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基于非数据依赖的鞘脂菌蛋白质组学分析方法的建立 被引量:1
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作者 窦玥 熊为亮 +1 位作者 梁如冰 侯敬丽 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期2630-2651,共22页
【背景】鞘脂菌是一类可高效降解以菲为代表的多环芳烃有机污染物的菌株,其在环境污染治理及生物技术领域具有广阔的应用前景。【目的】为了优化测试方法,获得更完整的鞘脂菌Sphingobium yanoikuyae SJTF-8在菲胁迫下表达差异的蛋白。... 【背景】鞘脂菌是一类可高效降解以菲为代表的多环芳烃有机污染物的菌株,其在环境污染治理及生物技术领域具有广阔的应用前景。【目的】为了优化测试方法,获得更完整的鞘脂菌Sphingobium yanoikuyae SJTF-8在菲胁迫下表达差异的蛋白。【方法】利用数据依赖型及数据非依赖型两种蛋白质组学数据采集方法,比较了鞘脂菌SJTF-8在菲胁迫下蛋白质水平的表达变化。【结果】两种技术方法下共得到580个表达差异蛋白,这些蛋白在细胞代谢、转运和调控等方面发挥一定功能。【结论】数据非依赖性采集(data-independent acquisition,DIA)技术在重复性以及低丰度蛋白的检测上明显好于数据依赖型采集(datadependentacquisition,DDA)技术,因此,DIA在实际可用的表达差异蛋白检出方面具备明显优势,为发现菲胁迫下细胞诱导表达的低丰度调控蛋白提供帮助。 展开更多
关键词 数据非依赖性质谱采集方法 数据依赖型质谱采集方法 鞘脂菌
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Structural Determination of Three Sphingolipids from Two Marine-derived Mangrove Endophytic Fungal Strains 被引量:1
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作者 朱峰 陈光英 林永成 《Marine Science Bulletin》 CAS 2007年第1期20-25,共6页
A set of three sphingolipids, N-2′-hydroxyplmitoyl-1-O-β-D-glucopyranosyl-9-methyl-4E, 8E-sphingadiene (A), N-2′-hydroxyl-3′E-octadecenoyl-1-O-β-D-glucopyranosyl-9-methyl-4E, 8E-sphingediene (B) and N-palmito... A set of three sphingolipids, N-2′-hydroxyplmitoyl-1-O-β-D-glucopyranosyl-9-methyl-4E, 8E-sphingadiene (A), N-2′-hydroxyl-3′E-octadecenoyl-1-O-β-D-glucopyranosyl-9-methyl-4E, 8E-sphingediene (B) and N-palmitoyldihydrosphingosine (C), were isolated from two marine-derived mangrove endophytic fungal strains (strains No. 1924 and 3893) from the South China Sea. Their structures were elucidated by 2D NMR and FABMS methods. It is the first time that these sphingolipids were separated and obtained from marine-derived mangrove endophytic fungus from the South China Sea. 展开更多
关键词 marine fungus METABOLITE SPHINGOLIPID
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3-PBA降解菌BA3的降解特性及基因工程菌构建 被引量:14
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作者 段晓芹 郑金伟 +3 位作者 张隽 杭宝建 何健 李顺鹏 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第1期240-246,共7页
从石油污染土壤中分离到1株能以3-苯氧基苯甲酸(3-PBA)为唯一碳源生长的细菌,命名为BA3.根据其生理生化特征和16S rDNA序列相似性分析,将该菌鉴定为鞘脂菌属(Sphingobium sp.).该菌株在60 h内对100 mg.L-1的3-苯氧基苯甲酸的降解率达到9... 从石油污染土壤中分离到1株能以3-苯氧基苯甲酸(3-PBA)为唯一碳源生长的细菌,命名为BA3.根据其生理生化特征和16S rDNA序列相似性分析,将该菌鉴定为鞘脂菌属(Sphingobium sp.).该菌株在60 h内对100 mg.L-1的3-苯氧基苯甲酸的降解率达到99%.降解3-苯氧基苯甲酸的最适温度为30℃,pH值为7.0,降解速率与初始接种量呈正相关.拟除虫菊酯类杀虫剂水解酶基因pytH为本实验室克隆到的一个新的菊酯水解酶基因,通过PCR从菊酯降解菌株JZ-2总DNA扩增了pytH,将pytH定向克隆到pBBRMCS-5载体上,构建重组质粒pPYTH,在辅助质粒pRK600的帮助下,通过三亲接合将pPYTH转移到3-PBA降解菌株Sphingobium sp.BA3中,获得工程菌Sphingobium sp.BA3-pytH;甲氰菊酯的降解实验表明,菌株JZ-2在48 h内对50 mg.L-1的甲氰菊酯降解率仅为60%左右,工程菌BA3-pytH相同条件下对50 mg.L-1的甲氰菊酯降解率达到95%以上,同时对甲氰菊酯的降解中间产物3-PBA也能较快降解,不会对菊酯的降解产生反馈抑制.工程菌BA3-pytH因其对甲氰菊酯和其降解中间产物3-PBA的快速降解能力,比原始菌株JZ-2在菊酯污染土壤生物修复应用中更具有优势. 展开更多
关键词 3-苯氧基苯甲酸 生物降解 鞘脂菌 菊酯水解酶基因 基因工程
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Sphingobium sp. MEA3-1对苯酚的降解特性及降解途径研究 被引量:1
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作者 程豪杰 侯颖 +3 位作者 卫晓博 李盛前 秦翠丽 徐建强 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期315-324,共10页
鞘脂菌(Sphingobium)MEA3-1是本课题组前期分离到的一株2,6-甲乙基苯胺高效降解菌,因发现其还能降解苯酚等多种芳香烃化合物,本研究遂对其降解苯酚的特性和途径进行了探究。结果表明:该菌株可以苯酚为唯一碳源生长,其降解苯酚的最适温度... 鞘脂菌(Sphingobium)MEA3-1是本课题组前期分离到的一株2,6-甲乙基苯胺高效降解菌,因发现其还能降解苯酚等多种芳香烃化合物,本研究遂对其降解苯酚的特性和途径进行了探究。结果表明:该菌株可以苯酚为唯一碳源生长,其降解苯酚的最适温度和pH值分别为30℃和6.0;在添加Zn^(2+)或Fe^(3+)条件下,该菌株可在3 d内将100 mg/L的苯酚降解93%以上。利用紫外分光光度计检测到MEA3-1粗酶液具有苯酚羟化酶和邻苯二酚1,2-双加氧酶活性,说明是通过邻位裂解途径降解苯酚的。以MEA3-1的总DNA为模板,成功扩增到1个933 bp的邻苯二酚2,3-双加氧基因(C23O)和大小分别为891 bp和894 bp的2个邻苯二酚1,2-双加氧酶基因(C12O-1和C12O-2),实现了其在大肠杆菌的表达,并验证了C23O和C12O-2的功能。本研究为利用鞘脂菌MEA3-1进行苯酚降解和进一步揭示其降解芳香烃化合物的机理提供了基础。 展开更多
关键词 鞘脂菌MEA3-1 苯酚 降解特性 降解途径
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