靶向捕获高通量测序技术在检测早期乳腺癌胚系突变中的应用价值

目的应用靶向捕获高通量测序技术探究早期乳腺癌患者血浆胚系突变情况与临床病理特征的相关性。方法选取99例早期乳腺癌女性患者,采用靶向捕获高通量测序技术对其血浆标本进行21个乳腺癌易感基因测序,对检测到的突变位点进行筛选和分类,并分析其与临床病理特征的相关性。结果有48例患者检测出18个基因的55个突变位点,其中包含45个错义突变、1个无义突变、8个插入缺失突变、1个剪切位点突变。突变最多的为BRCA基因,检测出10个突变位点。55个突变位点中有9个(16.4%)为致病性突变,4个(7.3%)为无害突变,42个(76.3%)为意义未明突变;其中15个突变位点在ExAC、ClinVar、dbSNP、HGMD数据库中均未提及。统计分析结果显示,致病性胚系突变在不同年龄组和增殖细胞核抗原(Ki67)阳性与否的比较中,差异有统计学意义(P=0.044、0.024);>40岁和Ki67阳性患者发生致病性突变的概率更高。结论靶向捕获高通量测序技术应用于早期乳腺癌易感基因的筛查有一定意义,为临床个体化治疗提供了理论基础和实验依据。

1007例新生儿听力筛查及耳聋基因测序结果分析

目的研究南宁市新生儿耳聋基因突变情况,评估新生儿听力筛查准确性,探讨突变位点与听力损失的关系。方法采用耳声发射和自动听性脑干诱发电位反应对出生于2016年1月-2018年12月的17000例新生儿进行听力初筛、复筛及确诊检查,针对GJB2、GJB3、SLC26A4基因对1007例听力初筛未通过的新生儿进行靶向捕获高通量测序,结合生物信息学分析,明确突变位点致病性。结果1007例初筛未过的新生儿中,确诊听力损失78例,355例(35.25%,355/1007)检出突变耳聋基因,其中237例检出12种“致病的”或“可能致病的”突变位点,78例检出新错义突变位点(GJB2:c.217C>A、c.316T>G、c.676G>T;SLC26A4:c.739T>C),13例听力确诊正常者检出11种非编码区突变。GJB2、GJB3、SLC26A4基因的突变携带率分别为1.75%、0.66%、0.36%。GJB2:c.79G>A和GJB3:c.357C>T、c.341A>G、c.608T>C的等位基因频率符合哈迪-温伯格遗传平衡定律,GJB2:c.79G>A(Z=3.082;P<0.01)、c.109G>A(Z=10.670;P<O.O1)和GJB3:c.357C>T(Z=2.902;P<0.01)、c.341A>G(Z=2.798;P<0.001)与听力损失的关联具有统计学意义。结论本研究证实GJB2 c.109G>A是南宁市新生儿携带率最高的耳聋基因突变位点。结合听力和基因检测是临床早期干预非综合征型听力损失更有效的策略。

靶向捕获测序鉴定先天性白内障的致病基因

目的探讨外显子靶向捕获结合高通量测序技术在先天性白内障基因诊断中的应用价值方法收集1个先天性白内障家系先证者外周血,提取基因组DNA,并制备基因组文库。用GenCap基因序列捕获技术靶向富集文库中28个先天性白内障已知致病基因的外显子并进行高通量测序。通过生物信息学分析筛选致病突变。用Sanger测序验证相应致病基因突变位点。结果高通量测序获得了712.29 Mb的原始数据,测序数据经过生物信息学分析,发现CRYAA基因突变位点c.145C>T,突变导致CRYAA 49位精氨酸残基突变为半胱氨酸残基。Sanger测序验证了高通量测序的结果。结论利用靶向捕获结合高通量测序技术可鉴定先天性白内障的致病基因突变,对先天性白内障的临床基因诊断具有潜在的应用价值。

先天性白内障致病基因EPHA2的筛查与鉴定

目的:应用新一代高通量测序技术研究一个连续三代都有患病的先天性白内障家系的致病基因。方法:采用已知候选基因靶向捕获富集的方法并结合二代测序技术,筛选出候选突变,应用Sanger测序对其进行验证及家系内的共分离检验,之后对其进行信息学预测。结果:该家系共七名患者,遗传方式符合常染色体显性遗传规律。靶向基因测序发现了EPHA2基因的一个杂合突变c.1532C>T,该变异造成EPHA2基因编码的跨膜蛋白受体氨基酸序列错义改变(p.T511M),信息学预测表明E-PHA2氨基酸511位在物种进化上保守且T511M突变引起蛋白质功能改变,Sanger测序结果表明该突变可信并且在先天性白内障家系内与疾病表型共分离。结论:EPHA2基因c.1532C>T(p.T511M)可能是本研究先天性白内障家系的致病突变。病基因。方法:采用已知候选基因靶向捕获富集的方法并结合二代测序技术,筛选出候选突变,应用Sanger测序对其进行验证及家系内的共分离检验,之后对其进行信息学预测。结果:该家系共七名患者,遗传方式符合常染色体显性遗传规律。靶向基因测序发现了EPHA2基因的一个杂合突变c.1532C>T,该变异造成EPHA2基因编码的跨膜蛋白受体氨基酸序列错义改变(p.T511M),信息学预测表明EPHA2氨基酸511位在物种进化上保守且T511M突变引起蛋白质功能改变,Sanger测序结果表明该突变可信并且在先天性白内障家系内与疾病表型共分离。结论:EPHA2基因c.1532C>T(p.T511M)可能是本研究先天性白内障家系的致病突变。