河北地区鸡IBDV分离株VP2高变区的序列分析

以河北地区不同鸡IBDV基因组RNA为模板,采用RT-PCR/Nested-PCR的方法,得到其VP2高变区的cDNA片段后进行测序,并将其序列与本实验室已测定的周边省市及文献已报道的IBDV毒株相应区域进行了比较。结果表明,河北地区与周边省市间的IBDV毒株同源性极高,与欧洲细胞毒株Cu1和P2间具有很高的同源性,而与美国变异株VariantE的亲缘关系相距较远。

应用16SrRNA基因V-2高变区序列进行链霉菌分子分类

用 16SrRNA部分序列对Williams数值分类系统所包含的链霉菌属种或种群进行系统进化分析。以包含16SrRNA基因V 2高变区在内的 12 0bp长核苷酸序列所作的系统进化树表明 :这些链霉菌可分为 34个簇 ,其中大簇 5个 (包括 2 7～ 85株菌株 ) ;中等大小簇 3个 (包括 9～ 12株菌 ) ;小簇 8个 (包括 2～ 6株菌 ) ;单成员簇 19个。结果同时表明 ,Williams数值分类系统中根据形态、生理、生化特征进行归类而得的种或种群内存在较大异质性。

变性高效液相色谱检测乳腺癌患者血浆线粒体D环HVR2突变

目的 :探讨扩增乳腺癌患者血浆线粒体DNA(mito chondrialDNA ,mtDNA)的可行性 ,研究乳腺癌患者血浆线粒体DNA基因突变检测对于乳腺癌早期诊断及其预后的意义 .方法 :选取乳腺癌患者 10例 ,正常健康者 10人 ,提取血浆DNA ,采用聚合酶链反应 (PCR)扩增血浆线粒体DNA的D环HVR2 ,用两对引物扩增 ,用变性高效液相色谱法 (DHPLC)对产物进行突变筛选 .结果 :10例乳腺癌患者血浆提取的DNA能扩增出 11个目的片断 ,DHPLC检测到有 4例突变 ,正常健康者 10人扩增出 1例 .结论 :乳腺癌患者血浆DNA扩增与正常组有明显差异 (P <0 .0 5 ) 。

1株鸡传染性法氏囊病毒VP2基因的克隆及其分子流行病学分析

为了解河南地区鸡传染性法氏囊病毒(IBDV)的流行特征,研究了分离于河南新乡地区某发病鸡场的1株IBDV(XX511毒株)VP2基因的分子流行病学特征。根据Gen Bank公布的IBDV基因组序列信息,设计合成特异性引物,应用RT-PCR方法对分离于新乡某发病鸡场的IBDV野毒株XX511的VP2高变区进行克隆及分析,并将XX511毒株的VP2高变区中与毒力相关的2个亲水区及七肽区与国内外其他参考毒株进行序列比对,绘制进化树。结果显示,XX511毒株与超强毒株D49706、AJ878898的VP2基因高变区氨基酸序列的同源性均为96.8%,与广东地区JQ911703毒株具有100%的同源性。与参照的经典毒株相比,XX511毒株在第一亲水区发生了1个氨基酸位点的突变。通过与国内外(包括河南地区)其他流行毒株的比对及进化分析发现,XX511毒株与2012年广东流行JQ911703毒株处于同一分支。

一株水貂阿留申病毒VP2基因的高变区测序分析

为分析我国水貂阿留申病(Aleutian disease,AD)跨宿主传播的分子机制,扩增获得一株吉林地区水貂阿留申病毒(Aleutian disease virus,ADV)VP2基因高变区片段。序列分析表明,第235位存在与参考毒株不同的氨基酸位点,进化树分析结果表明,该毒株与丹麦高致病毒株ADV-K亲缘关系较近。ADV第235位氨基酸位点可能与病毒的感染能力相关。

鸡传染性法氏囊病病毒秦皇岛株的分离鉴定

将秦皇岛某养鸡场疑似为传染性法氏囊病的病死鸡进行剖检,为了对该疑似病例进行确诊,并进行流行病学研究,经对流免疫电泳,对采集的病料进行病毒的分离,阳性法氏囊病料进行病毒RNA的提取,采用套式RT-PCR对病毒的VP2高变区进行扩增,分析氨基酸序列。结果表明,该分离株为传染性法氏囊病病毒(IBDV),被检毒株与GenBank报道的标准超强毒株OKYM、UK661、DV86同源性高达100%,与V3、V2亲缘关系较近。动物回归试验可使健康鸡100%发病,病死率80%。表该分离株为鸡传染性法氏囊病病毒超强毒株。

鸡传染性法氏囊病分子流行病学研究

15个江苏省IBDV分离株,对其VP2高变区进行RT-PCR扩增、测序,得到约560bp长的片段。分析比较15个IBDV分离株与参考毒株的VP2高变区(AccI-SpeI)推断的氨基酸序列,构建进化树。氨基酸序列分析以及进化树分析表明,15个IBDV分离株是超强毒株。而且目前vvIBDVs在亚洲各个国家流行,且与欧洲国家的vvIBDVs的进化关系很近。

传染性法氏囊病病毒广西流行毒株的分离鉴定及其遗传进化分析

为了解传染性法氏囊病病毒（IBDV）广西流行株的遗传变异规律，本研究通过鸡胚绒毛尿囊膜（CAM）接种的方法对2006年-2007年间采集自广西各鸡场的疑似传染性法氏囊病（IBD）的病料进行病毒分离，设计针对VP2高变区（vVP2）g／引物对分离物通过RT—PCR进行鉴定及序列分析。共分离出9个IBDV毒株，其ELD50在105／0．2毫升～106．5／0．2毫升之间。