染色体、阈值—高分辨比较基因组杂交技术的质控关键

目的讨论高分辨比较基因组杂交(high resolution comparative genomic hybridization,HR-CGH)技术中高分辨染色体玻片的质量以及不同阈值分析方法对HR-CGH技术的结果影响。方法以正常男性外周血为材料,制备高分辨染色体玻片,分析滴片方案、后固定、预变性等技术环节对染色体玻片质量的影响,从而确立HR-CGH的染色体玻片制备及挑选标准。另以10名正常男、女性外周血为材料,进行HR-CGH检测,杂交结果分别以固定阈值及动态参考阈值(dynamic standard reference intervals,DSRI)进行判定,讨论不同判定方法对HR-CGH检测结果的影响。结果实验证实,过火、后固定及预变性的实施有利于稳定制备高质量的染色体玻片。另外10名正常人标本的杂交结果,以固定阈值法分析的结果均与核型分析结果一致;以ASI软件附带的DSRI法分析,9例结果与核型一致,1例女性结果出现假阳性,为46,XX,dup(15)(q2.2～2.6)。结论高分辨染色体玻片的背景、染色体分散度、抗变性能力是HR-CGH实验成功的关键。以固定阈值分析结果,不受人群差异限制,可在各实验室间广泛应用。而以DSRI分析结果,则受人群差异限制,该DSRI数据必须来自本地正常人群。

高分辨比较基因组杂交技术检测胎儿染色体微小异常三例报告及分析

染色体异常是导致胎儿宫内死亡或生长发育畸形的主要原因。当前，羊水、脐带血制备的胎儿染色体带纹数仅为400带，发现染色体微小异常的能力不足，更无法为染色体微小异常精确定位。本研究应用高分辨比较基因组杂交（high resolution comparative genomic hybridization, HR-CGH ）技术，对3例超声或血清学筛查异常的胎儿进行检测，获得了明确诊断，并随访其结局，现将结果报道如下。

比较基因组杂交技术的研究进展

比较基因组杂交是在荧光原位杂交的基础上建立起来的一种细胞-分子遗传学技术。该技术无需细胞培养,通过1次检测即能筛查整个基因组DNA拷贝数的增减,检测周期短,效率高。在染色体数目异常、染色体复杂结构异常及标记染色体来源判定等方面均具有明显的诊断优势,已被广泛应用于寻找肿瘤、出生缺陷及遗传病的染色体致病位点和探索新的肿瘤相关基因及遗传综合征等领域。高分辨染色体制备技术及基因克隆技术的先后引入将比较基因组杂交技术的分辨率不断提高,使之真正成为了连接细胞遗传学与分子遗传学的桥梁技术。高分辨比较基因组杂交技术因耗费低、可行性高而具有较高的临床推广价值。

比较基因组杂交技术在检测急性淋巴细胞白血病高二倍体中的意义

目的：评价比较基因组杂交（ＣＧＨ）技术在白血病研究中应用的价值。方法：应用ＣＧＨ技术检测高二倍体急性淋巴细胞白血病（ＡＬＬ）患者１４例，并与核型分析结果相比较。结果和结论：发现在高二倍体ＡＬＬ中，部分和（或）整条染色体的增加比减少常见，两者相差７倍，其中２１号和Ｘ染色体的增加最为常见。ＣＧＨ与常规Ｒ带的分析结果比较可分为三种：①ＣＧＨ和常规核型分析结果完全一致的有３例；②ＣＧＨ分析和Ｒ带分析从不同角度提供了相对一致信息的有８例；③ＣＧＨ分析和Ｒ带分析结果不一致的有３例，其中２例分别为约三倍体和约四倍体。

乳腺癌中比较基因组杂交研究的进展

近年来，随着比较基因组杂交（comparative genomic hybridization，CGH）技术在研究肿瘤相关染色体异常方面的应用,已发现乳腺癌发生、发展不同时期存在非随机性染色体基因组DNA拷贝数改变，而不同类型的肿瘤在基因组异常方面又存在很大的异质性；利用芯片-CGH技术的高分辨率还能鉴别肿瘤的不同亚型。

高复发性膀胱移行细胞癌基因组非平衡性的变化

目的探讨高复发膀胱移行细胞癌基因组非平衡性的变化,寻找与膀胱癌复发相关的染色体位点或区段的畸变。方法选择20例膀胱移行细胞癌患者的石蜡包埋组织标本,经随访分为高复发组11例,无复发组9例。应用比较基因组杂交(CGH)对每一个标本进行检测,得出其染色体畸变的位点或区段,应用χ2确切概率法统计高复发组与无复发组畸变的差异。结果增益频率较高的染色体区段或位点位于1p、1q、3p、5p、5q、8q、17q;缺失频率较高的染色体区段或位点位于4q、8p、9q、11q、11p、17p。高复发组与无复发组相比较,9q、11p缺失的差异有统计学意义(P<0.05);而9q、11p同时缺失的差异无统计学意义(P>0.05)。结论染色体9q、11p上某些区段或位点的缺失与膀胱癌复发有关,此2个染色体臂上可能存在膀胱移行细胞癌的“复发相关基因”,其上的基因缺失或失活可能导致膀胱移行细胞癌的复发。

一个肝豆状核变性家系ATP7B基因致病性变异分析

目的明确1个肝豆状核变性(Wilson disease,WD)家系ATP7B基因的致病变异类型及来源,为疾病的诊断及遗传咨询提供依据.方法收集先证者及其父母和哥哥的外周血样,应用Sanger测序检测该家系4人ATP7B基因21个外显子及其侧翼序列的点突变及小片段插入/缺失,用高分辨比较基因组杂交芯片(array-based comparative genomic hybridization,aCGH)检测先证者ATP7B基因的拷贝数变异(copy number variation,CNV),并通过荧光定量PCR技术(quantitative real-time PCR,qPCR)验证该家系中另外3人ATP7B基因的拷贝数情况.结果ATP7B基因测序结果显示,先证者携带一个已知致病性杂合变异(c.2668G>A,p.V890M),该变异遗传自母亲,同时发现母亲还携带5个常见的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点变异,且均为杂合状态,而父亲及哥哥也携带这5个变异,所不同的是其中两个变异为纯合状态.先证者以上5个SNP均为野生型.高分辨CGH芯片结果显示,先证者ATP7B基因存在大小约4 kb的杂合缺失,包含第2、3外显子,覆盖2个SNP.qPCR结果表明,先证者父亲和哥哥ATP7B基因第2、3外显子的拷贝数约为正常对照的1/2,提示二人携带该片段的杂合性缺失;母亲结果无异常.结论本研究通过联合使用Sanger测序、CGH芯片及qPCR技术对1个WD家系进行了分子诊断,同时发现了一个新的ATP7B基因致病性CNV,丰富了ATP7B基因的突变谱.

18例闭经患者的分子-细胞遗传学研究

目的探讨荧光原位杂交（fluorescencein situhybridization,FISH）和高分辨比较基因组杂交（highresolution-comparative genomic hybridization,HR-CGH）技术在闭经研究中的应用价值。方法17例原发闭经和1例继发闭经患者经常规妇科检查、B超及内分泌功能检查后,应用染色体核型分析,部分染色体异常患者采用FISH和HR-CGH技术相结合的分子-细胞遗传学检查诊断结果,并对其临床症状及发病机制进行了探讨。结果17例原发闭经患者中,7例为46,XX的正常女性核型;10例携带有异常染色体核型,所占比例为58.8%,其中3例为46,XY的女性患者,2例为45,X及45,X/46,XX的Turner＇s患者;其余5例均为携带有X染色体结构异常,包括X染色体部分单体、X等臂染色体和X/Y嵌合体等异常核型患者;1例继发性闭经患者为X染色体与常染色体易位的异常核型。结论应用FISH和HR-CGH技术与高分辨染色体显带技术,精确诊断患者的染色体核型,可为临床的诊断和治疗提供医学遗传学依据。