基于基因组挖掘策略的链霉菌活性天然产物发现

目的利用基因组挖掘策略在链霉菌中发现活性天然产物。方法首先,全测序获得马来西亚链霉菌(Streptomyces malaysiensis DSM 41697)全基因组序列。利用antiSMASH等在线工具对马来西亚链霉菌编码的潜在次级代谢产物生物合成基因簇进行初步预测。利用Blast、2ndFind等网站,确认基因簇中各基因的边界并对其功能进行注释,寻找目标基因簇。其次,尝试不同的发酵条件,并通过HPLC、LC-MS初步确定目标化合物是否产生。最后,分离和纯化目标化合物,并鉴定其结构。结果来自马来西亚链霉菌基因组的两个基因簇分别被命名为帕达酰胺生物合成基因簇和苯扎他汀生物合成基因簇。结合Blast和2ndFind软件分析,对基因簇进行边界确定和功能注释。通过尝试多种发酵条件,分离纯化获得了3种帕达酰胺类化合物和1种苯扎他汀类化合物。它们分别被鉴定为帕达酰胺A、帕达酰胺B、帕达酰胺A'和马来霉素。结论以基因组挖掘策略为指导,从微生物基因组中发现可能的天然产物生物合成基因簇,并通过多种发酵条件确定目标基因簇对应的产物是可行的。该策略为解决各类天然产物的来源及发现新结构天然产物提供了新思路,为活性化合物的寻找及其合成生物学奠定了基础。

生姜内生链霉菌SIIA-H10156产生的热休克蛋白90抑制剂的研究

目的对具有热休克蛋白90抑制活性的生姜内生链霉菌株SIIA-H10156进行分类鉴定及活性化学成分研究。方法采用多相分类技术鉴定活性菌株。菌株发酵液经有机溶剂萃取和制备型HPLC反相色谱分离获得两个单体,通过紫外光谱、质谱和核磁共振谱的测定及天然产物数据库检索,确证化合物结构,并采用高通量荧光偏振检测法测定化合物的热休克蛋白90结合活性。结果与结论马来西亚链霉菌SIIA-H10156产生两个苯酚安莎菌素类化合物autolytimycin和reblastatin,其与热休克蛋白90的亲和力是17-烯丙基-17-去甲氧基格尔德霉素的3倍。

深海链霉菌Streptomyces malaysiensis OUCMDZ-2167来源的细胞毒性产物

研究深海沉积物来源的链霉菌Streptomyces malaysiensis OUCMDZ-2167的活性天然产物.采用硅胶和凝胶柱色谱及高效液相色谱等手段,从链霉菌S.malaysiensis OUCMDZ-2167的发酵产物中分离纯化了1个新的呋喃衍生物1以及10个已知物2~11;采用质谱、紫外、红外、核磁共振和比旋光等方法将其结构分别鉴定为:4-羟甲基呋喃-2-甲酸甲酯(1)、呋喃-2,4-二甲酸二甲酯(2)、格尔德霉素(3)、17-O-去甲基格尔德霉素(4)、尼日利亚菌素(5)、尼日利亚菌素钠(6)、30-O-乙酰基尼日利亚菌素(7)、奥布菌素(8)、洋橄榄叶素(9)、surugapyrone A(10)和杀菌素A(11).采用细胞计数试剂盒-8(CCK-8)和噻唑蓝(MTT)法分别评价了化合物对K562和MCF-7及A549肿瘤细胞株的细胞毒活性,结果表明:化合物3、5~9对A549的半数抑制浓度(IC_(50))分别为2.56±0.30、0.96±0.03、0.96±0.04、0.81±0.05、7.11±0.90和4.09±0.70μmol·L-1,化合物5~9对K562的IC_(50)值分别1.46±0.11、1.08±0.03、0.48±0.10、4.68±0.19和9.60±0.50μmol·L-1,化合物5、8和9对MCF-7的IC_(50)值分别为0.29±0.15、4.05±0.50和4.81±0.70μmol·L-1;其中化合物5~8对K562和A549以及化合物5和8对MCF-7的细胞毒活性为首次报道.