药物靶标作用关系预测是一种重要的辅助药物研发手段,而生物实验验证药物靶标作用关系耗钱耗时,因此,在数据库中查询验证预测的药物靶标作用关系是对预测方法的重要评价.基于KEGG,DrugBank,ChEMBL这3个数据库,利用爬虫获取信息的方式设...药物靶标作用关系预测是一种重要的辅助药物研发手段,而生物实验验证药物靶标作用关系耗钱耗时,因此,在数据库中查询验证预测的药物靶标作用关系是对预测方法的重要评价.基于KEGG,DrugBank,ChEMBL这3个数据库,利用爬虫获取信息的方式设计开发了药物靶标作用关系查询验证方法DTcheck(drug-target check),实现了对于提供KEGG DRUG ID及KEGG GENES ID的药物靶标对的高效查询验证功能,并利用DTcheck分别为Enzyme,IC(ion channel),GPCR(G-protein-coupled receptor),NR(nuclear receptor)四个标准数据集扩充新增药物靶标作用关系907,766,458,40对.此外,结合DTcheck查询验证,以BLM(bipartite local models)方法为例分析了预测结果的评价问题,结果表明,采用AUC(area under curve)值评价药物靶标作用关系预测方法没有Top N 评价合理,且AUC值低的BLMd方法在预测新的药物靶标作用关系时优于AUC值高的BLMmax方法.展开更多
在外包空间数据库模式下,数据持有者委托第三方数据发布者代替它来管理数据并且执行查询.当发布者受到攻击或者由于自身的不安全性,它可能返回不正确的查询结果给用户.基于已有的反向k近邻(Reverse k Nearest Neighbor,RkNN)查询方法,...在外包空间数据库模式下,数据持有者委托第三方数据发布者代替它来管理数据并且执行查询.当发布者受到攻击或者由于自身的不安全性,它可能返回不正确的查询结果给用户.基于已有的反向k近邻(Reverse k Nearest Neighbor,RkNN)查询方法,采用将反向k近邻查询验证转化成k近邻查询验证和范围查询验证的思想,提出一种反向k近邻查询验证的方法,并且设计了相应的算法,用于验证返回给客户端结果的正确性(没有结果点被篡改),有效性(结果点都满足用户的查询要求)和完整性(没有遗漏符合查询要求的结果点).实验验证了算法的有效性和实用性.展开更多
文摘药物靶标作用关系预测是一种重要的辅助药物研发手段,而生物实验验证药物靶标作用关系耗钱耗时,因此,在数据库中查询验证预测的药物靶标作用关系是对预测方法的重要评价.基于KEGG,DrugBank,ChEMBL这3个数据库,利用爬虫获取信息的方式设计开发了药物靶标作用关系查询验证方法DTcheck(drug-target check),实现了对于提供KEGG DRUG ID及KEGG GENES ID的药物靶标对的高效查询验证功能,并利用DTcheck分别为Enzyme,IC(ion channel),GPCR(G-protein-coupled receptor),NR(nuclear receptor)四个标准数据集扩充新增药物靶标作用关系907,766,458,40对.此外,结合DTcheck查询验证,以BLM(bipartite local models)方法为例分析了预测结果的评价问题,结果表明,采用AUC(area under curve)值评价药物靶标作用关系预测方法没有Top N 评价合理,且AUC值低的BLMd方法在预测新的药物靶标作用关系时优于AUC值高的BLMmax方法.
文摘在外包空间数据库模式下,数据持有者委托第三方数据发布者代替它来管理数据并且执行查询.当发布者受到攻击或者由于自身的不安全性,它可能返回不正确的查询结果给用户.基于已有的反向k近邻(Reverse k Nearest Neighbor,RkNN)查询方法,采用将反向k近邻查询验证转化成k近邻查询验证和范围查询验证的思想,提出一种反向k近邻查询验证的方法,并且设计了相应的算法,用于验证返回给客户端结果的正确性(没有结果点被篡改),有效性(结果点都满足用户的查询要求)和完整性(没有遗漏符合查询要求的结果点).实验验证了算法的有效性和实用性.