基于SLAF-seq技术构建亚麻高密度遗传图谱

为大量开发SNP用于构建亚麻高质量的连锁遗传图谱,以亚麻品系R43为母本,LH-89为父本,通过杂交构建F2群体,采用SLAF-seq技术,对两个亲本和F2群体100个个体进行高通量测序、SNP标记的开发及亚麻高密度遗传图谱的构建。对参考基因组进行电子酶切预测,最终确定使用HaeⅢ和RsaⅠ酶,酶切片段大小在314~414bp的序列定义为SLAF标签。其次,对基因组DNA进行酶切和SLAF文库构建。最后通过高通量测序获得测序数据,进行多态性SLAF的鉴定和SNP标记的发掘,采用High Map软件构建亚麻高密度遗传图谱。通过高通量测序,共获得196.29M reads,平均质量Q30为81.95%,平均GC含量为38.64%。通过生物信息学分析,共获得260 380个SNP标记,其中有4 547个SNP为高质量SNP标签,用于标记的定位和图谱的构建。共构建15个连锁群,总图距为2 632.94c M,标记间的平均距离为0.92c M。这是在亚麻中首次应用SNP标记构建的高密度遗传图谱,为亚麻的遗传研究和分子标记辅助育种奠定了基础。

水科院完成首个鲤鱼高密度SNP分型芯片开发

日前，中国水产科学研究院生物技术研究中心在国际期刊BMC Genomics（IF=4．d）上发表了以许建博士为第一作者，徐鹏和孙效文研究员为通讯作者的研究论文，系统报道了该中心完成的鲤鱼高密度SNP分型芯片的研发成果。

基于基因分型技术的燕麦SNP标记研究

为加快燕麦分子辅助育种进程,以1981-1983年进行抗旱性鉴定的42份燕麦种质(18份低抗、13份中抗、11份高抗)和12个未鉴定的燕麦育成品种为试验材料,采用PstⅠ/MspⅠ双酶切的dd-GBS基因分型技术构建燕麦简化基因组参考序列,通过Stacks、主成分分析、Fisher Test和Blast分析研究燕麦SNP分子标记。测序结果表明,燕麦个体的高质量reads数在4 111 218～19 019 296,利用Stacks软件成功组装753 325条燕麦简化基因组参考序列,共注释74 657个群体SNP位点。主成分分析表明,燕麦SNP基因型大致聚为2簇,其中一簇主要由14份低抗种质组成,另一簇则包含全部11份高抗种质。进一步的Fisher Test差异显著性统计分析表明,相对于燕麦低抗种质材料,共有2 937个SNP标记在燕麦高抗种质材料中差异显著((错误发现率False Discovery Rate,FDR)<0. 05),其中,55个SNP标记差异极显著(FDR <0. 001)。将上述55个SNP标记所在源序列与小麦基因组序列在Phytozome数据库中进行比对(Blast)发现,14个SNP位点可能参与燕麦抗旱生物学信号通路基因的表达,其中包括参与植物激素信号转导来调控燕麦的抗逆性。通过GBS技术成功组装的燕麦简化基因组参考序列,丰富了当前燕麦的基因组数据库。通过统计学分析得到的55个SNP标记与小麦基因组数据库进行比对,结果发现,14个SNP标记将对燕麦分子辅助育种和加速育种进程具有重要的指导意义,更可为今后的燕麦种质资源大规模快速筛选奠定技术基础。

首款茶树高密度SNP芯片开发成功

中国农业科学院茶叶研究所茶树遗传育种团队基于“龙井43”基因组参考序列和茶树重测序数据,开发出一款200K茶树SNP芯片。相关研究成果在《植物生物技术杂志》上发表。实验验证表明,该芯片可以有效定位关键QTL位点,发掘茶树重要功能基因。利用其对不同茶树品种的SNP分型研究,发现茶树大叶种和小叶种之间的两个强选择位点,对揭示茶树品质调控关键基因和两个变种间的进化关系具有重要意义。

31个SNP位点多重PCR扩增和芯片分型技术的建立及其法医学应用

目的对SNP基因分型芯片在个体识别中的应用价值进行研究。方法根据SNP不同等位基因的序列设计探针,制成分型芯片。采用4个复合PCR体系,用末端标记了Cy5的引物进行复合PCR扩增,产物与寡核苷酸探针进行杂交,根据杂交产生的荧光信号值确定样品在各SNP位点的基因型。将这一方法应用于109份样本的分型,根据基因型分布统计分析31个SNP位点的法医学应用价值。同时,进行家系调查和方法灵敏度分析。结果方法的灵敏度为1ng;所检测的31个SNP位点的累积个体识别率为0.9999999999979(偶合率为2.13×10-12),二联体亲子鉴定中累积非父排除率为0.9609,三联体亲子鉴定中累积非父排除率为0.9970。家系调查的结果表明,这些位点等位基因由亲代向子代的传递符合孟德尔遗传定律。结论上述31个SNP位点为中高信息量位点,适用于法医学个体识别,可作为当前STR系统的补充。

西藏4个绵羊品种SNP基因分型及群体结构分析

藏系绵羊分布范围广泛,品种资源丰富,目前主要分为三大类群,但藏系绵羊群体结构不清。为分析藏系绵羊SNP位点及群体结构,实验利用Illumina Ovine SNP 600K商业化芯片对西藏阿旺绵羊、岗巴绵羊、多玛绵羊和霍尔巴绵羊等150只藏系绵羊进行了SNP基因分型,并通过PCA和NJ-tree等方法分析了藏系绵羊群体结构。SNP质控结果表明,共有147个个体符合质控条件,共获得456 418个SNP位点。群体结构分析表明,西藏地区的岗巴绵羊、多玛绵羊和霍尔巴绵羊分别聚为一类,而其他地区的藏系绵羊混乱聚集在一起。本实验研究结果为今后西藏当地绵羊遗传资源的鉴定和保护开发利用提供了理论基础和参考依据。

基于多重长PCR靶向捕获测序技术的高同源SNP鉴定

为建立一种高同源区段的单核苷酸多态性(SNP)基因分型技术,通过构建本地Blast对SNP所在的200和400 bp区段进行同源性评估,并筛选出高同源区段的SNP。利用第一轮多重长PCR(polymerase chain reaction)捕获329个样本的9个高同源区段SNP所在的长片段,使用纯化后的第一轮PCR产物作为模板进行扩增子建库测序,检测样本共得2 928个SNP位点信息,测序成功率高达98.885 6%。利用Hardy-Weinberg(HWE)法则计算试验研究的9个高同源区段SNP位点的基因频率(p值均大于0.05,符合HWE法则),并与NCBI(national center for biotechnology information)中千人基因组数据库中获取的基因频率相比对,发现二者单碱基基因频率一致(误差限<0.15)。研究表明,利用多重长PCR靶向捕获技术结合二代测序技术为高同源区段的SNP分型提供一个准确、快速、大样本检测方案。

KASP技术及其在牛SNP分型中的应用研究进展

竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(kompetitive allele specific PCR,简称KASP)是一种基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,简称SNP)的新型基因分型技术,可从基因组水平对SNP和插入缺失多态性(insertion and deletion,简称Indel)进行精准分型,被广泛应用于生命科学研究以及医学领域。KASP与其他分型技术相比,支持低、中、高通量SNP检测,具备成本低、特异性好、准确性高等优势,可通过分子检测手段对家畜功能基因进行准确分型,从而达到优良性状的定向改良育种目标。目前,KASP技术已在牛功能基因相关SNP检测、疾病分型等方面应用起来,本文对近年来KASP技术及其在牛SNP基因分型中的应用研究进展进行概述,以期为该技术在牛的产乳、产肉等性状的改良应用方面提供借鉴。

基于SNPs全基因组测序技术对泰国辣椒地方品种遗传多样性分析和辣椒素含量关联分析

泰国的辣椒地方品种是非常重要的种质资源,由于其独特的香气和风味,被广泛应用于新鲜食用和食品行业。本研究收集了243份辣椒地方品种,对其遗传多样性和辣椒素含量进行鉴定。利用多样性微阵列基因分型技术或DArTseq技术从泰国辣椒地方品种中筛选到22000多个SNPs。经过滤得到9610个SNPs用于多样性鉴定和全基因组关联分析。聚类分析将辣椒地方品种分为两个不同的组,分别对应于辣椒品种中的一年生辣椒种(C.annuum)和野生灌木辣椒种(C.frutescens),相异指数为0.0092~0.8410。然而,经检测每个辣椒种的种间遗传背景非常狭窄。通过全基因组关联分析,鉴定出与辣椒素类物质含量显著相关的7个SNPs,其中5个位于辣椒素类物质生物合成途径相关基因的附近。

广西百色地区壮族妇女脂联素基因单核苷酸多态性与骨密度的关系

目的探讨脂联素(APN)基因5个单核苷酸多态性(SNPs)与广西百色地区壮族妇女骨矿物质密度(BMD)的关系。方法选取壮族女性239例跟骨骨量减少患者(LBM)和83例正常骨量组(NBM)进行病例对照研究,采用多重单碱基延伸SNP分型技术对壮族女性脂联素基因的5个位点(rs1063539、rs12495941、rs266729、rs3774261及rs710445)进行了基因分型,采用法国生产的Osteospace干式超声骨密度仪测量右侧跟骨超声振幅衰减(BUA)。结果仅rs1063539、rs12495941、rs266729及rs710445多态性分布符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律(P>0.05)。除rs3774261在骨量正常组的分布不符合Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)之外,其余位点在正常组和骨量减少组基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。其中,只有rs1063539基因型在NOR和LBM组差异存在显著性(P=0.003),CG基因型者在LBM组人数明显多于GG型(P<0.01)。调整年龄、体重、身高及体质指数后,以5个多态性位点作为自变量的多元Logistic回归显示,仅rs1063539多态性与跟骨BUA相关性有统计学意义(adjusted OR=3.210,95%CI:1.631～6.137,P=0.001),并独立于骨量减少的传统危险因素。结论APN基因第3外显子rs1063539多态性与壮族女性BMD有一定关联,其中GG型对BMD具有一定的保护作用,CG型是BMD降低的危险因素。rs12495941、rs266729、rs3774261及rs710445多态性与壮族女性BMD无相关性。

SNP芯片在法医鉴定工作中的应用前景

基因芯片（Gene chips)可以快速、微型化、自动化地检测大量基因，成为生物医学研究的重要推动力。目前该技术已经开始应用于法医物证领域，而且利用基因芯片进行SNP分型技术具有极大的应用价值，在未来的法医工作中必将发挥越来越重要的作用。

基因检测技术有哪些？

目前几种对疾病易感基因检测的技术主要包括SNP分型、基因测序、基因芯片检测、酶切等方法。目前应用较多的是基因测序、SNP分型和基因芯片的方法。

利用SNP标记鉴定荔枝杂种后代

该研究利用SNP标记对‘白糖罂’ב禾虾串’、‘禾虾串’ב白糖罂’及‘白糖罂’ב无核荔’3个荔枝杂交组合F，代共131个单株的真实性进行了鉴定。利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术，从155个均匀分布在荔枝基因组的SNP标记中筛选出在上述杂交亲本中表现为不同纯合基因型的SNP位点；结合高分辨率熔解曲线技术，利用上述SNP位点对各个组合的杂交苗F．代进行了SNP分型。SNP分型结果显示，杂种Fl代的基因型呈现杂合基因型、父本纯合基因型和母本纯合基因型3类。

核酸快速提取、等温扩增、多重靶标检测、高通量SNP分型等关键技术的研究与应用

该课题是国家863计划生物和医药技术领域“体外诊断技术产品开发”项目课题之一。本课题立足于突破核酸诊断领域的知识产权壁垒，着眼于核酸诊断领域的原始技术创新和科研成果产业化，课题申请单位第三军医大学与与课题合作单位四川大学华西医院、广东凯普生物科技股份有限公司、珠海丽珠试剂股份有限公司两家核酸诊断领域知名企业强强联合，

基于高密度遗传连锁图谱定位玉米子粒容重及相关性状QTL

利用玉米优良自交系农系531和X178杂交构建的200份RIL群体,基于GBS技术获得SNP标记构建高密度的重组bin遗传连锁图谱,定位控制玉米子粒容重相关QTL。结果表明,构建的物理图谱和遗传图谱的总长度分别为2 017.03 Mb和2 568.99 cM,相邻两个bin标记之间的平均物理距离和平均遗传距离分别为0.27 Mb和0.35 cM。运用所构建的遗传连锁图谱对RIL群体获得的所有目标性状进行连锁作图,两年共定位到4个与子粒容重相关的QTL位点,分别位于chr1、chr7和chr8上;穗部性状穗长、穗粗、穗行数、行粒数和出籽率两年分别共定位到了6、5、5、1、2个QTL位点,位点分布于chr1、chr2、chr3、chr4、chr5、chr7和chr8上。

中药鉴定方法及其发展概况

目的:对中药的传统与现代鉴别技术进行综述,以期为中药鉴定方法的开发与中药质控标准的提升提供参考与借鉴。方法:对中药的传统鉴定方法、中药的现代鉴定方法、DNA条形码鉴定技术、基于DNA条形码的SNP分型方法、下一代测序(NGS)技术在中药鉴定中的应用等几个方面进行了梳理。结果:中药鉴定学在传统鉴别技术的基础上逐步形成与植物系统分类学、植物化学、生物化学、分子生物学、细胞生物学及现代仪器分析等多学科的知识和技术的大融合,为中药真伪的鉴别提供了更广泛的选择。结论:中药的应用历史源远流长,同时中药在漫长的历史沿革与传承中也存在严重的混伪、代用现象。中药鉴定是促进中药应用国际化和质控标准化的基础,是保障人民用药安全的重要前提。

法医SNP系谱推断技术研究进展

法医SNP系谱推断技术是利用基因组中的高密度SNP数据,基于血缘同源片段长度分析等算法,推断远亲缘关系的一种新型侦查技术手段。与传统STR亲缘关系鉴定方法相比,法医SNP系谱推断技术可以分析更远的亲缘关系,且可以在社会公共DNA数据库中进行家族关系搜索,应用场景更为广阔,包括犯罪嫌疑人查找、受害者的身源鉴定、失踪人口寻找等。本文就法医SNP系谱推断技术的遗传学原理、高密度SNP分型技术、常用的推断算法以及在低质量DNA中的应用等方面的研究进展进行阐述,以期为该技术应用时选择合适的检测技术和亲缘关系分析算法提供思路。

广西壮族女性碱性成纤维生长因子基因单核苷酸多态性与骨质疏松

背景:有研究表明碱性成纤维生长因子在骨修复中发挥重要作用,但其基因多态性与骨质疏松和骨代谢的关系至今少有报道。目的:观察碱性成纤维生长因子基因5个单核苷酸多态性与广西百色地区壮族女性骨密度的关系。方法:选取239例跟骨骨量减少患者和83例骨量正常者进行病例-对照研究。采用单碱基延伸的单核苷酸多态性分型技术对广西百色地区322例壮族女性的脂联素基因的5个位点(rs12644427,rs3789138,rs308379,rs308442和rs3747676)进行了基因分型,采用Osteospace干式超声骨密度仪测量右侧跟骨超声振幅衰减。结果与结论:rs12644427,rs3789138,rs308379,rs308442和rs3747676多态性分布均符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律(P>0.05)。以5个多态性位点作为自变量的多元Logistic回归显示仅rs308379多态性与跟骨骨量减少显著相关(OR=2.123,95%CI:1.004-4.491,P=0.049)。结果说明碱性成纤维生长因子基因第1内含子rs308379多态性与壮族女性骨密度可能有一定关联,其中AA型可能对骨密度具有一定的保护作用,TT型是骨密度降低的危险因素。rs308442,rs12644427,rs3789138及rs3747676多态性与壮族女性骨密度无相关性。