一个BMD家族基因短串联重复顺序多态性分析

目的:在一个一代发病的Becker型肌营养不良家系中进行等位片段长度多态性分析,识别患者,携带者及正常后代不同的单体型。方法:用多重聚合酶链反应方法扩增Dystrophin基因外显子,检测有无外显子缺失,用聚合酶链反应方法扩增位于Dystrophin基因内含子的短串联重复顺序(STR44,STR45,STR49,STR50),所得产物进行等位片段长度多态性分析。结果:先证者第17,19及45号外显子缺失,STR44,STR45位点等位片段缺失,先证者之母相应位点为半合子,为缺失携带者,先证者之姐得到来自其父母的两组正常单体型。结论:短串联重复顺序多态性分析方法可以准确而迅速地区分正常及风险单体型。

重复DNA顺序pRRD9在稻属中的拷贝数测定

本文应用狭缝印渍杂交方法,把水稻基因组总DNA和含水稻中度重复顺序片段的质粒(pRRD9)DNA分别转移到尼龙膜上形成狭缝印渍、然后用^(32)P标记的 pRRD9插入片段进行杂交、根据各狭缝印渍的放射性强度,测定水稻(Oryza)一些栽培种和野生种基因组中重复DNA顺序的拷贝数,并就拷贝数与水稻进化关系及基因组型的联系进行讨论.

水稻重复DNA顺序克隆pRRD3的研究

用ＤＮＡ复性动力学方法克隆到一个水稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．）中度重复ＤＮＡ顺序。不同限制性内切酶消化和Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交分析显示，这段重复ＤＮＡ顺序以串联加散布的形式存在于水稻基因组中；序列分析表明在它内部含有一个典型的植物启动子序列ＴＧＴＡＴＡＡＡＴＡ；以ｐＲＲＤ３克隆片段作探针，对水稻３４个品种进行拷贝数测定，在野生稻与栽培稻、籼稻与粳稻之间均存在拷贝数上的明显差异；对ＡＡ基因组不同亚型水稻ＤＮＡ进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交分析，得到基因组亚型特异的杂交带谱，说明该重复顺序是研究水稻进化和分类的一个有用探针。

一些水稻的重复DNA顺序在稻属和其它禾本科植物中的多态性

重复DNA顺序是真核生物基因组的特征,很多重复DNA顺序已从小麦、拟南芥菜、燕麦、水稻、玉米等植物的基因组中克隆出来,还发现有一些重复DNA顺序具有基因组特异性,用它们作探针可以分析同属或同科物种的起源和亲缘关系,并建立系统进化树。小卫星DNA或微小卫星DNA所产生的指纹图谱可作为一种遗传学标志来研究系统进化、染色体的精细结构和物种的鉴定。一些中度重复DNA序列还可以作为组织培养株系和细胞杂交筛选的分子标志。稻属已发现并定名的有22个种,根据杂交亲和性、细胞遗传学和生理生化等将它分为6个二倍体组型(AA、BB、CC、DD、EE和FF)和2个四倍体组型(BBCC和CCDD)。现多把禾本科分作5个亚科:竹亚科、稻亚科、早熟禾亚科。

紫云英根瘤菌基因组中存在有类似IS因子的DNA重复顺序

在紫云英根瘤菌(Rhizobium astragali)的基因组中存在有DNA重复顺序(RSRa)。它在Ra159的基因组中重复4～5次,其中一个拷贝位于nifH基因的上游。以1.25kbPvul片段作探针,在其他紫云英根瘤菌菌株及豌豆根瘤菌RI PRE中也都检测到与RSRa同源的DNA片段。序列测定的结果表明RSRa其结构类似于IS因子,具有原核插入顺序的一些特点。RSRa全长1468bp,在RSRa的两个末端具有反向重复顺序,RSRa中有一个大的开放阅读框架(ORF)。由ORF推定的蛋白与大肠杆菌插入顺序IS903推定的转座酶有较高的同源性。

大鼠高重复顺序DNA的核苷酸顺序分析及其与灵长类类α-DNA顺序的比较

啮齿目动物高重复顺序DNA的结构特征,虽已有人进行过分析,并提出大鼠DNA中有酶切位点分布独特的高重复顺序,也有人认为在Sprague-Dawlay大鼠中有类似于α-DNA大小的高重复顺序,并命名为α型(α-type),是否大鼠中也含有类α顺序,并没有人讨论过。我们对Wistar大鼠高重复顺序DNA进行了分离、纯化、分子克隆及核苷酸序列分析,测定了全序列为370bp,它也是具有酶切点分布独特的高重复顺序,但与前者存在着18％的差异性。我们对此顺序与灵长类类α-DNA进行了比较分析,发现二者在几方面都不存在相似之处,如此序列G-C含量占全部碱基组成的37.3％,而类α顺序的G-C含量约在40％以上,一些酶切位点也与类α-DNA完全不相同,另外在此序列的相应位置上也不具有灵长类类α-DNA的三个“冷点区”等等,由此得出大鼠这一高重复顺序并非类α顺序,而类α顺序只是灵长类动物所特有的。

非洲绿猴肾细胞株AGMr(HindⅢ)-1高度重复顺序的克隆及初步应用

从非洲绿猴肾细胞株分离高度重复顺序AGMr（HindⅢ）－1基因，以pUC18质粒为载体构建重组质粒pUC18／AGMr（HindⅢ）－1，转化E．coliJM83。酶切分析、SouthernBlot分析和序列分析均证明克隆成功，但所用的第165代Vero细胞株与另一非洲绿猴肾BSC－1细胞株的序列相比较，172个碱基中有6个位点突变。用该重组质粒作探针，对Vero细胞培养的狂犬疫苗作SouthernBlot分析表明，未经纯化的半成品中残余细胞DNA长度约400～5000bp。斑点杂交分析表明，杂交特异性良好，残余细胞DNA最小检出量约4pg。提示AGMr（HindⅢ）－1高度重复顺序可特异地应用于Vero细胞残余DNA检测。

达乌尔黄鼠高度重复顺序DNA的分子克隆

采用限制性内切酶消化的方法发现达乌尔黄鼠基因组中存在着HindⅢ家族卫星DNA,其单体大小约为350bp,命名为CDa(HindⅢ)-1片段。以α-^(32)P标记的这种片段与经HindⅢ部分消化的基因组DNA进行Southern印迹杂交,杂交图谱显示出典型的从单体到多聚体分布的“梯状”区带,证明CDa(HandⅢ)-1片段是前后串接式重复的卫星DNA.将CDa(HindⅢ)-1片段重组到炉P^(BR)322的HindⅢ位点上,筛选出的重组质粒命名为pCdaS1-8.克隆的CDa(HindⅢ)-1片段与十种限制性内切酶消化的基因组DNA进行Southern印迹杂交,结果HindⅢ,HinfⅠ,TaqⅡ,BglⅡ,EcoRⅠ和AluⅠ六种酶切DNA的杂交图谱都出现了相似的“梯状”区带,表明多种限制性内切酶切割产生的卫星DNA具有相关的顺序,因此在CDa(HindⅢ)-1片段中存在着HinfⅠ,TaqⅠ,BglⅡ,EcoRⅠ和AluⅠ的酶切位点。

一种能表现水稻基因组DNA分化特征的重复DNA顺序

用ＤＮＡ 复性动力学方法克隆到一个水稻中度重复顺序。Ｓｏｕｔｈｅｒｎ 杂交、限制性内切酶分析及序列分析资料表明，该重复顺序在水稻基因组中具有串联重复和散布状态两种存在方式。以该ＤＮＡ 片段作探针，用Ｓｏｕｔｈｅｒｎ 杂交方法分析了多种野生稻种和栽培稻品种的基因组分化特征。某些限制性内切酶消化过的水稻ＤＮＡ，其图谱呈现出多达４０ 条以上的杂交带，包括强杂交带和弱杂交带两种类型。重复实验结果证明，强杂交带表现为ＢＢＣＣ染色体组型特异而弱带则在栽培稻各品种间显示出丰富的多态性。

刺猬高重复顺序DNA的分子克隆及核苷酸顺序分析

为了分析比较食虫目高重复顺序的结构特征,我们将食虫目动物刺猬的高重复顺序DNA进行了分离、纯化、分子克隆,并测出了1186bp的核苷酸顺序。经分析发现在碱基组成上它与食虫目另一动物臭鼩有许多相似之处,如:G-C碱基对与A-T碱基对在整个片段中分布很不均衡;片段内部含有许多连续多次重复的短片段等,很可能为食虫目动物所特有。

懒猴高重复顺序DNA的核苷酸顺序分析及其与类α-DNA顺序的比较

为确知懒猴高重复顺序与灵长类类α顺序间的相互关系,我们将懒猴DNA经EcoRI酶切所得到的高重复顺序DNA的最小片段重组到质粒pUC^(12)上,经转化、筛选、鉴定得到含有懒猴高重复顺序片段的克隆,命名为pLS(EcoR Ⅰ)-1,测定其全部核苷酸顺序为641bp,发现该顺序有与类α顺序的相似性,但变异性较大,我们对此进行了讨论。

真核细胞重复顺序DNA研究的一些进展

本文从如下几方面介绍了真核细胞重复顺序DNA结构功能研究的一些进展:(1)串联重复顺序是构成基因多态性的分子基础,基因多态性分析已用于家系分析;(2)一些短的重复顺序如LTR上具有转录调节信号,对基因表达起调控作用;(3)一些重复顺序的表达,与细胞生长分化有一定的相关性;(4)重复顺序在种属演化中具有一定的意义。

一种有效时间数据跟踪技术

针对现实中的有效时间数据，提出了一种基于关系型数据库理论的禁止顺序重复的有效时间数据表，并在此基础上实现了对事物发展的跟踪。

高等植物线粒体基因组研究新进展

与其它真核生物相比，高等植物线粒体基因组不仅在大小，组织结构．基因组成和表达，RNA编辑等方面具有突出特点，而且线粒体基因组与核基因组之间存在着广泛的信息交流线粒体基因组作为一个半自主性的遗传系统，其组织结构的雏持和生理功能的发挥受到核基因组的调控作用，本文就这些方面的研究进展作了简要评述．

用二核苷酸简单串联重复顺序多态位点进行中国人个体鉴别

为建立二核苷酸简单串联重复顺序（ＳＴＲ）多态位点个体鉴别技术系统，应用６个位于不同染色体呈共显性传递的二核苷酸ＳＴＥ多态位点进行中国汉族人个体鉴别研究，这６个位点是Ｄ１Ｓ１０３、Ｄ４Ｓ１７５、Ｄ５Ｓ１０７、Ｄ１９Ｓ４９、Ｄ６Ｓ８９及Ｄ９Ｓ５８。结果显示：（１）６个ＳＴＲ位点基因型数１４～３９个，等位片段数０～２０个；（２）杂合度观察值及估测值分别为０．６５～０．９１及０．６３～０．９３．多态信息含量０．５９～０．９０；（３）６个位点均符合Ｈａｒｄｙ－Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡；（４）６个位点１５次配对分析中，未见非随机关联；（５）６个位点的亲子关系排除概率０．９９；（６）普通群体中两个无亲缘关系随机个体间６个位点基因型完全一致的概率在１．７×１０－１２～９．２×１０－３３间。结果表明，应用这六个二核苷酸ＳＴＲ位点适于亦足以在中国汉族人中进行个体鉴别．故将此检测及数据处理系统，命名为ＤＮＡ身份号码。

应用PCR进行水稻染色体末端区域作图

利用RAPD引物介寻的不对称复性温度PCR的方法（RM－PCR），发展了一种基于端粒重复序列的新型分子标记。并在一个籼粳杂交来源（窄叶青8号×京系17）的水稻双单倍体群体中进行了端粒重复相关顺序的遗传定位。在23个定位位点中，有12个定位在水稻8个染色体臂的最远端，并将所在染色体分别向外延长了7．7～22．6cM。其中有些可能是定位在亚端粒区。有5个位点被定位在着丝粒区，另外6个位点定位于染色体内其他区域。

3号染色体短臂末端两个大片段基因组区域的基因分布与GC含量分析

运用鸟枪法测序技术 ,得到了位于 3p2 5 1和 3p2 6 1区域、大小分别为 32 8kb和 75 3kb的 2个基因组片段 ,分析各片段的GC含量及重复顺序的分布特征 ,并研究不同区域内的基因分布密度。结果表明 :位于 3p2 5 1区域的32 8kb片段具有较高的GC含量 ,在此区域内蛋白编码基因分布密度较高 ,而位于 3p2 6 1区域的 75 3kb片段平均GC含量较低 ,并且是基因贫乏区域。同时发现 :GC rich的SINE类重复顺序在GC含量较高的区域有较高的覆盖率 ,相反AT rich的LINE类重复顺序在GC较低的区域分布较多 。

DMD基因第50和51号内含子中的短段串联重复顺序研究

为了研究ＤＭＤ基因缺失的基因结构特点，对ＤＭＤ基因第５０和５１号内含子的人基因组ＤＮＡ３．１ｋｂ－ＨｉｎｄⅢ片段的全顺序进行了测定并用计算机分析了序列特点。该ＤＮＡ片段的长度为３１７９ｂｐ，包含了第５１号外显子的全部和第５０和５１号内含子的部分。在第５０和５１号内含子中发现３６个短段串联重复顺序，其出现的频率为１．１％，比平均值要高。提出了短段串连重复顺序可通过滑动反应和非平衡性的互换导致第５１号外显子缺失的假设。

紫云英根瘤菌nifH基因的结构及其上游区重复顺序的存在

在自然界有为数众多的原核生物具有固定分子氮的能力。这个过程是由固氮酶复合物即组分Ⅰ(钼铁蛋白)和组分Ⅱ(铁蛋白)催化进行的。编码组分Ⅰ的基因称nifD、nifK,编码组分Ⅱ的基因称nifH。以肺炎克氏杆菌(Klebsiella pneumonioe)nifHDK作为探针与不同来源的自生或共生固氮菌的DNA杂交试验表明固氮酶结构基因具较高的同源性。

转位因子和物种形成

叙述了各类生物的转位因子及其分类、转位机制———转位因子的重组和整合、转位因子与宿主的关系及其进化意义。转位因子与居群动态、选择和遗传漂变等密切相关， 它可以使宿主获得新的机能， 同时也可从宿主中丢失， 甚至使居群或物种绝灭。转位因子可作为宿主的调节顺序， 增强子或抑制子、启动子， 使假基因变为真基因， 并能调节和影响减数分裂染色体的交叉过程和基因重组， 异染色质区域的分布， 促使染色体断裂， 进而影响染色体的结构。不仅有转位因子的垂直转移， 还存在着水平转移。转位因子与物种形成之间的关系， 在基因组免疫、基因组结构不相容和基因组重新组合等机制作用下， 转位因子不仅为配后生殖隔离， 而且还能为配前生殖隔离提供基础， 导致物种形成和宗系进化。