染色体、阈值—高分辨比较基因组杂交技术的质控关键

目的讨论高分辨比较基因组杂交(high resolution comparative genomic hybridization,HR-CGH)技术中高分辨染色体玻片的质量以及不同阈值分析方法对HR-CGH技术的结果影响。方法以正常男性外周血为材料,制备高分辨染色体玻片,分析滴片方案、后固定、预变性等技术环节对染色体玻片质量的影响,从而确立HR-CGH的染色体玻片制备及挑选标准。另以10名正常男、女性外周血为材料,进行HR-CGH检测,杂交结果分别以固定阈值及动态参考阈值(dynamic standard reference intervals,DSRI)进行判定,讨论不同判定方法对HR-CGH检测结果的影响。结果实验证实,过火、后固定及预变性的实施有利于稳定制备高质量的染色体玻片。另外10名正常人标本的杂交结果,以固定阈值法分析的结果均与核型分析结果一致;以ASI软件附带的DSRI法分析,9例结果与核型一致,1例女性结果出现假阳性,为46,XX,dup(15)(q2.2～2.6)。结论高分辨染色体玻片的背景、染色体分散度、抗变性能力是HR-CGH实验成功的关键。以固定阈值分析结果,不受人群差异限制,可在各实验室间广泛应用。而以DSRI分析结果,则受人群差异限制,该DSRI数据必须来自本地正常人群。

Phelan-McDermid综合征临床及微阵列比较基因组杂交芯片技术分析

目的探讨Phelan-McDermid综合征的临床表现及微阵列比较基因组杂交芯片技术(array CGH,aCGH)结果。方法回顾性分析1例Phelan-McDermid综合征患儿的临床资料;采用常规G显带分析染色体核型,运用aCGH检测全染色体微小改变。结果患儿染色体核型示正常女性核型,未发现染色体数目及结构异常;aCGH分析发现Chr22q13.2-qter缺失,并排除其他染色体微改变;确诊为Phelan-McDermid综合征。结论通过典型的临床表现和染色体微改变相关实验室检查可确诊Phelan-McDermid综合征;aCGH技术对于筛查该病并排除其他染色体微改变最有意义。

基于基因芯片的比较基因组杂交方法在分析非特指型外周T细胞淋巴瘤染色体改变中的价值评估

【摘要】目的探讨基于基因芯片的比较基因组杂交（array—basedcomparativegenomichybridiza—tion。Array—CGH）方法检测非特指型外周T细胞淋巴瘤（peripheralT—celllymphoma—nototherwisespeci—fled，PTCL—NOS）的分子遗传学改变特征的临床价值。方法收集2001年10月至2008年12月PTCL—NOS患者组织标本31例，采用1MbArray—CGH检测其基因变化，并用TilepathArray—CGH对检测结果进行验证。数据采用SPSS14．0统计软件进行分析。结果31例PTCL—NOS标本中，有17例（54．8％）出现不同程度的染色体改变，且有基因改变的患者生存期明显短于无基因改变的患者，差异均有统计学意义（P均〈0．05）。经TilepathArray—CGH检测验证，1MbArray—CGH检测的基因改变与TilepathAr—ray—CGH检测的基因改变完全一致。结论Array—CGH可以全面快速检测与肿瘤相关的染色体改变，对研究淋巴瘤特异性遗传特征具有重要意义。

经寡核苷酸微阵列比较基因组杂交技术证实的12号染色体短臂中间缺失的病例报告及文献复习

目的 12号染色体短臂中间缺失是罕见的。文中报道1例智力低下,身材矮小,界限性高血压和短指趾畸形的女性患儿经寡核苷酸微阵列比较基因组杂交(oligonucleotide array-based comparative genomic hybridization,OaCGH)技术证实位于12号染色体的p12.2—p11.21区域有11.47Mb中间缺失。方法对患儿进行G显带高分辨染色体核型分析,多色荧光原位杂交及寡核苷酸微阵列比较基因组杂交分析。结果高分辨核型疑12p11.2中间缺失,经多色荧光原位杂交检测未发现有易位存在。寡核苷酸微阵列比较基因组杂交技术显示在12p12.2—p11.21有11.47Mb的缺失,确定患儿核型为46,XX,del(12)(p11.21p12.2).arrcgh12p11.21p12.2(PDE3A->BICD1)×1。在该缺失的区域有注释的基因71个。结论患者特有的表型包括智力低下、界限性高血压、身材矮小和短指趾畸形等均是该区域内基因缺失的结果 。

子宫平滑肌肉瘤基因芯片比较基因组杂交分析

Purpose. Using a genome-wide array-based comparative genomic hybridization (array-CGH), DNA copy number changes in uterine leiomyosarcoma were analyzed. Materials and methods. We analyzed 4 cases of uterine leiomyoma and 7 cases of uterine leiomyosarcoma. The paraffin-fixed tissue samples were microdissected under microscope and DNA was extracted. Array-based CGH and fluorescence in situ hybridization (FISH) were carried out with Genome database (Gene Ontology). Results. Uterine leiomyoma showed no genetic alterations, while all of 7 cases of uterine leiomyosarcoma showed specific gains and losses. The percentage of average gains and losses were 4.86%and 15.1%, respectively. The regions of high level of gain were 7q36.3, 7q33-q35, 12q13-12q15, and 12q23.3. And the regions of homozygous loss were 1p21.1, 2p22.2, 6p11.2, 9p21.1, 9p21.3, 9p22.1, 14q32.33, and 14q32.33 qter. There were no recurrent regions of gain, but recurrent regions of loss were 1p21.1-p21.2, 1p22.3-p31.1,9p21.2-p22.2,10q25-q25.2, 11q24.2-q25, 13q12-q12.13, 14q31.1-q31.3, 14q32.32-q32.33, 15q11-q12, 15q13-q14, 18q12.1-q12.2, 18q22.1-q22.3, 20p12.1, and 21q22.12-q22.13. In the high level of gain regions, BAC clones encoded HMGIC, SAS, MDM2, TIM1 genes. Frequently gained BAC clone-encoded genes were TIM1, PDGFR-β, REC Q4, VAV2, FGF4, KLK2, PNUTL1, GDNF, FLG, EXT1, WISP1, HER-2, and SOX18. The genes encoded by frequently lost BAC clones were LEU1, ERCC5, THBS1, DCC, MBD2, SCCA1, FVT1, CYB5, and ETS2/E2. A subset of cellular processes from each gene was clustered by Gene Ontology database. Conclusion. Using array-CGH, chromosomal aberrations related to uterine leiomyosarcoma were identified. The high resolution of array-CGH combined with human genome database would give a chance to find out possible target genes present in the gained or lost clones.

比较基因组杂交技术的研究进展

比较基因组杂交是在荧光原位杂交的基础上建立起来的一种细胞-分子遗传学技术。该技术无需细胞培养,通过1次检测即能筛查整个基因组DNA拷贝数的增减,检测周期短,效率高。在染色体数目异常、染色体复杂结构异常及标记染色体来源判定等方面均具有明显的诊断优势,已被广泛应用于寻找肿瘤、出生缺陷及遗传病的染色体致病位点和探索新的肿瘤相关基因及遗传综合征等领域。高分辨染色体制备技术及基因克隆技术的先后引入将比较基因组杂交技术的分辨率不断提高,使之真正成为了连接细胞遗传学与分子遗传学的桥梁技术。高分辨比较基因组杂交技术因耗费低、可行性高而具有较高的临床推广价值。

高分辨比较基因组杂交技术检测胎儿染色体微小异常三例报告及分析

染色体异常是导致胎儿宫内死亡或生长发育畸形的主要原因。当前，羊水、脐带血制备的胎儿染色体带纹数仅为400带，发现染色体微小异常的能力不足，更无法为染色体微小异常精确定位。本研究应用高分辨比较基因组杂交（high resolution comparative genomic hybridization, HR-CGH ）技术，对3例超声或血清学筛查异常的胎儿进行检测，获得了明确诊断，并随访其结局，现将结果报道如下。

美国医学遗传学会对基因芯片拷贝数变异结果解读指南

全基因组芯片已被推荐作为分析智力障碍、孤独症、多发性出生缺陷病因的首要筛查手段,通过芯片检查发现了人类基因组中大量的拷贝数变异(copy number variation,CNV),这些变异中既有正常个体的多态性,也有新发的致病性变异。为帮助临床实验室对芯片结果的解读保持一致性,美国医学遗传学会制定了此有关CNV的解读指南。该指南主要应用于产后的分子遗传诊断中。

微阵列芯片比较基因组杂交技术在植入前遗传学诊断中的应用研究

目的建立适用于植入前遗传学诊断的微阵列芯片比较基因组杂交技术（arraycomparativegenomichybridization，arrayCGH）。方法对以下3种来源的细胞进行arrayCGH分析：（1）经胰酶消化的核型分别为46，XX、46，XY、47，XX，＋13的B2、C38、A1的3株人胚胎干细胞，分离后获取3～5个细胞；（2）在本中心进行体外受精与胚胎移植（in-vitrofertilization—embryotransfer，IVF—ET）的正常受精来源的废弃胚胎卵裂球；（3）源自5对罗氏或相互易位携带者的夫妻、在本中心进行植入前遗传学诊断的10个废弃胚胎，其中8个胚胎经荧光原位杂交（fluorescenceinsituhybridization，FIsH）诊断为异常，1枚无信号，l枚诊断正常但胚胎发育停滞。经全基因组扩增后，对扩增产物进行24sureV3或24sure＋芯片检测，采用BlueFuseMulti软件进行数据分析。结果（1）对来自B2、C38、A1系干细胞株的3～5个细胞进行arrayCGH分析，结果与核型鉴定一致；（2）对来自2枚正常受精胚胎的6个卵裂球的扩增产物行24sureV3分析，1枚胚胎的2个卵裂球分别为非整倍体和正常核型，另1枚胚胎的4个卵裂球中2个正常，另外2个均为-22，＋13。用24sure＋重复上述实验，其结果与前一致；（3）对来自染色体易位行植入前遗传学诊断的10枚胚胎进行arrayCGH分析，4枚胚胎在arrayCGH分析时与FISH诊断结果相符，其中2枚FISH与arrayCGH结果完全一致，2枚通过arrayCGH分析发现除FISH发现的异常外的其他多条染色体数目异常。1枚胚胎FISH检测无信号，而arrayCGH诊断为13三体。5枚与FISH诊断结果不符的胚胎中，1枚来自罗氏易位FISH诊断为13单体，两种arrayCGH芯片均诊断为14三体及其他多条染色体非整倍体改变，1枚胚胎碎片多且发育停滞（该易位患者另2枚胚胎诊断均相符），其余3枚结果不相符的胚胎均来源于染色体（p13；q11）的相互易位。结论应用arrayCGH可同时完成对胚胎染色体结构检测及全染色体组非整倍体筛查，但在断裂点距离着丝粒位置较近的染色体1区的易位应选择分辨率高的24sure＋芯片。

比较基因组杂交芯片技术对肝癌组织中骨桥蛋白不同表达肿瘤细胞基因组的研究

目的探讨肝癌组织中骨桥蛋白（osteopontin，OPN）不同表达肿瘤细胞基因组的差异及其表达与临床病理特征的关系。方法免疫组化染色分析7l例肝细胞肝癌（hepatocellular carcinoma，HCC）的OPN表达，激光捕获显微切割和比较基因组杂交芯片分析肝癌中不同OPN表达肿瘤细胞基因组的改变。结果71例HCC中，OPN阳性表达29例（42．9％），表现为不均匀分布，阳性表达多位于癌巢周边、特别近肿瘤血管处，亦可见小癌结节呈广泛颗粒状表达，另有14例（19．7％）癌巢外的肝硬化组织呈OPN阳性染色；OPN过表达与肿瘤分化、脉管侵犯、肝内转移有关；OPN阳性与OPN阴性肿瘤细胞基因组相比有4q13．1q13．3、4q21．23—22．1、13q32．1-q32．3等拷贝数增加，其中阳性细胞中肿瘤相关基因如SMR3B、MUC7、EPHA5、SPP1（OPN）、CLDNIO等拷贝数明显增加。结论OPN提高肝癌细胞侵袭性而促进转移，可能与肿瘤细胞增殖、肝硬化的恶性转化有关。OPN阳性、阴性表达的肿瘤细胞之间存在肿瘤异质性。

基于微阵列芯片的比较基因组杂交技术在产前诊断中的应用

染色体异常包括数目异常和结构异常，后者包括染色体片段的缺失、重复和易位。为区别于基因的突变，将1kb以上的染色体变异称为基因拷贝数变异（copy number variation，CNV）。研究发现，染色体的微缺失和微重复是先天性畸形、生长发育迟缓、复发性流产及其他遗传综合征的主要原因。

非特指型外周T细胞淋巴瘤的染色体异常：基于基因芯片的比较基因组杂交研究

目的研究非特指型外周T细胞淋巴瘤（FTCL-NOS）的分子遗传学改变特征，从而为揭示其发生、发展的分子机制及治疗提供科学依据。方法应用1Mb Array—CGH检测37例PTCL—NOS染色体改变，并经Tile path Array—CGH验证其结果。根据克隆性分析结果、形态学特征和提取DNA质量，最终确定31例为研究对象。结果31例中的17例（55％）存在染色体异常改变，包含重现性染色体片段的异常（≥4例）。其中最频发性染色体获得区域是1p36．13-1p36．32，7q22．1，7q36．1-7q36．3，7q32．1—7q32．3，7q22．1—7q34，9p11．2-9q12和9q33．3—9q34．3；最为频发性染色体缺失区域是1p12-1p21．1和13q14．11—13q14．3；另外，还发现多倍体和单倍体。结论PTCL—NOS存在多发性重现性染色体畸变，其中携有染色体畸变频发（≥6个区域）的病例预后不良：

微阵列比较基因组杂交芯片技术诊断猫叫综合征一例

患儿女，出生8个月，体重5kg，系足月顺产第1胎。父母年龄均为28岁，表型正常，非近亲结婚，无家族史。患儿因“呼吸困难、哭声似猫叫”就诊，心脏彩超未见异常，脑部磁共振检查提示小脑发育不良。查体：精神反应差、发育迟缓、肌张力低下、眼距宽、鼻梁低、小头、头发稀疏、毛发枯黄、外眦下斜。

比较基因组杂交技术在检测急性淋巴细胞白血病高二倍体中的意义

目的：评价比较基因组杂交（ＣＧＨ）技术在白血病研究中应用的价值。方法：应用ＣＧＨ技术检测高二倍体急性淋巴细胞白血病（ＡＬＬ）患者１４例，并与核型分析结果相比较。结果和结论：发现在高二倍体ＡＬＬ中，部分和（或）整条染色体的增加比减少常见，两者相差７倍，其中２１号和Ｘ染色体的增加最为常见。ＣＧＨ与常规Ｒ带的分析结果比较可分为三种：①ＣＧＨ和常规核型分析结果完全一致的有３例；②ＣＧＨ分析和Ｒ带分析从不同角度提供了相对一致信息的有８例；③ＣＧＨ分析和Ｒ带分析结果不一致的有３例，其中２例分别为约三倍体和约四倍体。

胎儿颈项透明层增厚的产前诊断结果分析

目的探讨胎儿颈项透明层(nuchal translucency,NT)增厚的产前诊断意义。方法回顾性分析佛山市第一人民医院于2019年1月—2020年10月经超声检查发现NT值≥2.5 mm的143例胎儿及其孕母资料。所有孕妇均为单胎妊娠,于孕11~13~(+6)周测量NT值,并行介入性产前诊断抽取绒毛或羊水进行染色体核型分析和基于微阵列芯片的比较基因组杂交(aCGH)分析。收集、分析孕妇的年龄、胎儿的NT值,以及超声检查结果。计算染色体核型分析和aCGH分析检测出的染色体异常的胎儿例数,并比较各NT值区间G显带分析和aCGH分析检测出的染色体异常的胎儿占比。结果143例孕妇中预产期年龄≥35岁的高龄孕妇20例(14.0%)。143例胎儿的NT值为(3.78±1.49)mm(范围为2.50~8.00 mm),其中129例为单纯NT增厚,经超声检查发现5例合并鼻骨缺失,4例合并脉络丛囊肿,1例合并淋巴水囊瘤,1例合并全身水肿,1例合并多发畸形,1例合并脊柱侧弯,1例合并严重腹裂。染色体核型分析的G显带结果显示,染色体异常胎儿20例(14.0%),其中非整倍体12例(8.4%),包括21-三体综合征11例和18-三体综合征1例;致病性染色体异常8例(5.6%),包括嵌合体3例、染色体不平衡易位2例、染色体平衡易位2例、染色体倒位1例。aCGH分析检出19例(13.3%)染色体异常胎儿,其中非整倍体12例(8.4%),包括21-三体综合征11例和18-三体综合征1例;致病性微缺失、微重复7例(4.9%)。与2.5~<3.0的NT值区间相比,其他NT值区间染色体异常的胎儿占比均显著增高(P值均<0.05)。结论胎儿NT增厚与染色体非整倍体、染色体微缺失和微重复的发生关系密切,随着NT值增加,胎儿染色体异常发生率可能增高。

运用多重连接探针扩增和微阵列-比较基因杂交芯片技术诊断父源性Wolf-Hirschhorn综合征一家系

目的对怀疑为Wolf-Hirschhorn综合征患儿的1个家系进行细胞遗传学和分子遗传学诊断。方法对该家系6人全部进行外周血淋巴细胞培养、G显带分析染色体核型，先证者及其父亲、哥哥行多重连接探针扩增（MLPA）检测进一步确定核型，先证者同时进行微阵列一比较基因组杂交（array-CGH）检测获得其染色体结构改变的精确定位。结果先证者具有特殊面容、生长落后、肌张力低下等Wolf-Hirschhorn综合征的表型特点，外周血染色体核型46，XY，der（4）t（4；8）（p16．2；p23．1）pat，MLPA结果为4pter缺失8pter重复，array-CGH结果显示在4p16．3-p16．2区域缺失了3．781Mb，在8p23．3-p23．1区域重复了6．760Mb；先证者哥哥有智力低下、骨骼异常，外周血染色体核型46，XY，der（8）t（4；8）（p16．2；p23．1）pat，MLPA结果为4pter重复8pter缺失；家系中其他成员表型正常，先证者父亲外周血染色体核型46，XY，t（4；8）（p16．2；p23．1）pat，MLPA结果未见异常；先证者爷爷外周血染色体核型46，XY，t（4；8）（p16．2；p23．1）；家系中母亲和奶奶染色体核型均未见异常。结论先证者为Wolf-Hirschhorn综合征，同时存在8号染色体短臂的部分三体征，先证者哥哥为4号染色体短臂的部分三体征和8号染色体短臂部分单体征，两者的染色体异常均来源于平衡易位t（4；8）携带者父亲。

非小细胞肺癌p63基因的表达与3q27-q29变化的关系研究

目的 研究p63基因在非小细胞肺癌中的蛋白表达水平及与 3号染色体长臂 3 q2 7 3 q2 9区域改变的关系。方法 采用组织芯片技术构建 12 2例原发性非小细胞肺癌石蜡包埋标本组织芯片 ,并应用免疫组织化学方法检测 p63基因蛋白表达情况。应用比较基因组杂交 (CGH)技术分析 70例原发性肺鳞癌和肺腺癌标本染色体的改变。同时分析p63基因的蛋白表达与 3号染色体长臂末端改变的关系。结果 12 2例非小细胞肺癌 p63免疫组化染色结果显示 :5 9例鳞癌中 5 1例 ( 86.44 % ) p63免疫组化染色为阳性 ;3例大细胞肺癌中 2例 ( 66.66% )为阳性 ;60例腺癌仅有 1例 ( 1.67% )为阳性。p63蛋白的阳性表达率与患者的年龄、性别、肿瘤的分级、肿瘤的转移以及预后生存率无关 (P >0 .0 5 )。 70例非小细胞肺癌CGH分析结果发现有3 2例 3 q2 7 q2 9区域出现DNA扩增 ,3 0例鳞癌中 2 4例出现 3 q2 7 q2 9区域DNA拷贝数目的增加 ,40例腺癌仅 8例发现 3q2 7 q2 9区域DNA获得。p63免疫组化阳性率与 3q2 7 q2 9区域的改变比较分析结果显示 :2 4例鳞癌 p63阳性者中 ,2 3例 ( 95 .83 % ) 3 q2 7 q2 9区域有显著的获得 ,1例 p63基因蛋白表达呈阳性的腺癌患者的 3 q2 7 q2 9区域有DNA拷贝数目的增加。 结论 研究结果提示 p63免疫组化阳性?

比较基因组杂交芯片在自然流产和胚胎停育病因诊断中的应用价值分析

目的探讨比较基因组杂交芯片应用于自然流产和胚胎停育病因诊断的价值,为流产和旺胎停育夫妇的遗传咨询和临床诊治提供指导。方法选取2015年5月-2019年5月在辽宁省计划生育科学研究院中国医科大学附属生殖医院就诊的58例自然流产和胚胎停育患者。利用Agilent芯片对58例流产绒毛组织进行检测,利用CytoGenomics 3.0软件进行判读分析,参考ISCA、DGV、DECIPHER等国际数据库及文献报道,对染色体变异的致病性进行分析。结果58例流产绒毛组织芯片实验成功率100%,共检出异常样本42例,包括染色体非整倍体异常26例(三体20例,单体、双三体各3例),染色体结构异常16例(微缺失10例,微重复、微缺失+微重复各2例,等臂染色体、等臂染色体+单体各1例)。结论比较基因组杂交芯片具有通量高、灵敏度高等优点,是一种能够对习惯性流产和胚胎停育病因进行分析的有效手段,可以为患者再生育风险评估提供科学理论指导。

声门上喉癌特异染色体区和重要基因的发现

探讨声门上喉癌发生、发展的特异染色体区和重要基因．应用比较基因组杂交(CGH)分析了18例喉声门上鳞状细胞癌(LSCC)癌组织和癌旁组织的差异．同时,自行设计cDNA芯片对3 例喉声门上癌癌旁组织、癌组织和转移淋巴组织中基因表达的差异进行了研究和聚类分析．CGH 结果表明在某些染色体区存在特异的扩增和缺失．聚类分析将用于芯片研究的基因分为3组,即 A,B和C．同时还发现一些表达差异在5倍以上的特异基因与喉癌发生相关．上述特异染色体区和重要基因的发现将为喉癌发生、发展和转移的研究提供重要线索．