噬菌体PCCM_KpP1172的鉴定及其对大蜡螟幼虫碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌感染的疗效评估

背景碳青霉烯耐药的高毒力肺炎克雷伯菌感染发生率逐年增加,临床治疗困难,死亡率高。使用具有高裂解能力的噬菌体治疗细菌感染是颇具前景的治疗方法。目的针对碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌分离一株新型裂解性T7噬菌体,对该分离株进行生物学特性测定和基因组学测序分析,为临床开展噬菌体治疗提供可应用的噬菌体资源。方法从肺部感染患者的痰液中分离出肺炎克雷伯菌,通过细菌鉴定、药敏分析、全基因组测序和PCR检测验证菌株的毒力基因与耐药基因,以此株肺炎克雷伯菌为宿主菌,在污水中分离出一株裂解性噬菌体,命名为PCCM_KpP1172。测定该噬菌体生物学特性,分析其基因组序列,并通过大蜡螟幼虫感染模型检测该噬菌体的治疗效果。结果该株肺炎克雷伯菌基因组分析存在耐药基因与毒力基因rmpA2、rmpA、iroN、icu。以此菌株为宿主菌分离到新型肺炎克雷伯菌噬菌体,命名为PCCM_KpP1172,在宿主菌菌苔上可形成完全透明的噬菌斑并伴晕圈;透射电镜下呈现有尾噬菌体目短尾病毒科病毒的典型形态特征;一步生长曲线显示其潜伏期为15 min,最佳感染复数(multiplicity of infection,MOI)为0.0001,对ST11KL64型肺炎克雷伯菌有广泛裂解范围。基因组分析显示,该噬菌体为双链DNA(总长度为40222 bp),G+C含量为53%,基因组包含49个开放阅读框(open reading frames,ORF),无毒力或抗生素耐药性相关基因。基于系统发育分析,该噬菌体可归属于有尾噬菌体目Studiervirinae亚科Przondovirus属的一个新种。此外,噬菌体PCCM_KpP1172可在体外3 h内有效抑制碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的生长,并能提高宿主菌感染的大蜡螟幼虫存活率(P<0.01)。结论本研究针对碳青霉烯耐药的高毒力肺炎克雷伯菌分离并鉴定了一株新的T7噬菌体PCCM_KpP1172,具有高裂解力,无耐药基因和毒力基因,对大蜡螟幼虫感染模型具有良好治疗效果。

高毒力肺炎克雷伯菌感染的研究进展

肺炎克雷伯菌是临床上分离率仅次于大肠埃希菌的革兰阴性杆菌,经典的肺炎克雷伯菌(cKP)感染的对象大多为有基础疾病、抵抗力低下、年龄较大的住院患者,而1986年在我国台湾省学者报道的病例中,发现一种新的肺炎克雷伯菌变种,该变种可以感染无肝病基础的患者,使其发生肝脓肿,并且这种化脓性感染病灶可以向远处(如肺、脑等)转移[1]。

高毒力肺炎克雷伯菌感染的临床特征及耐药性分析

目的分析高毒力肺炎克雷伯菌的临床感染特征及耐药性。方法收集2016年1月-2017年12月住院患者各种标本分离的肺炎克雷伯菌作为实验菌株。拉丝试验阳性的菌株确定为hvKP。回顾性分析检出的hvKP患者的临床资料。结果①脓肿液标本检出率最高。hvKP中呼吸道标本构成比最高。②hvKP整体耐药性不高,但是发现2株产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)的hvKP菌株。③检出hvKP的患者中42.1%合并糖尿病,36.8%合并慢性心肺疾病。结论①医院hvKP检出率不高,主要为呼吸道标本,存在一定比例的呼吸道定植。②hvKP对大部分抗生素敏感性高,未发现对碳青霉烯类抗生素耐药,指导临床可使用碳青霉烯类抗生素治疗hvKP感染。

高毒力肺炎克雷伯菌感染患者的临床特征及分子情况差异分析

目的调查高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent variant of K.pneumoniae,hvKP)和经典肺炎克雷伯菌(classic Klebsiella pneumoniae,cKP)感染之间的临床特征及分子情况差异。方法对2015年6月至2018年10月在宜宾市第二人民医院接受肺炎克雷伯菌血流感染治疗的35例患者进行回顾性队列研究。对分离的肺炎克雷伯菌进行黏液丝实验以筛查hvKP。采用Mueller-Hinton琼脂上的KirbyBauer纸片扩散法进行抗菌敏感性试验,并利用PCR方法对hvKP和cKP菌株的分子特性进行研究。结果35株肺炎克雷伯菌分离株中,有11株(31.4%)为hvKP,表现为4种血清型(K1、K2、K20和K57);36.4%(4/11)的hvKP感染患者没有潜在疾病,而95.8%(23/24)的cKP感染患者有一种或多种潜在疾病。hvKP感染患者中社区获得性感染(11/11,100.0%)人数显著多于cKP感染(8/24,33.3%)(P<0.05);cKP感染患者对抗菌药物的耐药性明显高于hvKP感染患者(P<0.05);发现1株产生ESBL的hvKP菌株;cKP感染组和hvKP感染组K1、K2和其他血清型的差异有统计学意义(P<0.05);cKP感染组和hvKP感染组pLVPK相关位点和毒力基因rmpA、iroN的差异有统计学意义(P<0.05)。结论hvKP菌株在严重社区获得性感染患者中普遍存在,并且已发现1株产生ESBL的hvKP,因而迫切需要提高临床意识和hvKP感染管理。

糖尿病合并高毒力肺炎克雷伯菌感染致脓毒性休克和血源性肺脓肿1例报告

目的:报告1例高毒力肺炎克雷伯菌(hvKP)致脓毒性休克及血源播散性肺脓肿的临床特征和诊疗过程,为临床诊疗提供依据。方法:回顾性分析1例原发感染部位不明,病程迁延反复的糖尿病合并肺炎克雷伯菌感染致脓毒性休克及血源性肺脓肿患者的临床资料,分析其临床诊断、诊疗过程及转归。结果:经积极的痰液引流、强效抗感染、控制血糖、高营养支持、康复治疗等综合治疗,患者转归良好。结论:hvKP侵袭性强,积极寻找感染灶并加强引流联合强效的抗感染、高营养支持、严格血糖控制、早期康复治疗等综合措施有助于改善患者预后。

高毒力肺炎克雷伯菌感染的诊治进展

近30年来,一种有着特殊临床特征的肺炎克雷伯菌群被发现,感染者多表现为多发的转移性脓肿。其最初是在东亚地区流行,而后蔓延至全世界,给人类健康造成巨大威胁。为了描述这种特殊的菌群,人们将其称为高毒力肺炎克雷伯菌,但如何精确定义仍是一个尚未解决的问题。高毒力肺炎克雷伯菌可能导致严重的感染性休克及多脏器功能衰竭,治疗包括强效的抗感染、脏器功能支持、积极的血糖控制及脓肿部位的穿刺引流等。本研究总结了近年来的相关文献报道,以期更好地认识高毒力肺炎克雷伯菌感染及其治疗效果。

1例产气性高毒力肺炎克雷伯菌感染患者的护理

总结1例罕见的以产气性后腹膜脓肿伴全身多处蜂窝织炎为主要表现的高毒力肺炎克雷伯菌感染致侵袭性综合征合并糖尿病患者的护理。护理要点:酮症酸中毒与感染性休克并发的救护;产气性后腹膜脓肿的观察与护理;全身皮下气肿伴蜂窝织炎的观察与护理;多种致病微生物继发感染的治疗和护理;分阶梯营养支持与血糖管理;ICU获得性衰弱的康复护理。经过治疗和护理,患者入院68 d后病情好转,1个月后复查,转归良好。

高毒力肺炎克雷伯杆菌致多部位感染的病例分析

肺炎克雷伯杆菌是一种常见的机会性病原体,基于其高毒力性和易发转移性感染的特征,可引起呼吸系统感染、泌尿系统感染以及肝脓肿等,甚至可以发展成脓毒血症。根据其毒力特征,可分为经典和高毒力肺炎克雷伯杆菌,高毒力肺炎克雷伯杆菌感染常发展迅速,累及全身,病情危重,预后极差,死亡率高。本文选取本院近期收治的3例肺炎克雷伯杆菌感染患者,均有多个器官及组织脓肿,伴有严重的多脏器损害,病情进展迅速,其中1例患者死亡,其余2例患者治疗时间长,迁延多个部位感染,本文总结归纳3例患者特点及治疗方案,对其进行回顾性分析,为临床应对此类感染提供参考,望对此病菌得到重视,早期根据药敏结果针对性用药,缩短患者住院时间,提高临床治疗效果,改善预后。

血液感染来源肺炎克雷伯菌毒力与碳青霉烯类耐药表型的关系及碳青霉烯类耐药高毒力菌株的鉴定

目的:探讨本地区从血培养分离的肺炎克雷伯菌临床株的毒力与碳青霉烯类耐药表型的关系,并对碳青霉烯类耐药高毒力肺炎克雷伯菌(CR-HVKP)进行毒力表型验证。方法:收集2016—2019年血流感染患者血培养分离的192株非重复肺炎克雷伯菌,其中96株为碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP),96株为碳青霉烯敏感肺炎克雷伯菌(CSKP)。采用VITEK-2全自动微生物分析仪检测菌株对药物的敏感性,聚合酶链反应检测碳青霉烯类耐药基因、毒力基因和荚膜分型,拉丝实验检测菌株的高黏表型,全基因组测序方法检测CR-HVKP菌株的基因组特征,并通过血清抗性试验和生物膜形成试验进一步验证CR-HVKP的毒力。结果:CRKP对常见抗菌药物耐药率高,CSKP则对常见抗菌药物较敏感;除米诺环素外,CRKP组和CSKP组菌株对抗菌药物的耐药率差异均有统计学意义(均P<0.05)。96株CRKP中,92株携带碳青霉烯酶基因,以bla KPC-2为主。在毒力因子方面,4株CRKP和36株CSKP拉丝试验阳性,呈现为高黏表型,两者差异具有统计学意义(P<0.05)。与CRKP组比较,CSKP组Kfu、aerobictin、iutA、ybtS、rmpA、magA、allS等毒力基因检出率均增加,荚膜抗原K1和K2检出率也增加(均P<0.05)。CRKP组检出高毒力肺炎克雷伯菌(HVKP)1株(即CR-HVKP),CSKP组检出HVKP 36株,差异有统计学意义(P<0.05)。全基因组测序结果显示,CR-HVKP多位点序列分型为412,荚膜抗原为K57,携带iutA、entB、mrkD、fimH和rmpA毒力基因,生物膜形成能力和血清抵抗力强,同时携带blaSHV-145、blaTEM-1、blaCTX-M-3、fosA6、oqxA5、oqxB26和aac(3)-IId耐药基因,伴随外膜蛋白K(OmpK)35和OmpK36的异常。结论:CRKP对抗菌药物的耐药率明显高于CSKP,虽然其携带的毒力基因数和种类均少于CSKP,但也出现了碳青霉烯类耐药且高毒力的新型多位点序列分型肺炎克雷伯菌。后者可能对公共卫生造成严重威胁。

肺炎克雷伯菌毒力基因检测及新型标志物对高毒力肺炎克雷伯菌的诊断效能

目的探讨肺炎克雷伯菌(KP)毒力基因检测及新型标志物对高毒力肺炎克雷伯菌(HVKP)的诊断效能。方法从2020—2023年住院患者中根据病史和病原学检测结果,挑选出KP阳性患者,从医院菌库里获得对应的非重复KP菌株45株,作为HVKP组;从菌库里随机挑选血液感染患者KP菌株,并按照具体病史剔除伴有其他感染的菌株,最终获取菌株48株,作为普通肺炎克雷伯菌(cKP)组。比较2组血清型和高毒力基因的阳性率,计算2组比较有统计学差异的基因诊断效能。应用多因素Logistic回归分析寻找HVKP诊断分子标志物。结果HVKP组与cKP组相比,K1型比较差异有统计学意义(P<0.01)。HVKP组毒力基因阳性率排名前3种的依次是PEG344、uge、fimH,相较于cKP组,比较存在统计学差异的毒力基因分别是fimH、rmpA2、aero、iutA、kfuBC、PEG344(P<0.01)。诊断效能排序:rmpA2<fimH<aero<K1<kfuBC<iutA<PEG344。多因素Logistic回归分析显示,iutA、PEG344是HVKP的影响因素(P<0.01)。结论HVKP感染以K1血清型为主,rmpA2、fimH、aero、iutA、kfuBC、PEG344基因可作为HVKP诊断的分子生物标志物,且以PEG344、iutA的诊断效能较高。

高毒力肺炎克雷伯菌侵袭性感染研究进展

高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent Klebsiella pneumoniae, hvKP)作为一种侵袭性肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae, KP)菌株,目前已在全球范围内广泛传播。该菌株的高毒力使其可生存于免疫功能正常的人群中,且容易引起严重的侵袭性感染,包括化脓性肝脓肿、内源性眼内炎、脑膜炎、坏死性筋膜炎等,许多患者经积极治疗后仍出现不可逆的灾难性残疾,整体预后差。本综述就hvKP引起的各类侵袭性感染的临床表现、感染机制、危险因素、临床诊疗及预后等多方面进行论述,总结经验,为临床提供诊疗思路,以期改善相关患者的预后。

生物标志物联合大蜡螟感染模型在鉴别临床高毒力肺炎克雷伯菌中的应用

目的探讨生物标志物检测联合大蜡螟感染模型准确鉴别临床高毒力肺炎克雷伯菌(hvKP)的应用价值。方法非重复收集2020年1月至2021年12月徐州医科大学附属医院分离自重症监护室患者的肺炎克雷伯菌,经拉丝实验和毒力基因检测鉴定出生物标志物阳性的肺炎克雷伯菌,并进行荚膜血清分型和多位点序列分型。使用标准菌株ATCC700603、ATCC43816建立大蜡螟感染模型,将临床分离的肺炎克雷伯菌分别制作4个不同浓度的菌液进行大蜡螟感染试验,每12小时记录死亡情况,绘制生存曲线并计算72 h 50%致死量(LD_(50))。结果共收集15株hvKP,检出3种血清型,分别为K1 ST23型(13.3%,2/15)、K64 ST11型(60.0%,9/15)、K112 ST15型(26.7%,4/15)。K1和K64型的菌株均含有rmpA、rmpA2、iucA和iroN 4个毒力基因,而K112型的4株均只含有rmpA2和iucA 2个毒力基因。K64 ST11型和K112 ST15型菌株均对碳青霉烯类抗菌药物耐药。大蜡螟能够区分出高毒力和低毒力肺炎克雷伯菌,当菌液浓度分别为1×10^(5) CFU/mL、1×10^(6) CFU/mL、1×10^(7) CFU/mL、1×10^(8) CFU/mL时,ATCC700603和ATCC43816对应浓度比较,差异有统计学意义(P=0.0001、0.0023、0.0245、0.0428)。未做任何处理的空白对照和注射了磷酸盐缓冲液的大蜡螟均存活,随着菌液浓度的升高,大蜡螟的病死率也随之升高。与高毒力标准菌株ATCC43816相同,K1、K64、K112型临床菌株均表现出高致死率,当菌液浓度在1×10^(7)~1×10^(8) CFU/mL时,所有大蜡螟在48 h内死亡。1×10^(6) CFU/mL的菌液可区分出hvKP和cKP,差异均有统计学意义(P<0.05)。ATCC700603、ATCC43816、K1型、K64型、K112型和cKP在72 h的LD_(50)分别为5.2×10^(6) CFU/mL、6.8×10^(4) CFU/mL、1.0×10^(4) CFU/mL、1.0×10^(4) CFU/mL、3.1×10^(4) CFU/mL、1.6×10^(6) CFU/mL,对应的Log10LD_(50)分别为6.718、4.834、3.987、3.987、4.504、6.212,临床分离的K1型、K64型、K112型肺炎克雷伯菌均可被定为高毒力菌株。结论生物标志物联合大蜡螟感染模型,可以准确实现临床经典肺炎克雷伯菌和高毒力肺炎克雷伯菌的鉴别。

香芹酚抑制高毒力肺炎克雷伯菌生物被膜形成机制的研究

目的探究香芹酚抑制高毒力肺炎克雷伯菌生物被膜形成的潜在作用机制。方法通过检测香芹酚对高毒力肺炎克雷伯菌生物被膜形成和形态学的影响、胞外多糖及荚膜多糖含量的改变,以及生物被膜相关基因rmp A2、mag A、mrk A、mrk B、tre C表达量的变化,分析其作用的可能机制。结果香芹酚对高毒力肺炎克雷伯菌的最低抑菌浓度为512μg/mL,且对该菌生物被膜形成有明显的抑制作用,其效应呈浓度依赖性;扫描电镜观察显示,香芹酚干预状态下,生物被膜结构松散,细胞之间连接不致密;刚果红吸附试验与间羟基联苯比色法测定表明,香芹酚可降低高毒力肺炎克雷伯菌荚膜多糖含量而不影响胞外多糖总含量;荧光定量PCR显示,在亚抑菌浓度香芹酚作用下,有关荚膜多糖合成、糖转运系统及菌毛黏附相关基因表达量降低均超过50%。结论香芹酚对高毒力肺炎克雷伯菌生物被膜形成具有明显的抑制作用,其机制可能与降低细菌荚膜多糖合成、糖转运系统及菌毛黏附等生物被膜相关基因的表达有关。

三株致肝脓肿高毒力肺炎克雷伯菌的生物学特性及基因特征分析

目的了解引起化脓性肝脓肿(pyogenic liver abscess,PLA)的高毒力肺炎克雷伯菌(Hypervirulent Klebsiella pneumoniae,hvKp)的耐药机制、毒力特征及致病作用,同时为该细菌临床抗感染治疗提供相关数据。方法收集3株在西安交通大学第一附属医院不同科室肝脓肿患者肝脏脓肿液中分离出的肺炎克雷伯菌,用拉丝试验确定其高毒表型;VITEK 2 Compact全自动微生物分析系统进行药敏试验;全基因组测序技术确定其荚膜血清型、多位点序列分型(MLST)、毒力基因与耐药基因等分子特征;建立小鼠感染模型进行致病性试验。结果分离菌株黏性较大,黏液丝牵拉长度>5 mm,均为高黏液表型;除146007为多重耐药菌外,其余2株菌的抗生素敏感性较高;其全基因组序列测定显示,分离菌株均为高毒力型,携带毒素质粒rmpADC/rmpA2,铁摄取系统、菌毛及分泌系统等多种毒力因子,3株分离株均为rmpA/rmpA2合并iucA/iutA阳性,可判定为hvKp;检测到多种耐药基因,如β-内酰胺酶基因blaTEM、blaSHV和blaCTX-M等;分离菌株对小鼠有较强致病性,剖检死亡小鼠可见其各器官均有不同程度病变。结论本文分离出的3株hvKp携带多种耐药基因与毒力基因且致病性较强,提示实验室和临床应及时识别并采取必要的处置策略,防止hvKp进一步扩散。

血流感染肺炎克雷伯菌毒力基因分布和临床分子特征

目的分析血流感染肺炎克雷伯菌的毒力基因分布和临床分子特征。方法收集2016年1月—2017年3月南昌大学第二附属医院158株肺炎克雷伯菌非重复临床分离株。采用自动化鉴定药敏仪进行菌种鉴定和体外药物敏感性试验。采用拉丝试验筛选高毒力肺炎克雷伯菌(hvKP)。采用聚合酶链反应(PCR)检测肺炎克雷伯菌毒力基因、耐药基因和5种常见荚膜血清型。对菌株进行多位点序列分型(MLST)和同源性分析。收集感染患者相关临床资料,比较碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)和常用抗菌药物敏感肺炎克雷伯菌(SKP)感染患者的临床特征。结果158株肺炎克雷伯菌中,CRKP 22株(13.9%),SKP 29株(18.4%)。CRKP菌株均为多重耐药菌,全部表达碳青霉烯类耐药基因blaKPC-2,其中1株同时携带金属酶碳青霉烯类耐药基因blaIMP-4。拉丝试验结果显示,51株血流感染肺炎克雷伯菌中,有13株为hvKP,其中CRKP 2株、SKP 11株。SKP菌株uge、iutA、mrkD、alls、aerobactin基因检出率高于CRKP菌株,ybtA基因检出率高于CRKP菌株(P<0.05)。荚膜血清分型结果显示,51株血流感染肺炎克雷伯菌中,K1和K2各4株,K57有1株,均为SKP菌株;CRKP未检出常见荚膜血清型。MLST分型结果显示,51株CRKP和SKP以ST11型为主(24/51),22株CRKP均为ST11型,SKP中ST23型、ST11型、ST65型分别为4、2、2株。同源性分析结果显示,51株CRKP和SKP中,有21株同源性>70%,其中A型(5株)、B型(9株)、C型(3株)均为ST11型CRKP,4株ST23型SKP均为D型。CRKP和SKP感染患者接受侵入性操作、使用碳青霉烯类抗菌药物和预后差异均有统计学意义(P<0.05),年龄、性别、基础疾病和科室分布差异均无统计学意义(P>0.05)。结论肺炎克雷伯菌毒力基因ybtA、uge、mrkD、alls、iutA和aerobactin可作为hvKP的毒力标记物。CRKP菌株耐药基因复杂多样,感染患者预后差,建议临床尽早进行CRKP筛查。

耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌形成机制的研究进展

肺炎克雷伯菌(KP)是临床上一种不容忽视的机会性病原体,它能够导致免疫功能低下个体发生社区获得性感染和医院感染。近期,一种新型的肺炎克雷伯菌亚型——耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌(CR-HvKP)的出现引起了关注。CR-HvKP不仅具备CRKP的高耐药性和传播性,还具有HvKP的高致病性,使其在临床治疗中极具挑战性。本文讨论CR-HvKP的三种形成原因,包括CRKP菌株获得毒力、HvKP菌株获得耐药和KP携带一个既有耐药基因又有毒力基因质粒等。此外,还介绍CR-HvKP的流行病学特征,治疗方法和预防措施,以期为临床诊疗提供依据。

高毒力肺炎克雷伯菌的研究进展

近年来,高毒力肺炎克雷伯菌在全世界广泛传播,与经典肺炎克雷伯菌不同,高毒力肺炎克雷伯菌常引起免疫力正常的健康人群多部位的严重感染。毒力基因与耐药基因不断融合形成耐药高毒力肺炎克雷伯菌问题日益严重,甚至出现耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌。本文从高毒力肺炎克雷伯菌的耐药性、相关毒力因子及疫苗研发等方面进行综述。

血流感染肺炎克雷伯菌Ⅵ型分泌系统(T6SS)的分布及其与毒力和耐药性的相关性分析

目的检测Ⅵ型分泌系统(T6SS)在血流感染分离肺炎克雷伯菌中的分布,并分析其与毒力基因、抗生素耐药之间的关系。方法收集我院血培养分离出的肺炎克雷伯菌,通过PCR方法检测T6SS基因、荚膜血清型和毒力基因,并通过VITEKR2 Compact进行药敏试验。结果56株肺炎克雷伯菌中,26株(46.43%)T6SS阳性。T6SS阳性株中K1、K2荚膜血清型和11个毒力基因的检出率高于T6SS阴性株(P<0.05)。T6SS阳性肺炎克雷伯菌对抗生素更敏感(P<0.05)。HvKP中T6SS阳性率显著高于T6SS阴性率(P<0.05)。从社区和肝脓肿中分离的T6SS阳性肺炎克雷伯菌更多(P<0.05)。糖尿病、携带Aerobactin、rmpA毒力基因是T6SS阳性肺炎克雷伯菌引起血流感染的独立危险因素。结论Ⅵ型分泌系统(T6SS)在引起血流感染的肺炎克雷伯菌中检出率较高,T6SS阳性株携带更多的毒力基因,可能是导致血流感染的主要原因。

一株定植ST23-K1型耐碳青霉烯高毒力肺炎克雷伯菌的耐药性及全基因组分析

目的分析肺炎克雷伯菌临床分离株K63[第63号耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)]的毒力耐药情况及全基因组特征。方法收集分离自宁夏某医院新生儿重症监护室男性患儿痰液标本的肺炎克雷伯菌K63株,通过VITEK 2 Compact对其进行鉴定和药物敏感性试验。PCR法检测菌株毒力基因(ybtS、iutA、iucA、iroB、rmpA2、fimH、mrkD、peg344)和耐药基因(bla_(TEM)、bla_(SHV)、bla_(NDM)、bla_(IMP)、bla_(OXA-48)、bla_(VIM))。PacBio RSⅢ和illuminate高通量测序平台对其进行全基因组测序、基因组组装及生物信息学分析,获得菌株基因组特征。结果成功从呼吸窘迫和新生儿肺部感染患儿痰液标本中分离出一株CRKP,命名为K63。药敏结果显示其对碳青霉烯类、磺胺类、头孢菌素类、β-内酰胺类、β-内酰胺酶抑制剂复合物等抗生素均耐药。PCR结果显示,毒力基因ybtS、iucA、iutA、rmpA2、iroB、fimH、mrkD、peg344为阳性,同时携带bla_(TEM)、bla_(SHV)、bla_(NDM)及bla_(VIM)耐药基因。全基因组测序及组装得到1条完整的基因组序列及1条质粒序列,其基因组大小为5880871 bp,序列比对结果显示K63菌株为ST23-K1型。在染色体基因组基因鉴定中,发现有8种毒力基因,有7种耐药相关基因。质粒携带有bla_(SHV-66)、bla_(SNDM-5)、sul1、mphA和aph(3’)-Ia、tetC、vanA和mexe等耐药基因。clb(ABCDFGHIJKLMNOPQS)、glf、pilW、ibeB等毒力基因也被注释。同时,水平转移区域预测结果显示质粒pVir-CR-63-1具有转移的潜力。基因富集及功能分析显示主要富集于代谢相关通路。结论分离定植的K63株可能为高毒力耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌,有潜在传播风险,临床上应予以高度重视。

广州某三甲医院耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药及毒力基因分析

目的统计院内耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)检出率,分析CRKP的主要耐药基因及毒力基因,了解其感染菌株分子流行病学机制。方法回顾性分析2020-2023年广东省第二中医院(下称该院)CRKP检出率,并收集该院2022年7-12月共计84株CRKP,统计菌株临床资料,PCR扩增相应耐药基因及毒力基因,改良碳青霉烯灭活(mCIM)试验检测碳青霉烯酶。结果2020-2023年该院年CRKP检出率较高,均>46.00%;收集2022年7-12月临床分离84例非重复CRKP菌株,呼吸道来源样本最多,占55.95%,患者以针灸康复科为主,占34.52%;药敏试验显示对多种头孢类及超广谱β内酰胺类药物高度耐药,仅对替加环素及多黏菌素E呈现较高敏感性;mCIM试验阳性率为84.52%(71/84),其余15.48%结果为中性,未能判断是否产碳青霉烯酶。73株检出携带碳青霉烯酶基因,占86.90%,共涉及4种基因型,blaKPC、blaNDM、blaIMP、blaOXA-48的检出率分别为83.33%、2.38%、1.19%、1.19%;其中1株同时携带blaKPC及blaNDM基因,同时检出多种β内酰胺酶,blaSHV、blaTEM、blaCTX-M-9、blaCTX-M-1的检出率分别为96.43%、78.57%、64.29%、2.38%,5种毒力基因blaiucA、blarmpA2、blairoB、blapeg-334、blarmpA检出率分别为42.86%、41.67%、27.38%、3.57%、2.38%;同时携带3种及以上毒力基因的菌株占比为17.85%(15/84)。结论该院CRKP检出率较高,耐药情况严峻,耐药基因以肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶(KPC)为主;出现较高比例的耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌(CR-hvKP)菌株,感染防控情况不容乐观。应进一步加强院内感控措施,科学合理规范用药。