基于多重PCR靶向测序的烟草1.8K SNP育种液相芯片的开发与应用

本研究根据公开发表的烟草K326基因组和烟草430K SNP固相芯片检测数据,以7份种质两两组合之间每条染色体上20个多态标记为目标,基于多重PCR扩增的精准定位测序分型技术(mGPS,Genotyping by Pinpoint Sequencing of multiplex PCR products)开发出烟草1.8K育种液相芯片(YT1.8K.1)。利用该芯片对上述7份种质两两之间杂交的21个杂交组合进行基因分型检测,每个杂交组合之间的平均差异位点数为650个,能同时满足每个组合定向改良筛选高遗传背景回复率单株的需要。利用该芯片对23个烟草品种进行基因型分型检测和聚类分析,聚类分类结果与品种系谱基本吻合;利用该芯片从367个BC2F1群体中筛选出5个背景回复率高于94.96%的单株,高于理论均值87.5%,表明该育种芯片可应用于烟草种质资源聚类分析、定向改良育种的遗传背景筛选。

肾移植受体尿路感染临床特征及纳米孔靶向测序的应用价值

尿路感染(urinary tract infection,UTI)是肾移植术后常见并发症,发病率可达7.0%~80.0%^([1])。心脏死亡器官捐献(donation after circulatory death,DCD)供肾模式下,尿路感染(urinary tract infection,UTI)的发生风险显著高于活体肾移植。严重UTI会引起移植肾损伤,甚至导致移植肾失功,早期准确诊断和治疗对于改善患者预后非常关键。本文分析了近年来宁波市医疗中心李惠利医院DCD肾移植受体UTI的数据,探讨UTI在病原菌谱、耐药性、感染危险因素等方面的变化趋势,并探讨纳米孔靶向测序(nanopore targeted sequencing,NTS)的应用价值,现报道如下。

靶向测序综合分析诊断结核分枝杆菌合并多病原体感染肺炎1例

结核分枝杆菌是导致人类结核病最主要的病原体。常见的结核分枝杆菌检测方法主要有抗酸染色、罗氏培养法和γ干扰素释放试验,这些方法用于结核病的诊断耗时长且灵敏度较低,常常导致临床误诊、漏诊及治疗延误。近年来,结合多重聚合酶链反应(multiplex polymerase chain reaction,MPCR)扩增与高通量测序两种技术方法的靶向测序(targeted next-generation sequencing,tNGS)技术以其超广谱性、高灵敏度和高检出率等优点在临床检验领域受到越来越多关注,逐渐成为一种鉴定结核分枝杆菌的重要补充手段。本文报道了深圳市龙华区人民医院1例93岁男性重症肺炎患者,分析该患者治疗过程中的临床及影像学表现、病原体检测及诊疗过程,使用tNGS技术综合分析诊断,确诊为结核分枝杆菌合并多病原体混合感染,借此阐述tNGS在结核病早期诊断、混合感染识别及疾病监测和疗效评估中的潜在应用价值,提升临床对结核分枝杆菌鉴别诊断水平,同时提高临床医务工作者对于tNGS技术在感染性疾病病原鉴定中应用的认识。

病原体靶向测序技术在疑似肺部感染患者中的应用价值分析

目的 探讨病原体靶向测序(tNGS)技术在疑似肺部感染患者中的应用价值。方法 回顾性分析2021年1月-2023年7月湖北省第三人民医院呼吸与危重症医学科收治的80例疑似肺部感染患者的临床资料,所有患者均行支气管肺泡灌洗液(BALF)tNGS及常规病原学检测。分析患者人口学特征,比较t NGS与常规方法检测的病原体分布结果,并比较确诊肺部单一感染者与混合感染者的临床资料。结果 80例中,74例确诊感染。大部分感染者存在基础疾病,以慢性心脏疾病(42.5%)、慢性呼吸系统疾病(35.0%)和糖尿病(20.0%)为主。t NGS检测结果致35例患者(43.8%)的治疗策略改变。共检出45种病原体,其中tNGS检出病原体169株,常规方法检出病原体63株;两者联合检测出的病原体以细菌较多。tNGS检出的病原体株数排序:细菌>病毒>真菌>非典型病原体>人结核分枝杆菌。常规方法检出的病原体株数排序:真菌>病毒>细菌>非典型病原体>人结核分枝杆菌。两种方法检测结果的一致性较差(Kappa值0.172,P=0.020)。t NGS检出病原菌阳性比例及在细菌、病毒、非典型病原体的阳性检出率均明显高于常规方法(P<0.05),但在真菌、人结核分枝杆菌的阳性检出率与常规方法比较差异无统计学意义(P>0.05)。以临床诊断为金标准,tNGS检测的敏感度明显高于常规方法(P=0.026),而两者特异度比较差异无统计学意义(P>0.05)。在74例确诊肺部感染者中,6例无明确的病原体,单一感染者23例,混合感染者45例。在混合感染者中,常见的组合是细菌-病毒混合感染(12/45,26.7%)。混合感染者的病死率和住院天数均明显高于或长于单一感染者(P<0.05);两者性别、年龄、基础疾病、白细胞计数、中性粒细胞百分比等差异均无统计学意义(P>0.05)。结论 tNGS技术较常规方法的病原体检测敏感度高,尤其对细菌、病毒、非典型病原体及少见病原体更为敏感。此技术有利于识别混合感染,可作为临床常规病原学检测方法的补充。

高渗盐水雾化下痰呼吸道病原体靶向测序对难治性肺部感染微生物诊断价值的临床研究

目的探究高渗盐水雾化下痰呼吸道病原体靶向测序(tNGS)+痰普通病原学检测对难治性肺部感染微生物诊断价值。方法选择佛山市顺德区乐从医院2023年4月至2024年7月收治的难治性肺部感染患者50例为研究对象,按随机排列表法分为3组,对照组(n=16,痰普通病原学检测),观察A组(n=17,高渗盐水雾化+呼吸道病原体tNGS+痰普通病原学检测),观察B组(n=17,高渗盐水雾化+痰普通病原学检测),通过所获取的微生物学结果选择抗菌素治疗,观察患者的临床症状改变、生化指标的动态变化及胸部影像学病灶的吸收情况。结果观察A组和观察B组的发热、咳嗽、咳痰、肺部啰音消退时间均显著短于对照组,观察A组的发热、咳嗽消退时间均显著短于观察B组,差异有统计学意义(P<0.05)。治疗前,三组白细胞计数(WBC)、C反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)水平比较,差异无统计学意义(P>0.05);治疗后,观察A组和观察B组的WBC、CRP、PCT水平均显著低于对照组,观察A组的PCT、CRP、WBC水平均低于观察B组,差异有统计学意义(P<0.05)。三组治疗后PCT、CRP、WBC水平均显著低于治疗前,差异有统计学意义(P<0.05)。呼吸道病原体tNGS病原体菌种检测结果显示,细菌在病原体中占比最高,其中细菌中肺炎克雷伯菌占比最高,为11.76%(2/17),病毒中人类疱疹病毒占比最高,为17.65%(3/17),真菌中烟曲霉占比最高,为3.46%(1/17),其他病原体中结核分枝杆菌占比最高,为3.46%(1/17)。观察A组和观察B组的病灶吸收时间显著短于对照组,观察A组的病灶吸收时间显著短于观察B组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论高渗盐水雾化下痰呼吸道病原体tNGS对难治性肺部感染微生物病原体的识别和诊断精准,可进行针对治疗,明显改善预后,患者临床症状、感染指标改善,为难治性肺部感染的临床治疗提供更经济易行、有效的手段,建议推广。

靶向测序技术在临床中的运用

靶向测序技术在过去二十年得到迅猛发展,其在精准医疗领域已得到广泛的临床应用。本文详细讨论了靶向测序方法的技术方面,包括PCR富集、杂交捕获和选择性环化等,并深入分析了其在临床肿瘤学、产前筛查、遗传病、传染病和药物反应分析等方面的应用。此外,本文还着重指出了该领域面临的挑战和新兴趋势,如数据分析、成本效益和新靶向技术的发展。这篇文章提供了靶向测序技术在现代医学中的影响和潜力的详细概览。

肺泡灌洗液病原靶向测序(BALF tNGS)对肺结核患者的临床应用价值研究

探究肺泡灌洗液病原靶向测序(BALF tNGS)对肺结核患者的临床应用价值。选取黔西南布依族苗族自治州人民医院2022年10月—2023年11月收治的90例肺结核患者作为研究对象,收集患者的肺泡灌洗液(BALF),分别进行BALF tNGS及抗酸杆菌涂片检查。比较病原靶向测序与常规涂片检查的肺结核检出情况,包括灵敏度、特异度、阳性率及阳性结果一致性。结果显示,90例患者经病原靶向测序检出肺结核患者82例,抗酸染色检查检出肺结核患者60例。BALF tNGS与抗酸染色涂片检查相比,其灵敏度为96.77%(60/62),特异度为21.43%(6/28);BALF tNGS病原体阳性率高于抗酸杆菌涂片检查,差异有统计学意义(P<0.05)。研究发现,BALF tNGS技术不仅可以检测到不同株系的肺结核病原体,还可以对其耐药性进行分析,为制订个体化治疗方案提供重要依据。

靶向测序基因型检测(GBTS)技术及其应用

借助于分子标记进行基因型检测的技术在生物遗传改良等领域发挥着重要的作用。国际跨国种业公司凭借其高通量、自动化、大规模的共享检测平台,基因型检测技术得到广泛应用。随着从3G时代的高成本固相芯片和随机测序式基因型检测(genotyping by sequencing,GBS)发展到成本低、对检测平台要求较低、基于靶向测序基因型检测(genotyping by target sequencing,GBTS)的液相芯片,基因型检测技术完成了向4G时代的转变。在本文中首先介绍了两项最新的GBTS技术(基于多重PCR的GenoPlexs和基于液相探针捕获的GenoBaits)及其原理。同时,发展了可以在单个扩增子内检测多个SNP,称之为多聚单核苷酸多态性(multiple single-nucleotide-polymorphism cluster,mSNP或multiple dispersed nucleotide polymorphism,MNP)的技术,极大地提高了目标位点(扩增子)内变异的检测效率。与GBS和固相芯片相比,GBTS技术具有平台广适性、标记灵活性、检测高效性、信息可加性、支撑便捷性和应用广谱性。同一款标记集(例如玉米40K mSNP),可以获得3种不同的标记形式(40K mSNP、260K SNP和754K单倍型);并可以根据应用场景的需求,通过控制测序深度获得多种不同的标记密度(1-40K mSNP)。GenoPlexs和GenoBaits 2种技术相结合,可广泛应用于生物进化、遗传图谱构建、基因定位克隆、标记性状关联检测(全基因组关联分析——GWAS和混合样本分析——BSA)、后裔鉴定、基因渐渗、基因累加、品种权保护、品种质量监测、转基因成分/基因编辑/伴生生物检测等领域。目前,已经在20余种主要农作物、蔬菜以及部分动物和微生物中开发了GBTS标记50余套,并已广泛应用于上述领域。最后,展望了与未来GBTS应用相关的几个问题,包括便携式、自动化、高通量、智能化检测平台;根据用户需求定制的可变密度、多功能分子检测;GBTS与其他技术(KASP、高密度芯片、BSA策略等)的整合;基于资源共享的开源育种等。这些将推动GBTS技术在动物、植物和微生物遗传改良等领域的广泛应用。

靶向测序在疑诊髓系肿瘤患者中的临床应用

目的:探讨靶向基因测序在疑似髓系肿瘤患者中的临床意义。方法:对南京医科大学附属淮安第一医院血液科自2018年1月至2019年4月收治的39例疑似髓系肿瘤的血细胞减少患者进行骨髓增生异常综合征(MDS)常见的20个热点基因测序。结果:39例患者包括7例意义未明特发性血细胞减少症(ICUS),8例意义未明克隆性血细胞减少症(CCUS)和24例髓系肿瘤患者(MDS 18例,MDS/MPN 4例,急性髓系白血病2例)。70.8%(17/24)髓系肿瘤患者基因突变阳性;72.7%(16/22)MDS及MDS/MPN患者突变阳性。突变类型以ASXL1、TET2和RUNX1为主,与基因阴性组对比,两组之间的性别、年龄(<60岁或≥60岁)、骨髓原始细胞比例(<5%或≥5%)、细胞遗传学(好、中、差)均无显著统计学差异(P>0.05)。8例CCUS患者均为基因突变阳性,然而双突变或多突变的发生率较MDS及MDS/MPN患者显著降低(37.5%vs 54.5%)(P=0.002)。两组的基因突变类型相似,变异等位基因频率无统计学差异(P>0.05)。结论:靶向测序提示髓系肿瘤患者基因双突变或多突变的比例较高,尤其是MDS及MDS/MPN患者。靶向测序可以提高髓系肿瘤的诊断水平,指导临床治疗。

应用新一代半导体靶向测序技术检测枫糖尿症致病基因突变的研究

目的应用Ion Torrent半导体靶向测序技术检测1例枫糖尿症(MSUD)患儿的致病基因突变,明确其致病突变,并探讨该技术用于复杂单基因病检测的可行性。方法采集患儿外周血,提取基因组DNA,经多重PCR扩增富集目的基因片段,构建平均片段大小为300bp左右的文库,经乳液PCR及磁珠颗粒富集,最后采用318半导体测序芯片进行高通量测序,应用Ion Torrent Suite v3.0软件进行数据提取、序列比对及SNPs和Indels提取,再用dbSNP 137数据库过滤得到SNPs和Indels,可疑突变经Sanger法测序验证。结果检出患儿1个新发错义点突变并通过Sanger测序验证,突变是BCKDHB基因第6外显子的NM183050:c.586C>T(p.His196Tyr)。结论 Ion Torrent半导体靶向测序技术可对复杂单基因遗传病进行快速、准确地基因诊断。

血浆游离DNA甲基化靶向测序在结直肠癌中的应用价值

目的检测结直肠癌(CRC)患者血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)的甲基化水平,并分析其临床应用价值。方法收集38例大连大学附属新华医院就诊的CRC患者(Ⅰ~Ⅲ期)及38例体检健康者的血液标本,采用化学发光法检测血清癌胚抗原(CEA)水平;提取CRC组及体检健康者血浆cfDNA,行高通量甲基化靶向测序检测,计算甲基化评分,并分析其与CRC患者临床病理参数的关系;ROC曲线评估cfDNA和CEA单独及联合检测筛查CRC的临床价值。结果与健康人对照组相比,CRC组cfDNA浓度差异无统计学意义(34.41±5.00 vs 36.59±4.46,t=0.326,P=0.745),而cfDNA甲基化评分显著升高(0.53±0.27 vs 0.26±0.18,t=6.134,P<0.001)。伴有淋巴结转移的CRC患者cfDNA甲基化阳性率较无淋巴结转移者显著升高(88.9%vs 60%,χ^(2)=4.323,P=0.038),但在不同性别、年龄、肿瘤位置分组中的差异均无统计学意义(P均>0.05)。ROC曲线分析结果显示,cfDNA甲基化检测筛查CRC的ROC曲线下面积(AUC_(ROC))为0.892(95%CI:0.814~0.970),血清CEA为0.810(95%CI:0.707~0.909),二者联合检测的AUC_(ROC)为0.930(95%CI:0.8674~0.9967)。cfDNA甲基化检测的敏感性为84.21%,特异性为86.84%(cut-off值为0.2805);CEA单独检测的敏感性为42.1%,特异性为97.3%(cut-off值为4.0 ng/mL);二者联合检测的敏感性显著升高(89.47%),特异性为91.89%,准确性为90.67%。结论血浆cfDNA甲基化检测在CRC筛查中的敏感性和特异性较高,并且与淋巴结转移相关,具有较好的临床应用价值。

宏基因组靶向测序分析皮肤表面微生物群落方法优化

通过实验设计和数据分析,筛选出尽可能真实反映含量较低的皮肤微生物群落的高通量测序分析方法。使用多因素多水平完全随机实验设计,分析DNA提取、PCR扩增、样品采集、测序过程中各种实验因素对微生物群落组成特征分析结果的影响。结果显示,在样品采集方面,筛选出了最佳的采集拭子与采集液体;在DNA提取方面,筛选出了最佳的前处理方法及试剂盒种类;在PCR反应方面,筛选出了最佳的模板浓度及退火温度;在测序方面,筛选出了合适的测序深度。通过一系列的实验条件筛选,确定了适合分析低含量细菌群落结构组成特征的方法,并成功地应用于人类手掌面皮肤。

基于捕获法的靶向测序技术在弥漫大B细胞淋巴瘤IgH基因重排检测中的应用价值

目的探讨基于捕获法的靶向测序技术在弥漫大B细胞淋巴瘤IgH基因克隆性重排检测中的应用价值。方法收集2020年3月~2022年1月苏州大学附属第一医院送检的DLBCL标本99例,提取患者基因组DNA,使用基于捕获法的靶向测序技术进行IgH基因克隆性重排检测。结果27.3%(27/99)患者检测到IgH基因完全IgHV-IgHD-IgHJ重排,50.5%(50/99)患者检测到IgH基因不完全IgHD-IgHJ重排,IgH基因克隆性重排联合检出率为66.7%(66/99)。27例患者检测到32种IgHV-IgHD-IgHJ重排,50例患者检测到52种IgHD-IgHJ重排,在IgHV-IgHD-IgHJ重排中,IgHV3、IgHD3和IgHJ4家族基因的取用频率最高,在IgHD-IgHJ重排中,IgHD3和IgHJ4家族基因的取用频率最高。3例患者捕获到未知IgH基因融合伴侣,其中2例为MIR4507-IgH融合,1例为IRF8-IgH融合。结论基于捕获法的靶向测序技术不仅可以检测IgH基因克隆性重排具体方式,还能发现IgH基因未知融合伴侣,对DLBCL诊断及个体化治疗策略制定具有重要意义。

二代靶向测序在CRISPR/Cas9靶区筛选中的应用性研究

旨在利用二代靶向测序技术比较不同靶区对CRISPR/Cas9基因编辑结局的影响,为该技术应用过程中的靶区筛选提供技术参考。本研究进行如下试验:1)以小鼠Pyk2基因为研究对象,针对其第一外显子区设计3个靶区,通过打靶质粒构建、细胞转染及转染细胞DNA二代靶向测序等手段发现,不同靶区总体的基因编辑(Indels)效率相差较大(site1:32.0%;site2:7.9%;site3:69.5%),编辑修复的偏好性也存在较大区别;而对于同一靶区,总编辑效率在2组试验重复中较为稳定(site1:31.8%vs 32.3%;site2:7.4%vs 8.4%;site3:71.3%vs 67.8%),编辑的偏好性也相对一致;2)针对上述筛出的最佳靶区site1,通过sgRNA与Cas9体外转录、小鼠胚胎显微注射和移植及子代的基因型鉴定等手段,结果发现,上述靶区的基因编辑偏好性在基因编辑动物生产中也得到证实;3)利用上述得到的site1靶区插入一个碱基的突变小鼠,在原靶区位置设计与site1仅相差一个碱基的sgRNA。通过突变小鼠基因组PCR和Cas9酶体外切割试验发现,靶区切割位点单碱基的插入就对该靶区编辑的效率产生显著影响(49.2%vs 0%)。综上所述,靶区选择对CRISPR/Cas9基因编辑的结局影响显著,通过二代靶向测序可以有效筛选CRISPR-Cas9基因编辑靶区,并在模式动物生产过程中也获得较好的结果。此外,针对靶区切割位点的单个碱基插入对基因编辑效率影响显著。

增强子预测及靶向测序技术研究进展

增强子在传统上被定义为不依赖转录方向及与目标启动子的相对位置来调控一个或多个基因转录的基因组顺式调控序列,其活性对生长发育、基因表达多样性、进化及人类疾病发生起到关键的调控作用,因此,了解增强子的功能特性不仅有利于理解基因表达的时空特异性,也有助于最终揭示细胞分化、物种进化及非编码区域变异导致疾病等关键的生物学问题。随着高通量测序技术的快速发展,增强子的预测鉴定、识别及功能注释的方法和工具也呈现出多样性,包括序列基序分析、转录因子和辅因子的体内结合位点、特征染色质和组蛋白修饰、大规模并行增强子分析,以及CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)相关技术。文章就高通量测序技术在全基因组水平上利用调节因子结合位点、染色质可接近性、组蛋白修饰、增强子与启动子的相互作用、增强子RNAs(eRNAs)和体外荧光素酶等技术对增强子鉴定、识别、预测的6种方法进行了综述,并就如何利用基因编辑技术靶向研究增强子进行了详细阐述,最后展望了全基因组水平上的增强子研究和个体研究增强子的作用,并详细描述了靶向预测增强子的方法,比较了每种方法的优势和局限性,为深入开展该领域的研究工作提供参考。

基于靶向测序技术的菜豆SNP液相芯片开发及验证

根据公开发表的菜豆基因组和重测序数据,利用生物信息学的方法筛选出61950个高质量SNP位点,通过对目标位点进行探针设计评估,最终设计开发出分别包含40352、20855和10486个SNP位点的40K、20K和10K液相芯片。利用10K液相芯片,对89份菜豆品种进行靶向测序基因分型检测,结果显示菜豆的平均多态性信息含量值和基因多样性值分别为0.35和0.29。STRUCTURE和聚类分析将89份菜豆划分为2个品种群,该分类结果显示同一地域的菜豆品种遗传背景和果实性状大都较为相似。基于选择信号分析,共鉴定到103个处于强烈选择状态的区域,这些区域中的位点可为后续功能基因研究提供候选。

基于纳米孔靶向全基因测序技术的新冠肺炎病例快速鉴定研究

目的探索快速识别新型冠状病毒的方法,为新冠肺炎防控提供技术支撑。方法分别运用基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C和基于二代测序技术平台Ion Torrent S5的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)靶向全基因组测序技术对1例境外输入新冠肺炎确诊病例进行基因组测序。使用artic-ncov2019软件、CLC Genomics Workbench(Version 21.0)软件和DNAstar软件等进行数据处理和分析。结果基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C和基于二代测序技术平台Ion Torrent S5分别在7 h和30 h左右获得SARS-CoV-2全基因组数据,分别为29848bp和29801bp,两者共同29801bp数据部分同源性100%,经分析为新冠病毒B.1.1.7变异株。结论在对该病例样本的全基因测序中,基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C的SARS-CoV-2靶向全基因组测序技术将检测周期缩短至7 h左右,能够实现快速、准确地对SARS-CoV-2进行实时测序。

用于多重PCR甲基化靶向测序的比对软件性能评估

多重PCR甲基化靶向测序数据尚缺乏针对性的比对软件。本研究评估了9种比对方案在处理多重PCR甲基化靶向测序数据时的性能,包括平均CPU运行时间、平均最大内存、平均比对率、F1分数、平均比对速率、比对未通过率和差异甲基化位点,以及比对率受亚硫酸氢盐转化率和测序错误率的影响。本研究建立了打分系统以综合评价比对方案的优劣,结果显示,排名前三的方案依次为Bismarkbwt2(8.098分)、BWA-meth(7.846分)和Bismarkbwt1(7.840分)。这三个方案的F1分数均为1.000,且在不同亚硫酸氢盐转化率和测序错误率下的比对率表现最优。此外,Bismarkbwt2还对应最多的差异甲基化位点和最低的比对未通过率,并在平均最大内存和平均比对率两项指标上表现良好。因此,本研究推荐Bowtie2模式下的Bismark作为后续搭建多重PCR甲基化靶向测序生物信息学分析流程的比对软件。

靶向测序技术检测下生殖道细胞学标本确认子宫内膜癌基因突变的潜在价值

目的探讨下生殖道细胞学标本用于检测子宫内膜癌突变的可行性及适用于中国女性的靶向基因集。方法本研究纳入子宫内膜癌患者34例,采用靶向测序检测下生殖道脱落细胞标本(脱落细胞组)和子宫内膜癌组织(肿瘤组织组)中的突变。脱落细胞组包括患者经阴道自取和医生在宫颈取样的标本。比较不同采样方法检出突变的一致性。根据致病突变频率结合文献调研选取靶向基因集。结果脱落细胞组和肿瘤组织组突变检出率分别为93.55%(29/31)和100%(34/34),突变检出的Kappa一致性为0.860。脱落细胞组致病突变检出率(54.84%,17/31)低于肿瘤组织组(85.29%,29/34),差异有统计学意义(P=0.007)。医生取样的标本合格率(85.29%,29/34)高于阴道自取(52.94%,18/34),差异有统计学意义(P=0.004),两者的突变检出率和致病突变检出率差异均无统计学意义(P=0.731和P=0.474)。PIK3CA、PETN、TP53、ARID1A、CTNNB1、KRAS、MTOR和NF1这8个基因累计在医生取样和阴道自取样的致病突变率分别为93.75%和100.00%。结论下生殖道细胞学标本可用于检测子宫内膜癌突变,其中PIK3CA、PETN、TP53、ARID1A、CTNNB1、KRAS、MTOR和NF1可构建在中国女性中具有高突变检出率的靶向基因集。

病原体靶向测序技术识别肺炎支原体肺炎及混合感染的价值

目的探讨病原体靶向测序(tNGS)技术识别肺炎支原体肺炎(MPP)及混合感染的价值。方法本研究为回顾性队列研究,选取2022年2月至2024年7月湖北省第三人民医院呼吸与危重症医学科确诊为MPP且行支气管肺泡灌洗液tNGS技术的102例患者,男48例,女54例,年龄38.00(27.00,61.00)岁,年龄范围为14~88岁。比较tNGS与常规方法诊断MPP及发现混合感染价值。根据是否存在混合感染,分为单一感染组(n=54)和混合感染组(n=48),比较两组临床特点,分析混合感染的独立预测因素并建立预测模型,分析该模型预测价值。结果混合感染组呼吸困难占比[31.3%(15/48)]、发热时间[3.0(2.0,5.0)d]、住院时间[8.00(7.00,9.75)d]、肺实变占比[47.9%(23/48)]、胸腔积液占比[12.5%(6/48)]高于单一感染组[14.8%(8/54)、3.0(0,4.0)d、7.00(6.00,8.00)d、25.9%(15/54)、1.9%(1/54)];混合感染组咽拭子肺炎支原体(MP)-DNA阳性率[35.4%(17/48)]低于单一感染组[72.2%(39/54)];混合感染组患者的丙氨酸转氨酶[ALT,27.95(17.63,42.20)U/L]、天冬氨酸转氨酶[AST,25.55(16.73,32.33)U/L]、C-反应蛋白[45.60(25.03,71.80)mg/L]、降钙素原水平[0.09(0.05,0.14)g/L]高于单一感染组[17.10(12.95,25.05)U/L、18.45(15.40,26.00)U/L、36.78(14.71,46.83)mg/L、0.06(0.04,0.12)g/L];tNGS技术诊断灵敏度(93.14%)高于常规方法[MP-免疫球蛋白M(MP-IgM)联合咽拭子MP-DNA检测,68.63%];tNGS技术检出混合感染病原菌[42.2%(43/102)]高于常规方法[15.7%(16/102)],差异均有统计学意义(P<0.05)。呼吸困难(OR=0.182,95%CI:0.055~0.609)、发热时间(OR=1.026,95%CI:1.026~1.654)、C-反应蛋白(OR=1.014,95%CI:1.001~1.027)、ALT(OR=1.057,95%CI:1.011~1.104)为诊断是否存在混合感染的独立预测因素(P<0.05)。预测模型为Logit(P)=1.350-1.701X 1+0.264X 2+0.014X 3+0.055X 4(X 1为呼吸困难,X 2为发热时间,X 3为C-反应蛋白,X 4为谷丙转氨酶)。该模型曲线下面积值为0.804,灵敏度为81.3%、特异度为70.4%。结论tNGS既可以发现混合感染,也可以提高MPP诊断阳性率,可根据预测模型来进一步分析混合感染的发生概率,从而辅助指导临床治疗。