全基因组测序在食源性沙门氏菌监测中的应用

沙门氏菌是重要的食源性致病菌,给社会带来了严重的公共卫生和经济影响。随着高通量测序技术的发展,全基因组序列分析在沙门氏菌的监测中显示出了极大的发展潜力和价值。本文综述了全基因组序列分析在沙门氏菌血清型鉴定、分子分型以及耐药研究领域中的应用前景。利用高通量测序技术与沙门氏菌抗原相关基因数据库比对进行血清型的预测,在血清凝集方法难以确定血清型的情况下发挥重要作用。与传统的细菌分子分型方法相比,全基因组测序技术速度更快、分辨率更高,且易于实现实验室间比较,在公共卫生事件中可用于快速识别病原体并进行溯源分析。利用耐药基因数据库从基因水平上发现其携带的耐药基因,结合耐药表型进一步探索其耐药机制。随着高通量测序技术和生物信息技术的不断成熟,更多的共享数据库平台不断出现,全基因组序列分析将应用于更广泛的领域。

食源性沙门氏菌携带质粒介导的喹诺酮类耐药基因的液相芯片检测技术研究

目的:建立应用新型液相芯片技术检测食源性沙门氏菌携带的质粒介导喹诺酮类耐药(PMQR)基因中4种基因:qnrS、aac(6')-Ib-cr、oqxA、oqxB的方法。方法:针对食源性沙门氏菌携带的qnrS、aac(6')-Ib-cr、oqxA、oqxB四种PMQR基因,设计对应引物和微球,采用液相芯片技术对7株标准菌株进行特异性实验;对4株各含1种PMQR基因的食源性沙门氏菌进行重复性和灵敏度实验;然后检测来自食源性风险监测的71株耐喹诺酮类沙门氏菌,和普通PCR进行对比实验。结果:成功建立了液相芯片技术检测食源性沙门氏菌携带的qnrS、aac(6')-Ib-cr、oqxA、oqxB四种PMQR基因的方法,携带qnrS基因的耐药株检出限为5 CFU/mL、携带aac(6')-Ib-cr基因的耐药株检出限为25 CFU/mL、携带oqxA和oqxB基因的耐药株检出限为10 CFU/mL。所有阳性判定结果荧光中位值(MFI)均≥5倍阴性对照组。重复性实验变异系数(CV)均小于5%,特异性实验结果特异性100%,阴性菌株无阳性信号反应。qnrS检出率29.6%(21/71)、aac(6')-Ib-cr 35.2%(25/71)、oqxA 28.2%(20/71)、oqxB 23.9%(17/71),方法比对的结果符合率为100%。结论:实验建立的液相芯片技术检测食源性沙门氏菌质粒介导喹诺酮类耐药基因qnrS、aac(6')-Ib-cr、oqxA、oqxB的方法具有灵敏度高、特异性好、稳定性强、结果准确的特点,可以为食源性沙门氏菌PMQR基因的检测以及耐药性的监控提供技术支撑。

2005年广西食源性沙门氏菌污染监测分析

目的了解广西境内食源性沙门氏菌在食品中污染状况,为食源性沙门氏菌的控制与干预提供依据。方法依据《中华人民共和国国家标准食品卫生微生物学检验方法》(GB/T4789.4-2003)和国家食源性疾病监测网监测方案。结果从682份样品中分离出73株15种血清型的沙门氏菌,分离率为10.85%,全部来自生畜(禽)肉,其中南宁市和桂林市各个监测点的分离率达到20.68%和20.51%。23种抗生素药敏试验结果显示除头孢孟多(CFM)、头孢曲松(CRO)、头孢吡肟(CPM)、头孢西丁(FOX)、美洛培南(MFM)、氨曲南(ATM)、阿米卡星(AMK)、卡那霉素(KAN)和妥布霉素(TOB)9种抗生素完全敏感外,均出现耐药或多重耐药,耐药株数达71.23%,对四环素(TET)和强力霉素(DOX)的耐药率达到58.90%和43.83%。结论生畜(禽)肉中的沙门氏菌检出率较高,且血清型多态性,抗生素呈多重耐药趋势,值得关注。

变性梯度凝胶电泳技术在食源性沙门氏菌分子分型中的应用研究

目的建立基于变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术的沙门氏菌分型方法。方法以5株代表性沙门氏菌为供试菌,用引物对GC-rpoB1/ropB3R扩增获得目的片段后,经变性凝胶电泳分离获得谱图,量化分析谱带多样性及均一性,依据菌株谱图量化相似性构建聚类分析图,分析该技术用于沙门氏菌分型的可行性。结果 5个供试菌的PCR-DGGE谱图差异大,其中以标准菌株肠炎沙门氏菌(ATCC9184)的多样性及丰富度最高,标准菌株鼠伤寒沙门氏菌的最低;就谱带相似性而言,分离自鸭腿样品的2株沙门氏菌的相似性最高,戴斯系数高达85.7%,而分属于不同血清型的两个标准菌株则相似度指数为0%;基于谱带相似性建立的聚类树可将供试菌株很好地分为不同簇。结论本研究所建立的基于PCR-DGGE技术的沙门氏菌分型方法准确度和分辨力均较理想,具有一定的理论及实际意义。

2018年吉林市部分地区食源性沙门氏菌流行状况研究

目的分析吉林市部分哨点医院食源性沙门氏菌监测病例,研究2018年吉林市部分地区食源性沙门氏菌流行状况。方法收集吉林市部分哨点医院食源性沙门氏菌病例的监测信息进行研究分析,收集粪便标本进行食源性沙门氏菌病原体检测。结果吉林市部分地区食源性沙门氏菌在幼儿人群组检出率最高,疑似暴露食物主要是水果类及其制品、肉与肉制品和混合食品等3类食品,疑似暴露食物以散装最多,购买地点主要是市场,检出的食源性沙门氏菌主要是肠炎沙门氏菌和鼠伤寒沙门氏菌。结论应加强吉林市食品安全卫生监督,降低食源性疾病发生。

2016-2018年贵州省食源性沙门氏菌血清型和耐药性分析

目的分析2016-2018年贵州省食源性沙门氏菌血清型分布和耐药特征,为其监测和临床用药提供参考.方法使用沙门氏菌诊断血清经玻片凝集法鉴定菌株血清型;采用微量肉汤稀释法测定抗生素最小抑菌浓度(MIC);采用Microsoft Excel 2007和SPSS18.0进行数据统计和分析.结果2016-2018年贵州省170株食源性沙门氏菌共分为35种血清型,有6种血清型在食品和病例中均有分布;食品中以鼠伤寒和斯坦利沙门氏菌为主,分别占其来源的16.67%和8.33%;病例中以鼠伤寒、肠炎和伦敦沙门氏菌为主,分别占其来源的41.79%、16.42%和8.96%;27.78%~33.33%的食品来源菌株对氨苄西林、氯霉素、四环素、环丙沙星、萘啶酸及甲氧苄啶/磺胺甲噁唑耐药,对庆大霉素、头孢噻肟和氨苄西林/舒巴坦的耐药率在22.22%~25.00%;病例来源菌株对氨苄西林、四环素、氨苄西林/舒巴坦、萘啶酸和头孢唑啉的耐药率分别为55.97%、49.25%、44.03%、41.04%和37.31%,对氯霉素、环丙沙星、庆大霉素、头孢噻肟和氨苄西林/舒巴坦的耐药率在20.90%~30.60%;25.00%的食品来源菌株和25.37%的病例来源菌株对6种及以上抗生素同时耐药,主要耐药谱为氨苄西林-四环素-萘啶酸-部分头孢类抗生素.结论贵州省2016-2018年食源性沙门氏菌的优势血清型为鼠伤寒、肠炎和伦敦沙门氏菌,菌株普遍耐药且存在多重耐药现象.

2002-2009年衢州市食源性沙门氏菌污染监测分析

目的:了解衢州市食源性沙门氏菌在食品中的污染状况,为食源性沙门氏菌的控制与干预提供依据。方法:依据《中华人民共和国国家标准食品卫生微生物学检验方法》和国家食源性疾病监测网监测方案进行监测。结果:2002年至2009年共检测食品样品751份,检出沙门氏菌48株,检出率为6.39%;而且阳性标本主要来自生禽畜肉样品(11.4%)。结论:衢州市居民主要消费食品存在食源性致病菌污染;应加强食品卫生的监督检查和管理。

食源与人源性沙门氏菌的血清和耐药水平差异分析

目的分析2012—2018年常州市食源性沙门氏菌和人源沙门氏菌分离株的血清型分布、耐药情况、喹诺酮耐药基因携带状况和菌株亲缘关系,为沙门氏菌的防治提供科学依据。方法利用血清凝集和液相芯片鉴定血清型,采用微量肉汤稀释法测定抗生素敏感性,基因序列测定法确定喹诺酮类抗生素耐药基因,对耐喹诺酮的沙门氏菌进行多位点序列(multilocus sequence typing,MLST)分型,并用BioNumerics 8.0分析亲缘关系。结果46株食源性沙门氏菌和152株人源沙门氏菌分别检测出10种和36种血清型,优势血清型分别为印第安纳沙门氏菌和鼠伤寒沙门氏菌;两种来源沙门氏菌都以红霉素耐药率最高,多重耐药菌分别占比为93.47%(43/46)和80.92%(123/152);38株喹诺酮耐药的食源性沙门氏菌GyrA亚基主要发生双突变Asp87Asn、Ser83Phe,ParC亚基主要发生单突变Ser80Arg,119株喹诺酮耐药的人源沙门氏菌qnrS基因检出率较高,达到了68.1%(81/119);两种来源的耐喹诺酮沙门氏菌的优势ST型分别为ST17和ST19。结论常州市两种来源沙门氏菌耐药菌抗生素敏感性一致;具有协同耐药的情况,但是两者喹诺酮耐药基因突变和携带又不一致;耐喹诺酮菌株ST型分布也不一致,亲缘关系较远。提示我们本地区通过食物传播引起沙门氏菌耐药菌感染的概率较小,两者的治疗应区别用药。