在活体小鼠中筛选lZP3基因RNAi有效靶位点的研究

ZP3作为精子结合的靶对象在卵母细胞受精中起着关键作用,也因此而成为研究哺乳动物受精机理的焦点。本研究参照新疆草原兔尾鼠卵透明带3(zonapellucida3geneofLaguruslagurus,lZP3)的mRNA,选择了针对lZP3mRNA的3个区域合成寡聚核苷酸连接到干扰载体pGenesil-1上,构建了3个针对lZP3mRNA的重组干扰载体,和pCDNA3-lZP3表达载体采用脂质体法共转染Hela细胞以及通过尾静脉大容量快速注射法(Hydrodynamics-basedtransfectionmethod,HD法)共注射小鼠,半定量RT-PCR和real-timePCR检测Hela细胞和小鼠肝脏中lZP3mRNA的表达情况,以筛选干扰lZP3mRNA的有效靶位点。结果表明,通过HD法共注射干扰载体和表达载体后,外源基因mRNA在小鼠肝脏中的表达和共转染Hela细胞后在Hela细胞中的表达情况是一致的,有2个干扰载体可以有效干扰lZP3mRNA的表达。研究还说明,利用HD法以小鼠作为实验材料筛选RNA干扰的有效靶位点是一条切实可行的方法。

谷子叶绿体乙酰辅酶A羧化酶cDNA的克隆和禾本科除草剂靶位点的序列分析

乙酰辅酶A羧化酶是一个生物素羧化酶，它所催化的反应是脂肪酸生物合成中的第一个关键步骤。禾本科植物叶绿体中的乙酰辅酶A羧化酶是两类禾本科除草剂的靶蛋白。从抗除草剂拿捕净和感拿捕净的谷子(Setaria italica Beauv．)中克隆了两个乙酰辅酶A羧化酶的全长cDNA，分别命名为foxACC-R和foxACC-S，它们推导的蛋白质均编码2321个氨基酸，然而在第l 780个氨基酸处，foxACC-R编码亮氨酸，而foxACC-S编码异亮氨酸。采用生物信息学方法，我们推断这个cDNA编码的是叶绿体中的乙酰辅酶A羧化酶，并预测了它的功能域和保守区。通过这两个cDNA编码的氨基酸序列与其他乙酰辅酶A羧化酶的序列比较得出结论，亮氨酸／异亮氨酸位点可能是．APPs和cHDs两类除草剂作用的关键位点。Southern杂交分析的结果显示，该基因在谷子基因组中只有一个拷贝。

宫颈癌相关miR-17-5p靶位点不同基因型检测分析

目的检测宫颈癌相关miR-17-5p靶位点的不同基因型,分析靶位点多态性对宫颈癌患病风险的影响。方法选择2014年6月至2016年6月汉中市中心医院收治的宫颈癌患者250例及同期体检健康女性250例,分别采集受试者血样,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)方法测定miR-17-5p的3个靶位点rs3741216、rs217727和rs2839702的基因型,应用SPSS 21.0在线软件计算基因多态性与宫颈癌患病风险的相关性。结果 3个候选单核苷酸多态性位点均符合Hardy-Weinberg平衡定律。在等位基因模型下,H19基因上的rs217727位点会显著增加宫颈癌的患病风险[OR=1.55,95%CI(1.21,2.32),P=0.001]。遗传模型分析显示,rs217727位点在最佳模型(显性模型)下,携带A/G和A/A基因型的个体宫颈癌患病风险显著增加,是携带G/G基因型的1.65倍[OR=1.65,95%CI(1.14,2.28),P=0.006]。结论 miR-17-5p靶位点rs217727的多态性与宫颈癌患病风险具有相关性,携带A/G和A/A基因型的个体宫颈癌患病风险显著增加。

端粒酶为靶位点进行肿瘤基因治疗的研究进展

端粒酶是迤今为止已知的最广谱的肿瘤标志物 ,鉴于该酶活性几乎在所有恶性肿瘤中均有表达 ,而且在肿瘤发生、发展过程中有重要作用 ,端粒酶已成为一种新的肿瘤基因治疗靶位点 。

肠道病毒71型基因组中小干扰RNA的靶位点预测

肠道病毒71型(EV71)已经在世界范围内有过十多次大的爆发与流行,近年来EV71病毒的流行在亚洲逐渐呈上升的趋势,但是目前尚无有效的治疗措施,因此迫切需要一种治疗EV71的有效药物。本文采用生物信息学的方法,对人类EV71病毒三个不同株型(SHZH03,SHZH98和MS)RNA序列的局域二级结构进行了预测,并从这些病毒株的基因组中分别得到了长度在21～25nt的小干扰RNA靶序列碱基片段。这一结果将有助于治疗EV71药物的开发研究,对预防和控制EV71的爆发和流行也会有重要意义。

Robo1基因miR-218靶位点序列克隆及其突变体构建

目的克隆Robo1基因3'UTR的miR-218靶位点区域序列并构建"seed"区位点突变体,以便进一步研究miR-218对Robo1基因的调控作用。方法通过targetscan 6.2对Robo1 3'UTR进行分析找出miR-218靶位点,根据NCBI GenBank中Robo1 mRNA序列设计引物,利用RT-PCR技术从人类细胞总RNA中对包含miR-218靶位点的序列进行克隆;并设计一对突变引物,通过重叠PCR法获得"seed"区点突变基因序列;通过双荧光报告基因检测miR-218对Robo1基因的调控。结果经测序验证,成功克隆了目的基因序列,并成功构建了"seed"区点突变体,并且通过报告基因检测发现miR-218对Robo1表达有显著抑制(P<0.05)。结论成功克隆了含有miR-218靶位点的Robo1 3'UTR基因序列及构建了"seed"区点突变体,并阐明miR-218直接作用于Robo1基因3'UTR区,为进一步研究miR-218对Robo1基因的转录后调控机制奠定了基础。

胃癌相关miRNA-21靶位点多态性分析

目的研究胃癌相关miRNA-21(miR-21)靶位点多态性与胃癌患病风险的相关性。方法选择2015年1月至2016年12月西安交通大学第一附属医院消化内科收治的符合入选条件的胃癌患者300例,以及体检中心的健康对照人群300例,分别采集血样。采用MassARRAY方法对miR-21的靶位点rs300574、rs4272、rs4728、rs11911、rs3744935、rs8708和rs7828的基因型进行测定,用SPSS 19.0软件统计分析其多态性与胃癌患病风险的相关性。结果采用χ2检验比较病例与对照组间各位点的等位基因频率差异,结果显示SPRY1基因上rs300574位点的等位基因"C"和Bcl-2基因上rs3744935位点的等位基因"T"与增加胃癌的患病风险具有相关性(P<0.05),而JAG1基因上rs8708位点的等位基因"C"与降低胃癌的患病风险具有相关性(P<0.05)。引入遗传模型后,结果显示在最佳模型-显性模型下,rs300574位点的T/C和C/C基因型与增加胃癌患病风险相关(OR=2.64,95%CI:1.73~4.02,P<0.000 1);rs3744935位点的C/T和T/T基因型也与增加胃癌患病风险相关(OR=1.58,95%CI:1.04~2.41,P=0.033);而rs8708位点的C/T和C/C基因型与降低胃癌患病风险具有相关性(OR=0.42,95%CI:0.28~0.63,P<0.000 1)。最后,单体型分析结果显示位于JAG1基因上的rs8708和rs7828两个位点具有强连锁关系,其构成的CA单体型与降低胃癌患病风险具有相关性(OR=0.18,95%CI:0.13~0.44,P<0.000 1)。结论miR-21靶位点rs300574、rs3744935和rs8708的多态性可能与胃癌的发生发展之间存在相关性。

基于深度学习的miRNA靶位点预测研究综述

MicroRNAs(miRNAs)是一类长约22~23碱基(nt)的单链非编码RNA,在生物进化方面有着重要意义。成熟的miRNA会通过其种子序列(5’第2-8位核苷酸)与message RNAs(mRNAs)的3’UTR区域靶位点进行完全或不完全配对,实现切割mRNA及抑制mRNA翻译等功能。由于miRNA结合mRNA靶位点的机制仍未明确,因此预测miRNA靶位点的工作一直是miRNA研究领域的一大挑战和难题。实验方法虽然准确,但耗时长且昂贵。在生物信息领域,基于规则匹配的常规计算方法虽然能进行靶位点的预测,但存在着准确率偏低的问题。随着深度学习的兴起及实验验证数据及具体靶位点信息的丰富,基于深度学习的方法成为了miRNA靶位点预测领域的研究热点。首先介绍了常用的miRNA预测数据集、预测类型和常见特征;之后对预测研究中常用的深度学习模型进行阐述;接着介绍了常规的预测方法及基于深度学习的预测方法,并对这些方法进行了分类总结和性能的对比分析;最后对使用深度学习的预测工作当前存在的问题及未来的发展进行了探讨。

锌指核酸酶切割脱靶位点的频率鉴定

锌指（zincfingers，ZFs）的结构像只一个指头，结合到不同的三字母核苷酸序列。通过将几个锌指串联在一起，再加入一个切割DNA的核酸酶，研究人员能够精确地导向将被切割的特异性基因，这种特异性为开发ZFN基因治疗提供可能。

RNA干扰在器官移植中的基因治疗靶位点

RNA干扰（RNAi）是指双链RNA（dsRNA）分子在mRNA水平关闭相应序列基因的表达或使其沉默的过程，是一种序列特异性的转录后基因沉默。RNAi广泛存在于生物界中，从低等原核生物到植物、真菌、无脊椎动物，甚至近来在哺乳动物中也发现了此种现象。鉴于RNAi技术的高效性和特异性，目前RNAi技术已广泛应用于基因组学、

碳代谢总体调控蛋白CRP对nifU启动子的抑制作用不依赖于该启动子上游CRP与NifA竞争的靶位点

在大肠杆菌中,碳代谢总体调控蛋白CRP抑制肺炎克氏杆菌nifU启动子的表达.序列分析表明,nifU启动子上游有一个CRP靶位点,且该位点与已知的NifA靶位点重合.体外凝胶阻滞实验结果表明,CRP对该位点的亲和性与对乳糖操纵子的CRP靶位点相似,说明在生理条件下,CRP可与NifA激活蛋白竞争该靶位点.该位点突变的体外凝胶阻滞实验结果表明,CRP不再与突变的nifU启动子结合.体内活性检测结果显示,在组成性表达NifA蛋白的激活下,CRP对上游CRP靶位点突变的nifU启动子依然有抑制作用,其程度与野生型启动子无明显差异.因此,CRP对nifU启动子的抑制作用不依赖于该启动子上游特异的CRP靶位点,暗示CRP与Eσ54RNA聚合酶间的直接相互作用在该抑制效应中起着主要作用.

miRNA靶位点多态性与大肠癌的研究进展

特异微小RNA(miRNA)的过度表达和沉默与大肠癌(colorectal cancer,CRC)的发生发展相关。目前发现,miRNA的调节作用同时受其靶位点多态性的影响,并参与了多种恶性肿瘤的演进。该文将就miRNA靶位点的多态性作为遗传标志物在肿瘤风险预警中的潜在作用作一综述,旨在为阐明CRC易感性和药物反应性个体差异提供新的解释。

足细胞是醛固酮作用的靶位点

越来越多的证据表明，阻断盐皮质激素受体可显著降低高血压患者的尿蛋白，但其确切的作用机制不明。日本学者研究了醛固酮对肾小球滤过屏障起关键作用的足细胞的影响来进一步对这一机制进行解释，研究结果发表在2007年第1期的Hypertension上。

点饱和突变技术及其在蛋白质工程中的应用

点饱和突变技术是蛋白质工程中的一门新兴技术,它通过对目的蛋白的编码基因进行改造,短时间内获取靶位点氨基酸分别被其它19种氨基酸替代的突变子。此技术不仅是蛋白质定向改造的强有力工具,而且是蛋白质结构-功能关系研究的重要手段。概述了几种常用点饱和突变技术,介绍和讨论了它在蛋白质工程中的应用状况,存在的问题,并展望了其应用前景。

靶向mdr1不同位点的siRNA对两种耐药细胞MDR的逆转效果

目的:探讨靶向mdr14个不同位点的siRNAs对胃癌耐药细胞SGC7901/VCR和人红白血病耐药细胞K562/A02的作用效果.方法:设计并体外转录合成4条靶向mdr1的siRNAs(mdr1si326、mdr1si1513、mdr1si2631及mdr1si3071),分别转染SGC7901/VCR细胞和K562/A02细胞,用RT-PCR和免疫组织化学检测mdr1mRNA与P-gp的表达,流式细胞仪检测细胞内阿霉素(ADR)的蓄积,MTT法检测细胞对阿霉素的敏感性.结果:4条siRNAs对人胃癌细胞SGC7901/VCRmdr1介导的MDR逆转效果由高到低依次为mdr1si326、mdr1si2631、mdr1si3071及mdr1si1513;对人红白血病细胞K562/A02mdr1介导的MDR逆转效果由高到低依次为mdr1si326、mdr1si2631、mdr1si3071及mdr1si1513.结论:4条siRNAs对SGC7901/VCR和K562/A02两种耐药细胞作用效果趋势相似.

miRNA与其靶mRNA的相互作用:绑定位点的质量与数量特征的整合计算分析(英文)

miRNAs通过完全或不完全的碱基互补绑定到信使RNA(mRNA)上,通过抑制翻译或者直接导致mRNA降解的方式来调节靶基因的表达.为了研究miRNAs在转录水平上面的调控作用,两种人类基因组中组织特异的miRNAs(miR-1和miR-124)被转染到HeLa细胞中,微阵列(microarray)分析转染前后细胞中各基因mRNA表达水平变化情况的结果表明:动物基因组中靶基因与miRNAs不完全的碱基互补也会导致mRNA的直接降解.通过分析实验得到的mRNA表达水平变化数据,发现这相同miRNA的不同靶基因mRNA表达水平的下调倍数有着明显的差别,推测这些靶基因mRNA序列本身存在某些影响其受调节程度的因素.为此,提取和分析这些靶基因mRNA的序列特征,通过对这些序列特征与mRNA表达水平下调数据进行统计相关分析,最终发现,miRNA靶基因受调节的程度与以下几个因素相关联:mRNA序列中miRNA靶位点的个数,靶位点与miRNA序列碱基互补的程度,以及绑定后形成二级结构的稳定程度(即最低自由能的大小).在此基础上,初步建立起一个多因子作用下的miRNA靶基因mRNA表达水平下调程度模型,分析表明:该模型在一定程度上可以反映了部分序列特征对于miRNA靶基因mRNA表达水平下调程度的影响.

鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异及其对miRNA结合位点的潜在效应

【目的】研究鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,并预测这些变异对miRNA结合位点的潜在效应。【方法】根据鸡Lpin1基因组序列(GenBank登录号:NC_006090)设计一对特异性引物,采用PCR直接测序结合克隆测序的方法,进行鸡Lpin1基因3′-UTR及其邻近外显子在品种间的遗传变异/单倍型分析【。结果】①从6个品种中发现了8个变异位点,包含两个插入/缺失变异。这些变异均位于鸡Lpin1基因的3′-UTR,3′-UTR的变异频率为17SNPs/kb;②在鸡Lpin1基因3′-UTR区域,从固始鸡、卢氏绿壳蛋鸡中分别检测到7个变异位点,未检测到河南斗鸡品种内的变异;③用次要等位基因频率≥5%的6个变异位点(g.11A>T,g.77C>G,g.108_109delinsG,g.110_111delinsG,g.270A>G和g.348G>T)进行单倍型的构建和分析,从6个品种鸡中共检测到6种单倍型,其中P1和P4单倍型是群体的优势单倍型,频率均大于30%,河南斗鸡仅包含一种单倍型;④g.77C>G变异可引起多个miRNA结合位点的增加/丢失。【结论】鸡Lpin1基因3′-UTR具有丰富的变异,3′-UTR变异位点/单倍型在品种间的分布存在明显的差异。

植物microRNA及其作用靶位的研究进展

microRNA(miRNA)是指真核生物中长度约21～5个核苷酸的小型内生的非编码RNA家族。它们能识别体内特定的mRNA,并在转录及转录后水平有调控基因的表现。microRNA在植物生长发育、代谢平衡、信号传导等很多方面具有必不可少的调节功能。主要对植物microRNA的特点、作用机制及其作用靶位的研究进展进行了综述。