微型反向重复转座元件(MITE)靶区域扩增多态性:一种基于MITE的分子标记方法在水稻及其他植物上的应用

利用根据水稻微型反向重复转座元件（miniature inverted repeat transposable element，MITE）序列设计的特异引物，以及靶区域扩增多态性（target region amplification polymorphism，TRAP）方法中的随机引物及扩增程序对不同的水稻材料进行PCR扩增来检测MITE侧翼为基因区域的多态性，称之为微型反向重复转座元件靶区域扩增多态性（MITE-TRAP）。每次扩增能产生1条或多条清晰条带，条带的大小为100～1500bp，可在1．5％的琼脂糖凝胶上分离，有较好的可重复性，并发现了不同水稻品种间的多态性条带。进一步用基于水稻预测的MITE序列设计的特异引物对来自棉花、番茄及拟南芥的DNA样品进行MITE-TRAP扩增，均能成功扩增出条带，显示这种方法可以直接在其他植物中应用。还进一步讨论了该方法的优点及其可能的应用。

药用植物厚朴TRAP标记的开发和利用

【目的】开发厚朴新型分子标记,分析广东乐昌龙山林场厚朴资源的亲缘关系,以方便后续进行厚朴优株选择和优良品种选育等研究工作。【方法】以14个由广东乐昌龙山林场种植的、种源来自江西省各地的药用植物厚朴为材料,根据GenBank中厚朴cDNA序列信息,利用NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov)上Primer BLAST工具设计厚朴靶区域扩增多态性(Target Region Amplified Polymorphism,TRAP)标记固定引物,与SRAP(Sequence Related Amplified Polymorphism)随机引物配对,扩增厚朴基因组DNA,开发厚朴TRAP标记。统计TRAP标记与厚朴SSR(Simple Sequence Repeat)标记扩增产物的电泳带型图谱,用NTSYSpc2.10e软件进行聚类分析,分析14个厚朴资源的遗传多样性及其亲缘关系。【结果】从14条固定引物与5条随机引物配组形成的70对引物中共开发出7个扩增产物电泳条带清晰、带型丰富、多态性好的厚朴TRAP标记;构建了厚朴资源的亲缘关系树状图,结果表明龙山林场厚朴资源遗传相似系数在0.75~0.88之间,母株与对应子代之间遗传相似系数并不是最高。【结论】厚朴群体内基因交流频繁,遗传多样性丰富,新开发的TRAP标记将为厚朴优株鉴别、优良品种选育、分子标记辅助选择等后续研究工作提供便利。