组织因子基因的顺式调节元件

人组织因子(TF)基因位于1p21-22,启动子区有2个AP-1位点、1个κB样位点、5个Spl位点及3个Egr-1位点。其中TF的基础表达与5个Spl位点均有关;血清反应元件与近端3个Spl位点和3个Egr-1位点有关;切应力反应元件与近端3个Spl位点有关;缺氧反应元件与3个Egr-1位点有关;脂多糖反应元件与2个AP-1位点和1个κB位点相关;PMA反应元件与2个AP-1位点、κB位点、近端3个Spl位点和3个Egr-1位点均有关。

在DF1鸡胚成纤维细胞过表达KLF2对鸡PPARγ和C/EBPα启动子活性的调控

目的研究过表达Krüppel样因子2(KLF2)对鸡过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)和CCAAT/增强子结合蛋白α(C/EBPα)启动子活性的影响。方法以DF1鸡胚成纤维细胞为材料,通过细胞培养和荧光素酶报告基因技术研究过表达KLF2对鸡PPARγ基因6个不同长度启动子和鸡C/EBPα基因5个不同长度启动子活性的影响。结果过表达KLF2显著抑制鸡PPARγ启动子(-1978/-82、-1513/-82、-1254/-82和-1019/-82)的活性,但对PPARγ启动子(-513/-82和-320/-82)的活性无显著影响。过表达KLF2对PPARγ启动子(-1513/-82和-1254/-82)活性的抑制能力显著强于对PPARγ启动子(-1978/-82和-1019/-82)活性的抑制能力。过表达KLF2抑制C/EBPα启动子(-1863/+332)活性,促进C/EBPα启动子(-1318/+332、-891/+332、-538/+332和-123/+332)的活性,并且过表达KLF2对C/EBPα启动子(-1318/+332、-891/+332、-538/+332和-123/+332)活性的促进能力无显著差异。结论过表达KLF2对鸡不同长度PPARγ启动子和C/EBPα启动子的调控作用不完全相同。

低氧诱导促红细胞生成素基因表达的机制

低氧能够促进EPO基因表达。在EPO基因 3’ 端存在有低氧诱导增强子 ,而在 5’ 端旁侧序列上含有多种转录因子的结合位点。在低氧条件下 ,这些顺式调节元件与细胞核内反式作用因子特异性结合后 ,相互协调作用 ,增强EPO基因表达。

植物基因环境效应启动子

植物的生长发育受到光照、温度、水分及氧等环境因素的影响。根据对不同环境的响应,植物基因的启动子主要可以分为光效应启动子、温度效应启动子和水效应启动子。在这些启动子中,除了含有基本启动子外,还存在一些特异的顺式调节元件,这些顺式调节元件在基因的特异表达中发挥重要作用。

基于CRISPR-Cas9的筛选文库的类型与应用

文库筛选技术广泛应用于生命科学研究各领域,加速了生物医药基础科研和临床实践的进展。本文对基于CRISPR-Cas9的文库类型和应用进行综述。CRISPR-Cas9文库包括敲除、活化和抑制文库。敲除文库通过Cas9/sgRNA靶向切割DNA序列,产生移码突变进行基因敲除。活化文库包括两种:一种是dCas9/sgRNA与转录活化蛋白质融合,例如dCas9-SAM,dCas9-SunTag和dCas9-VPR系统;另一种是dCas9与表观遗传修饰酶融合,例如d Cas9-Tet1和d Cas9-p300系统。CRISPR-Cas9抑制文库通过dCas9与表观遗传修饰蛋白质融合,抑制转录,例如d Cas9-KRAB和d Cas9-Dnmt3a系统。目前,CRISPR-Cas9文库广泛用于功能基因筛选、药物靶点和耐药靶点筛选、病毒靶点筛选和揭示信号通路,并在基因互作筛选及揭示顺式调节元件功能等方面初步展现其优势。CRISPR-Cas9文库优势在于其设计灵活、操作便捷、筛选高效。伴随基因编辑系统的研发,新的筛选文库靶向性和突变将更加精准,应用将更加拓展和深化。基于CRISPR-Cas9筛选文库不仅可以筛选病理和生理过程中的关键基因和非编码DNA,还可以揭示其发挥功能的分子机制,是剖析生命复杂调控网络的手术刀。