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题名DNA片段拼接中的预归并重复序列屏蔽方法
被引量:1
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作者
蔡葵
杨进才
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机构
华中师范大学计算机科学系
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出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第4期88-90,共3页
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文摘
针对DNA片段拼接中的重复序列识别及屏蔽问题,提出一种预归并重复序列屏蔽方法。在片段拼接前通过扫描子串标识出可能存在重叠关系的shotgun片段,利用子串归并该相关片段,标识出重复序列的位置信息,达到屏蔽的目的。计算机模拟分析表明,该方法识别重复序列的错误率低,通过预归并有效缩减了shotgun集合的规模,降低了拼接时的计算复杂度。
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关键词
片段拼接
预归并
重复序列
屏蔽
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Keywords
fragment assembly
pre-merged
repeats
masking-off
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分类号
N945
[自然科学总论—系统科学]
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题名基于变长子串的DNA重复序列预归并屏蔽方法
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作者
蔡葵
杨进才
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机构
武汉理工大学华夏学院
华中师范大学计算机科学系
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出处
《武汉理工大学学报(信息与管理工程版)》
CAS
2012年第1期16-19,共4页
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文摘
针对DNA序列拼接中的重复序列识别及屏蔽问题,通过对前期定长子串方法的改进,提出了一种基于变长子串的新算法。新算法在扫描shotgun集合时,可以搜集到任意长度子串的重复信息,进一步精确定位重复序列位置;然后利用变长子串信息对相应的shotgun片段进行预归并,缩减shotgun集合规模。计算机模拟分析表明,新算法识别重复序列较之定长子串方法精确度更高,并可以有效降低拼接时的计算复杂度。
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关键词
序列拼接
重复序列
屏蔽
变长子串
预归并
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Keywords
fragment assembly
repeats
masking-off
variable-sized substrings
pre-merged
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分类号
TP301.6
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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