗效和安全性均有待考证,尚无药物能够阻止AD进展。非药物疗法具有多层面、多途径、多靶点的特点,在早期防治AD中发挥关键作用,DNA甲基化调控可能参与了包括中医针灸、经颅电刺激、高压氧疗、运动、饮食等在内的非药物疗法防治AD的过程,其可能的干预机制主要包括调节β淀粉样蛋白的生成、抑制Tau蛋白的磷酸化、维持线粒体的正常功能、影响小胶质细胞的活化、调节关键蛋白表达、促进神经元发生分化与突触发育等。

甲基化CpG岛扩增联合代表性差异分析方法在筛查人非小细胞肺癌组织中高甲基化修饰序列的应用

目的探讨甲基化CpG岛扩增联合代表性差异分析(MCA/RDA)方法在筛查人非小细胞肺癌(NSCLC)组织中高甲基化修饰序列的应用。方法以92对NSCLC和癌旁对照组织DNA为研究对象,应用MCA/RDA方法筛查肺癌组织DNA中高甲基化修饰的CpG岛序列。应用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)和甲基化特异性PCR(methylation-sensitive PCR,MSP)技术,分析胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP-4)基因启动子区CpG岛的甲基化修饰与基因表达的相关性。结果获得5个经Slot Blot验证在肺癌组织中高甲基化修饰的CpG岛序列(IGFBP-4、KLK10、ADAM23、GADD45G和DUOX1)。甲基化抑制剂5-aza-2'-deoxycytidine处理NSCLC细胞可明显上调IGFBP-4基因的表达。在41例(44.6%)癌组织中检测到IGFBP-4表达水平显著低于癌旁对照组织。47例(51.1%)癌组织检测到IGFBP-4高甲基化显著高于癌旁组织的检出率(16.3%,15/92;P<0.001)。IGFBP-4高甲基化与基因表达呈负相关(r=-0.396,P<0.001)。IGFBP-4高甲基化与TNM分期(P=0.013)和淋巴结转移(P=0.022)相关。结论应用MCA/RDA方法筛查到5个在NSCLC组织中高甲基化修饰的CpG岛序列,并证实IGFBP-4启动子区CpG岛的高甲基化可能通过抑制基因的表达参与了NSCLC的发生。

非小细胞肺癌患者丝氨酸羟甲基转移酶表达与CpG岛异常甲基化的相关性分析

目的探讨非小细胞肺癌患者丝氨酸羟甲基转移酶(SHMT2)与CpG岛甲基化的相关性。方法选取我院2015年5月至2018年3月期间非小细胞肺癌患者90例,病理癌组织纳入观察组,癌旁(距病灶2 cm)组织纳入对照组。采用酶联免疫吸附试验(ELISA)双抗夹心法测定SHMT2表达水平;采用CIMP评估CPG岛甲基化率。结果癌组织SHMT2水平显著高于癌旁组织SHMT2,差异有统计学意义(P<0.01)。癌组织CpG岛甲基化率CIMP水平显著高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.05)。SHMT2在Ⅰ/Ⅱ期的表达水平显著低于Ⅲ/Ⅳ期,差异有统计学意义(P<0.01)。SHMT2在N0期的表达水平显著低于N1/N2/N3期,差异有统计学意义(P<0.01)。结论非小细胞肺癌SHMT2表达高于癌旁组织;非小细胞肺癌CpG岛异常甲基化高于癌旁组织;CpG岛异常甲基化与SHMT2存在显著的相关性(P<0.01),非小细胞肺癌患者辅助去甲基化治疗可能会提高患者治疗效果。

抗凋亡基因bcl-2启动子CpG岛的高甲基化状态见于28.3%(13/46例)的膀胱癌患者尿沉淀细胞DNA

目的:检测上海地区膀胱癌患者尿沉淀细胞中3个肿瘤相关基因启动子CpG岛的甲基化谱式异常频率,继而评估其应用前景。方法:采用甲基化特异性PCR方法分析尿沉淀细胞DNA中DAPK1、bcl2和hTERT3个基因的启动子CpG岛甲基化状态,并通过RTPCR方法评估DAPK1基因在膀胱癌细胞系中的表达状态。结果:对膀胱癌细胞系中DAPK1基因的启动子CpG岛甲基化状态及其表达(mRNA水平上)所做的分析,确立了高甲基化状态与表达静息化之间的相关性。对46例临床确诊的膀胱癌患者和84例非膀胱癌对照(包括前46例术后的36例)的尿沉淀细胞中DNA甲基化的分析发现,仅bcl2基因的高甲基化见之于28.3%(13/46例)的膀胱癌患者,而84例的对照中均为去甲基化状态。结论:在美国膀胱癌患者尿沉淀细胞中频发DNA高甲基化的靶点在上海地区膀胱癌患者人群中频率很低,因此寻找在后者中频发DNA高甲基化的新靶点实属必要。

TFPI-2基因CpG岛甲基化与非小细胞肺癌浸润、转移的关系

目的探讨TFPI-2基因CpG岛甲基化状态与非小细胞肺癌浸润、转移的关系。方法收集60例份非小细胞肺癌组织及相应癌旁组织和10例份正常肺组织,采用MS-PCR法检测其中组织途径抑制因子2(TFPI-2)基因CpG岛甲基化状态,分析TFPI-2基因CpG岛甲基化状态与非小细胞肺癌患者临床病理特征的关系。结果TFPI-2基因在肺癌组织、癌旁组织的阳性率分别为38.3%、6.7%,二者比较,P=0.009。TFPI-2基因CpG岛甲基化状态与非小细胞肺癌患者临床分期、淋巴结转移有关(P=0.002)。结论 TFPI-2基因Gp G岛甲基化与非小细胞肺癌浸润、转移有关。

含有非甲基化CpG的双歧杆菌DNA对小鼠骨髓树突状细胞成熟的影响

目的:探讨双歧杆菌DNA对小鼠骨髓树突状细胞(BMDC)成熟的影响.方法:纯化提取双歧杆菌DNA,并鉴定DNA制品CpG基序甲基化程度;FACS检测BMDC的吞噬功能和表面标志分子,ELISA法检测BMDC分泌细胞因子水平,3H-TdR掺入法检测T淋巴细胞增殖能力.结果:双歧杆菌DNA诱导24 h后BMDC高表达Ia,CD40,CD86和CD11 c分子,明显增加IL-6,IL-12(p40),TNF-α的分泌,显著增强同种异体和自体T细胞增殖的能力.结论:双歧杆菌DNA能够促进BMDC成熟,增强BMDC的抗原提呈能力.

结直肠癌BRAF基因突变与CpG岛甲基化相关性的综述

CRC(结直肠癌)属于全球死亡率较高的一种癌症,在我国,此病发生人数不断增多,多数患者在确诊的时候,一般已经到了中期或者晚期阶段。针对CRC,其致病机制一般被分成分3种:即CIMP(CpG岛甲基化表型)、MSI(微卫星的不稳定性)、CIN(染色体的不稳定性)。以病理表现角度为基本出发点,针对CRC来说,其是因为管状腺瘤等等逐渐发展来的,而对于锯齿状腺瘤,其出现和CIMP等,具有一定的相关性,MSI和2者都有着一定的关系,属于有着独特临床意义的一种类型。因此,本文对CRCBRAF基因突变和CpG岛甲基化的相关性研究有着一定意义。

非小细胞肺癌CDH13及DAPK基因CpG岛甲基化的研究

目的探讨非小细胞肺癌患者抑癌基因CDH13及DAPK基因CpG岛甲基化情况及其临床意义。方法采用甲基化特异性-PCR方法检测40例非小细胞肺癌患者(肺癌组)和30例肺良性病变患者(肺良性病变组)的抑癌基因CDH13及DAPK的Cp G岛甲基化的情况。结果肺癌组织CDH13、DAPK基因CpG岛甲基化率分别为47.5%(19/40)、40.0%(16/40),癌旁组织分别为27.5%(11/40)、30.0%(12/40),肺良性病变组织均为0。癌组织、癌旁组织CDH13、DAPK的CpG岛甲基化率均明显高于良性病变组(P<0.05),但癌组织与癌旁组织间比较,差异无统计学意义(P>0.05)。鳞癌与腺癌组织CDH13、DAPK的CpG岛甲基化率比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。结论非小细胞肺癌组织存在CDH13、DAPK的CpG岛甲基化,其与非小细胞肺癌发生发展有着密切关系。

CpG岛甲基化表型及OPCML基因甲基化与肝细胞癌发生的关系

背景与目的:CpG岛甲基化表型(CpGislandmethylatorphenotype,CIMP)涉及到多个基因启动子同时甲基化,具有肿瘤特异性,与多种肿瘤的发生或预后相关,但有关肝癌CPG岛甲基化表型的研究罕见报道。OPCML(opioid-bindingprotein/celladhesionmolecule-like)基因目前多为针对上皮性卵巢癌的研究,被认为是卵巢癌的候选抑癌基因。本研究旨在探讨CIMP及OPCML基因与肝癌的发生是否有关。方法:运用甲基化特异性PCR方法检测50例肝细胞癌组织及48例癌旁组织中OPCML、p15、SOCS-1、GST-p、RAR-b、p16、p73、p14、MGMT和hMLH1基因的甲基化状况。结果:肝癌组织甲基化率普遍比相应癌旁组织甲基化率高:OPCML(70.0%vs.64.6%)、p15(58.0%vs.50.0%)、SOCS-1(78.0%vs.50.0%)、GST-p(56.0%vs.27.1%)、RAR-b(30.0%vs.6.3%)、p16(26.0%vs.14.6%)、p73(16.0%vs.0%)、p14(36.0%vs.27.1%)、MGMT(16.0%vs.10.4%)和hMLH1(18.0%vs.4.2%)。SOCS-1,GST-p,RAR-b,p16和p73基因甲基化率在肝癌组与癌旁组差异有显著性(P<0.05),其它基因两组之间的甲基化率差异无显著性。CIMP阳性组(同时具有≥3个位点甲基化)复发时间较早,1年无瘤生存率为18.2%,而CIMP阴性组(具有<3个位点甲基化)复发时间较晚,1年无瘤生存率为75.0%(P<0.05)。结论:肝癌中存在着CpG岛甲基化表型(CIMP),CIMP可作为肝癌患者预后判断的指标之一;OPCML基因甲基化可能在肝癌的发生中发挥重要的作用。