中国内蒙古鄂伦春族线粒体DNA高变区Ⅰ和高变区Ⅱ遗传多态性

收集50份鄂伦春族无关人群外周血样本,用ABIPRISM377测序仪对其mtDNAHVRⅠ和HVRⅡ进行测序,计算多态性位点数、单倍型数目、单倍型频率、平均核苷酸差异数目等多态性指标;结合已发表的其他民族mtDNA遗传资料,根据Nei法计算鄂伦春族与各群体之间的遗传距离,进行聚类分析,绘制系统发生树。鄂伦春族群体mtDNA两个高变区与CRS序列比对,分别发现52和24个多态性位点,分别界定了38和27种单倍型,单倍型多态性分别为0.964±0.018和0.929±0.019;平均核苷酸差异分别为7.379和2.408;用HVRⅠ序列多态性数据计算Fst和dA两种遗传距离,相关系数r为0.993(P<0.01);基于HVRⅠ序列的系统树显示鄂伦春族与中国台湾、南方汉族和中国香港人群遗传距离较近,与北方汉族、蒙古族及其国外人群遗传距离相对较远。我国鄂伦春族人群mtDNA具有相对独特的遗传特征,其遗传多态性和个体识别力较高,可用于民族起源、迁徙、法医学个体识别等领域研究。

我国耐力运动员线粒体DNA高变区Ⅰ序列多态性分析

为了探讨人类运动能力相关的基因标记与分子机制 ,对mtDNA高变区I作了序列多态性分析。研究选取汉族耐力运动员 95人 ,相应汉人对照 92人 ,对其mtDNA高变区I特异性片段进行扩增、测序 ,分析其序列多态性改变。结果显示 :中国汉族耐力运动员的多态位点有 83个 ,其中 ,碱基替换位点 6 8,缺失位点 5个 ,插入位点 10个 ,位点 16 2 2 8碱基缺失及 16 113- 16 114和 16 335 -16 336碱基插入为运动员独有 ;中国汉族运动员mtDNA高变区I同质性多态主要表现为碱基转换、碱基颠换、缺失及插入四种类型 ,其中 ,碱基转换发生率最高 ,碱基颠换发生率次之 ,碱基缺失及插入频率最低。运动员碱基颠换频率明显高于常人 (P <0 0 5 ) ,而碱基缺失及插入频率则显著低于常人 (P <0 0 5 )。运动员T -C转换频率显著高于常人 (P <0 0 5 ) ,运动员A -G转换频率则显著低于常人 (P <0 0 1)。研究结果还提示 ,mtDNA扩增产物直接测序分析作为一种简便快捷的mtD NA序列多态性和单核苷酸多态性研究方法 ,为运动能力遗传标记的筛选与研究提供了有效方法 。

中国蒙古马与国外纯血马mtDNA D-Loop高变区序列比较

比较分析了4匹中国蒙古马和4匹国外纯血马的线立体DNA(mtDNA)D Loop高变区400bp核苷酸序列的变异情况。结果发现,4匹中国蒙古马mtDNAD Loop高变区的平均核苷酸变异率为3 69%,而纯血马的为4 00%,其核苷酸变异类型均包括转换、颠换和缺失3种形式,其中以转换最为常见。核苷酸变异基因座多,并且存在长度变异,不同变异在个体之间差异也很大,因此说明中国蒙古马和国外纯血马的mtDNAD Loop高变区都具有丰富的多态性。

PRVLA株gD基因的序列测定及其重复高变区的发现

对猪伪狂犬病病毒鲁 A株 (PRV L A株 ) g D基因进行了克隆和序列测定 ,结果表明 :在测序的 14 5 3bp的 DNA序列中包括着 1个 12 0 3bp的 ORF(即 g D基因 ) ,它编码 4 0 0个氨基酸组成的多肽 ;在整个 g D基因的 ORF内 PRVL A株与 PRV Ea株、Hubei株、Rice株、NIA- 3株、Kaplan株的 g D基因比较 ,核苷酸的同源性分别为 98.3%、98.3%、98.0 %、98.1%、98.6 % ,氨基酸的同源性分别为 97.8%、97.8%、97.5 %、98.1%、98.6 % ;发现 PRV L A株 g D基因与Ea株、Hubei株、Rice株、NIA- 3株、Kaplan株的 g D基因均在 80 2～ 837nt处有 1个 C(A) GGCCC的重复高变区 ,其对应的是 g D2 6 7～ 2 79位氨基酸残基 Arg- Pro的重复高变区。正是该重复高变区的碱基缺失或插入使得 PRV g D的ORF在 1194～ 12 15 nt间变化 ,g D前体的氨基酸残基为 398～ 4 0 4个。

我国耐力运动员线粒体DNA高变区I序列异质性多态特征

为了探讨人类运动能力相关的基因标记与分子遗传学机制 ,选取汉族耐力运动员 95人 ,相应汉人对照 92人 ,对其线粒体基因高变区I(mtDNAHVRⅠ )特异性片段进行扩增、测序 ,分析其序列多态性特征。结果显示 :中国汉人及其耐力运动员mtDNAHVRⅠ总共测得 14 0个多态位点 ,其中 ,异质性多态位点 2 7个。中国汉族耐力运动员mtDNAHVRⅠ异质性多态位点 2 0个 ,位点A16 132C ,A16 135C ,C16 0 85G ,T16 14 4A ,C16 111T ,C16 10 7T ,C16 10 8T ,T16 189C为其独有。异质性多态类型主要表现为碱基转换和碱基颠换两种 ,未见碱基缺失及插入改变。运动员T -A颠换频率显著高于常人对照 (P <0 .0 1) ,而A -G转换和T -G颠换频率则显著低于常人对照 (P <0 .0 1,P<0 .0 5 )。研究结果提示 ,mtDNAHVRⅠ异质性多态特征明显区别于同质性多态改变 ,mtDNAHVRⅠ作为良好的遗传标记 。

丙型肝炎病毒高变区1合成肽抗原性验证

设计合成丙型肝炎病毒高变区 1合成肽 ,并验证其抗原性。应用计算机软件设计抗原肽 ,合成后免疫小鼠 ,检测小鼠血中抗体滴度 ;计算机模建抗原肽结构 ,预测其抗原性。 7条合成肽中 ,计算机模建显示第 4、5、6、7号肽具有较好的抗原性 ,酶联免疫吸附实验表明第 4、6、7号肽可使机体产生抗体 ,抗原性较强 ,二者结果基本相符。

丙型肝炎病毒基因高变区变异的动力学研究

本文旨在对ＨＣＶ的基因高变区的变异规律进行初步探索。根据随访５年、分别检测３个时间点的两例ＨＣＶ持续感染者的高变区基因变异的资料分析，发现高变区的变异可能有两种不同的动态模式；一种为快速演变模式，表现为基因变异速度快，优势克隆转化快和同一时间点各克隆的遗传距离近；另一种为相对缓慢演变模式，表现为基因变异速度较慢，优势克隆转化不明显，同一时间点不同克隆间的遗传距离远。该研究结果显示，ＨＣＶ高变区基因变异具有高度复杂性。这些结果为进一步研究ＨＣＶ基因变异规律、慢性化机理以及预防策略提供了基础资料。

超强毒IBDV细胞克隆化毒回归鸡后的致病性与VP_2基因高变区的分子变化

为了研究超强毒鸡传染性法氏囊病病毒(vvIBDV)的致病性及其VP2基因高变区的分子变化,以vvIBDVGX8/99株囊毒为研究对象,将该毒在SPF鸡胚连传10代后,再在鸡胚成纤维细胞(CEF)上连续盲传。该病毒在CEF上传至22代时开始引发CEF细胞病变,随之在96孔细胞培养板上用无限稀释法连续克隆2次后获得了4个病毒克隆,再将该4个病毒克隆分别连续回传3～5周龄SPF鸡10代。分别比较4个克隆毒及其回传SPF鸡后不同传代毒,对4～6周龄SPF鸡的致病性及VP2高变区氨基酸分子的变化,结果表明,4个克隆化毒的细胞培养毒对SPF鸡只有0～6 7%的致死率,不同克隆毒的SPF鸡传代毒对SPF鸡的致病性却都逐渐增强,但程度差异很大,其中克隆#5在回鸡1、5和10代后的致死率从0分别增加到10%、20%和27%;克隆#4从6 7%增加至13%、17%和23%;但克隆#1和#3的致病性变化相对较小。相对于原始囊毒及鸡胚毒,4个克隆化毒在测序的VP2高变区的约145个氨基酸中,有10个位点发生了相同的变异,变得与适应细胞的疫苗毒D78株基本一致,在回鸡传代导致对鸡毒力增强的过程中,这10个位点中大多数氨基酸不再变化,只有第253位和256位氨基酸从囊毒的Q和I变为细胞适应毒的H和V后,有些病毒克隆回鸡至第10代时又变为原囊毒的Q和I。

献血人群中丙型肝炎病毒第1高变区抗体检测及意义

目的研究丙型肝炎病毒(HCV)第一高变区(HVR1)抗体检测在献血者血液筛查中的意义。方法采用融合F4HVR1抗原检测不同血清样本中的抗-HVR1的存在情况,并与现有C、NS3、NS4、NS5抗体进行比较。结果在HCV-RNA阳性样本中,HVR1抗体的阳性率为96.8%;在90份可疑HCV感染血清中HVR1抗体的阳性率为61.1%,与C区、NS3区接近,高于NS4区、NS5区(P<0.05),共检测出4份单独HVR1抗体阳性血清。结论在现有HCV诊断试剂基础上,对献血人群进行HCV-HVR1抗体的检测可以提高血液筛查灵敏度,减少HCV的经血传播。

中国耐力运动员线粒体DNA高变区I多样性及其与其他人群的比较研究

为了探讨人类运动能力的相关基因标记与分子遗传学机制 ,选取汉族耐力运动员 61人 ,相应汉人对照 63人 ,对其线粒体基因高变区I(mtDNAHVRⅠ )特异性片段进行扩增、测序 ,评估其单倍型、多样性及偶合概率 ,并与其他人群进行比较研究。结果显示 :中国汉族耐力运动员中有60个单倍型 ,汉人对照有 61个单倍型。中国汉族耐力运动员mtDNA多样性高达 99 95 % ,汉人对照mtDNA基因多样性也达 99 90 % ,二组无关个体间偶合概率均很小 ,经卡方检验上述各参数与频率在汉族耐力运动员和汉人对照两组间的分布无显著性差异 (P >0 0 5 )。与西班牙人、中国台湾人及俄罗斯人等不同人群比较发现 ,mtDNA多样性的差异存在于群体内个体间 ,而群体间的差异较小。结果提示 ,汉族耐力运动员mtDNAHVRⅠ多样性非常高 ,且每个个体间mtDNA单倍型差异很大 ;不同人群mtDNA多样性的差异存在于群体内个体间 ,而群体间的差异较小。

乙型肝炎病毒基因组高变区界定的初步研究

目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因组是否存在高保守区或高变区,并探讨前-前-S基因和前-X基因的存在方式. 方法:自GenBank中按血清型搜索符合要求的HBV全基因组序列,并应用Vector 6.0版软件进行核苷酸序列同源性的分析和比较. 结果:GenBank中搜索出28个adr血清型和22个adw血清型HBV病毒株全基因组,比较后发现2种血清型的核苷酸序列总一致率分别为76.6%和73.9%;adr血清型病毒株存有高度变异区和高度变异区,一致率分别为54.5%和92.1%;adw血清型基因组内部含有高度保守区,一致率为85.0%,不含有高度变异区.前-前-S区的存在是较为普遍的现象,而前-X区的编码具有adr血清型特异性特点,在某些病毒基因组中,因为存在A2608→C/T、和C/A2733→T替换突变,导致其前-X基因编码区起始密码子突变,因此部分HBV基因组无前-X基因结构区. 结论:HBV基因组内部可能存在高度保守区,前-前-S区的存在是一个重要的现象,而前-X编码区具有adr血清型特异性的特点.

河北地区鸡IBDV分离株VP2高变区的序列分析

以河北地区不同鸡IBDV基因组RNA为模板,采用RT-PCR/Nested-PCR的方法,得到其VP2高变区的cDNA片段后进行测序,并将其序列与本实验室已测定的周边省市及文献已报道的IBDV毒株相应区域进行了比较。结果表明,河北地区与周边省市间的IBDV毒株同源性极高,与欧洲细胞毒株Cu1和P2间具有很高的同源性,而与美国变异株VariantE的亲缘关系相距较远。

中国耐力运动员线粒体DNA高变区Ⅰ单核苷酸多态性分析

为了探讨人类运动能力相关的基因标记与分子机制 ,对线粒体基因 (mtDNA)高变区Ⅰ作了序列多态性分析。研究选取汉族耐力运动员 94人 ,相应汉人对照 92人 ,对其mtDNA高变区Ⅰ特异性片段进行扩增、测序 ,分析其单核苷酸多态性 (SNPs)改变 ,并对不同人群mtDNA高度区Ⅰ的基因多态性特点作了比较。结果显示 :中国汉族耐力运动员mtDNA高变区Ⅰ同质性SNPs频率大于 10 %的位点有 13个 ,大于 2 0 %的位点有 5个 ,属常见SNPs。C16 2 2 3T和T16 36 2C两个位点发生明显的同质性多态 ,其多态性频率明显高于其他SNP位点 (80 30 % ,4 7 6 2 % )。中国汉族耐力运动员mtDNA高变区Ⅰ异质性SNPs频率大于 10 %的位点有 4个 ,所有异质性多态频率均小于 2 0 % ,属稀有SNPs。位点C16 16 7A和C16 0 85G为运动员特有 ,位点T16 12 4A多态频率分布在汉族耐力运动员显著高于汉人对照 (P <0 .0 1)。结果提示 ,mtDNA高变区ⅠSNPs位点C16 16 7A、C16 0 85G及T16 12 4A可能成为人类运动能力相关的基因标记。不同人群间mtDNA高变区ⅠSNP存在明显差异 ,相关的基因标记可能也存有差异。

线粒体高变区多聚C-stretch序列长度多态性

目的研究线粒体高变区多聚C-stretch序列长度多态性,并探讨其在法医学个体识别中的价值。方法针对线粒体高变区nt16180及nt310两个位点采用文献报道引物,应用直接测序技术研究其等位基因分布及频率。结果两对引物扩增长度分别为807bp和962bp,nt16180位点检测到7种基因型,其中AAAACCCCCTCCCC基因型占87.72%,AAAACCCCCCCCCCCCC基因型在汉族人群中首次报道;nt310检测到7种基因型,其中CCCCCCCCTCCCCCC基因型占60.53%;联合两个位点共检测出15种单倍型,GD值为0.6309,其中AAAACCCCCTCCCC-CCCCCCCCTCCCCCC检测出66条,达到57.89%。结论为线粒体控制区DNA在法医学领域中的应用提供基础数据,证实了线粒体nt16180位点和nt310位点单倍型在线粒体DNA鉴定中有较好的应用价值。

我国丙型肝炎病毒囊膜蛋白E_2高变区1的序列特征

对２３例国内献血员、血透析及肝炎病人血清用反转录巢式ＰＣＲ技术扩增了ＨＣＶＲＮＡ囊膜蛋白２基因的ｃＤＮＡ片段，并进行了序列测定。结果表明２３例病人ＨＣＶＥ２／ＮＳ１Ｎ末端的核苷酸及氨基酸序列呈现多样性，高变区１（ＨＶＲ１）位于核苷酸第１４５９～１５５９位，氨基酸第３８４～４１０位；我国ＨＣＶ株ＨＶＲ１２７个氨基酸中有１５个位置氨基酸相对稳定，氨基酸组成与分布均与Ｓｅｋｉｙａ报道的１６６个ＨＣＶ株的不同。结果提示，研究我国ＨＣＶ株ＨＶＲ１的序列特征有助于ＨＣＶ的流行病学研究，对研制适用于我国的抗体诊断试剂盒及进行疫苗研究均有重要的意义。

用合成肽测定抗丙型肝炎病毒高变区抗体及其意义

目的 探讨慢性丙型肝炎病毒 (HCV)感染者血清中抗高变区 1 (HVR1 )抗体的多型性及其临床意义。方法 利用 1 4种不同氨基酸序列的HVR1 合成肽作为包被抗原 ,采用酶免疫测定检测 2 9例慢性HCV感染者血清中HVR1 抗体 ,并与其他指标进行比较分析。结果 2 9例患者血清中均存在能与 2～ 1 2种HVR1 合成肽发生免疫反应的抗体。该组患者与 1 4种合成肽反应的HVR1 抗体总阳性率为 1 0 0 % ;肝硬化丙肝患者与非肝硬化患者的HVR1 抗体阳性率差异无显著性 ;血清HCVRNA阳性组与阴性组其抗体的阳性率差异亦无显著性。结论 慢性HCV感染者的血清中均存在多型性HVR1抗体。这种抗体不能清除体内的HCV ,亦似与病情。

丙肝病毒高变区1相关基因免疫小鼠诱导细胞免疫反应的研究

目的:以真核质粒pcDN3.1(+)为载体携带丙肝病毒高变区1(HVR1)相关模拟表位DNA序列对小鼠进行基因免疫,观察其诱导细胞免疫反应的效果。方法:根据HCV HVR1模拟表位多肽序列,合成DNA序列,并将其连接到pcDN3.1(+)上,构建为pcDN3.1- SP。免疫中分别采用2种剂量pcDN3.1 SP(10μg和100μg),以及10μg质粒中混合了非甲基化CpG基序( CpG),以其作为佐剂增强免疫原性,并比较其与100μg剂量的免疫效果。杀鼠、收集血清、分离脾细胞;ELISA法检测小鼠体液中的抗体;脾细胞经混合肽刺激后,用流式细胞仪检测CD8+ IFN γ+细胞;用非放射性MTS法检测细胞增殖反应;以非放射性LDH法检测CTL反应。结果:混合肽体外刺激100μg和10μg -CpG基因免疫小鼠脾淋巴细胞后,T细胞增殖反应明显;脾淋巴细胞中CD8+ IFN γ+细胞增多;并能检测到明显的CTL反应,同时伴有较弱体液免疫反应。结论: 合成的模拟表位中可能含有T细胞和B细胞表位;非甲基化CpG基序增强了DNA免疫效果。

中国皮划艇、举重运动员线粒体高变区Ⅱ同质序列多态性分析

目的:通过对线粒体基因(mtDNA)高变区Ⅱ(HVR-Ⅱ)作序列多态性分析,探讨与人类运动能力相关的基因标记及其分子机制。方法:受试者均为中国汉人,其中皮划艇运动员123人,举重运动员70人,对照组132人。通过特异性扩增mtDNAHVR-Ⅱ片段并测序,分析其序列多态性变化。结果与结论:中国皮划艇、举重运动员和普通汉人对照的mtDNAHVR-Ⅱ具有很高序列多样性,遗传变异性大,遗传多样性丰富。3组人群mtDNAHVR-Ⅱ同质性序列多态性无显著性差异,并具有共同特征:(1)碱基替换频率高于重排频率,碱基替换以转换为主,碱基转换中以嘌呤转换为主,嘌呤转换中以A-G频率最高;(2)重排以碱基插入为主,其中插入C频率最高,其次为CC;(3)3组人群mtDNAHVR-Ⅱ与HVR-Ⅰ具有相似的碱基替换频率。在HVR-Ⅱ中,np73位点的A-G多态性频率具有明显的种族和地域差异。