硇洲岛牡蛎相关细菌抗菌筛选及系统发育分析

以8个敏感菌株作为指示菌,采用管碟法对分离自湛江硇洲岛(20°52'N^20°56'N,110°33'E^110°38'E)潮汐带香港巨牡蛎(Crassostrea hongkongensis)中的72株细菌的发酵液进行抗菌筛选,并对阳性菌株进行基因组DNA提取、16S rRNA基因PCR扩增和序列测定,继而进行系统发育分析。抗菌实验结果表明,受试菌株中有23株菌的发酵产物具有抗菌活性(阳性率31.9%),其中有5个菌株(JSM 111024、JSM 111027、JSM111029、JSM 111076、JSM 111083)具有较强的抗菌活性。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,这23株菌具有较高的类群多样性和物种多样性,属于3个系统发育群/门(Alpha-Proteobacteria、Gamma-Proteobacteria、Bacteroidetes)中的8个科(Aeromonadaceae、Flavobacteriaceae、Halomonadaceae、Idiomarinaceae、Phyllobacteriaceae、Pseudoalteromonadaceae、Shewanellaceae、Xanthomonadaceae)的8个属(Idiomarina、Halomonas、Myroides、Nitratireductor、Oceanimonas、Pseudoalteromonas、Shewanella、Wohlfahrtiimonas),可分为11个物种。优势类群为Gamma-Proteobacteria亚门(14株),其中优势属为Oceanimonas属(6株);第二大类群为Bacteroidetes门(7株),都属于Flavobacteriaceae科的Myroides属。具有较强抗菌活性的5个菌株中,有4个菌株(JSM 111024、JSM 111027、JSM 111029、JSM 111083)属于Alpha-Proteobacteria亚门Phyllobacteriaceae科Oceanimonas属,而菌株JSM 111076属于Gamma-Proteobacteria亚门Aeromonadaceae科Nitratireductor属。