上尿路尿路上皮癌预后分子的研究进展

上尿路尿路上皮癌(upper tract urothelial carcinoma,UTUC)是一种在西方国家相对少见的肿瘤,约占尿路上皮癌的5%,而UTUC在中国的发病率远高于西方国家。近年来对UTUC预后分子的研究有较大的进展,包括Ki-67,P53和HER-2等在肿瘤病理实践中被广泛应用的分子,还有不少有应用前景的膜受体和信号转导分子,以及一些近期较热门的分子,如PD-1和PDL-1等。

前列腺癌诊断/预后和耐药分子标志物的筛选及其临床意义

目的:基于已发表的芯片数据通过生物信息学方法筛选差异表达基因,以发现前列腺癌诊断/预后和耐药相关分子标志物。方法:筛选GEO数据库中已发表的前列腺癌m RNA芯片数据GSE6956和前列腺癌细胞多烯紫杉醇耐药m RNA芯片数据GSE33455进行差异表达分析;通过生物学功能注释、基因通路富集分析、蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)分析等生物信息学方法发现和识别与差异表达基因相关的生物学功能和信号通路;比对TCGA数据库,验证差异表达基因在前列腺癌组织及癌旁组织中的表达,并通过Kaplan-Meier分析差异表达基因对前列腺癌患者生存率的影响;用q PCR方法验证差异表达基因在前列腺癌细胞株PC3及多烯紫杉醇耐药细胞PC3-DTX中的表达情况。结果:共筛选出227个在前列腺癌和前列腺癌多烯紫杉醇耐药细胞芯片数据中共同差异表达基因。差异表达基因主要富集到了癌症相关通路(Lysosome、Sphingolipid、Fox O、Acute myeloid leukemia),并主要参与细胞黏附、自噬和胞内蛋白转运等生物学过程。构建PPI网络选取18个连接度最高的基因作为Hub基因。Hub基因和共同差异表达基因中,上调基因CITED2、LRP12和RPL17-C18orf32与前列腺癌患者的不良预后显著相关。q PCR验证显示CITED2在多烯紫杉醇耐药细胞PC3-DTX中高表达。结论:通过生物信息学方法筛选出在前列腺癌组织和耐药细胞中共同差异表达,且与前列腺癌患者的不良预后密切相关的基因,为前列腺癌诊断/预后和耐药分子标志物的研究提供了新的思路。

骨髓增生异常综合征分子生物学预后标志研究进展

骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndrome MDS)是一组有着广泛临床特点和疾病转归的克隆性造血干细胞疾病。疾病危险度的评估对准确预测患者预后起着重要作用。1997年国际预后评分系统(International Prognostic Scoring System,IPSS)制定使其成为评估MDS危险度的标准工具,后续的模型在其基础上得以补充改进。最近,多个研究团队使用二代测序技术在多数MDS病人中发现了基因突变,研究证明它们有独立的预后意义,能补充完善MDS的预后模型。然而,突变信息分析复杂,目前应用到临床还有困难。尽管有诸多限制,二代测序能更准确的评估MDS病人预后,提高对MDS病人的诊疗水平,未来在临床上有更广泛的应用。本文就MDS目前的预后模型、分子生物学事件作为学术的预后标志及其优缺点进行综述。

宫颈癌样本中核转运蛋白IPO7表达及其在患者预后评估中的作用

目的探讨核转运蛋白(IPO7)在宫颈癌中的表达及其作为患者预后分子标志物的临床价值。方法收集2017年3月至2019年3月间于该院接受根治性子宫切除和盆腔淋巴结清扫的114例FIGOⅠB-ⅡA期宫颈癌患者的手术标本。通过免疫组织化学染色对宫颈癌组织中核转运蛋白IPO7表达进行分析,并根据表达水平将患者分为高、低表达组。评估IPO7表达与宫颈癌临床病理特征及总体生存(OS)的关系。采用单、多变量Cox回归模型进一步明确IPO7表达对宫颈癌患者OS的独立预测价值。结果核转运蛋白IPO7主要表达于细胞核或细胞膜,在114例宫颈癌组织中的阳性表达率为51.8%(59/114)。IPO7高表达组患者盆腔淋巴结转移(37.1%vs.17.3%,χ^(2)=5.485,P=0.019)和淋巴血管间隙侵犯(21.0%vs.7.7%,χ^(2)=3.928,P=0.047)比例较低表达组更加频繁,FIGOⅡA期的比例明显更高(54.8%vs.23.1%,χ^(2)=11.853,P=0.001)。生存分析结果表明,IPO7高表达患者5年OS率低于低表达患者(χ^(2)=6.206,P=0.013)。此外,单、多变量Cox回归分析发现,IPO7高表达和FIGO分期是ⅠB-ⅡA期宫颈癌患者预后不佳的独立预测因素,其风险比分别是2.814(95%CI:1.044~7.588,P=0.041)和2.660(95%CI:1.081~6.548,P=0.033)。结论核转运蛋白IPO7在宫颈癌中的高表达与侵袭性肿瘤特征及患者不良预后相关,有望成为宫颈癌预后评估与治疗的潜在分子标志。

尿液肾损伤分子1:预测梗阻性肾病肾脏预后的生物学标志物

目的:探讨尿液肾损伤分子1(uKIM-1)、尿中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白分子(uNGAL)在梗阻性肾病所致急性肾损伤(AKI)诊断中的价值,评价其在预测肾脏预后中的价值。方法:收集30例梗阻性肾病患者解除梗阻前后不同时相的尿液标本,应用ELISA方法检测uKIM-1、uNGAL水平,进行分析、比较。随访1年,评估uKIM-1、uNGAL在梗阻性肾病肾脏预后判断中的应用价值。结果:发生AKI的患者uKIM-1和uNGAL水平显著升高,uKIM-1、uNGAL与血清肌酐成正相关,曲线下面积(AUC)分别为0.943和0.900。肾脏预后差的患者术后72h uKIM-1水平显著升高。ROC曲线分析uKIM-1在肾脏预后判断中的AUC为0.912,敏感度85.7%,特异度84.6%。Kaplan-Meier生存曲线分析示出现术后72h尿KIM-1>156.00 pg/(mg·Cr),与不良预后呈明显相关性。结论:uKIM-1、uNGAL对诊断梗阻性肾病所致AKI有较高的准确性,术后72h uKIM-1有助梗阻性肾病肾脏预后的判断。

癌:基因的静态——新的前列腺癌预后分子

科学家们找到了一个基因，它能够通过关闭其他基因而促进前列腺癌的扩散。这个结果也许能作为一个生物标志（biomarker）来帮助医生们确定哪些患者需要进行最强化的治疗。

肝细胞肝癌潜在预后分子标志物筛选

目的探讨肝细胞肝癌相关基因及潜在的可能致病机制,并筛选判断预后的分子标志物。方法在GEO数据库中下载数据集GSE76297,并挑选其中肝细胞肝癌病例。用R语言统计分析差异表达基因(DEGs)并构建其蛋白互作网络(PPI)导入STRING数据库。使用Cytoscape软件对DEGs进行模块分析,并对这些模块进行功能途径富集分析。使用CytoHubba中的12种算法计算出现频率最高的核心基因。在TCGA上验证核心基因对肝细胞肝癌患者总生存期(OS)的预测价值。进一步采用qPCR和蛋白质印迹法分别检测肝细胞肝癌组织和正常肝组织样本差异表达的基因定量水平。结果 R语言统计分析得到总共752个DEGs,包括247个上调基因及505个下调基因,功能富集分析主要有肿瘤通路和肿瘤转录失调等。Cytoscape分析得到包括356个点和2 697个连接的PPI网络,并得到两个具有显著意义的模块,功能富集分析主要在M期和外源性药物分解过程等方面。出现频率最高的核心基因分别为TOP2A、ACACA、CDK1和FOXM1,OS分析提示其对肝细胞肝癌患者的预后均具有显著预测价值。qPCR和蛋白质印迹法定量分析发现,肝细胞肝癌组织中TOP2A、ACACA、CDK1、FOXM1表达水平均显著高于正常肝组织,P<0.05。结论 TOP2A、ACACA、CDK1和FOXM1可以作为肝细胞肝癌患者生存预后的潜在生物分子标记物。

伴CD5表达的原发性弥漫大B细胞淋巴瘤患者的临床及预后特征分析

目的分析CD5阳性的原发性弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者的临床特点及预后因素。方法分析476例DLBCL患者的CD5表达情况,对患者临床特征、预后生存进行统计学分析。结果(1)476例DLBCL患者中,CD5阳性者34例(7.1%)为CD5阳性组,按照1∶2比例随机选取68例CD5阴性DLBCL患者作为CD5阴性组。CD5阳性组女性居多(占67.6%,P=0.012),中位发病年龄64.2(56.5~84.3)岁(P=0.019)。(2)CD5阳性组外周血CD4^+CD25^+Treg细胞水平较高(P=0.026)、血清乳酸脱氢酶(LDH)水平也较高(P=0.033)、初诊更易伴有骨髓侵犯(P=0.018),且两组在结外受累发生率、AnnArbor分期、美国东部肿瘤协作组(ECOG)评分、国际预后指数(IPI)评分之间的差异均有统计学意义(P<0.05)。两组Hans分型之间的差异无统计学意义(P=0.645)。(3)CD5阳性组治疗总反应率低于CD5阴性组(P=0.034),5年总生存(OS)和无复发生存(RFS)率低于CD5阴性组(5年OS:55.9%vs76.5%,P=0.033;5年RFS:47.1%vs67.6%,P=0.045)。(4)34例CD5阳性患者均进行了分子预后因素P53、Myc、Bcl-2、Ki-67的免疫组化检测,CD5阳性组Bcl-2阳性率高于CD5阴性组(P=0.025),CD5伴其他分子标志阳性组5年OS和RFS率均低于单纯CD5阳性组,但差异均无统计学意义(5年OS:50.0%vs64.3%,P=0.409;5年RFS:45.0%vs57.1%,P=0.486)。(5)单因素分析结果显示CD4^+CD25^+Treg细胞水平高、Hans分型non-GCB型、ECOG评分≥2分、IPI评分中高危、AnnArbor分期Ⅲ~Ⅳ期、结外受累、骨髓侵犯、获得缓解均与CD5阳性DLCBL患者5年OS率有关,其中获得缓解是有利因素,其他均为不利因素(P均<0.05)。结论CD5阳性DLBCL患者多见于老年女性,初诊易伴有骨髓侵犯,生存劣于CD5阴性者,non-GCB型者可能预后不良。

基于生物信息学的肝细胞癌预后模型的构建

为探讨肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)对肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)患者预后的影响,从the Cancer Genome Atlas数据库下载357例HCC样本进行生物信息学分析.结果显示:在HCC患者中,C>T变异、错义突变及TP53基因突变频率最高;TMB与患者预后呈负相关(P<0.05).功能分析表明,差异基因富集于细胞外基质组织形成和硫化合物代谢途径(P<0.05).基于SFRP4、IL7R、FBLN2、COLEC10和CHGA基因,构建了HCC预后预测模型.结果表明,高危组患者1年、3年和5年预后较差(P<0.001).

USP10在弥漫大B细胞淋巴瘤中的表达及生物信息学分析

目的探讨泛素特异性蛋白酶10(ubiquitin-specifi c protease 10,USP10)蛋白及其m RNA在人弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)与淋巴结反应性增生(reactive lymph node hyperplasia,RLH)中的表达及其临床意义。方法选取70例人DLBCL及70例RLH组织,采用组织芯片和免疫组织化学染色检测USP10的蛋白表达,分析其与DLBCL分子亚型及DLBCL预后相关分子之间的关系,并采用GEO数据库分析USP10 m RNA表达水平。结果 USP10在DLBCL组织中的阳性表达率显著高于RLH组织的B淋巴细胞,在非生发中心亚型(non-germinal center B-cell-like type,nonGCB)DLBCL组织中的阳性表达率明显高于生发中心亚型(germinal center B-cell-like type,GCB)DLBCL组织;Spearman等级相关分析显示,USP10与DLBCL预后相关分子中的CD5、Bcl-2蛋白表达呈正相关,而与p53,c-Myc及Ki67蛋白表达无相关性;USP10 m RNA在DLBCL组织及RLH组织中的表达差异。结论 USP10在DLBCL组织中的表达明显增加,尤其是在预后较差的non-GCB亚型或CD5阳性或无Bcl-2阳性的DLBCL中,表明该蛋白是DLBCL患者预后不良的分子标记物之一。

转铁蛋白受体1在头颈肿瘤中的表达及其意义

目的:观察转铁蛋白受体1(TFR1)在头颈肿瘤中的表达,并分析其表达水平与患者临床病理特征的关系。方法:通过挖掘cDNA表达谱芯片(GSE33205、GSE29330)和人类肿瘤基因组(TCGA)中头颈肿瘤的数据,比较TFR1在肿瘤组织和正常组织中的转录水平,用KM-plotter在线软件研究TFR1表达与患者总生存率关系,进一步用头颈肿瘤组织芯片免疫组化技术检测TFR1的蛋白表达情况。结果:生物信息分析结果提示,头颈肿瘤中TFR1的表达较正常对照组织明显上调(P<0.05),TFR1高表达患者的总生存率较低(HR=1.43;P=0.0084)。免疫组化结果提示TFR1在肿瘤组织中表达较正常上调(P<0.05),高表达TFR1的头颈肿瘤患者有不良的预后(更易发生转移、更高的T分期,P<0.05)。结论:TFR1在头颈肿瘤中表达上调,可能参与肿瘤的发生和发展。

多种肿瘤标志物检测对卵巢癌诊断及复发的临床价值

目的探讨单一及联合检测肿瘤标志物对卵巢癌患者的诊断及复发的临床价值。方法选取2010年1月至2017年1月间陕西省宝鸡市陈仓医院收治的49例卵巢癌患者作为卵巢癌组,同期收治的40例其他内科疾病导致腹腔积液女性患者作为对照组,采用酶法检测两组患者血清和腹腔积液的糖类抗原153(CA153)、CA125、癌胚抗原(CEA)和恶性肿瘤特异生长因子(TSGF)的表达水平,比较卵巢癌患者血清及腹水中上述指标表达水平的一致性,筛选诊断多种肿瘤标志物组合模型,并探讨肿瘤标志物组合预测治疗后复发的价值。结果卵巢癌患者的血清和腹水中肿瘤标志物表达水平均高于对照组患者,组间比较,差异均有统计学意义(均P<0.05)。CA125+CEA的ROC曲线下面积最大,预测卵巢癌复发最敏感,差异均无统计学意义(均P>0.05)。结论 CA125、CEA及TSGF是卵巢癌患者临床价值较高的肿瘤标志物,有较高的辅助诊断作用。标志物的组合模型可能可以预测卵巢癌的复发,对患者的预后具有临床参考价值。