基于广义S变换的地震高分辨率分析

Stockwell等人提出的S变换虽然与Fourier谱能保持直接联系,但是S变换中的基本小波不适用于地震资料处理,通过对S变换加以推广得到广义S变换。本文研究广义S变换在地震高分辨处理中的应用,并利用广义S变换进行地震高分辨率剖面处理。仿真实验和实际资料的处理对比结果均表明广义S变换在地震高分辨处理方面的可行性和有效性。

基于高分辨率再分析海流数据的三种涡旋识别方法在南海的评估

本文基于南海11 a逐日高分辨率再分析海流数据,利用三种涡旋识别方法——缠绕角(Winding Angle,WA)法、速度矢量几何(VectorGeometry,VG)法和OW(OkuboWeiss)参数法对南海中尺度涡进行识别和追踪,对比了三种方法对中尺度涡的探测能力,并分析了在高分辨率再分析产品中的适用性。研究表明,产品空间分辨率的提高能够放大OW方法的W参数噪声,使该方法存在涡旋过量检测和涡旋分割现象,导致识别的涡旋数量偏多、半径偏小,涡旋平均成功探测率最低(76.2%);与OW方法相比,WA方法在一定程度上降低了涡旋过量探测率和漏判率,涡旋平均成功探测率提高至85.1%,但涡旋识别时间较长;与前两种方法相比,VG方法的涡旋平均成功探测率可达93.2%,综合评估参数(过量探测率×漏判率÷成功探测率)优势显著(4.5%),且计算高效。因此,在基于高分辨率再分析产品进行中尺度涡识别时,VG方法具有更加合理的涡旋探测结果和更强的适用性。

基于高分辨率熔解曲线分析技术探讨TNF-α基因多态性与银屑病的相关性

目的:运用高分辨率熔解曲线(HRM)分析技术分析TNF-α基因rs3093662位点的多态性与银屑病的相关性。方法:应用荧光定量PCR-HRM分析技术对我院收治的426例银屑病患者(研究组)和485例健康人(对照组)的TNF-α基因位点rs3093662的基因型及等位基因进行测定。结果:rs3093662的AG、AA、GG基因型频率在银屑病研究组和对照组分别是7.98%、92.02%、0.00%和4.54%、95.46%、0.00%,A、G等位基因频率在银屑病研究组和对照组分别是96.01%、3.99%和97.73%、2.27%,组间差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论:TNF-αrs3093662的基因多态性可能与银屑病的发病相关,HRM分析技术检测基因多态性具有操作简单,敏感性高,成本低,适合在临床检测中推广应用。

高分辨率熔解曲线分析(HRM)及其在植物种质资源鉴定中的应用

饱和荧光染料、未标记探针与实时荧光PCR结合产生的高分辨率熔解曲线分析(HRM)是一种新的实时定量技术,在核苷酸差异检测速度、灵敏度和准确性上具有突出的优点,近几年来在突变检测、遗传作图和基因分型等研究中发展迅速。本文对高分辨率熔解曲线分析的原理、特点及其在植物种质资源鉴定中的应用进行了综述。

高分辨率溶解曲线分析技术在大豆Ecotilling中的应用

将高分辨率溶解曲线(High Resolution Melting,HRM)技术运用在大豆Ecotilling中,对256份栽培大豆的大豆异黄酮合酶基因(IFS1)的外显子区域进行SNP筛查,并采用直接测序的方法对HRM检测结果进行验证。结果表明:模板均一化后的检测效果较未均一化的检测效果差异显著,野生型样本与待测样本按1∶1及1∶4比例混样溶解曲线阈值较高,其中1∶4混样适合高通量检测。HRM对IFS1基因外显子区域的检测结果与PCR产物测序的结果比对显示,对IFS1第5段外显子和第7段外显子检测的准确率分别达到91.2%和100%,表明该研究利用HRM技术建立的栽培大豆的Ecotilling技术体系是一种高灵敏度、高通量和低成本检测SNP的新方法。

高分辨率熔解曲线分析—分子诊断的新技术

高分辨率熔解曲线分析(High Resolution Melting,HRM)是近几年来在国际上刚兴起的单核苷酸多态性及突变研究工具.这种检测方法因其高通量、低成本、结果准确、不受检测位点的局限,并且实现了真正的闭管操作而受到普遍的关注.对HRM技术的原理和在分子诊断上的应用进行了阐述,并对最新研究进展作一综述.

高分辨率熔解曲线分析在大肠癌筛查中的应用

目的探讨高分辨率熔解曲线分析(high-resolution melting,HRM)在利用粪便DNA筛查大肠癌中的作用。方法收集住院治疗的31例大肠癌患者、28例大肠腺瘤患者以及20例来医院体检的正常人新鲜粪便标本,应用HRM法检测粪便中APC、K-ras、p53基因的突变情况。结果 31例大肠癌患者粪便中APC基因突变检出率为41.9%(13/31),K-ras基因突变检出率为35.5%(11/31),p53基因突变检出率为54.8%(17/31),3个基因联合检出率为67.7%(21/31);28例大肠腺瘤患者粪便中APC基因突变检出率为25%(7/28),K-ras基因突变检出率为14.3%(4/28),p53基因突变检出率为46.4%(13/28),3个基因联合检出率为64.3%(18/28);20例正常对照粪便中APC基因突变检出率为5%(1/20),K-ras基因突变率为0(0/20),p53基因突变率为0(0/20)。大肠癌组和大肠腺瘤组基因突变检出率均高于正常对照组(P<0.05),而大肠癌和大肠腺瘤组间差异无统计学意义(P>0.05)。结论利用HRM法检测粪便中APC、K-ras和p53基因突变在大肠癌筛查中具有潜在的应用价值。

高分辨率熔解曲线分析法检测结直肠癌组织K-ras基因突变及其临床意义

目的 K-ras基因在结直肠癌的发生、发展以及需要靶向药物治疗的药物选择方面具有重大临床意义。文中旨在探讨高分辨率熔解曲线分析法检测结直肠癌组织K-ras基因突变情况,并分析K-ras基因突变与临床病理参数的关系。方法收集179例结直肠癌患者的手术标本,检测结直肠癌组织中K-ras基因第12、13位密码子的突变情况,并分析K-ras基因突变与临床病理参数的关系。结果 179例结直肠癌组织标本中,K-ras基因突变率为43.02%（77/179）;在≥60岁组结直肠癌患者中K-ras基因突变率明显高于〈60岁组（55.17%vs 33.70%,P〈0.05）。多因素Logistic回归分析结果显示,年龄对K-ras基因突变有显著影响（OR=1.506,95%CI：1.028~2.011）。结论结直肠癌患者K-ras基因的突变与年龄相关,与性别、分化程度、病变部位及Dukes分期无关。

高分辨率熔解曲线分析法检测牦牛脂蛋白脂酶外显子7的多态性及与生长性状相关性分析

脂蛋白脂酶(lipoprotein lipase,LPL)是一个分子质量为54kb的糖蛋白,其活性受营养因素、激素水平等调节,因牦牛生存环境的特殊性,试验拟从分子水平研究天峻县牦牛脂蛋白脂酶外显子7(LPL-Exon7)基因的多态性,并与生长发育性状进行关联分析,从而为牦牛营养调控、品种资源保护和遗传育种提供科学理论依据。试验采集青海省海西州天峻县牦牛抗凝血106份,提取血样DNA,并利用PCR技术和高分辨率熔解曲线分析法对候选基因LPL-Exon7进行多态性分析,并于采血的同时对牦牛体重、体斜长、体高、胸围和管围等生长性状指标进行了相关性和遗传效应分析。结果表明,高原牦牛LPL-Exon7基因在高原牦牛和野血牦牛中都表现为多态,存在3种基因型,即AA、AB和BB,由1对等位基因A和B控制,A等位基因均为优势等位基因。经χ2检验,符合哈迪—温伯格(Hardy-Weinberg)定律,处于平衡状态(P>0.05)。该位点在高原牦牛和野血牦牛群体中公、母牦牛的多态信息含量为0.3588和0.2103、0.3219和0.3343,高原牦牛母牛的多态信息含量PIC<0.25,处于低度多态,高原牦牛公牛和野血牦牛公、母牛的多态信息含量均在0.25<PIC<0.50,处于中度多态。LPL-Exon7位点多态对牦牛的体重、体高和管围存在显著影响(P<0.05),对牦牛的体斜长和胸围无显著影响(P>0.05)。因此,初步推断牦牛LPL-Exon7可以作为牦牛标记辅助选择的遗传标记之一。

高分辨率熔解分析检测急性髓系白血病SRSF2基因突变

目的:应用高分辨率熔解分析(high-resolution melting curve analysis,HRMA)检测急性髓系白血病(AML)患者丝氨酸丰富剪接因子2(SRSF2)基因突变。方法:针对SRSF2基因热点突变位点P95,建立PCR-HRMA方法对140例AML患者骨髓标本进行突变检测及DNA测序验证。结果 :HRMA分析发现140例初诊AML患者中7例(5%)检出SRSF2突变,经测序结果验证为1例P95R杂合子突变、2例P95L杂合子突变和4例P95H杂合子突变;HRMA技术检测SRSF2基因突变的灵敏度为10%;SRSF2基因突变组与非突变组在性别、年龄及血象之间均无显著性差异(P>0.05);AML患者中突变组的总体生存时间(OS)明显短于非突变组(P=0.016)。结论:HRMA分析是一种简便、快速、特异和高通量的SRSF2基因突变筛查技术,SRSF2突变的AML患者预后不良。

甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析筛查大肠癌的性能评价

目的评价通过甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析(MS-HRM)检测粪便中人DNA甲基化筛查大肠癌(CRC)的性能。方法收集合格的新鲜粪便标本82例,其中CRC患者27例(CRC组)、进展期腺瘤(AA)患者25例(AA组)和结肠镜阴性的正常人30例(对照组),在LightCycler 480设备上应用MS-HRM技术检测上述粪便中vimentin基因的甲基化状态,并与粪便潜血试验(FOBT)的诊断性能相比较。结果 MS-HRM在CRC组、AA组和对照组中检测vimentin基因甲基化的阳性率分别为81.5%(22/27),80.0%(20/25)和6.7%(2/30)。FOBT在CRC组、AA组和对照组中的阳性率分别为37.0%(10/27),12.0%(3/25)和3.3%(1/30)。在病例组中,MS-HRM和FOBT的诊断敏感性分别为80.8%(42/52)和25.0%(13/52),前者显著高于后者(P<0.05);在对照组中两者的诊断特异性分别为93.3%(28/30)和96.7%(29/30),两者差异无统计学意义(P>0.05)。结论在CRC筛查中,MS-HRM技术检测粪便中vimentin基因甲基化状态的诊断性能明显优于FOBT,具有潜在的应用价值。

高分辨率熔解曲线分析技术检测BRAF基因V600E突变方法的建立及初步临床应用

目的建立高分辨率熔解曲线分析技术(high resolution melting,HRM)检测BRAF基因V600E突变的方法,并探讨其在临床检测中的应用价值。方法用所建方法检测16例甲状腺乳头状癌患者超声引导下细针穿刺抽吸活检标本,并与测序法结果进行比较分析。结果所建HRM检测方法 Ct值与Tm的CV值均较小,重复性好。HRM法BRAF基因V600E突变检测标本的结果与测序法相比较,突变检出率分别为43.75%和40.00%,敏感性为100.00%,特异性为90.00%。结论成功建立的HRM法检测BRAF基因V600E突变敏感性高,特异性强,重复性好,操作简便,节约时间,成本低,适合细针穿刺抽吸活检标本检测BRAF基因V600E突变。

高分辨率熔解曲线分析技术检测血清游离DNA的EGFR基因突变

目的利用高分辨率熔解曲线分析技术(high resolution melting,HRM)检测石蜡包埋组织和血清游离DNA的表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因突变,分析两者之间的关系,并探讨其临床应用价值。方法利用HRM技术检测EGFR基因突变的方法,检测200例非小细胞肺癌患者石蜡包埋标本和200例相应的血清游离DNA,并将二者结果进行比较分析。结果HRM法检测非小细胞肺癌患者石蜡包埋组织DNA的EGFR基因突变总检出率为43.5%,血清游离DNA的EGFR基因突变总检出率为25.0%,HRM法检测血清游离DNA的EGFR基因突变与检测石蜡包埋组织DNA的EGFR基因突变相比,敏感性为57.5%,特异性为100%。结论 HRM法检测血清游离DNA的EGFR基因突变为无法获取肿瘤组织标本的患者提供了新的检测机会。

高分辨率熔解曲线分析检测大肠癌患者粪便基因突变与临床病理参数的关系

目的初步探讨高分辨率熔解曲线分析检测大肠癌患者粪便DNA突变与临床病理参数的关系。方法收集2009年3月～2009年9月在本院住院的39例大肠癌患者的新鲜粪便标本约1g,应用HRM法检测粪便中APC、K-ras、P53基因的突变情况,并对结果进行统计学分析。结果大肠癌患者粪便中APC、K-ras、P53基因的突变与大肠癌患者性别、年龄、分化状态、病变部位、Dukes分期和有无淋巴结转移无关。结论未发现粪便APC、K-ras和P53基因突变情况与大肠癌患者的临床病理参数具有相关性。

高分辨率溶解曲线分析结合COLD-PCR快速检测绵羊低丰度FecB基因

本文利用高分辨率熔解曲线分析结合COLD-PCR建立绵羊骨形态发生蛋白受体IB(BMPR-IB)基因低丰度A746G点突变的检测方法,为Fec B基因大面积高通量筛查提供方便快捷和低成本的检测技术。实验分别提取绵羊BMPR-IB基因A746G点突变阳性纯合子和阴性纯合子的基因组,分别PCR扩增223 bp的目的片段,测定浓度和纯度后,分别稀释至0.05 ng/μL,将阳性纯合子用阴性纯合子进行系列稀释作为模板标准品。根据模板标准品序列设计合成3对引物,以标准品为模板进行COLD-PCR,其产物进行高分辨率熔解曲线分析,生成的归一化温度转移差异图(Normlized and Temp-Shifted Differines Plot)即为标准曲线图,作为待测样品Fec B检测的依据,对其可靠重复性做了进一步验证。结果表明:2对引物COLD-PCR HRM标准曲线图曲线分离清晰可靠,检测下限均为0.5%,与传统q PCR HRM相比,灵敏度提高到4倍。本实验建立的绵羊低丰度Fec B基因检测方法可以用于绵羊Fec B基因大面积高通量快速筛查工作。

不同操作平台、染料间高分辨率熔解曲线分析技术检测粪便基因突变的性能差异

目的探讨在不同操作平台、染料间高分辨率熔解曲线分析(HRM)技术检测粪便基因突变的性能差异。方法收集合格的粪便125份,其中大肠癌40份,晚期腺瘤35份,正常对照50份,在LightCycler 480与Rotor-Gene 6000平台设备上,分别使用Resolight或Eva Green染料,检测K-ras基因突变率的差异,所有样品均行测序。结果测序发现,大肠癌组、晚期腺瘤组、正常对照组K-ras基因突变率分别是40%、31.4%、0%。在LightCycler 480平台,用Resolight/Eva Green染料突变检出率分别为40%/45%、31.4%/34.2%、0%/0%。在Rotor-Gene 6000平台,用Resolight/Eva Green染料突变检出率分别为42.5%/47.5%、34.2%/37.1%、0%/0%。在各组中,不同操作平台、染料间突变检出率差异无统计学意义(P>0.05)。HRM检测粪便基因突变敏感度达100%。结论 HRM在不同操作平台、染料间的突变检出率差异无显著性。

高分辨率熔解曲线分析对38例孤独症DRD_2基因外显子突变检测

目的对孤独症患者DRD2基因全部外显子进行突变筛查。方法构建孤独症患者纳入研究组(38例)和对照组(95例和1 000例)3个DNA混合池,对DRD2基因的9个外显子合成了15对引物,将3个DNA混合池样本分别进行聚合酶链扩增及COLDPCR扩增,用Light Scanner高分辨率熔解曲线分析系统进行两次熔解曲线对比。结果在孤独症患者DRD2基因外显子未发现突变。结论孤独症的病因并非源于DRD2基因外显子的突变。

中等贫金属星高分辨率光谱分析Ⅱ.化学元素丰度

在第1篇论文的基础上,确定了样本星的恒星大气参数,得到这些星中9种元素的丰度.讨论了各种元素丰度随[Fe/H]的变化.平均的[Na/Fe]～-0.01dex.接近于太阳丰度.α元素Si和Ca具有几乎相同的丰度模式,而[Ti/Fe]弥散较大,但三者均有随[Fe/H]的减小而增加的趋势.铁峰元素V、Cr、Ni不同丰度处有较大的弥散,[Cr/Fe]在所有样本星中均表现超丰;而[Mn/Fe]却明显过贫,且随金属丰度的增加而增加.

高分辨率融解曲线技术检测冠心病患者IL-1β和IL-1Ra基因多态性

目的为探讨白细胞介素1β（IL-1β）和白细胞介素1受体拮抗剂（IL-IRa）基因单核苷酸多态性（SNP）与冠心病（CHD）易感及其血清学指标的相关性，应用高分辨率融解曲线分析（HRM）技术建立IL-1β和IL-1Ra基因SNP的分子诊断方法。方法建立IL-1B-511C〉T、IL-1β-31C〉T、IL-1β＋3954C〉T和IL-1RNT〉C这4个SNP位点的PCR-HRM检测方法，对260例CHD患者和274例健康对照进行比较研究，分析其与CHD易感及血清学指标的关系。结果上述4个SNP位点未发现与CHD易感有统计学差异，性别分层后发现男性IL-1β．31C〉T位点和女性IL-1β＋3954C〉T位点的等位基因频率，在病例组和对照组间存在差异；单倍型分析发现IL-1β-511T／IL-1β-31C／IL-1β＋3954C／IL-1RNT（TCCT）单倍型增加CHD发病风险（OR=1．217，95％CI：0．950—1．559，P=0．123），CTCC和玳T单倍型降低cHD发病风险（OR=0．612，95％CI：0．376～0．994，P=0．046；OR=0．365，95％CI：0．154～0．862，P=0．017）；病例组血清学指标的相关性分析未发现其与SNP位点之间有关联性。结论应用HRM技术建立的4个SNP位点PCR—HRM检测方法经测序验证和临床标本检测均能正确基因分型，实现了快速基因分型的均相检测。IL-1β-31C〉T、IL-1β＋3954C〉T位点和单倍型CTCC和TTCT与中国兰州地区汉族人群CHD易感性有关。

基于高分辨率瞬时信息与相干算法的低幅度构造识别

随着勘探程度的深入,隐蔽圈闭,尤其是低幅度构造油气藏逐渐受到关注,其在地震资料上表现为反射同相轴平直且变化幅度很小,不易识别.利用相干算法识别低幅度构造,确定出了薄互层低幅度构造的空间展布;经过高分辨率复数道分析处理,提高了剖面分辨率,利用高分辨率瞬时振幅、相位、频率剖面的各自特性识别出了薄互层低幅度构造的构造异常点,此基础上再结合相干算法识别低幅度构造,精度更高.